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基于网络间随机游走算法的lncRNA与疾病关系预测
1
作者
尚敏
贺平安
《浙江理工大学学报(自然科学版)》
2020年第5期693-700,共8页
通过构造疾病之间、lncRNA之间、基因之间的相似性网络模型,根据已有三者之间的相互关联数据,引入网络间随机游走算法预测潜在与疾病相关的lncRNA。将该算法应用到已有数据库中的lncRNA与疾病关联信息数据上,通过10倍交叉验证和AUC评估...
通过构造疾病之间、lncRNA之间、基因之间的相似性网络模型,根据已有三者之间的相互关联数据,引入网络间随机游走算法预测潜在与疾病相关的lncRNA。将该算法应用到已有数据库中的lncRNA与疾病关联信息数据上,通过10倍交叉验证和AUC评估该算法。结果表明:与其他算法相比,该算法在10倍交叉验证下有更优的AUC值,显示该算法具有良好的预测性能。进一步应用该算法预测了与胃癌和结直肠癌相关的lncRNA,结果与已知的医学数据一致,表明该算法对于新疾病相关lnRNA的预测结果是有效的。
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关键词
疾病
基因
长链非编码RNA
网络
模型
网络间随机游走
相似性
预测
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职称材料
题名
基于网络间随机游走算法的lncRNA与疾病关系预测
1
作者
尚敏
贺平安
机构
浙江理工大学理学院
出处
《浙江理工大学学报(自然科学版)》
2020年第5期693-700,共8页
基金
国家自然科学基金项目(61772027)。
文摘
通过构造疾病之间、lncRNA之间、基因之间的相似性网络模型,根据已有三者之间的相互关联数据,引入网络间随机游走算法预测潜在与疾病相关的lncRNA。将该算法应用到已有数据库中的lncRNA与疾病关联信息数据上,通过10倍交叉验证和AUC评估该算法。结果表明:与其他算法相比,该算法在10倍交叉验证下有更优的AUC值,显示该算法具有良好的预测性能。进一步应用该算法预测了与胃癌和结直肠癌相关的lncRNA,结果与已知的医学数据一致,表明该算法对于新疾病相关lnRNA的预测结果是有效的。
关键词
疾病
基因
长链非编码RNA
网络
模型
网络间随机游走
相似性
预测
Keywords
disease
gene
long non-coding RNA
network model
internetwork random walk
similarity
prediction
分类号
O29 [理学—应用数学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于网络间随机游走算法的lncRNA与疾病关系预测
尚敏
贺平安
《浙江理工大学学报(自然科学版)》
2020
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