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丹参-黄芪调节自噬防治糖尿病心肌病的lncRNA-miRNA-mRNA转录网络研究 被引量:1
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作者 郝蕊 郭凤 +2 位作者 蒋洁 马洪艳 姚蓝 《药物流行病学杂志》 CAS 2023年第10期1113-1126,共14页
目的 基于网络药理学与生物信息学技术探讨丹参-黄芪调节自噬防治糖尿病心肌病(DCM)的活性成分及构建长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)转录网络。方法 利用TCMSP数据库检索丹参-黄芪的化学成分及靶点;通过CTD、GeneC... 目的 基于网络药理学与生物信息学技术探讨丹参-黄芪调节自噬防治糖尿病心肌病(DCM)的活性成分及构建长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)转录网络。方法 利用TCMSP数据库检索丹参-黄芪的化学成分及靶点;通过CTD、GeneCards数据库筛选获得DCM和自噬的相关靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并进行网络拓扑分析;通过Cytoscape软件中的Hubba插件5种算法筛选核心靶点;通过Metascape数据库对靶点进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析;利用微生信平台构建中药核心成分-核心靶点-核心信号通路网络;用Discovery Studio Client 19.1.0软件进行分子对接;用Target Scan Human、miRDB、miRTarBase数据库预测靶点mRNA上游调控的miRNAs并筛选核心miRNA;StarBase数据库预测miRNA竞争性结合的lncRNAs并筛选得到核心lnc RNA,构建竞争性内源RNA网络。结果 丹参-黄芪中调节自噬防治DCM的活性成分为丹酚酸J、丹参酮ⅡB、丹参二醇A、黄芪异黄烷苷等;其核心靶点为原癌基因、生长因子受体结合蛋白2等;核心通路为磷酯酰肌醇3激酶/蛋白激酶B、叉头转录因子、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体等;基于核心靶点m RNA预测的核心miRNA为miR-4731-5p、miR-503-5p等12个;核心lncRNA为NEAT1、XIST等5个。结论 丹参-黄芪可能通过调节自噬影响细胞凋亡、氧化应激、糖代谢等过程协同发挥作用,从而达到防治DCM的作用。 展开更多
关键词 长链非编码RNA-微小RNA-信使RNA网络 丹参-黄芪 自噬 糖尿病心肌病
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肝细胞癌与抑郁症的miRNA-mRNA网络共病机制研究
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作者 秦秋云 李妞妞 +2 位作者 黎如霜 刘晓明 夏猛 《广西医学》 CAS 2023年第19期2385-2393,共9页
目的 基于miRNA-mRNA网络探讨肝细胞癌和抑郁症的共病机制。方法 (1)在GEO数据库中获取与肝细胞癌和抑郁症相关的miRNA微阵列数据;利用在线工具GEO2R分别分析两个数据集的差异表达miRNA(DE-miRNA),然后取交集。在TargetScan、miRDB、miR... 目的 基于miRNA-mRNA网络探讨肝细胞癌和抑郁症的共病机制。方法 (1)在GEO数据库中获取与肝细胞癌和抑郁症相关的miRNA微阵列数据;利用在线工具GEO2R分别分析两个数据集的差异表达miRNA(DE-miRNA),然后取交集。在TargetScan、miRDB、miRPathDB和miRWalk数据库中预测各个DE-miRNA的靶基因,然后取交集。(2)利用DAVID数据库对DE-miRNA靶基因进行功能富集分析及通路富集分析,并筛选出风险通路。(3)利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建DE-miRNA靶基因的蛋白-蛋白相互作用网络,然后筛选中枢基因及关键基因。(4)利用Microsoft Excel软件及Cytoscape 3.9.1软件构建DE-miRNA-mRNA-风险通路可视化网络。(5)利用GEPIA2数据库进行中枢基因在肝细胞癌中的表达分析及生存分析。结果 (1)肝细胞癌和抑郁症共同表达的上调DE-miRNA为miR-1290、miR-3156-5p,下调DE-miRNA为miR-575、miR-6737-3p,四者对789个靶基因进行调控。(2)DE-miRNA靶基因参与的生物功能与免疫、炎症、血管生成、神经元信号传导等相关。共筛选出15条风险通路,包括丝裂原活化蛋白激酶信号通路、磷脂酰基醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路、轴突引导、催产素信号通路、神经营养素信号通路等。(3)共获得10个中枢基因,分别为BRCA1、NOTCH1、PTEN、EGFR、ATRX、ERCC4、RAD51B、EME1、RMI1、XRCC2。将富集在风险通路上的3个中枢基因作为关键基因。(4)构建的DE-miRNA-mRNA-风险通路网络包含了10对DE-miRNA-中枢基因组合,以及13个DE-miRNA-关键基因-风险通路组合。(5)与正常组相比,BRCA1、PTEN、ATRX、ERCC4、RAD51B、EME1、RMI1、XRCC2在肝细胞癌组中呈高表达,NOTCH1、EGFR在肝细胞癌组中呈低表达(P<0.01)。BRCA1、EME1、RMI1、XRCC2与肝细胞癌患者的生存率有关(P<0.05)。结论 miR-1290、miR-3156-5p、miR-575、miR-6737-3p可能是肝细胞癌和抑郁症共同的调控因子,其通过作用于多个靶基因从而调控炎症反应、肿瘤免疫反应、神经传导等途径,进一步参与肝细胞癌和抑郁症的发生、发展。此外,BACR1、EME1、RMI1、XRCC2这4个靶基因与肝细胞癌患者的预后密切相关。 展开更多
关键词 肝细胞癌 抑郁症 共病机制 微小RNA-信使RNA网络 生物信息学
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基于微小核糖核酸-信使核糖核酸网络探讨重复经颅磁刺激治疗缺血性脑卒中的分子机制
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作者 陈建敏 李菁 +2 位作者 黄华垚 陈振强 陈清法 《中华物理医学与康复杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期593-600,共8页
目的基于微小核糖核酸(miRNA)-信使核糖核酸(mRNA)调控网络探讨重复经颅磁刺激(rTMS)促进缺血性脑卒中(IS)神经修复的潜在分子机制。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载rTMS干预7 d后的IS大鼠皮质miRNA表达谱。使用R软件分析差异miRNAs... 目的基于微小核糖核酸(miRNA)-信使核糖核酸(mRNA)调控网络探讨重复经颅磁刺激(rTMS)促进缺血性脑卒中(IS)神经修复的潜在分子机制。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载rTMS干预7 d后的IS大鼠皮质miRNA表达谱。使用R软件分析差异miRNAs,通过在线数据库预测其对应的下游mRNAs,构建miRNA-mRNA调控网络,筛选关键miRNAs。对靶基因进行功能富集分析,构建靶基因所编码的蛋白质相互作用网络,识别网络中的核心mRNAs。选取无特定病原体动物(SPF)级雄性Sprague-Dawley大鼠24只,按随机数字表法随机分为假手术组、模型组和磁刺激组,每组8只大鼠。模型组和磁刺激组制备IS大鼠模型,仅磁刺激组接受连续7 d的rTMS干预,其余2组不进行干预。采用改良神经功能评分(mNSS)于造模前和造模成功1 d、3 d、7 d后评价3组大鼠的神经功能缺损程度;于造模成功8 d后深度麻醉大鼠,取脑组织行苏木精-伊红和尼氏染色观察组织缺失情况和神经元形态,利用实时荧光定量聚合酶链反应验证差异基因在3组大鼠缺血侧皮质中的表达趋势。结果共筛选出167个差异miRNAs和预测到25个mRNAs。富集分析表明,这些基因与细胞迁移的正向调节、神经营养因子受体信号通路的正向调节等生物学过程有关,涉及腺苷酸激活蛋白激酶、神经营养因子通路、大鼠肉瘤等信号通路。通过构建miRNA-mRNA调控网络,识别出miR-206-3p、miR-378a-3p、miR-107-3p、miR-92a-3p和miR-29b-3p共5个关键miRNAs;通过蛋白互作网络分析筛选出4个核心mRNAs,分别为整合素亚基β1、水通道蛋白4、脑源性神经生长因子(BDNF)、溶质载体家族2成员4。造模成功7 d后,磁刺激组的mNSS评分显著低于模型组同时间点(P<0.05)。与模型组相比,磁刺激大鼠右侧皮质的miR-206-3p表达明显降低(P<0.05),BDNF表达则显著增高(P<0.05)。结论miR-206-3p-BDNF调控网络和相关作用途径在rTMS促进IS大鼠神经修复过程中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 生物信息学 重复经颅磁刺激 基因表达综合数据库数据库 微小核糖核酸-信使核糖核酸调控网络
原文传递
骨关节炎软骨中铁死亡相关微小RNA-信使RNA调控网络的构建及生物信息学分析
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作者 孙红 陈坤浩 +4 位作者 彭国璇 熊治林 李钟辉 邓进 杨华 《中华实验外科杂志》 CAS 2024年第1期112-115,共4页
目的使用生物信息学方法构建铁死亡相关微小RNA(miRNAs)-信使RNA(mRNAs)的调控网络并探讨其在骨关节炎(OA)中的分子作用机制。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载软骨相关数据集GSE175961和GSE1140007,利用生物信息学方法筛选铁死亡相关... 目的使用生物信息学方法构建铁死亡相关微小RNA(miRNAs)-信使RNA(mRNAs)的调控网络并探讨其在骨关节炎(OA)中的分子作用机制。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载软骨相关数据集GSE175961和GSE1140007,利用生物信息学方法筛选铁死亡相关miRNAs和mRNAs,并进行富集分析、miRNA-mRNA网络构建以及诊断价值分析。最后采用荧光实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证关键基因表达,并采用独立样本t检验比较其差异。结果GSE175961数据集中共筛选获得了15个差异表达miRNAs。使用TargetScan和miRDB数据库分别预测差异表达miRNAs的下游靶基因,共获得了5115个共存的靶基因。与GSE1140007数据集中19个差异表达铁死亡基因取交集后共获得了4个下游铁死亡基因(PARP15、KLF2、CDKN1A、PDK4)。基于上述研究结果构建了由15个差异表达的miRNAs和4个下游铁死亡基因组成的miRNA-mRNA调控网络。进一步富集分析表明,4个下游铁死亡基因与多种生物学功能和信号途径有关,如脂肪酸代谢、细胞周期调控、FOXO信号途径以及P53信号途径等。受试者工作曲线分析表明,4个下游铁死亡基因具有良好的诊断价值。此外,使用外部数据集证实,CDKN1A和PDK4在OA软骨组织中表达降低。而列线图表明,OA发生率随CDKN1A和PDK4表达降低而升高。qRT-PCR证实,正常组和OA组中,CDKN1A相对表达量分别为1.322±0.890、0.035±0.031;PDK4相对表达量分别为1.085±0.567、0.393±0.180。结论本研究构建的铁死亡相关miRNA-mRNA调控网络与软骨退变密切相关。 展开更多
关键词 骨关节炎 软骨细胞 铁死亡 微小RNA 微小RNA-信使RNA调控网络 生物信息学分析
原文传递
网络类
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《家庭电脑世界》 2004年第09X期75-76,共2页
关键词 网络信使 QQ聊天软件 杀毒软件 ADSL CUTEFTP 网络协议 OPENEXT
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Joint Optimization on Energy and Delay for Target Tracking in Internet of Things 被引量:4
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作者 黎羴 范春晓 《China Communications》 SCIE CSCD 2011年第1期20-27,共8页
Network and communications models are built for target tracking and pursuing in the Internet of Things (IoT).According to these models,two tracking schemes which jointly optimize the pursuing energy and delay are prop... Network and communications models are built for target tracking and pursuing in the Internet of Things (IoT).According to these models,two tracking schemes which jointly optimize the pursuing energy and delay are proposed.The merits of these schemes are that they can enhance energy efficiency of both the pursuing route and communication in the network.Moreover,experimental results are provided to demonstrate the benefits of the proposed schemes which will be used as optimization schemes for the IoT tracking service. 展开更多
关键词 Internet of Things sensor network target tracking ROUTING DELAY
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Channel Allocation and Relay Selection Scheme in Relay-Based Networks
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作者 吴荻 朱刚 艾渤 《China Communications》 SCIE CSCD 2013年第4期101-112,共12页
It has been demonstrated that either Channel Allocation (CA) or Relay Selection (RS) can improve the performance in relaying networks separately. However, there is little work concerning their combination in multi... It has been demonstrated that either Channel Allocation (CA) or Relay Selection (RS) can improve the performance in relaying networks separately. However, there is little work concerning their combination in multi-cell uplink scenarios. In this paper, we investigate the issue which considers the CA and RS to optimize the system transmission rate in an uplink scenario, while maintaining the resource distribution fairness among users. This is first formulated as an optimization problem for a linear cellular system, where the same frequency channels can be reused in different cells. Based on the link and co-channel interference conditions, two low-complexity CA and RS schemes are then proposed with different decomposition se quences. Finally, numerical results are con ducted to verify the effectiveness of the pro posed CA and RS methods. Simulations re suits show that the proposed methods can yield significant improvements in system per formance in terms of average sum rate. 展开更多
关键词 channel allocation linear net-work optimization relay selection
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