噬菌体PCCM_KpP1172的鉴定及其对大蜡螟幼虫碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌感染的疗效评估

背景碳青霉烯耐药的高毒力肺炎克雷伯菌感染发生率逐年增加,临床治疗困难,死亡率高。使用具有高裂解能力的噬菌体治疗细菌感染是颇具前景的治疗方法。目的针对碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌分离一株新型裂解性T7噬菌体,对该分离株进行生物学特性测定和基因组学测序分析,为临床开展噬菌体治疗提供可应用的噬菌体资源。方法从肺部感染患者的痰液中分离出肺炎克雷伯菌,通过细菌鉴定、药敏分析、全基因组测序和PCR检测验证菌株的毒力基因与耐药基因,以此株肺炎克雷伯菌为宿主菌,在污水中分离出一株裂解性噬菌体,命名为PCCM_KpP1172。测定该噬菌体生物学特性,分析其基因组序列,并通过大蜡螟幼虫感染模型检测该噬菌体的治疗效果。结果该株肺炎克雷伯菌基因组分析存在耐药基因与毒力基因rmpA2、rmpA、iroN、icu。以此菌株为宿主菌分离到新型肺炎克雷伯菌噬菌体,命名为PCCM_KpP1172,在宿主菌菌苔上可形成完全透明的噬菌斑并伴晕圈;透射电镜下呈现有尾噬菌体目短尾病毒科病毒的典型形态特征;一步生长曲线显示其潜伏期为15 min,最佳感染复数(multiplicity of infection,MOI)为0.0001,对ST11KL64型肺炎克雷伯菌有广泛裂解范围。基因组分析显示,该噬菌体为双链DNA(总长度为40222 bp),G+C含量为53%,基因组包含49个开放阅读框(open reading frames,ORF),无毒力或抗生素耐药性相关基因。基于系统发育分析,该噬菌体可归属于有尾噬菌体目Studiervirinae亚科Przondovirus属的一个新种。此外,噬菌体PCCM_KpP1172可在体外3 h内有效抑制碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的生长,并能提高宿主菌感染的大蜡螟幼虫存活率(P<0.01)。结论本研究针对碳青霉烯耐药的高毒力肺炎克雷伯菌分离并鉴定了一株新的T7噬菌体PCCM_KpP1172,具有高裂解力,无耐药基因和毒力基因,对大蜡螟幼虫感染模型具有良好治疗效果。

血液感染来源肺炎克雷伯菌毒力与碳青霉烯类耐药表型的关系及碳青霉烯类耐药高毒力菌株的鉴定

目的:探讨本地区从血培养分离的肺炎克雷伯菌临床株的毒力与碳青霉烯类耐药表型的关系,并对碳青霉烯类耐药高毒力肺炎克雷伯菌(CR-HVKP)进行毒力表型验证。方法:收集2016—2019年血流感染患者血培养分离的192株非重复肺炎克雷伯菌,其中96株为碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP),96株为碳青霉烯敏感肺炎克雷伯菌(CSKP)。采用VITEK-2全自动微生物分析仪检测菌株对药物的敏感性,聚合酶链反应检测碳青霉烯类耐药基因、毒力基因和荚膜分型,拉丝实验检测菌株的高黏表型,全基因组测序方法检测CR-HVKP菌株的基因组特征,并通过血清抗性试验和生物膜形成试验进一步验证CR-HVKP的毒力。结果:CRKP对常见抗菌药物耐药率高,CSKP则对常见抗菌药物较敏感;除米诺环素外,CRKP组和CSKP组菌株对抗菌药物的耐药率差异均有统计学意义(均P<0.05)。96株CRKP中,92株携带碳青霉烯酶基因,以bla KPC-2为主。在毒力因子方面,4株CRKP和36株CSKP拉丝试验阳性,呈现为高黏表型,两者差异具有统计学意义(P<0.05)。与CRKP组比较,CSKP组Kfu、aerobictin、iutA、ybtS、rmpA、magA、allS等毒力基因检出率均增加,荚膜抗原K1和K2检出率也增加(均P<0.05)。CRKP组检出高毒力肺炎克雷伯菌(HVKP)1株(即CR-HVKP),CSKP组检出HVKP 36株,差异有统计学意义(P<0.05)。全基因组测序结果显示,CR-HVKP多位点序列分型为412,荚膜抗原为K57,携带iutA、entB、mrkD、fimH和rmpA毒力基因,生物膜形成能力和血清抵抗力强,同时携带blaSHV-145、blaTEM-1、blaCTX-M-3、fosA6、oqxA5、oqxB26和aac(3)-IId耐药基因,伴随外膜蛋白K(OmpK)35和OmpK36的异常。结论:CRKP对抗菌药物的耐药率明显高于CSKP,虽然其携带的毒力基因数和种类均少于CSKP,但也出现了碳青霉烯类耐药且高毒力的新型多位点序列分型肺炎克雷伯菌。后者可能对公共卫生造成严重威胁。

广州某三甲医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药及毒力基因分析

目的统计院内耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)检出率,分析CRKP的主要耐药基因及毒力基因,了解其感染菌株分子流行病学机制。方法回顾性分析2020-2023年广东省第二中医院(下称该院)CRKP检出率,并收集该院2022年7-12月共计84株CRKP,统计菌株临床资料,PCR扩增相应耐药基因及毒力基因,改良碳青霉烯灭活(mCIM)试验检测碳青霉烯酶。结果2020-2023年该院年CRKP检出率较高,均>46.00%;收集2022年7-12月临床分离84例非重复CRKP菌株,呼吸道来源样本最多,占55.95%,患者以针灸康复科为主,占34.52%;药敏试验显示对多种头孢类及超广谱β内酰胺类药物高度耐药,仅对替加环素及多黏菌素E呈现较高敏感性;mCIM试验阳性率为84.52%(71/84),其余15.48%结果为中性,未能判断是否产碳青霉烯酶。73株检出携带碳青霉烯酶基因,占86.90%,共涉及4种基因型,blaKPC、blaNDM、blaIMP、blaOXA-48的检出率分别为83.33%、2.38%、1.19%、1.19%;其中1株同时携带blaKPC及blaNDM基因,同时检出多种β内酰胺酶,blaSHV、blaTEM、blaCTX-M-9、blaCTX-M-1的检出率分别为96.43%、78.57%、64.29%、2.38%,5种毒力基因blaiucA、blarmpA2、blairoB、blapeg-334、blarmpA检出率分别为42.86%、41.67%、27.38%、3.57%、2.38%;同时携带3种及以上毒力基因的菌株占比为17.85%(15/84)。结论该院CRKP检出率较高,耐药情况严峻,耐药基因以肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(KPC)为主;出现较高比例的耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)菌株,感染防控情况不容乐观。应进一步加强院内感控措施,科学合理规范用药。

耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌形成机制的研究进展

肺炎克雷伯菌(KP)是临床上一种不容忽视的机会性病原体,它能够导致免疫功能低下个体发生社区获得性感染和医院感染。近期,一种新型的肺炎克雷伯菌亚型——耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(CR-HvKP)的出现引起了关注。CR-HvKP不仅具备CRKP的高耐药性和传播性,还具有HvKP的高致病性,使其在临床治疗中极具挑战性。本文讨论CR-HvKP的三种形成原因,包括CRKP菌株获得毒力、HvKP菌株获得耐药和KP携带一个既有耐药基因又有毒力基因质粒等。此外,还介绍CR-HvKP的流行病学特征,治疗方法和预防措施,以期为临床诊疗提供依据。

一株定植ST23-K1型耐碳青霉烯高毒力肺炎克雷伯菌的耐药性及全基因组分析

目的分析肺炎克雷伯菌临床分离株K63[第63号耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)]的毒力耐药情况及全基因组特征。方法收集分离自宁夏某医院新生儿重症监护室男性患儿痰液标本的肺炎克雷伯菌K63株,通过VITEK 2 Compact对其进行鉴定和药物敏感性试验。PCR法检测菌株毒力基因(ybtS、iutA、iucA、iroB、rmpA2、fimH、mrkD、peg344)和耐药基因(bla_(TEM)、bla_(SHV)、bla_(NDM)、bla_(IMP)、bla_(OXA-48)、bla_(VIM))。PacBio RSⅢ和illuminate高通量测序平台对其进行全基因组测序、基因组组装及生物信息学分析,获得菌株基因组特征。结果成功从呼吸窘迫和新生儿肺部感染患儿痰液标本中分离出一株CRKP,命名为K63。药敏结果显示其对碳青霉烯类、磺胺类、头孢菌素类、β-内酰胺类、β-内酰胺酶抑制剂复合物等抗生素均耐药。PCR结果显示,毒力基因ybtS、iucA、iutA、rmpA2、iroB、fimH、mrkD、peg344为阳性,同时携带bla_(TEM)、bla_(SHV)、bla_(NDM)及bla_(VIM)耐药基因。全基因组测序及组装得到1条完整的基因组序列及1条质粒序列,其基因组大小为5880871 bp,序列比对结果显示K63菌株为ST23-K1型。在染色体基因组基因鉴定中,发现有8种毒力基因,有7种耐药相关基因。质粒携带有bla_(SHV-66)、bla_(SNDM-5)、sul1、mphA和aph(3’)-Ia、tetC、vanA和mexe等耐药基因。clb(ABCDFGHIJKLMNOPQS)、glf、pilW、ibeB等毒力基因也被注释。同时,水平转移区域预测结果显示质粒pVir-CR-63-1具有转移的潜力。基因富集及功能分析显示主要富集于代谢相关通路。结论分离定植的K63株可能为高毒力耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌,有潜在传播风险,临床上应予以高度重视。

携带不同耐药基因对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌适应性及毒力的影响

目的 探讨携带不同耐药基因对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的生长适应性及毒力作用的影响。方法 通过PCR方法扩增碳青霉烯类耐药基因(bla_(KPC)、bla_(NDM)、bla_(VIM)、bla_(OXA)、bla_(IMP))及β-内酰胺类耐药基因(bla_(TEM)、bla_(SHV)、bla_(CTX)、bla_(LAP)),测序确定基因型。扩增7个管家基因rpoB、gapA、mdh、pgi、phoE、infB和tonB,测序确定基因型并获得菌株ST类型。根据所携带的碳青霉烯类耐药基因不同,将菌株进行分组,在不同亚胺培南抗生素浓度(0、2、8 mg/mL)下培养细菌,绘制生长曲线,比较各组细菌的生长适应性变化;通过线虫侵染模型用CRKP感染线虫,绘制线虫生存曲线,比较各组细菌对线虫的毒力作用。结果 无抗生素压力下各组菌株生长适应性相似;在2 mg/mL亚胺培南培养基中,双抗性基因组中bla_(KPC)+bla_(NDM)组、bla_(IMP)+bla_(OXA)组生长适应性最强,单抗性基因组中bla_(IMP)组生长适应性最低,差异具有统计学意义(P<0.05)。在8 mg/mL亚胺培南培养基中,双抗性基因组中bla_(KPC)+bla_(NDM)组和bla_(NDM)+bla_(OXA)组生长适应性最强,且分别强于单抗性基因组bla_(KPC)组和bla_(OXA)组;单抗性基因组中bla_(OXA)组生长适应性最弱,bla_(KPC)和bla_(NDM)生长最快,差异具有统计学意义(P<0.05)。在无抗生素压力下,各组菌株对线虫毒力作用有所不同,bla_(KPC)组、bla_(KPC)+bla_(NDM)组和bla_(IMP)+bla_(OXA)组生存曲线右移,线虫中位生存时间延长,菌株毒力减弱;bla_(IMP)+bla_(NDM)组生存曲线左移,线虫中位生存时间缩短,菌株毒力增强,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 携带不同的耐药基因以及携带单个或多个耐药基因均会对菌株的生长适应性和毒力产生不同的影响。

32株碳青霉烯类耐药的高毒力肺炎克雷伯菌血清荚膜、毒力基因及多位点序列分型

目的探讨耐碳青霉烯高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)的基因型、耐药现状及相关感染因素,为临床的早期预警提供参考。方法收集2018年2月至2022年11月在浙江中医药大学附属温州市中医院进行细菌培养的非重复耐碳青酶烯类肺炎克雷伯杆菌(CRKP)共230株,采用MALDI-TOF质谱仪细菌鉴定,VITEK-2 Compact进行药敏实验,采用反转录PCR法检测碳青霉烯耐药基因、血清分型和毒力基因,并进行多位点序列分析(MLST)分型。结果230株CRKP中共有CR-hv KP 32株(13.91%),其中32株CR-hv KP对亚胺培南、卮他培南、哌拉西林/他唑巴坦、氨苄西林/舒巴坦耐药率为100%,其次为头孢替坦(82.1%)、头孢吡肟(84.3%)、呋喃妥因(89.3%)、环丙沙星(78.5%)、庆大霉素(60.7%)、妥布霉素(60.6%)、阿米卡星(60.7%)、甲氧苄啶/磺胺甲恶唑(37.5%)。通过PCR及琼脂糖电泳分析共有K1型2株、K2型2株、K5型1株,部分常见毒力基因携带率超过50%,其中rmp A占56.25%(18/32)、iro N占59.37%(19/32)、aerobactin占18.75%(6/32)、mag A占6.25%(2/32)。MLST主要以ST11、ST23为主,结论血清型以K1、K2为主的碳青霉烯类耐药的肺炎克雷白菌,大部分以rmp A、iro N毒力基因为主,MLST主要以ST11、ST23为主,基因型复杂,临床上要加强该类菌株的流行病学监测与基因型分析。

ICU碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的毒力基因分布及分子流行病学特征

目的:碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)携带的耐药基因会限制临床用药选择,其毒力基因也会严重影响患者预后。本研究旨在探讨重症监护室(intensive care unit,ICU)CRKP的毒力基因分布、荚膜血清型及分子流行病学特征,了解ICU中CRKP的感染特点,为ICU有效监测和防控CRKP感染提供科学依据。方法:收集2021年1月至2022年12月广东省人民医院ICU所分离并已确定为CRKP的非重复菌株共40株。采用全基因组测序方法,分析待测菌株耐药基因、毒力基因、荚膜血清型的分布,同时将CRKP基因组7个管家基因序列上传至肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KPN)多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)数据库进行分析,以明确菌株的序列型(sequence typing,ST)。结果:40例ICU CRKP感染患者年龄为(69.03±17.82)岁,且伴有多种基础疾病,临床结局好转和死亡各20例。所分离菌株主要来源于中段尿、肺泡灌洗液等标本。全基因组测序结果显示其主要携带blaKPC-1(29株,72.5%)和blaNDM-1(6株,15.0%),另有5株同时携带blaKPC-1和blaNDM-1。所携带的毒力基因有多种,其中entA、entB、entE、entS、fepA、fepC、fepG、yag/ecp、ompA等基因的携带率达100%,entD、fimB、iroB、iroD、fes、pla等基因携带率较低。ICU所分离的CRKP以ST11型(27例,67.5%)为主,荚膜血清型以KL64型(29例,72.5%)为主。共检出23例ST11-KL64型CRKP,占57.5%。结论:ICU CRKP主要为ST11-KL64型,并携带多种毒力基因,其中以铁吸收类毒力基因为主;且blaKPC已由blaKPC-2转为blaKPC-1。因此,需密切监测CRKP的分子流行病学变化,同时制订严格的防控措施,有效遏制CRKP感染的发生。

某教学医院耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌临床及分子特征

目的了解临床分离的耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)的耐药、毒力及流行病学特征。方法收集安徽省某教学医院2018年1月—2020年12月临床分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP),并分析其临床特征。采用飞行时间质谱鉴定菌株,拉丝试验及检测毒力基因筛选出CR-hvKP,按1∶1配比选取与CR-hvKP同病室或相近时间内分离的碳青霉烯耐药非高毒力肺炎克雷伯菌(CR-non-hvKP)作为对照组,采用全基因组测序检测分析CR-hvKP及对照组CR-non-hvKP的荚膜血清型、耐药、毒力基因及ST分型,比较两组菌株间的差异。结果共分离512株CRKP,其中CR-hvKP 30株,CR-non-hvKP 482株。CR-hvKP感染患者多为老年(20例,66.67%),存在呼吸系统疾病(29例,96.67%)、消化系统疾病(12例,40.00%)、感染性休克(10例,33.33%)、侵入性治疗(23例,76.67%)以及高病死率(20例,66.67%)。CR-hvKP对常用的大多数抗菌药物耐药率>90%,对替加环素的耐药率为3.33%,对多粘菌素B全部敏感,与CR-non-hvKP的耐药率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。测序结果表明:CR-hvKP携带主要的碳青霉烯耐药基因为bla_(KPC-2)(28株,93.33%),耐药基因SHV-11、mph(A)和arm A检出率低于CR-non-hvKP菌株。30株CR-hvKP携带的毒力基因iuc A、iut A、fim F、fim H、mrk D检出率均为100%,高于CR-non-hvKP菌株,差异均有统计学意义(均P<0.05)。CR-hvKP菌株中ST11-K64检出率(76.67%)高于CR-non-hvKP菌株(40.00%),差异有统计学差异(P<0.05)。结论该院主要流行株为ST11-K64产KPC-2酶的CR-hvKP,携带较多毒力和耐药基因,病死率高,临床应重点关注老年及重症监护病房患者。

碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌的研究进展

肺炎克雷伯菌是临床常见的条件致病菌。近年来,越来越多的整合高毒力和碳青霉烯耐药表型的临床株,即碳青霉烯耐药的高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)被分离出并导致难以治愈的侵袭性感染,甚至在医院内暴发流行。本文主要针对其流行病学特点及对碳青霉烯类抗生素的耐药机制进行总结。目前ST11-CR-hvKP在我国流行率最高。CR-hvkp主要是通过移动遗传元件如质粒、整合接合元件(ICE)、整合子、插入序列(IS)和转座子在细菌中转移耐药基因和毒力基因。同时CR-hvKP的环境定植以及由此导致的感染和传播风险无疑对感控工作带来巨大挑战。对于碳青霉烯耐药的高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)的临床特点和耐药机制的深入研究有助于寻求可行的方法来根除或阻止菌株的进一步进化和播散。

2020—2021年湖南省某医院分离自重症监护室的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的分子流行病学特征分析

目的研究2020—2021年湖南省某三甲医院重症监护室(ICU)分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)菌株的科室分布、药敏特征、碳青霉烯酶耐药基因、毒力基因、荚膜血清型以及ST分型,为CRKP感染的临床治疗提供科学依据。方法收集2020年1月至2021年12月郴州市第一人民医院8个ICU分离的75株CRKP菌株,应用MALDI-TOF质谱仪和VITEK-2 Compact药敏分析仪分别进行菌种鉴定和药敏试验,采用改良碳青霉烯灭活试验检测碳青霉烯酶表型,用wzi基因测序法进行荚膜血清型测定,运用Sanger测序对碳青霉烯类耐药基因和毒力基因进行分析,采用多位点序列分型(MLST)检测ST分型。结果75株CRKP菌株主要分布在老年内科ICU(28.0%)和脑外科ICU(20.0%);CRKP对替加环素和头孢他啶-阿维巴坦的耐药率分别为6.7%(5/75)和16.0%(12/75),对碳青霉烯类、头孢菌素、β内酰胺类-β内酰胺酶抑制剂复方制剂和左氧氟沙星耐药率高(>96.0%);61株(81.3%)携带bla_(KPC-2)耐药基因,11株(14.7%)携带bla_(NDM-1)基因,1株(1.3%)携带bla_(NDM-5)基因,2株(2.7%)携带bla_(OXA-48)基因;ST分型前三位的主要为ST11型(54.7%,41/75)、ST1883(13.3%,10/75)、ST307(6.7%,5/75),所有ST11型和ST1883型CRKP均携带bla_(KPC-2);主要流行的荚膜血清型为KL64(38.7%,29/75)和KL47(25.3%,19/75);主要携带的毒力基因是rmpA2(48.0%,36/75)、iroN(38.7%,23/75)和iucA(37.3%,15/75)。结论该院ICU的CRKP菌株细菌耐药程度高,以ST11-KL64型和ST11-KL47型为主,大多数菌株携带bla_(KPC-2)基因和毒力基因。应该加强监测CRKP分子流行病学分析和酶型检测,从而指导临床CRKP感染的个体化和精准化治疗。

ST11和ST15型碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的流行病学特征

目的探究肿瘤专科医院与当地大型综合三甲医院不同ST分型的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)流行病学特征差异。方法本研究共收集了两所医院的69株CRKP,通过多位点分型技术(Multilocus typing technique,MLST)确认其ST型,聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)检测其耐药基因(blaKPC、blaNDM、blaVIM、blaIMP、blaOXA-48 blaCTX、blaSHV、blaTEM)及毒力基因(mrkD、rmpA、rmpA2、ybtS、iutA、iroN、entB、kfuB)。统计分析两者在ST型、毒力基因、耐药基因及在两所医院之间的分布差异。结果69株CRKP中ST11型有33株,ST15型有10株。两院的所有CRKP中,均以ST11型检出率最高,其中来自南昌大学第一附属医院的30株CRKP中有21株为ST11型,仅1株为ST15型,而来自江西省肿瘤医院的39株CRKP中有12株为ST11型,9株为ST15型,ST15型CRKP和ST11型CRKP两院之间的分布差异有统计学意义。两种类型CRKP菌株均对碳青霉烯类、β-内酰胺类和喹诺酮类抗生素耐药,均对替加环素敏感,且有1株ST11型CRKP对多粘菌素耐药。ST11型CRKP对阿米卡星和复方新诺明的耐药率分别为100.0%和90.1%,而ST15型CRKP均对阿米卡星和复方新诺明敏感,差异有统计学意义(P<0.05)。两者在携带耐药基因blaSHV、blaTEM和毒力基因rmpA2、kfuB差异有统计学意义(P<0.05)。结论两所医院的ST11型和ST15型CRKP检出率有较大差异。ST15型CRKP的耐药基因blaSHV、blaTEM和毒力基因rmpA2检出率低于ST11型,毒力基因kfuB检出率远高于ST11型,且对阿米卡星和复方新诺明敏感。两种类型CRKP均携带多种耐药基因和毒力基因,临床应科学合理地使用抗生素并加强院感防控措施。

碳青霉烯耐药高黏液肺炎克雷伯菌K2-ST375中前噬菌体的诱导及环化结构分析

【目的】分析和研究临床碳青霉烯耐药高黏液肺炎克雷伯菌(Carbapenem-resistant hypermucoviscous Klebsiella pneumoniae,CR-HMKP)K2-ST375中前噬菌体的分布、可诱导前噬菌体的遗传结构及其编码基因特征,为深入研究CR-HMKP中前噬菌体的生物学功能奠定重要基础。【方法】利用Prophage Hunter预测CR-HMKP K2-ST375中前噬菌体的分布,使用丝裂霉素C对前噬菌体进行诱导并通过环化引物进行验证。综合运用RAST等生物信息学软件对可诱导前噬菌体Prophage-4进行基因注释并对其编码的内溶素理化性质、结构特征及遗传信息进行分析。【结果】Prophage Hunter预测结果表明,CR-HMKP K2-ST375染色体上携带Prophage-1-Prophage-4共4个前噬菌体。经丝裂霉素C诱导,Prophage-4可从宿主染色体上剪切下来形成环化结构。序列分析结果表明,Prophage-4与宿主染色体存在40 bp同源重复序列。基因注释结果表明,Prophage-4的编码基因主要参与噬菌体结构和组装、DNA复制和调控、溶源周期以及裂解等生物学功能。Prophage-4编码的内溶素与肠杆菌科噬菌体P21的内溶素蛋白具有相同的保守结构域;在遗传进化上,二者具有较近的亲缘关系。系统发育树分析结果显示,Prophage-4与克雷伯菌烈性噬菌体BUCT541位于同一进化分支,表明Prophage-4具有潜在的裂解能力。【结论】临床CR-HMKP K2-ST375中携带的Prophage-4经丝裂霉素C诱导,在40 bp同源重复序列介导下从宿主菌染色体上剪切下来形成环化结构;其编码的内溶素与噬菌体P21编码的内溶素蛋白密切相关。

ST2928新型耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌引起的重症肺炎1例

目的分析耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(CR-HvKP)的分子特征和毒力,以加强临床工作者对该菌的认识。方法对1株分离自重症肺炎患者呼吸道标本的CR-HvKP进行药敏试验,并研究其对碳青霉烯类的耐药机制,通过拉丝试验、毒力基因检测、毒力相关荚膜抗原基因检测、多位点序列分型、大蜡螟感染模型试验和患者临床表现分析该菌的分子及毒力特征。结果CR-HvKP引起了患者严重的肺部感染,予以纤维支气管镜检查取肺泡灌洗液标本培养分离病原菌,根据其药敏结果及时更改抗菌药物后患者病情得到控制。该菌为多重耐药株,表达IMP-4型碳青霉烯酶,拉丝试验阴性,为ST2928型,prmpA2毒力基因阳性,K54荚膜抗原基因阳性,在大蜡螟模型试验中表现出较高的体外毒力。结论此次分离的ST2928型、K54荚膜抗原基因阳性并且产IMP-4型碳青霉烯酶的CR-HvKP系首次报告,CR-HvKP因其高耐药性和高毒力的结合可引起较为复杂和严重的感染,其分子特征呈多样性。

耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌的研究进展

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)是临床常见的条件致病菌,可引起肺部感染、尿路感染以及血流感染等多种疾病,严重时还可引起脓毒血症、化脓性脑膜炎等致死率极高的危急重症[1]。伴随荚膜多糖的差异和细菌毒力的变迁,肺炎克雷伯菌还进化出新变种——高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae,hvKP)。

基于二代测序的碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌的分子特征分析

目的确定碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)基因组中耐药基因与毒力基因的分布,探讨CR-hvKP的耐药与毒力分子特征。方法收集2016—2020年该院分离的17株CR-hvKP菌株,使用Hisep 2500型Illumina高通量测序仪进行二代测序,对所测序列进行拼接、组装与注释;应用Diamond软件和RGI软件将CR-hvKP基因组与毒力因子数据库(VFDB)和抗菌药物耐药基因数据库(ARDB)进行比对,发掘和分析菌株基因组中毒力因子和耐药基因分布,并比较不同型别菌株携带的耐药基因与毒力基因的差异。结果基因组序列数据显示17株CR-hvKP菌株全部为CC258克隆复合群,其中10株(58.8%)MLST型别为ST11型,7株(41.2%)为国际上未报道的新序列型别。基因组中存在20多种耐药编码基因,包括对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类抗菌药物耐药的基因;存在60多个毒力编码基因,涉及铁摄取和铁载体、调节蛋白、黏附及侵袭作用的10类毒力因子,荚膜血清型仅存在KL64型(82.4%)和KL47型(17.6%),未发现其他血清型。ST11型流行株与新ST型菌株相比,耐药基因bla_(CTX-M-27)、bla_(TEM-1)、bla_(TEM-2)、ant2ia、sul1和毒力基因rmpA,差异有统计学意义(P<0.05)。结论该院分离的CC258克隆CR-hvKP菌中ST11型为主要流行株,CR-hvKP基因组携带大量的耐药基因与毒力基因,新ST型的出现亟待进一步全基因组水平监测耐药和毒力进化,为临床诊治提供依据。

高毒力肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类耐药机制研究进展

高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae,hvKP)在临床分离株中检出率日益增加,携带多种毒力基因,致病力强,常导致严重的社区获得性感染。通常hvKP耐药率低,临床治愈率高,但碳青霉烯类耐药株(carbpenem-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae,CR-hvKP)的出现打破了这一平衡。CR-hvKP集合高毒力、高耐药等特性,亦有“超级细菌”之称,极易造成致命性传播,迅速引发全球高度关注。该文将hvKP对碳青霉烯类耐药机制作如下综述,旨在明确CR-hvKP的形成途径,为遏制CR-hvKP的出现及传播提供参考。

腹腔感染耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的毒力特征

目的研究耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant klebsiella pneumoniae,CRKP)的毒力特征。方法收集首都医科大学附属北京友谊医院侵袭性腹腔感染部位分离的CRKP菌株38株,采用PCR方法检测碳青霉烯酶耐药基因bla KPC-2、bla NDM-1、bla IMP-4、bla VIM-1和bla OXA-48,检测毒力基因rmpA2和铁载体iucA基因,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)方法进行菌株的基因分型,采用结晶紫法、铬天青S法分别定量检测生物膜形成能力和铁载体生成能力。结果38株CRKP中,ST11为主要克隆株,占比78.1%(25/38)。88.0%(22/25)的ST11型菌株中只检测到bla KPC-2,高于非ST11组,两组之间差异有统计学意义。60.0%(15/25)的ST11型菌株同时携带rmpA2和iucA,高于非ST11组,两组之间差异无统计学意义。生物膜形成能力在非ST11组和KPC+rmpA2+iucA组较弱,差异无统计学意义。ST11组铁载体生成能力高于非ST11组、KPC+rmpA2+iucA组高于KPC组,两组之间的差异均有统计学意义。结论同时携带KPC-2型耐药基因、rmpA2和iucA毒力基因的ST11型CRKP菌株的出现,需要采取更为严格的医院感染控制措施防止播散。

某院ST11型耐碳青霉烯酶高毒力肺炎克雷伯菌分子流行病学研究

目的对连云港市某院ST11型耐碳青霉烯酶高毒力肺炎克雷伯菌(CR-HVKP)进行分子流行病学调查。方法收集连云港市中医院2017年1月至2019年6月临床分离的26株耐碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌(CRKP),采用改良碳青霉烯酶灭活试验(mCIM)、EDTA-改良碳青霉烯酶灭活试验(eCIM)及PCR法分别检测菌株碳青霉烯酶耐药表型和碳青霉烯酶耐药基因。采用拉丝实验检测实验菌株的黏液表型。采用3种多重PCR进行检测,第1体系对实验菌株进行ST分型,第2体系检测最强毒力的荚膜血清型wzyK1、wzyK2,以及K位点wzyKL47、wzyKL64,第3体系检测rmpA、rmpA2、iroN、intA毒力相关基因,并采用大蜡螟感染模型检测毒力表型,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行同源性分析。结果26株CRKP菌株,携带以肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(KPC)为主的耐药基因菌株有22株,结果与相对应的22株菌株的mCIM结果一致。ST分型以ST11型为主,占73.1%(19/26),wzyKL47、wzyKL64阳性率分别为15.8%(3/19)、84.2%(16/19)。检出8株携带毒力相关基因且具有毒力表型的ST11型CR-HVKP以KL64为主,康复科检出率最高。采用PFGE可分为3群,带型相似度高于85%的有2株。结论连云港市中医院检出ST11型CR-HVKP 8株,可能存在克隆株的散在传播,需加强对康复科院内感染的防控。

替加环素与临床常用抗生素对碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌体外联合药敏试验

目的研究替加环素与临床常用抗生素对碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent and carbapenemresistant Klebsiella pneumonia,CR-HvKP)的体外联合抗菌活性。方法收集2017~2019年河北医科大学第二医院临床分离非重复性CR-HvKP共20株。应用微量肉汤稀释法测定替加环素与5种抗生素的最低抑菌浓度(MIC),采用棋盘稀释法检测替加环素与5种抗生素(多黏菌素、头孢哌酮钠/舒巴坦钠、美罗培南、阿米卡星、磷霉素钠)的联合药敏试验。结果20株CR-HvKP主要来源于呼吸ICU 13例(65%),均为ST11型,碳青霉烯酶基因均为KPC-2型。血清型12株(60%)为K2型,为主要的血清型,1株(5%)为K1型。拉丝试验及毒力基因rmpA2均为阳性。替加环素与多黏菌素出现协同作用,百分比为60%。替加环素与美罗培南、磷霉素钠、头孢哌酮钠/舒巴坦钠均未出现协同作用。结论替加环素与多黏菌素体外联合有协同作用,可供临床作为参考治疗CR-HvKP感染。