用微卫星多态性和RAPD分析广东地方鸡种的群体遗传变异

用５个座位的微卫星标记和７０个１０碱基引物得出的ＲＡＰＤ，研究分析了惠阳胡须鸡、杏花鸡和清远麻鸡３个广东地方鸡种和培育品种粤黄鸡的群体遗传变异及相互间的关系，并讨论了微卫星多态性和ＲＡＰＤ这两种标记在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面分析的意义。微卫星多态性分析结果说明，样本采自保种群的惠阳胡须鸡和杏花鸡以及经长期封闭选育的粤黄鸡的杂合度均较低，而在起源地采样的清远麻鸡杂合度较高，但总的说来这几个鸡种的杂合度仍然是较低的。ＲＡＰＤ分析结果说明，４个鸡种群体间变异较小，但在惠阳胡须鸡发现具有品种特异性的ＲＡＰＤ图带。微卫星多态性和ＲＡＰＤ分析都说明４个鸡种的亲缘关系较近。由于微卫星标记多态性程度高且等显性遗传，因而通过它计算杂合度可以较好地反映群体内的变异；ＲＡＰＤ则在反映群体间的区别甚至某一群体的特征时可提供明确而直接的信息。

两种泥鳅不同群体遗传变异的RAPD分析

应用RAPD技术 ,分析了采自于我国黄河、长江和珠江三大水系中游的大鳞副泥鳅和泥鳅不同群体间的遗传变异。结果表明 :种内不同群体间带纹相似度在 0 730～ 0 938之间 ;遗传距离为 0 0 89～ 0 2 45 ;种间不同群体间的带纹相似度为 0 392～ 0 5 0 5 ,遗传距离为 0 6 2 0～ 0 80 0。两种泥鳅采自武汉的群体 ,其不同个体间的相似度较之其它群体为低 ,表明其群体内遗传变异程度较高。

利用微卫星标记分析家鸡的群体遗传变异

作者选用 10对微卫星引物分析了 8个家鸡品种 (系 )及两个杂交群体的遗传变异、群体内杂合度 ,并用计算出的遗传距离对 10个家鸡群体进行了UPGMA聚类分析 .试验结果表明 ,微卫星标记具有丰富的多态性 ,所有微卫星的PCR扩增结果全部能重复 .所用 10个微卫星标记平均每对引物可检测 5.4个等位基因 ;微卫星标记可以准确反映 10个试验家鸡群体的真实杂合度 .

中间黄颡鱼群体遗传变异与亲缘生物地理

通过分析81尾采自华南西部12条水系的中间黄颡鱼(Pelteobagrus intermedius)mtDNA控制区435 bp的序列,研究其群体遗传变异及亲缘生物地理格局。结果显示,中间黄颡鱼群体间的遗传分化较小,核苷酸变异只有0.54%。12条水系的群体共有7个单倍型,其中一些现已相互隔离的水系中的群体共享同一个单倍型,提示这些水系曾经有非常密切的联系。根据嵌套进化支序分析,中间黄颡鱼可能起源于峒中河、北仑河、防城河所在的广西与越南交界地区,并通过两条途径向华南沿海西部诸独立水系和海南岛扩散,在演化过程中,曾发生片断化事件,长距离建群和持续的分布区扩张。

群体遗传变异鉴定工具系统比较

针对不同大小的数据集,为选出最适合的群体遗传变异鉴定工具,对常用的samtools、gatk、freebayes和sambamba软件进行了比较。利用不同的变异鉴定工具对3个不同大小基因组(拟南芥、水稻和人)的重测序数据和烟草1号连锁群进行了变异提取。单样本数据和多样本数据的比较结果都表明,samtools和sambamba软件倾向于寻找比较全面的变异,而gatk和freebayes软件倾向于寻找准确率较高的变异。在速度方面,sambamba软件明显快于其他软件,gatk软件在多样本数据分析方面具有一定的速度优势。在内存消耗方面,gatk软件明显大于其他软件。

林木群体遗传资源可持续经营探讨Ⅰ.有关群体遗传变异信息理论分析

森林可持续经营问题逐渐成为人们关注的焦点 ,而林木群体遗传资源的可持续经营则是其中的重要内容。群体遗传变异信息对群体遗传资源可持续经营具有至关重要的指导作用 ,有关的信息涉及到交配系统、起源与形成历史、群体空间分布形成方式、遗传结构变异分布、地理变异、遗传与环境互作等。这些信息可以用分子标记和适应性数量性状变异来检测。依据这些综合信息可以制定出科学的群体遗传资源保护决策。

肉牛群体遗传变异的微卫星多态性分析

利用6个微卫星位点分析了8个肉牛杂交亲本群体的遗传结构和遗传变异,结果表明:8个肉牛群体平均多态信息含量和平均杂合度较高.其范围分别为0.57～0.71和0.59～0.73。以海伏特牛和利木赞牛与三个母牛种群(FN,ZH,FU)间遗传距离为最大。由邻结法绘制的系统聚类图能清晰、客观地反映8个肉牛群体的地理分布、遗传分化特点,以及亲缘关系远近程度。这些研究为肉牛的杂交改良奠定了基础。

肉牛微卫星DNA的群体遗传变异分析

选用西门塔尔牛、夏洛来牛、利木赞牛、安格斯牛、晋南牛、秦川牛、鲁西牛作为实验动物群体。分析了7个肉牛群体中8个微卫星位点(BM8125、RM113、TEXAN2、FCB48、INRA027、IDVGA37、BMS2137、ILSTS098、)的遗传结构和遗传变异。结果显示:8个位点中的前6个位点在7个群体中呈高度多态性,根据这8个微卫星多态性在8个群体间的遗传距离绘制的系统聚类图,能比较准确地反映这7个牛群体的地理分布和它们的亲缘关系。

山西灵空山油松小群体遗传变异的研究

从山西省灵空山一个小的油松天然林分中采集了48份自由授粉种子,48株母树分别来自优势木、中庸木和劣势木3个等级,结果表明等级间和等级内单株间大部分球果、种子和苗木差异性显著或极显著。虽然优势木等级母树表型显著高于中庸木和劣势木表型,但作为一个组群,并未产生显著高的后代。依据2年生子代苗高和地径对采种母树的分类明显地不同于依据母树表型进行的分类,表明母树的表现型不等于它们的基因型,为了提高单株选择的遗传增益,必须进行子代测定。

石鲽同工酶的组织表达和群体遗传变异研究

采用水平淀粉凝胶电泳技术，研究了石鲽（Kareius bicoloratus）同工酶的组织表达和群体遗传变异。结果表明，14种同工酶共记录31个基因座位，各同工酶的表达均有明显的组织差异，基因座位SOD^＊，GDH^＊，G3PDH～2^＊和ADH-2^＊仅在肝脏中表达，SDH-1^＊，MDH-1。和ADH-1。仅在肌肉中表达，LDH—B^＊和LDH—C^＊仅在眼睛中表达，MDH-2^＊，GPI-3^＊和SDH-2^＊在所有检测的组织中均有表达，其余酶的表达则表现出不同程度的组织差异，与各组织完成特有的生化代谢活动有关。选取肌肉和肝脏对中国青岛、威海石鲽2个地理自然群体的遗传结构和遗传分化进行研究。青岛群体和威海群体的多态座位比率分别为29．17％和25．00％，观察杂合度分别为0．028±0．014和0．040±0．019；期望杂合度分别为0．039±0．017和0．052±0．022。结果表明，两群体间的群体分化度和遗传距离分别为0．012和0．0011，表明石鲽群体间的遗传分化较低。与其它鲽形目鱼类相比，石鲽群体的多态座位比率和平均杂合度均处于中间水平。

利用线粒体COI和微卫星标记分析文蛤7个地理群体的遗传变异

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)和微卫星标记分析了文蛤7个地理群体(朝鲜新义州,辽宁丹东、蛤蜊岗和盘山,山东东营,江苏如东和启东)的遗传多样性和群体分化。PCR扩增获得142条602 bp的COI核苷酸片段,比对到13个变异位点,包括11个转换和2个颠换,定义了22个单倍型,共享单倍型12个,新义州、丹东和启东群体分别拥有特有单倍型。单倍型多样性最高的是如东群体(h=0.900),最低的是东营群体(h=0.600);核苷酸多样性最高的是丹东群体(π=0.00350),最低的是蛤蜊岗群体(π=0.00115)。基于COI数据的Fu's Fs中性检验和核苷酸不配对分析揭示文蛤种群历史上曾经历过群体扩张事件。分子变异分析(AMOVA)表明,群体内遗传变异占71.64%,群体间遗传变异占28.36%,群体间发生显著的遗传分化(P<0.05)。7个微卫星标记扩增280个个体共获得54个等位基因,平均等位基因数为7.7个,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.3878和0.7996。江苏群体具有较高的遗传多样性,但7个群体间遗传多样性不存在显著差异(Kruskal-Wallis检验,P>0.05)。Hardy-Weinberg平衡检验结果显示49个群体-位点组合中有18个偏离平衡(P<0.05),表现为杂合子缺失。单倍型邻接(NJ)树显示聚类未展示地域性特色,但某几个同一或者相近地理群体的单倍型具有聚类现象(如东和启东部分单倍型出现地理聚类)。依据群体间遗传距离以Kimura 2-parameter为模型建立UPGMA系统发育树,显示丹东群体和江苏的如东和启东群体聚为一支,暗示江苏苗种的异地养殖已经污染丹东文蛤的遗传背景。

巴山松天然群体酯酶同工酶遗传变异的初步分析

本文采用不连续聚丙烯酰胺垂直板状电泳方法,分析了南郑和兴山巴山松天然群体酯酶同工酶的遗传变异,共得到了14种酶谱表型,2—6条同工酶带。确定了2个基因位点,EST—A和EST—B;两个群体间酯酶同工酶等位基因的杂合性期望比率非常接近,表明了群体间无明显遗传分化。

籼稻栽培品种中淀粉合成相关基因的遗传变异和群体结构分析（英文）

选用34个淀粉合成相关基因分子标记对87份来自不同国家和地区的籼稻栽培品种进行遗传变异和群体结构分析。结果表明，34对引物共检测到80个等位变异，平均每个位点含2．35个等位基因，品种间等位基因变异范围2～6：Shannon’s信息指数变幅为0．303～0．796，平均为0．539；多态信息含量（PIC）的变幅为0．084～0．658，平均0．295：遗传相似系数变幅为0．265～0．990，表明淀粉合成相关基岗在品种间存在遗传差异，但不同品种间等位基因的变异频率不同。87份籼稻品种可以分成3个类群，类群内品种遗传背景比较相似，类群间品种遗传背景差异明显.其中，39．1％的籼稻品种遗传组分单一，而遗传背景复杂的籼稻品种达到60．9％。该研究可为水稻淀粉品质的遗传改良提供依据，并为后续淀粉品质性状的关联分析奠定基础.

RAPD标记在分析家鸡遗传变异中的应用

作者选用 2 0个RAPD引物 ,分析了 8个家鸡品种 (系 )及两个杂交群体的遗传差异、群体内杂合度 ,并用计算出的遗传距离对 10个家鸡群体进行了UPGMA聚类分析 .试验结果表明 ,筛选出的 2 0个引物有 15个可以重复并具有多态性 ,共检测了鸡基因组 84个位点的遗传变异 ,平均每个引物产生的多态性条带平均为 4 .1条 .由RAPD试验得到的群体间遗传相似系数和遗传距离与实际情况接近 ,聚类分析表明 ,RAPD标记可以揭示群体间的亲缘关系及遗传变异 .

大、小兴安岭两个不同东北松鼠群体遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD技术 ,分析了采自于我国大、小兴安岭地区的东北松鼠不同群体间的遗传多样性。结果表明 :大兴安岭群体内个体间平均遗传距离为 0 .2 82 3,小兴安岭群体个体间平均遗传距离为 0 .3198,而大、小兴安岭不同个体间的平均遗传距离为 0 .4918,表明群体间遗传变异程度较高。

新疆褐牛种群遗传多样性分析

【目的】检测新疆褐牛的遗传多样性及其不同居群(杂交类型)的亲缘关系。【方法】采用8对微卫星分子标记对新疆褐牛的4个群体进行遗传多样性与遗传结构分析。【结果】在192个个体扩增得到72个等位基因,每个位点平均等位基因数(A)为9。4个新疆褐牛群体的平均预期杂合度(HE)为0.716 2,平均观察杂合度(HO)为0.695 4,群体处于遗传平衡状态。群体平均多态信息含量和平均杂合度较高,4个群体8个位点的平均多态信息含量分别为0.673 6、0.622 0、0.626 5和0.541 3。群体基因流BM2133位点最大(7.096 5),BM1824位点最小(2.112 8),各位点平均基因流为4.008 9,4个群体间存在一定的基因交流。4个群体间的遗传变异为5.87%,另外94.13%的遗传变异由个体间的差异产生。基因流不是主导新疆褐牛种群遗传结构的关键因素。聚类分析显示4个群体可按遗传距离分为两类。【结论】新疆褐牛4个群体的遗传多样性丰富,可作为育种材料培育牛的新品种与新疆褐牛新类型。

高邮鸭微卫星DNA标记遗传多样性的研究

利用9个微卫星标记分析了高邮鸭群体遗传多样性。结果9个微卫星座位共检出42个等位基因,基因频率分布在0.0135～0.6216之间,平均每对引物可检测4.7个等位基因,9个微卫星座位的平均杂合度为0.7375,平均多态性含量为0.6707,表明高邮鸭群体遗传变异大,遗传多样性丰富。

大口黑鲈养殖群体和引进群体生长性能的比较分析

大口黑鲈（Micropterus salmoides）,俗名称加州鲈,自1983年从台湾引入广东省,现已推广到全国各地,成为国内重要的淡水养殖品种之一。据全国渔业统计年鉴统计,2013年全国大口黑鲈养殖总产量达34万t,其中广东省是大口黑鲈最主要的养殖区域,年产量约占国内总产量的68%。