美人蕉黄条病毒扬州、长沙分离物全基因组的测定与序列分析

【目的】解析我国美人蕉黄条病毒(Canna yellow streak virus,CaYSV)的全基因组序列及遗传进化地位,为指导病害防控提供科学指导。【方法】通过反转录-聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)技术和快速扩增cDNA末端(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术从江苏扬州和湖南长沙采集到的美人蕉病样中,扩增获得CaYSV全基因组序列,并利用MegAlign、Mega11和RDP5软件对全基因组序列分别进行核苷酸一致率分析、系统进化分析和重组分析。【结果】除poly(A)外,扬州分离物和长沙分离物全基因序列均为9501 nt,开放阅读框(Open reading fragment,ORF)均为9123 nt,编码3040个氨基酸组成的多聚蛋白。序列分析表明,CaYSV扬州分离物和长沙分离物与已报道的CaYSV分离物全基因组核苷酸序列一致率分别为93.9%~99.4%和94.0%~99.5%。根据外壳蛋白(Coat protein,CP)氨基酸序列构建系统进化树,CaYSV可以分为A和B 2个大组,其中A组又分为3个亚组。重组分析表明,CaYSV扬州和长沙分离物中均存在1个重组事件。【结论】CaYSV存在于我国江苏扬州和湖南长沙的美人蕉上。根据CaYSV的CP蛋白氨基酸构建系统进化树,扬州分离物和长沙分离物聚类到A1亚组,与泰国分离物K2、PHC478及俄罗斯分离物KS等亲缘关系较近。