怒江濒危鱼类缺须盆唇鱼基于线粒体Cyt b序列的群体遗传结构分析

测定了怒江缺须盆唇鱼(Placocheilus cryptonemus)5个群体共138尾个体的线粒体DNA Cyt b基因序列,以探讨群体遗传结构和遗传多样性。结果显示:1140bp的Cyt b基因共检测到21个变异位点,从138个样本中得到21个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.826,核苷酸多样性(π)为0.00215,遗传多样性水平较低。5个群体中,泸水群体遗传多样性相对最高,保山道街群体最低。计算5群体的Kimura 2-paramter遗传距离,福贡群体和龙镇桥群体之间的遗传距离最远,为0.00346;泸水群体和保山道街群体之间的遗传距离最近,为0.00093。Fu'Fs中性检验和核苷酸不配对分析暗示了缺须盆唇鱼在历史上可能发生过种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,5群体间总遗传分化系数Fst=0.3051(P<0.05),群体间具有较高的遗传分化水平。结果说明,怒江缺须盆唇鱼遗传多样性较低,具有较高的遗传分化水平,这可能是由于该物种自身活动能力差以及中游和下游生境明显差异所致。

基于转录组测序的缺须盆唇鱼微卫星标记特征分析

缺须盆唇鱼(Placocheilus cryptonemus)是云南省怒江流域特有的一种高原经济鱼类。通过在Illumina HiSeq 2500平台上对缺须盆唇鱼进行转录组测序(RNA-seq)分析,利用MicroSAtellite(MISA)微卫星识别工具对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,在缺须盆唇鱼转录组中共发现分布在36764条Unigene上的30500个SSR位点,包含序列的SSR数量为18078,发生频率为49.17%。获得的单纯SSR中共有215种重复基元,其中单核苷酸重复基元类型数量最多,为88个,六碱基重复的SSR最少,其他的重复从二、三、四、五、六碱基开始,SSR的形成呈现递减规律。SSR位点的重复次数主要发生在6~10次和11~15次重复之间,发生频率分别为38.59%和36.02%。本研究对缺须盆唇鱼的转录组数据进行测序鉴定,得到了数量较多的SSR标记,同时对得到的缺须盆唇鱼SSR数据特点进行归纳总结。本研究不仅提供了一个有价值的转录组资源,而且建立了一套SSR标记,可以为缺须盆唇鱼的基础研究、应用研究提供有效的分子标记。