大口黑鲈两个亚种EST数据库分析

应用新一代高通量测序技术Roche 454对大口黑鲈(Micropterus salmoides)北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库,结果得到北方亚种ESTs序列468 671条,佛罗里达亚种ESTs序列332 322条,两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5bp和304.4bp。将得到的高质量序列进行拼接,大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42 056条和35 743条,平均长度分别为612.6bp和588.2bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并,通过与蛋白数据库比对后,共78 938条EST序列被注释,根据Gene Ontology(GO)信息,对序列按照分子功能、细胞组成、生物学过程进行分类。通过对大口黑鲈合并的EST库信息进行大通量SSR和SNP位点的发掘,发现了含SSRs和SNPs的序列分别为25 469和8 547条。从EST数据库中随机选取75条contigs进行北方亚种和佛罗里达亚种的序列比较,结果表明两个亚种EST序列同源性为99.2%。

基于18S rDNA的metabarcoading技术分析土壤小型动物多样性3种方法的比较

生态和环境管理方面的很多基本问题都需要涉及土壤及腐殖质小型动物多样性的特征描述.当前利用高通量测序技术获得条形码基因扩增子序列的方法('metabarcoding')在生物多样性调查方面提供了高效有力的方法.然而,这一技术的广泛应用面临很大阻碍,即需要从大量原始序列数据中通过生物信息学方法处理获得很多候选基因.于是,我们比较了3个针对从固体基质中获得的18S rDNA metabarcode数据的信息学处理方法:(ⅰ)USEARCH/CROP,(ⅱ)Denoiser/UCLUST以及(ⅲ)OCTUPUS.令人满意的是,这3个信息学处理方法得到了相似且与环境样本中已知特征分类单元高度相关的群落组成.然而,OCTUPUS由于过高的序列噪音出现了过度估计系统发育多样性的问题.因此,推荐USEARCH/CROP或Denoiser/UCLUST方法,二者均可在QIIME环境下运行.

内蒙古地区全沟硬蜱细菌群落结构及多样性分析

目的了解全沟硬蜱细菌的群落结构及种群多样性。方法应用罗氏454高通量测序技术对内蒙古地区全沟硬蜱细菌16S rDNA基因的V3高变异区段进行测定,分析其细菌的群落结构、种群多样性、优势菌群以及常见病原体的分布。结果获得用于分析的序列和操作分类单元(OTUs)数目分别为22 727条和1 570个;所有样本的覆盖度均≥0.95,表明本次测序量充分,基本可覆盖所有细菌物种。其中,雄蜱样本的丰富度指数、多样性指数最高,分别为2 431和4.11;其次为雌蜱和卵。全沟硬蜱中优势菌群依次为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门,其中以α-变形菌纲相对丰度最高;在属水平上,不同类别样本中相对丰度较高的菌属组成差异较大。在样本中检测到致病菌塔拉塞维奇立克次体、螺原体和宫本疏螺旋体,环境细菌如金黄杆菌属、欧文菌、短波单胞菌等,以及母系遗传共生菌(Montezuma)。结论内蒙古地区全沟硬蜱不同样本间细菌群落和丰度具有较大差异。