欧亚鸲特鲁螨线粒体tRNA基因重新注释与分析

目的 验证欧亚鸲特鲁螨(Trouessartia rubecula)线粒体基因组中是否存在tRNA基因的丢失,并以此过程为基础提出一套完整的无气门股螨类线粒体基因组t RNA基因注释流程,为螨类线粒体基因组tRNA基因注释提供参考。方法 联合MITOS、tRNAscan-SE、MITOS2和ARWEN等多个tRNA注释软件预测欧亚鸲特鲁螨线粒体tRNA基因,结合人工序列检查、人工手动查找以及可能二级结构的最小自由能(minimum free energy, MFE)进行验证。结果 利用MITOS和ARWEN的预测结果结合人工序列修正,重新注释欧亚鸲特鲁螨线粒体基因组中“缺失”的trn E、trn I和trn Y基因,人工手动查找到trn A和trn V基因。重新注释的欧亚鸲特鲁螨线粒体基因组具有22个tRNA基因,不存在tRNA基因的丢失。结论 在注释无气门亚目中螨类线粒体时,为了获得更加准确的tRNA基因注释结果,应广泛运用tRNA基因预测程序,并且对预测结果进行人工检查和修正,以期减少单一程序预测以及注释程序预测方法所导致的偏差。