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三峡库区消落带草本植物根际细菌群落季节变化特征及功能预测 被引量:6
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作者 谭雪 董智 +2 位作者 张丽苗 袁中勋 李昌晓 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第23期9699-9709,共11页
为了研究三峡库区消落带人工修复植被下不同季节根际细菌群落特征,选取位于三峡库区核心地带的忠县石宝镇汝溪河流域消落带生态修复示范基地内两种适生草本狗牙根(Cynodon dactylon)、牛鞭草(Hemarthria altissima)根际土壤进行16S rDN... 为了研究三峡库区消落带人工修复植被下不同季节根际细菌群落特征,选取位于三峡库区核心地带的忠县石宝镇汝溪河流域消落带生态修复示范基地内两种适生草本狗牙根(Cynodon dactylon)、牛鞭草(Hemarthria altissima)根际土壤进行16S rDNA高通量测序。研究结果显示:在消落带退水后的春季、夏季、秋季3个季节共检测到细菌60门、151纲、403属,主要优势门为变形菌门、酸杆菌门、拟杆菌门;放线菌门和芽单胞菌门的相对丰度在季节水平上存在差异,夏季芽单胞菌门丰度较高,秋季放线菌门相对丰度显著减少。适生草本的根际土壤细菌α多样性表现出一定的季节变化规律,即秋季>夏季>春季;通过冗余分析发现,影响细菌群落结构的环境因子主要有土壤全磷(TP)、速效钾(AK)、含水量(SWC)、有机质(OM)。基于未观测状态重建的群落系统发育研究(PICRUSt2)功能预测共发现6个一级功能层和45个二级功能层;代谢功能在一级功能层中占比最高,其有利于提高消落带适生草本植物抑制病原菌的能力,促进植物的生长;一级功能层中有两个功能基因表现出季节差异,二级功能层中有14个子功能的相对丰度在不同季节存在显著差异。由此可见,根际细菌群落对狗牙根、牛鞭草两种草本植物能够广泛分布且适生于三峡库区消落带的土壤环境起到了重要的促进作用。 展开更多
关键词 细菌群落多样性 高通量测序 三峡库区 消落带 基于未观测状态重建的群落系统发育研究(PICRUSt2)功能预测
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自然发酵转化板栗废弃物堆肥的细菌群落多样性特征
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作者 王子夜 闾星 +4 位作者 窦桂铭 贾春雷 冯芳侠 李志朋 严东辉 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2024年第5期834-842,共9页
为探究自然发酵转化板栗废弃物堆肥的细菌群落多样性特征,在利用外源氮素改善堆料起始C/N,自然发酵板栗废弃物转化堆肥的基础上,通过高通量测序,分析了鹿粪和尿素两种氮源堆肥在发酵过程(鹿粪氮源Bff、尿素氮源Bfn)和成熟堆肥(鹿粪氮源... 为探究自然发酵转化板栗废弃物堆肥的细菌群落多样性特征,在利用外源氮素改善堆料起始C/N,自然发酵板栗废弃物转化堆肥的基础上,通过高通量测序,分析了鹿粪和尿素两种氮源堆肥在发酵过程(鹿粪氮源Bff、尿素氮源Bfn)和成熟堆肥(鹿粪氮源Bmf、尿素氮源Bmn)中微生物的群落组成和结构。结果表明,添加鹿粪或尿素能使板栗废弃物自然发酵转化为成熟堆肥。鹿粪N源堆肥(Bf)和尿素N源堆肥(Bn)熟化后的主要性状评价指标分别为:C/N比,11.3~11.5和12.0~12.8,pH值,7.7~7.9和7.6~7.8;发芽指数,153.5%和140.1%。细菌群落物种组成方面,两类堆肥的成熟期堆肥细菌群落OTUs总数(2807)和特有OTUs比例(29.83%、29.06%)均高于发酵中期(2902、34.37%、33.70%);同一发酵时期Bf特有OTUs比例(29.83%、34.37%)高于Bn(29.06%、33.70%);放线菌门和厚壁菌门为优势菌门丰度较高,但不同时期丰度不同。细菌群落多样性方面,Bn细菌群落的物种组成和分布在发酵时期和成熟时期有显著性差异,而Bf的则差异不显著;外源氮素对同一发酵时期细菌群落多样性、丰富度和物种分配均匀度影响不显著。细菌群落网络关联方面,Bff堆肥细菌群落比Bfn更复杂、稳定。细菌群落功能性方面,发酵时期和氮源对群落功能影响较大,发酵中期两氮源堆肥细菌群落功能聚类集中,差异较小;成熟期功能聚类差异较大;同一氮源堆肥在发酵中期和成熟期的功能细菌群作用不同。研究结果为利用外源氮素调控细菌群落结构和多样性以改善和自然发酵富碳林木废弃物转化堆肥利用提供了新认识,可为农林废弃物资源转化利用技术的提升应用和工程建设提供理论参考。 展开更多
关键词 板栗废弃物 细菌群落组成 细菌群落功能预测 尿素氮源堆肥 细菌群落多样性与功能 氮源
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工业化生产大豆酱微生物群落发酵演替规律及功能变化特征 被引量:6
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作者 庞惟俏 佐兆杭 +3 位作者 孙维 张乃丹 周欣雨 王颖 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期338-349,共12页
目的:解析工业化生产大豆酱发酵周期阶段微生物群落的多样性、演替及差异转录基因功能性,探讨不同发酵阶段影响大豆酱风味品质的核心功能微生物,为合理地监测其发酵品质和生产稳定性,缩短发酵时间提供理论基础。方法:利用宏基因组测序... 目的:解析工业化生产大豆酱发酵周期阶段微生物群落的多样性、演替及差异转录基因功能性,探讨不同发酵阶段影响大豆酱风味品质的核心功能微生物,为合理地监测其发酵品质和生产稳定性,缩短发酵时间提供理论基础。方法:利用宏基因组测序技术分析大豆酱发酵过程中的微生物群落结构和演替规律,跟踪发酵过程中理化特性和挥发性风味物质变化,分析微生物群落和风味物质的相关性,对微生物的功能性进行预测。结果:发酵前期细菌和真菌微生物群落变化显著,后期变化逐渐趋于稳定。优势细菌主要为葡萄球菌属、四联球菌属、阪崎肠杆菌、乳杆菌属、魏斯氏菌属、肠杆菌属;优势真菌为接合酵母菌属和曲霉属。其中,葡萄球菌属和接合酵母菌属序列丰度随发酵时间延长不断增加;其余菌属的基因序列数量在发酵过程中更替变化。相关性分析表明,总酸、氨基酸态氮等理化因素对不同发酵时期的大豆酱具有一定影响,同时,优势微生物对大豆酱理化性质和风味发挥着不同的作用。结论:葡萄球菌属和接合酵母菌属与挥发性物质呈正相关,对挥发性醇酯类风味物质的形成起重要作用;曲霉属与总酸、蛋白酶和淀粉酶具有正相关性,葡萄球菌属促进氨基酸、醛酮类物质的合成。 展开更多
关键词 大豆酱 宏基因测序技术 微生物群落结构多样性 群落结构功能预测
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牙周炎患者龈下菌斑菌群的高通量测序分析 被引量:7
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作者 杨万娟 徐杰 《口腔疾病防治》 2021年第3期157-165,共9页
目的利用高通量测序(high⁃throughput sequencing,HTS)分析广泛型侵袭性牙周炎(generalized ag⁃gressive periodontitis,GAgP)和重度慢性牙周炎(severe chronic periodontitis,SCP)龈下菌群的组成,利用生物信息学分析其多样性及功能,并... 目的利用高通量测序(high⁃throughput sequencing,HTS)分析广泛型侵袭性牙周炎(generalized ag⁃gressive periodontitis,GAgP)和重度慢性牙周炎(severe chronic periodontitis,SCP)龈下菌群的组成,利用生物信息学分析其多样性及功能,并观察牙周基础治疗前后龈下菌群的变化。方法选择2018年9月至2019年5月在昆明医科大学附属口腔医院牙周病科就诊的11例GAgP患者和14例SCP患者作为研究对象。在基线及牙周基础治疗后第6周采集龈下菌斑样本并提取DNA,进行MiSeq测序,采用QIIME(quantitative insights in mi⁃crobial ecology)、Mothur及SPSS等软件分析群落信息,并进行LEfSe差异分析(linear discriminant analysis Effect size,LEfSe)、Network网络分析,使用KEGG PATHWAY数据库(https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html)对群落功能进行预测。结果基线时,GAgP和SCP患者的优势菌群相似,均包括拟杆菌门、卟啉单胞菌属和牙髓卟啉单胞菌等。治疗后第6周,GAgP和SCP患者菌群变化相似,由于牙周袋变浅,拟杆菌门、卟啉单胞菌属和牙髓卟啉单胞菌等革兰阴性菌相对丰度降低,变形菌门、放线菌属和空间罗氏菌等革兰阳性菌相对丰度增加;其中放线菌是GAgP治疗后龈下菌群中显著增加的生物标志物;链球菌属是联系牙周炎相关菌属和牙周健康相关菌属的重要菌属。群落功能预测表明基础治疗可降低GAgP和SCP患者群落中的氨基酸代谢、甲烷代谢和肽酶等功能。结论GAgP和SCP患者的龈下菌群相似,链球菌属作为早期定植菌,在龈下菌群由健康向失调转变的过程中可能发挥着促使菌斑生物膜形成及成熟的重要作用;牙周基础治疗可以改变GAgP和SCP患者龈下菌群的组成和结构,降低群落多样性,降低氨基酸代谢、甲烷代谢和肽酶等群落功能。 展开更多
关键词 广泛型侵袭性牙周炎 重度慢性牙周炎 龈下菌斑 龈下菌群 牙周基础治疗 高通量测序 群落多样性 群落功能预测
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Efficiency,mechanism and microbial community of Cd(Ⅱ)removal by mixed bacteria enriched from heavy metals mine soil 被引量:1
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作者 Tao-tao ZENG Xiao-ling ZHANG +3 位作者 Hai-du NONG Qing HU Liang-qin WANG Ai-jie WANG 《Transactions of Nonferrous Metals Society of China》 SCIE EI CAS CSCD 2022年第10期3404-3419,共16页
Mixed bacteria were enriched from heavy metals mine soil for cadmium(Cd(Ⅱ))-containing wastewater treatment. Batch adsorption experiment results showed that the optimal pH, temperature, initial Cd(Ⅱ) concentration, ... Mixed bacteria were enriched from heavy metals mine soil for cadmium(Cd(Ⅱ))-containing wastewater treatment. Batch adsorption experiment results showed that the optimal pH, temperature, initial Cd(Ⅱ) concentration, and biomass dosage were 6.0, 30 ℃, 20 mg/L, and 1 g/L, respectively. Living biomass exhibited better Cd(Ⅱ) removal efficiency(91.97%) than autoclaved biomass(79.54%) under optimal conditions. The isotherms and kinetics of living biomass conformed to the Langmuir isotherm model and pseudo-first-order kinetic model, respectively. FTIR results implied that amine groups, hydroxyl groups and phosphoric acid play an important role in the Cd(Ⅱ) adsorption process, while XRD results showed that crystalline Cd(OH)and CdO were obtained. After Cd(Ⅱ)-containing wastewater treatment exposure, the dominant bacteria genera included Comamonas(39.94%), unclassified_f__Enterobacteriaceae(34.96%), Ochrobactrum(14.07%), Alcaligenes(4.84%), Bordetella(2.07%), Serratia(1.04%), and Bacillus(1.01%). Function prediction showed that the abundance of metabolic genes changed significantly. This study proposes the potential application of mixed bacteria for Cd(Ⅱ)-containing wastewater treatment. 展开更多
关键词 Cd(Ⅱ) wastewater treatment bacterial community function prediction
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Cyanobacterial bloom affects structural and functional succession of microbial communities in urban wetland sediments in the Qinghai Plateau 被引量:1
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作者 Yi Wu Xiaoyan Wei +6 位作者 Xufeng Mao Xiuhua Song Xijie Wei Shunbang Xie Hongyan Yu Lele Zhang Yongxiao Yang 《Journal of Plant Ecology》 SCIE CSCD 2024年第5期65-77,共13页
Algal blooms significantly affect microbial communities in wetland ecosystems.However,little is known about the succession of sediment microbial communities during algal blooms.This study aimed to investigate the temp... Algal blooms significantly affect microbial communities in wetland ecosystems.However,little is known about the succession of sediment microbial communities during algal blooms.This study aimed to investigate the temporal patterns of sediment bacterial community structure and function succession during algal blooms(March to May 2022)with high-throughput sequencing technology.To this end,algal blooms were divided into the bloom stage(BS),decomposition stage(DS)and end stage(ES).The results showed that:(i)The algal blooms were dominated by Microcystis species within Cyanobacteria.Both phytoplankton abundance and biomass reached the peak in the BS,with 45.78×105 cells/L and 5.97 mg/L,respectively.(ii)The alpha diversity indices of the sediment bacterial community showed a monotonically increasing trend,with the lowest value in the BS.Cyanobacterial blooms reduced the relative abundance of Actinobacteria and Chloroflexi,and raised that of Firmicutes,Proteobacteria and Bacteroidetes.(iii)Cyanobacterial blooms remarkably decreased the complexity of the co-occurrence network of the sediment bacterial community,which resisted extreme environmental conditions in the BS and DS by increasing positive relationships.(iv)Mantel test showed that phytoplankton biomass,T,dissolved oxygen and organic carbon had significant effects on the sediment bacterial community.The results of this study are important for the ecological management of algal blooms through microorganisms. 展开更多
关键词 algal blooms bacterial community EUTROPHICATION co-occurrence network FAPROTAX
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