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基于全基因组重测序检测中国地方猪的体型选择信号
1
作者
马烨
刘玉强
+4 位作者
吴煜伟
李广祯
冯雪燕
刁淑琪
高亚辉
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期3438-3446,共9页
[目的]利用全基因组选择信号检测方法探索中国地方猪基因组中与体型相关的候选基因,分析中国地方猪在进化和驯化过程中的受选择情况。[方法]基于310头地方猪的全基因组重测序数据,利用跨群体扩展单倍型纯合(cross population extended h...
[目的]利用全基因组选择信号检测方法探索中国地方猪基因组中与体型相关的候选基因,分析中国地方猪在进化和驯化过程中的受选择情况。[方法]基于310头地方猪的全基因组重测序数据,利用跨群体扩展单倍型纯合(cross population extended haplotype homozygosity,XP-EHH)和固定分化指数F ST统计量(fixation index)两种方法进行全基因组选择信号检测。取两种方法各前0.1%位点的交集作为候选位点,分别向上、下游延伸200 kb作为潜在受选择区域。通过富集分析进一步探索选择信号的生物学功能。[结果]使用XP-EHH和F ST两种方法共检测到633个潜在受选择位点,获得633个潜在区域,共注释到133个基因。数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)富集分析发现,不同体型中国地方猪之间的选择信号与肉质和胴体性状相关;染色质状态富集结果发现,不同体型中国地方猪群体之间的差异组织为内脏、消化系统和小脑。GO功能和KEGG通路富集分析发现16个基因在6个功能条目(P<0.05,count>3)上显著富集,主要集中在生长代谢相关通路,其中ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2作为候选基因主要富集于脂肪酸合成与代谢、肌肉生长发育等信号通路。[结论]本研究采用两种选择信号检测方法对不同体型的中国地方猪进行了分析,筛选到一系列候选位点和基因,重点挖掘了参与猪生长发育的候选基因,如ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2。
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关键词
中国地方猪
选择信号
全基因组重测序
跨
群体
扩展单倍型纯合(XP-EHH)
固定
分化
指数
(
f
st
)
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职称材料
全基因组选择信号解析野牦牛和天祝白牦牛的遗传差异
2
作者
鲍麒
梁春年
+3 位作者
郭宪
李吉叶
褚敏
阎萍
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期731-741,共11页
驯化、自然选择和人工选择都会在基因组上留下选择信号,研究这些选择信号是筛选功能基因的重要策略之一。本研究基于野牦牛(Bos mutus)和天祝白牦牛(Bos grunniens)的重测序数据,利用GATK(genome analysis toolkit)获得SNP(single nucle...
驯化、自然选择和人工选择都会在基因组上留下选择信号,研究这些选择信号是筛选功能基因的重要策略之一。本研究基于野牦牛(Bos mutus)和天祝白牦牛(Bos grunniens)的重测序数据,利用GATK(genome analysis toolkit)获得SNP(single nucleotide polymorphisms)变异位点,然后利用群体分化指数F_(ST)和Tajima’s D法分析两个牦牛群体的选择信号分布情况。选择F_(ST)值的top 5%和Tajima’s D值两端前2.5%(top 2.5%和bot 2.5%)作为选择阈值,将阈值以内的位点定义为强选择信号位点。经SnpEff注释后,利用F_(ST)选择信号方法筛选得到868个候选基因,GO分析富集到细胞增殖的正向调节、肌动蛋白细胞骨架组织、镁离子结合等肌肉相关条目。KEGG富集到肌肉发育相关通路与低氧适应相关的通路,包括MAPK信号通路、肌动蛋白细胞骨架的调节、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用、细胞周期、Rap1信号通路。Tajima’s D法分析结果显示,在天祝白牦牛基因组中筛选出377214个(Tajima’s D>1.97472)和539869个(Tajima’s D<-1.78003)个位点,分别注释得到38个和22个候选基因。在野牦牛基因组中筛选出413240个(Tajima’s D>1.85431)和332871个(Tajima’s D<-1.51231)位点,分别注释得到30个和24个候选基因。对两种方法筛选出的强选择信号重叠位点进行注释,分别在野牦牛和天祝白牦牛基因组上中得到90和83个候选基因,从中鉴定出2个驯化相关基因(SCRIB1、SNCA)、1个低氧适应相关基因(THADA)、2个毛色相关基因(MAPK3、NNT)。本研究通过F_(ST)和Tajima’s D法筛选到一系列与野牦牛和天祝白牦牛遗传分化和表型差异相关的基因和通路,为进一步研究牦牛基因组与表型之间的关系以及确定控制牦牛重要经济性状的基因提供理论基础。
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关键词
牦牛
选择信号
群体
分化
指数
(
f
_(
st
))
Tajima’s
D
候选基因
原文传递
题名
基于全基因组重测序检测中国地方猪的体型选择信号
1
作者
马烨
刘玉强
吴煜伟
李广祯
冯雪燕
刁淑琪
高亚辉
机构
国家生猪种业工程技术研究中心
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期3438-3446,共9页
基金
地方猪新品种选育及与产业化推广(2022-440000-43010101-9501)
广西科技计划项目(Guike JB23023003)。
文摘
[目的]利用全基因组选择信号检测方法探索中国地方猪基因组中与体型相关的候选基因,分析中国地方猪在进化和驯化过程中的受选择情况。[方法]基于310头地方猪的全基因组重测序数据,利用跨群体扩展单倍型纯合(cross population extended haplotype homozygosity,XP-EHH)和固定分化指数F ST统计量(fixation index)两种方法进行全基因组选择信号检测。取两种方法各前0.1%位点的交集作为候选位点,分别向上、下游延伸200 kb作为潜在受选择区域。通过富集分析进一步探索选择信号的生物学功能。[结果]使用XP-EHH和F ST两种方法共检测到633个潜在受选择位点,获得633个潜在区域,共注释到133个基因。数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)富集分析发现,不同体型中国地方猪之间的选择信号与肉质和胴体性状相关;染色质状态富集结果发现,不同体型中国地方猪群体之间的差异组织为内脏、消化系统和小脑。GO功能和KEGG通路富集分析发现16个基因在6个功能条目(P<0.05,count>3)上显著富集,主要集中在生长代谢相关通路,其中ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2作为候选基因主要富集于脂肪酸合成与代谢、肌肉生长发育等信号通路。[结论]本研究采用两种选择信号检测方法对不同体型的中国地方猪进行了分析,筛选到一系列候选位点和基因,重点挖掘了参与猪生长发育的候选基因,如ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2。
关键词
中国地方猪
选择信号
全基因组重测序
跨
群体
扩展单倍型纯合(XP-EHH)
固定
分化
指数
(
f
st
)
Keywords
Chinese indigenous pigs
selective signals
whole-genome resequencing
XP-EHH
f
_(
st
)
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
全基因组选择信号解析野牦牛和天祝白牦牛的遗传差异
2
作者
鲍麒
梁春年
郭宪
李吉叶
褚敏
阎萍
机构
中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所
甘肃省耗牛繁育工程重点实验室
青海大通种牛场
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期731-741,共11页
基金
中国农业科学院创新工程项目(CAAS-ASTIP-2014-LIHPS-01)
科技援青合作专项(2020-QY-212)
+1 种基金
现代农业(肉牛牦牛)产业技术体系建设专项资金(CARS-37)
甘肃省科技计划项目(20JR5RA580)共同资助。
文摘
驯化、自然选择和人工选择都会在基因组上留下选择信号,研究这些选择信号是筛选功能基因的重要策略之一。本研究基于野牦牛(Bos mutus)和天祝白牦牛(Bos grunniens)的重测序数据,利用GATK(genome analysis toolkit)获得SNP(single nucleotide polymorphisms)变异位点,然后利用群体分化指数F_(ST)和Tajima’s D法分析两个牦牛群体的选择信号分布情况。选择F_(ST)值的top 5%和Tajima’s D值两端前2.5%(top 2.5%和bot 2.5%)作为选择阈值,将阈值以内的位点定义为强选择信号位点。经SnpEff注释后,利用F_(ST)选择信号方法筛选得到868个候选基因,GO分析富集到细胞增殖的正向调节、肌动蛋白细胞骨架组织、镁离子结合等肌肉相关条目。KEGG富集到肌肉发育相关通路与低氧适应相关的通路,包括MAPK信号通路、肌动蛋白细胞骨架的调节、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用、细胞周期、Rap1信号通路。Tajima’s D法分析结果显示,在天祝白牦牛基因组中筛选出377214个(Tajima’s D>1.97472)和539869个(Tajima’s D<-1.78003)个位点,分别注释得到38个和22个候选基因。在野牦牛基因组中筛选出413240个(Tajima’s D>1.85431)和332871个(Tajima’s D<-1.51231)位点,分别注释得到30个和24个候选基因。对两种方法筛选出的强选择信号重叠位点进行注释,分别在野牦牛和天祝白牦牛基因组上中得到90和83个候选基因,从中鉴定出2个驯化相关基因(SCRIB1、SNCA)、1个低氧适应相关基因(THADA)、2个毛色相关基因(MAPK3、NNT)。本研究通过F_(ST)和Tajima’s D法筛选到一系列与野牦牛和天祝白牦牛遗传分化和表型差异相关的基因和通路,为进一步研究牦牛基因组与表型之间的关系以及确定控制牦牛重要经济性状的基因提供理论基础。
关键词
牦牛
选择信号
群体
分化
指数
(
f
_(
st
))
Tajima’s
D
候选基因
Keywords
Yak
Selective signal
f
_(
st
)value
Tajima’s D
Candidate gene
分类号
S823.85 [农业科学—畜牧学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于全基因组重测序检测中国地方猪的体型选择信号
马烨
刘玉强
吴煜伟
李广祯
冯雪燕
刁淑琪
高亚辉
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
全基因组选择信号解析野牦牛和天祝白牦牛的遗传差异
鲍麒
梁春年
郭宪
李吉叶
褚敏
阎萍
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
原文传递
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参考文献
引证文献
统计分析
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