PCR-DGGE法用于活性污泥系统中微生物群落结构变化的解析

应用PCR- DGGE方法,对在相同的操作条件下分别用低温菌和常温菌接种的两套活性污泥系统中的微生物群落结构的动态变化进行了追踪。研究结果表明:由于工艺和操作条件相同,两系统的微生物群落结构的相似性随着运行时间的增加而增加。PCR-

黄土高原土壤中细菌群落结构多样性的PCR-DGGE分析

利用细菌通用引物，对从黄土高原5个地区土壤样品以及西峰剖面26个土壤样品中提取的总DNA进行聚合酶链式反应（PCR）扩增，采用变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术对PCR产物进行分析，以揭示黄土高原土壤中细菌群落结构的多样性。针对黄土高原土壤微生物特点进行DGGE试验条件优化，获得最佳变性梯度为40％～70％，最佳电泳时间为17h（100V）。对不同深度土壤细菌DGGE图谱的聚类分析表明，不同深度土壤细菌呈现2种不同的群落结构，推测其成因可能与季风性气候引起的温湿环境变化及冰期有关。在夏季风加强而冬季风减弱的时期，气候温暖潮湿，风化成壤作用强烈，在DGGE图谱中表现为土壤样品条带多而密；反之，风化成壤作用较弱，在DGGE图谱中表现为条带少而疏。对洛川、西峰等5个地区土壤细菌Shannon—Weiner指数的测定结果表明，Shannon—Weiner指数受条带亮度及迁移率的影响。

利用nested PCR-DGGE技术分析江苏啤酒大麦真菌群落结构

为了探索真菌群落对啤酒大麦麦芽的影响,首先要了解啤酒大麦真菌群落结构。文中采用9种不同方法提取了啤酒大麦总DNA,利用嵌套聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(nested PCR-DGGE)技术,分析了啤酒大麦真菌群落结构,明确了啤酒大麦中优势真菌种属信息。不同DNA提取方法,nested PCR-DGGE分析结果有显著差异。啤酒大麦中的主要真菌为Cochliobolus sativus、Alternaria alternata、Fusarium sporotrichioides、Coniothyrium fuckelii、Aspergillus sp.和Saccharomyces cerevisiae等子囊菌门真菌以及Sporobolomyces roseus、Cryptococcus magnus和Entorrhiza fineranae等担子菌门真菌。该研究丰富了对啤酒大麦真菌群落结构的认识,同时也证明nested PCR-DGGE技术是一种能够快速有效地研究啤酒大麦真菌群落结构的技术。

汾酒大曲细菌群落结构的PCR-DGGE分析

建立了一种利用PCR-DGGE技术快速有效地评价汾酒大曲细菌群落结构多样性的方法,研究结果发现,品温最低的清茬曲含有的条带最多(10条),后火曲次之,品温最高的红心曲含有的条带最少。清茬曲和红心曲间迁移位置不一致的条带达8条。在培养工艺中,品温控制的高低对3种汾酒大曲中细菌的种类多少和数量大小的影响较大。通过优势条带切胶鉴定,得知汾酒大曲中的细菌组成包括Enterococcus、Bacillus、Lactobacillus、Acinetobacter、Agrococcus,其中Enterococcus和Bacillus为优势类群。同时,还发现了5个不可培养微生物(Uncultured bacteri-um),丰富了酿酒微生物资源。

应用PCR-DGGE指纹技术解析清香型大曲生产过程中酵母群落结构

用PCR-DGGE指纹技术分析了清香型大曲在生产过程中酵母类微生物的演替规律。共检测到Issatchenkla、Pichia、Saccha-romyces、Glomeromycota、Saccharomycopsis、Geotrichum、Rhizopus等7个真菌分类属微生物。其中Issatchenkla orientalis在大曲整个生产过程中占绝对优势,Glomeromycota为不可培养微生物。

PCR-DGGE在分析A-A-O处理工艺中微生物群落结构的应用

介绍了目前最广泛应用的PCR-DGGE技术的基本原理、操作步骤、优缺点以及未来该技术的发展方向等。由于与传统微生物分离技术相比具有明显的优越性,该技术在分析A-A-O处理工艺中微生物的群落结构中得到了广泛的应用,并取得了较好的试验结果。

基于16S rDNA-DGGE和FDC技术对富营养化湖泊不同生态修复工程区细菌群落结构的研究

于2005年10月在太湖梅梁湾水体生态修复工程区中采集不同生物净化区水样,直接提取水样中的总DNA,以细菌16SrDNA通用引物进行V3区PCR扩增,PCR产物经DGGE(变性凝胶梯度电泳)分离后,获得水体细菌群落的16S rDNA指纹图谱;并运用FDC(表面荧光直接计数)方法对不同生物净化区的细菌丰度进行了测定.结果表明,随着净化处理程度的增加,细菌群落多样性呈现上升趋势,DGGE条带从未实施生态修复的梅梁湾中的13条上升到沉水植物恢复区的25条;细菌数量的变化则呈现显著下降趋势,由工程区外围(重富营养区)的5.36×106cells/mL下降到生态修复区的2.06×106cells/mL.生态修复工程的实施改善了水体的生境条件,提高了水体的自净能力,促进了细菌多样性的恢复.

利用PCR-DGGE技术分析生物陶粒硝化反应器中微生物群落动态

为了揭示生物陶粒硝化反应器中活性污泥的微生物种群多样性,从运行不同时期的反应器中提取活性污泥,利用PCR-DGGE技术初步分析了生物陶粒反应器细菌的种群演替情况.结果表明,随着进水COD值的逐阶段降低,氨氮去除率逐步提高到64.38%.群落结构和优势种群的数量具有时序动态性,微生物多样性与废水的处理效果出现协同变化的特征.测序结果表明,生物陶粒反应器中运行第21天的优势种群除了自养细菌,还有异养细菌存在.其中自养细菌为Nitrosospira.sp和Nitrobacter.sp,异养细菌为Bacillus.sp、Pseudomonas.sp和Pseudochrobactrum.sp.

凡纳滨对虾海水养殖系统内细菌群落的PCR-DGGE分析

采用PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)技术对一个典型的凡纳滨对虾(Litopeneaus vannamei)海水养殖系统细菌群落进行分子分析。结果表明,沿岸水、蓄水池、养殖池水具有较高的细菌种类多样性,而蓄水池进水、对虾粪样、肠壁定植细菌样以及排水渠污水的细菌多样性程度低。每种环境群落的优势种明显。3个养殖池水样(Y1、Y2、Y3)、2个沿岸水样(W1、W2)、2个粪样(F1、F2)、蓄水池水样(B1、B2)及2个肠壁定植细菌样(G1、G2)各自具有高度群落相似性。BLAST结果表明,12个条带克隆序列所代表优势种很可能来源于以下几个属:柔发菌属(Flexithrix)、黏纤维菌属(Cytophaga)、Dyella属、聚球菌属(Synechococcus)、Chlorarachnion属、支原菌属(Mycoplasma)、草螺菌属(Herbaspirillum)、河氏菌属(Hahella)、Ruegeria属。本研究表明,PCR-DGGE技术可以用于海水对虾养殖系统的细菌群落结构分析。对于海水对虾养殖系统来说,一些序列所代表的主要细菌种类极有可能是很少被注意到或研究过的,具有潜在的研究价值。

利用DGGE法研究不同种植体系中根际微生物群落结构

利用DGGE技术研究不同间作和轮作种植体系对作物根际细菌和真菌群落结构的影响。运用16SrDNA和18SrDNA特异引物对,将土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后,通过DGGE技术对PCR产物进行分析,结果表明:玉米-蚕豆轮作对蚕豆根际细菌和真菌群落结构影响明显,二者都与单作蚕豆有较大差异;小麦/蚕豆间作明显改变两种作物根际细菌群落结构和蚕豆根际真菌群落结构;玉米/蚕豆间作明显改变玉米根际细菌、真菌群落结构和蚕豆根际真菌群落结构。

在PCR-DGGE研究土壤微生物多样性中应用GC发卡结构的效应

应用普通细胞裂解法提取 3株实验菌株 (Escherichia coli DH5α,Staphylococcus aureus SA- 1和 A-grobacterium tumerfaciens 1 31 2 9)的基因组 DNA和应用基于高盐和长时高热的细胞裂解法提取 7种不同土壤样品中的微生物的基因组 DNA,两组不同结构的引物 F3 57GC,R51 8(在正向引物的 5′端有 GC发卡结构 )和 F3 57,R51 8,分别对实验菌株和土壤样品中微生物的 1 6Sr RNA基因 V3区进行扩增 ,均得到了目的片段。比较了不同引物扩增的 1 6S r DNA片段在 DGGE中的不同电泳行为 ,结果表明 ,含 GC发卡结构的PCR扩增产物在 DGGE中能够得到很好的分离 ,而无 GC发卡结构的 PCR产物则不能在 DGGE中获得满意分离。引入 GC发卡结构 。

应用DGGE技术研究间、轮作对根际氨氧化细菌和固氮菌群落结构的影响

利用DGGE技术研究了不同间作和轮作种植体系对作物根际氨氧化细菌和固氮菌群落结构的影响。运用属于β-朊细菌的氨氧化细菌的16S rDNA和nifH基因的特异引物对,将土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后,通过DGGE技术对PCR产物进行分析,结果表明:小麦/蚕豆间作明显改变小麦根际氨氧化细菌群落结构组成,与小麦轮作或间作和与蚕豆间作都改变了玉米根际氨氧化细菌群落结构组成。不同间、轮作种植体系对作物根际固氮菌群落结构没有明显影响,但蚕豆根际固氮菌群落结构组成与小麦和玉米差异较大。

香蕉植株内生细菌群落的PCR-DGGE分析

以健康香蕉植株和感染香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f．sp．cubense（FOC）后的香蕉植株的根茎叶组织为材料，提取样品中的总DNA，扩增细菌的16SrDNA的V-3可变区，对扩增产物进行DGGE电泳分析，并对其中18条优势条带进行切胶回收、克隆测序和系统发育分析。结果表明，香蕉健株与病株各组织中所含内生细菌的种群丰富度为根部〉假茎〉if片：感病植株组织内生细菌种类比健康植株丰富；BLAST结果为大部分克隆序列与已知细菌16SrDNA基因序列的同源性较高（94％～100％），分别归属于蓝细菌门（Cyanobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门（Actinobacteria）、变形杆菌门（Proteobacterium）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和绿菌门（Chlorobi）7大类群；其中一个序列同源性较低（91％），可能代表新的分类单元。

PCR-DGGE分析湿地植物根际土壤细菌群落实验条件优化

为了更好地利用PCR-DGGE技术分析湿地植物根际土壤样品的细菌多样性,选取3对通用引物,优化了PCR扩增16SrDNA的实验条件,并优化了DGGE的变性剂浓度梯度范围和电泳时间长度.结果显示：PCR时采用退火温度touch-down程序,能够提高扩增特异性.引物357f/518r和357f/907rM扩增靶序列的DGGE变性剂浓度梯度理想范围分别为50%～80%和40%～70%,最佳电泳时间长度分别为17h和14h.比较DGGE分析图谱的条带数以及Shannon多样性指数,357f/518r呈现的结果最好,357f/907rM次之.运用引物357f/518r和357f/907rM扩增靶序列的DGGE分析,能更全面地反映湿地植物根际土壤样品的细菌多样性.

用ERIC-PCR法研究番茄根际细菌群落结构变化

采用单一碳源回收菌群的方法和ERIC PCR方法相结合 ,检测番茄 (Lycopersiconescu lentumMill )根际接种转基因微生物E4 (Enterobacteriacloacae)后的根际微生物的群落结构和多样性的变化。结果表明 :采用单一碳源回收菌群和ERIC PCR相结合的方法 ,可以准确、直观和清楚地检测到E4释放到环境中后对根际微生物的群落结构和种群数量的影响。这种单一碳源培养法与ERIC PCR相结合的方法 。

PCR-DGGE分析多种盐渍蔬菜细菌菌群结构

盐渍是一种重要的蔬菜加工方法,盐渍过程中的微生物菌群结构与产品风味、品质有着十分重要的关系。通过PCR-DGGE对细菌菌群结构分析表明,盐渍蔬菜与腌渍汁菌群结构、不同品种的盐渍蔬菜的菌群结构之间有较大差异,同一盐渍蔬菜与腌渍汁具有相同的优势条带。通过测序表明:盐渍10个月的盐渍豇豆的腌渍汁的主要细菌与发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),Lactobacillus versmoldensis,Lactobacillus oryzae,Lactobacillus paraplantarum,Lactobacillus acidifarinae相似度最高。PCR-DGGE技术准确、高效,能较好地检测到盐渍蔬菜的细菌菌群结构相似性。

乌头根际土壤细菌群落多样性的PCR-DGGE分析

目的:研究不同生长期乌头根际土壤微生物细菌群落结构的差异。方法:采用PCR-DGGE技术,研究不同产地不同健康状况的乌头根际土壤细菌群落结构的变化。结果:健康与患病乌头根际土壤细菌群落结构存在差异性,且患病植株具有能引起植物患病的病原种。结论:患病植株改变了乌头根际土壤的微生物细菌群落多样性,致病菌的存在导致了乌头植株的患病。根际土壤的健康状况对土壤微生物群落结构有显著影响,根际微生物群落结构的不同将导致植物对病原菌的抗性及品种差异。

PCR—DGGE技术分析断奶仔兔肠道微生物菌群结构及多样性

利用PCR—DGGE技术对断奶后10、20、30dff兔的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠16SrDNAV3区基因进行图谱分析，通过对清晰的特异性和共性条带切胶回收DNA和克隆测序，对不同日龄和不同肠段内容物细菌群落的结构和多样性进行比较，并鉴定其群落成员，

秸秆还田与施肥对稻田土壤微生物生物量及固氮菌群落结构的影响

利用氯仿熏蒸法和变性梯度凝胶电泳法(PCR-DGGE)研究了秸秆覆盖还田与施肥对灰棕冲积水稻土0—10cm和10—20cm土层土壤微生物生物量碳、氮和固氮菌群落结构的影响。结果表明:土壤微生物量碳、氮和固氮菌多样性从0—10cm土层到10—20cm土层均呈现降低趋势。无秸秆覆盖处理(对照组)的土壤微生物生物量碳(SMB-C)和微生物生物量氮(SMB-N)量最小。在秸秆覆盖还田处理中,低氮和无钾处理的SMB-C和SMB-N都显著低于全量氮磷钾肥处理。虽然无磷处理的SMB-N低于全量氮磷钾处理,但差异不显著。说明秸秆覆盖还田配施充足氮磷钾肥能显著提高土壤微生物生物量碳、氮。由DGGE图谱多样性指数分析得知,配施充足氮磷钾肥的处理土壤的固氮菌多样性最丰富。UPGMA聚类分析显示,10种不同处理的聚类图也不同,对照(无秸秆)处理0—10cm和10—20cm的微生物不同于其它处理单独聚在了一个群里。DGGE条带测序得知,14个条带的近缘种大部分为非培养细菌nifH基因片段,主要优势菌群其归属于变形菌门(Proteobacteria)的β-变形菌纲(Betaproteobacteria)。应用PCR-DGGE技术可以解释灰棕冲积水稻土秸秆覆盖不同肥料用量固氮菌分子群落结构特点。

大庆盐碱地九种植物根际土壤微生物群落结构及功能多样性

盐碱土是陆地表面生态脆弱区域。它与荒漠化过程相伴而生,不但造成了资源的破坏、农业生产的巨大损失,而且还对生物圈和生态环境构成威胁。研究盐碱地植物根际土壤微生物群落的多样性,对于盐碱土壤的植被恢复和生态重建具有重要意义。运用PCR-DGGE技术和Biolog微平板法,对大庆盐碱地9种不同植物根际土壤微生物结构和功能的多样性进行了分析。结果表明,不同植物根际土壤微生物组成不同,同一科的植物具有相似的微生物组成。对11个克隆进行了序列测定,发现这一地区植物根际优势微生物菌群为变形菌门(Proteobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)。利用Biolog微平板法分析了微生物群落功能多样性。结果表明,不同植物根际土壤细菌群落对底物碳源的代谢特征存在着一定的差异,其中豆科的野大豆根际土壤细菌对底物碳源的代谢能力最强。