基于SEER数据库分析老年局限性肾癌术后患者的临床特征及预后影响因素

目的探讨老年局限性肾癌术后患者的临床特征及预后影响因素。方法收集2004—2017年美国国立癌症研究所(SEER)数据库中所有接受过原发肿瘤切除手术的老年(60~100岁)局限性肾癌患者。分析患者的临床特征、手术方式和预后。根据手术方式分为肾部分切除术(PN)组和肾根治性切除术(RN)组,比较不同手术方式对预后的影响。结果共纳入符合标准的20348例患者。老年局限性肾癌患者术后的中位生存时间为164个月,3、5、10年累积总生存率依次为91.1%、84.2%、64.4%。多因素Cox分析显示,年龄、性别、种族、组织学分级、T分期、手术方式是影响术后总生存期的独立预后因素(P<0.05)。亚组生存分析结果显示,在所有老年年龄段、性别、种族、组织学分级、T1期肾癌方面,PN预后均优于RN(P<0.05)。对于T2期肾癌,PN和RN预后差异无统计学意义(P>0.05)。结论确诊时年龄大、男性、黑种人、病理类型为非嫌色细胞癌、分化程度低、肿瘤T分期高、RN是影响老年局限性肾癌患者术后预后的独立危险因素。PN是老年局限性肾癌的主要治疗方式并具有显著的治疗效果。

基于SEER数据库分析婚姻状态对弥漫大B细胞淋巴瘤患者生存预后的影响

目的:分析婚姻状态对弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者生存预后的影响。方法:基于美国国立癌症中心(SEER)数据库19651例DLBCL患者,纳入性别、年龄、种族、化疗、Ann Arbor分期、保险情况及不同婚姻状态进行Kaplan-Meier法单因素生存分析;利用Cox回归模型进行多因素分析。结果:单因素分析示婚姻状态、种族、Ann Arbor分期、化疗、年龄与DLBCL生存相关,多因素分析示婚姻状态、种族、Ann Arbor分期、化疗、年龄是其生存预后独立因素。单身患者和不良婚姻患者死亡风险为已婚的1.233和1.324倍(95%CI:1.158~1.313;1.258-1.393,均P<0.01);相同分期患者,单身组和不良婚姻组较已婚组都表现出更高的死亡率(Ⅰ~Ⅱ期,P<0.05;Ⅲ~Ⅳ期,P<0.01)。结论:婚姻状态为DLBCL患者生存的独立预后因素。

基于SEER数据库异时双原发肺癌预后模型的构建和验证

目的:运用回顾性研究的分析方法,探究异时双原发肺癌(metachronous dual primary lung cancer,mDPLC)的独立预后因素,并建立列线图预后模型。方法:通过美国癌症监测、流行病学和结果(Surveillance,Epidemiology and End Results,SEER)数据库获得mDPLC患者的临床数据。将数据分为训练集和验证集进行建模和验证。采用单因素和多因素Cox回归分析确定训练集患者的独立预后因素,并纳入列线图对患者生存时间进行预测。通过C-指数、校准图、受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线、决策曲线分析(decision curve analyses,DCA)和综合鉴别改进(integrated discrimination improvement,IDI)评分对预后模型的准确性和可靠性进行评价。结果:共有610例mDPLC患者纳入训练集,260例mDPLC患者纳入验证集。Cox回归分析表明,年龄(59~76岁:HR=1.453,95%CI=1.007~2.096,P=0.046;≥77岁:HR=1.953,95%CI=1.303~2.926,P<0.001)、性别(女性:HR=0.669,95%CI=0.529~0.845,P=0.001)、病理类型(腺癌+鳞癌:HR=2.251,95%CI=1.583~3.200,P<0.001)、TNM分期(Ⅲ:HR=1.611,95%CI=1.126~2.305,P=0.009;Ⅳ:HR=2.443,95%CI=1.713~3.486,P<0.001)、淋巴结转移(是:HR=1.653,95%CI=1.199~2.280,P=0.002)、手术(1次:HR=1.431,95%CI=1.110~1.844,P=0.006;0次:HR=1.845,95%CI=1.183~2.878,P=0.007)和化疗(是+否:HR=0.603,95%CI=0.433~0.842,P=0.003)是独立预后因素。训练集和验证集的C-指数分别为0.711(95%CI=0.696~0.726,P<0.05),0.677(95%CI=0.655~0.699,P<0.05)。训练集中ROC曲线的3年生存率和5年生存率AUC值分别为0.756(95%CI=0.713~0.800,P<0.05)和0.785(95%CI=0.732~0.838,P<0.05),验证集中ROC曲线的3年生存率和5年生存率AUC值分别是0.695(95%CI=0.621~0.769,P<0.05)和0.711(95%CI=0.618~0.804,P<0.05)。训练集中3年和5年的IDI值分别为9.0%(P<0.001)和11.9%(P<0.001),验证集中3年和5年的IDI值分别为6.6%(P<0.001)和7.8%(P<0.001)。根据独立预后因素建立的模型经验证可准确预测患者预后,并且效果优于TNM分期。结论:本研究建立了一个mDPLC预后预测模型,内部验证表明该模型具有较好的效能,可为mDPLC患者提供准确和个性化的生存预测。

铜调节的细胞死亡相关基因与前列腺癌关系分析

目的基于美国癌症肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库分析铜调节的细胞死亡相关基因与前列腺癌患者预后和免疫细胞浸润的关系。方法从TCGA数据库下载所有前列腺癌患者的基因数据,其中包括前列腺癌组织501例,正常组织52例。运用R软件提取前列腺癌患者中铜调节的细胞死亡相关基因表达矩阵,进行差异分析、多因素回归分析筛选出预后基因,对预后基因进行生存分析,同时探讨预后相关基因与免疫细胞之间的相关性。结果甘氨酸裂解系统蛋白H(GCSH)与前列腺癌患者的预后显著相关,同时发现其与前列腺癌患者中的树突细胞、CD8^(+)T细胞、浆细胞也显著相关(P<0.05)。结论GCSH基因在前列腺癌的发生、发展中起重要作用,有望成为前列腺癌预后的标志物。

基于数据挖掘的肝内胆管癌预后分析

本文将采用美国癌症数据库SEER的患者数据,基于三种预测模型对肝内胆管癌(ICC)患者临床病理数据进行分析,完成对生存时间以及生存状态的预测。首先选取了年龄、性别、种族、T分期、N分期、M分期等变量完成了生存曲线的刻画,通过单因素分析和多因素分析确定了Cox风险回归模型的变量及系数,构建了Cox预测模型。接着完成了机器学习算法的建模,首先是梯度提升法建立的模型,选取了一共12个变量并筛选出了5个最重要的独立变量完成预测。然后是BP神经网络模型的应用,排除了种族等不重要的分类变量,加入了对ICC预后影响更明显的变量进入模型。通过对三个模型拟合效果对比得出相应结论。最后针对上述研究结果提出合理的建议。

基于TCGA和CGGA数据库探究KIF15在胶质瘤中的表达及临床意义

目的 通过挖掘美国癌症基因图谱计划(TCGA)和中国脑胶质瘤基因图谱计划(CGGA)中胶质瘤基因谱数据库,分析KIF15在胶质瘤中的表达及临床意义。 方法 通过人类蛋白数据库探究KIF15在神经系统中的表达特征。获取TCGA和CGGA中胶质瘤患者肿瘤样本全基因转录组(mRNAseq)数据,分析KIF15在不同级别和病理类型胶质瘤中的转录水平差异,及其与患者中位生存期的关系。通过胶质瘤标本芯片进行KIF15的免疫组织化学染色,分析KIF15在胶质瘤不同级别中的蛋白水平差异,通过转录组数据分析KIF15与肿瘤增殖指标Ki67的相关性,并通过差异基因(DEGs)进行基因本体(GO)分析和信号通路富集(KEGG)分析探讨KIF15在胶质瘤中参与调控的分子信号通路。 结果 在中枢神经系统大脑中,各部位组织可检测到KIF15的蛋白水平和转录水平均较低。TCGA和CGGA转录组数据分析显示,胶质瘤WHO级别越高,KIF15的mRNA水平显著增高,WHO Ⅳ级相较于WHO Ⅱ级和Ⅲ级,差异有统计学意义(P<0.05);并且,在胶质母细胞瘤中KIF15的mRNA水平最高,相比较于星形胶质细胞、少突胶质细胞瘤、少突星形胶质细胞瘤、间变性星形胶质细胞瘤、间变性少突胶质细胞瘤,差异均有统计学意义(P<0.05)。KIF15高水平组患者的中位生存期较KIF15低水平组更短,差异有统计学意义(P<0.05)。胶质瘤组织芯片染色结果显示,WHO级别越高,胶质瘤组织染色强度评分趋向更高,WHO Ⅳ级胶质瘤评分以2、3分为主,而WHO Ⅱ级以0、1分为主。KIF15和Ki67的mRNA水平之间为显著性正相关关系,在TCGA转录组数据和CGGA转录组数据库中r值分别为0.725、0.706。TCGA转录组数据共筛选到707个DEGs,KIF15高水平组相比较于KIF15低水平组,表达水平升高的DEGs有328个,表达水平降低的DEGs有379个。GO分析显示这些DEGs参与的生物学过程前10位包括有细胞周期转换和细胞有丝分裂调控。分子信号通路KEGG分析显示DEGs参与的分子信号通路包括细胞周期、P53通路和DNA复制。 结论 KIF15在胶质瘤中高表达,并且高水平KIF15预示胶质瘤恶性程度高,患者生存期较差。KIF15参与调控了肿瘤细胞周期通路,可能是一个潜在的胶质瘤基因治疗靶点。

基于TCGA数据库探究TSPAN6在胶质瘤中的表达及临床意义

TSPAN6(Transmembrane 4 Superfamily Member 6)编码的蛋白质是跨膜超家族(Transmembrane 4 Superfamily)的成员,该家族也被称为四氨蛋白家族。这些成员大多数是细胞表面蛋白,其特征是存在四个疏水结构域。蛋白质介导信号转导事件,在细胞发育、激活、生长和运动的调节中发挥作用。但TSPAN6的表达与胶质瘤的生长及进展的关系尚不明确。本研究旨在通过基于癌症基因组图谱(TCGA)数据集的分析,从胶质瘤组织特异性表达、预后价值和信号通路富集等方面探讨其可能的价值。方法:使用GEPIA2、UALCAN与Oncolnc分析脑胶质瘤中TSPAN6的表达谱及生存预后情况。GEPIA2分析得到TSPAN6基因的相似基因集,通过R studio进行KEGG和GO功能富集分析。GEPIA2与R studio进行TSPAN6基因的表达与促癌、增殖,迁移相关基因表达的相关性分析。结果:与非肿瘤脑组织相比,TSPAN6的mRNA表达量在低级别胶质瘤(LGG)和胶质母细胞(GBM)中升高(p<0.05);TSPAN6的mRNA表达量与脑胶质瘤患者的总体生存率相关性相关(p<0.05)。功能富集分析结果显示,TSPAN6在纤毛、囊泡的形成、运动等功能相关,可能对肿瘤的迁移、侵袭具有影响。脑胶质瘤中TSPAN6基因与PCNA基因的表达具有正相关性(P=0.039.R=0.16),与PTEN基因的表达水平具有负相关性(P=0.023、R=-0.18),与上皮间充质转化(EMT)过程中间质样细胞标志物vimentin、α-SMA的表达量呈正相关性(均p<0.05,R=0.531、0.228)。结论:TSPAN6的mRNA表达量在人脑胶质瘤比人脑非肿瘤组织中显著升高,与患者的总生存率具有相关性,且在肿瘤增殖、侵袭迁移的过程中可能发挥作用,其表达可能对预测脑胶质瘤的发生、进展及预后具有一定价值。

组织RNA聚合酶Ⅲ亚基G表达增加预测肌层浸润性膀胱癌辅助化疗反应和预后不良

目的 研究RNA聚合酶Ⅲ亚基G(POLR3G)在肌层浸润性膀胱癌(MIBC)组织中的表达及其与病人辅助化疗(ACT)反应和预后的关系。方法 2016年3月~2022年1月连续招募42例在我院就诊的MIBC病人,均采用根治性膀胱切除术治疗。使用定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)分析MIBC临床样本中POLR3G的表达,构建组织POLR3G表达与病人临床特征的关系,分析临床结局。结果 临床队列分析发现,MIBC组织POLR3G mRNA高表达与更高的肿瘤分级和pT分期有关(P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,高POLR3G表达组病人的OS(中位值:9.5个月vs.25.0个月)及PFS(中位值:15.0个月vs.25.0个月)均短于低表达亚组(P<0.05)。组织POLR3G高表达是MIBC病人PFS(P=0.003)和OS(P=0.048)不良的独立预后指标,与接受ACT的POLR3G高表达的pT3/4或N_(+) MIBC病人相比,低POLR3G表达的pT3/4或N_(+) MIBC病人接受ACT后OS显著延长(P<0.001)。结论 POLR3G mRNA表达在MIBC组织中表达上调,可能是MIBC的一个潜在的预后指标,可能是预测局部进展病人辅助化疗选择的一个候选分子标志物。

质子束放疗在中枢神经系统肿瘤患者中的应用趋势:美国国家癌症数据库分析(2004—2021年)

目的评估分析质子束放疗(PBT)在美国中枢神经系统(CNS)肿瘤患者中的使用趋势以及相关影响因素。方法利用美国国家癌症数据库查询2004-2021年CNS肿瘤患者的资料,根据患者的病理组织学类型、确诊年龄、保险状况、家庭收入水平、受教育水平、就诊医院类型等因素,探讨PBT在CNS肿瘤患者中的使用趋势。采用logistic多因素回归分析进行各种因素与PBT使用的相关性分析。结果共纳入192696例CNS肿瘤患者,接受PBT治疗患者为5901例(3.1%),其中年龄≥18岁患者4109例(69.6%)。PBT在CNS肿瘤中的使用率从2004年的1.0%增加到2021年的11.4%。在接受PBT治疗的患者中,胚胎瘤是最常见的儿童肿瘤,而星形细胞瘤是最常见的成人肿瘤。logistic多因素回归分析显示,近年来胶质母细胞瘤、室管膜瘤、髓母细胞瘤、生殖细胞瘤患者采用PBT治疗较星形细胞瘤患者增长更迅速。年龄<18岁、无其他合并症、有私人保险、家庭收入水平较高和近年来确诊也与PBT的使用呈正相关。结论在美国,儿童及青少年患者、无其他合并症、家庭收入水平较高、有私人保险、近年来确诊和特定肿瘤组织学类型的患者更有可能接受PBT治疗。PBT的使用率从2004年的1.0%增加到2021年的11.4%。然而,应接受PBT的患者数量与实际接受PBT的患者数量之间仍存在明显差距。

基于铁死亡基因喉癌预后预测模型的构建

目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析影响喉癌预后的铁死亡基因,建立喉癌预后预测模型。方法从TCGA下载喉癌样本的转录组数据及临床信息数据。用R语言limma包筛选喉癌差异表达基因,用R语言survival包筛选喉癌生存时间相关基因并与文献挖掘出的60个铁死亡基因取交集,获得与喉癌预后相关的铁死亡基因。用R语言survival包、glment包进行LASSO回归分析构建最佳喉癌预后COX回归模型,ROC曲线分析模型对预后的预测价值。结果共筛选出3个铁死亡基因与喉癌预后相关。PHKG2(HR=0.409,95%CI:0.199~0.842,P=0.015)、HSPB1(HR=1.842,95%CI:1.022~3.320,P=0.042)、FTH1(HR=1.708,95%CI:1.131~2.580,P=0.011)。其中,HSPB1、FTH1为高风险基因,PHKG2为保护基因。与正常样本对比,PHKG2在喉癌样本中低表达,HSPB1、FTH1在喉癌样本中高表达。该模型预测喉癌患者术后1、2、3年生存率的ROC曲线下面积分别为0.657、0.691、0.770。且随时间延长,该模型的敏感度、特异度逐渐升高。结论基于TCGA数据库共筛选出3个铁死亡基因(PHKG2、HSPB1、FTH1)与喉癌预后相关,基于以上铁死亡基因构建的模型可较好地预测喉癌患者预后。

基于生物信息学分析FBXO45蛋白在胰腺导管腺癌中的表达及其临床意义

目的探讨FBXO45蛋白变异对胰腺导管腺癌预后的影响,FBXO45蛋白参与胰腺导管腺癌发生发展的可能作用机制。方法GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在不同肿瘤中的表达,UALCAN在线分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异,进一步GEPIA数据库扩大正常胰腺组织对比标本数目,分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异,分析FBXO45基因表达与胰腺导管腺癌患者无病生存期(Disease-free survival,DFS、总生存期(Overall Survival,OS)的关系。Human Protein Atlas数据库中确定FBXO45蛋白在细胞中的定位表达,并检索FBXO45蛋白在胰腺导管腺癌与正常胰腺组织中的表达差异,分析FBXO45蛋白的表达与胰腺导管腺癌患者生存的关系。在cBioPortal数据库中检索FBXO45基因在胰腺癌中的改变,并分析FBXO45基因变异与胰腺导管腺癌预后的关系。从String数据库中分析FBXO45蛋白在信号转导中关系密切的蛋白网络,探讨可能的作用机制。结果GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在24种恶性肿瘤中的表达不同,胰腺导管腺癌组织FBXO45基因的表达明显高于正常胰腺组织(P<0.05),FBXO45 mRNA表达水平与胰腺癌患者的无病生存期(DFS)、总生存期(OS)显著相关(P<0.05)。Human Protein Atlas数据库分析结果显示,FBXO45蛋白主要表达于细胞的细胞质中,FBXO45蛋白在胰腺癌组织中显著表达增高(P<0.05),通过生存分析进一步证明高表达FBXO45蛋白的胰腺导管腺癌患者总生存期较差(P<0.05)。在cBioPortal数据库中分析显4%(7/175)的胰腺导管腺癌患者表现出FBXO45基因改变,FBXO45基因变异的患者总生存预后较差(P<0.05)。String数据库显示在PPI网络中与FBXO45蛋白相互作用的蛋白有MYCBP2、TP73、SKP1、CUL1、SPRYD3、KCTD6、MAP3K12、MPP3、UNC13A、UNC13B等。结论FBXO45蛋白在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关。FBXO45基因变异的患者总生存预后较差。FBXO45基因变异的患者总生存预后较差,与FBXO45相互作用比较密切的前3位蛋白有MYCBP2、TP73、SKP1,FBXO45蛋白参与蛋白质泛素化途径,是蛋白质修饰的一部分,推测FBXO45通过基因变异、促进蛋白泛素化,在胰腺癌的发生发展中起重要作用,影响其预后。

年龄对转移性结直肠癌不同治疗方法的影响及预后研究

目的探讨年龄与转移性结直肠癌(mCRC)的治疗方式选择和预后的相关性。方法我们从美国国家癌症数据库(NCDB)中选择了2004~2014年mCRC的患者,总数为43977人,将患者分为三个年龄组:18~49岁、50~75岁和>75岁。分别描述了每个治疗类别的患者百分比,包括仅原发性肿瘤切除术(PTR)、仅化疗和PTR加化疗。在调整人口统计学和临床因素后,计算并比较不同年龄组和治疗组的限制平均生存时间(RMST)。结果18~49岁年龄组的大多数患者(61.8%)接受PTR联合化疗,50~75岁年龄组约有53.3%的患者接受PTR联合化疗,>75岁年龄组大约有34.7%接受PTR联合化疗。在研究期间,所有年龄组的mCRC患者,PTR加化疗组呈下降趋势,而仅化疗组呈上升趋势。与其他治疗方法相比,PTR加化疗在所有年龄组中的生存率最高。除了18~49岁组的患者外,化疗与仅PTR相比具有更高的生存时间。在接受PTR加化疗治疗的患者中,与其他治疗相比,18~49和50~75岁组的围手术期化疗的患者可以获得更长的生存期,但>75岁组的化疗与否和生存期无关。结论尽管mCRC患者PTR加化疗呈下降趋势,但是其在所有年龄组中显示出最大的生存获益。不同的年龄组在接受特定的MDT治疗后的获益存在差异。