基于CRISPR/Cas12a的室温稳定鼠疫耶尔森氏菌检测体系的建立

目的筛选并优化冻干保护剂组合,建立可室温稳定储存的、不影响试剂检测灵敏度的Cas12a鼠疫菌核酸检测冻干体系,为其应用于动物鼠疫监测的现场快速检测奠定基础。方法以鼠疫耶尔森氏菌pla基因为靶基因,选择9种常用冻干保护剂加入核酸检测试剂中,筛选有明显保护效果的4种保护剂进行优化。按照正交实验设计原则设计保护剂组合,通过37℃加速破坏实验及26℃室温稳定性实验对复合保护剂进行保护效果和灵敏度评价。结果加入蔗糖、山梨醇和海藻糖3种保护剂的冻干检测体系可在37℃稳定存放2周。室温下存放3个月后体系检测信号强度与37℃加速破坏1周时基本相当,同时检测方法的灵敏度依然能达到10-5 ng/μL,说明Cas12a检测试剂加入筛选得到的保护剂冻干后,可在室温下稳定保存至少6个月。结论本研究构建的室温稳定CRISPR/Cas12a鼠疫菌检测体系可在室温下稳定存放至少半年,能够满足鼠疫菌现场快速检测中对试剂稳定性的需求。同时,本研究获得的复合保护剂组分对构建其它室温稳定CRISPR/Cas12a核酸检测体系具有重要参考价值。

多重PCR快速鉴定鼠疫耶尔森氏菌

目的 建立鼠疫耶尔森氏菌多重PCR鉴定系统 ,用于鼠疫耶尔森氏菌的快速鉴定。方法 针对分别存在于pFra、pRst质粒上毒力基因caf1和pla ,以及一段 2 76bp染色体序列 3a分别设计引物。采用多重PCR技术 ,同时检测caf1、pla、3a三个靶序列。结果 应用该多重PCR反应体系 ,对我国鼠疫耶尔森氏菌 17个生态型及新发现的青海田鼠鼠疫疫源地菌株的多重PCR扩增结果表明 ,实验菌株中除 2株分别缺失pFra、pPst质粒而扩增出 2条产物带外 ,其余 5 2株均扩增出预期的 3条产物带 ,相关菌株均阴性 ,其检测灵敏度为 1× 10 -4ngDNA。 结论 该方法用于鼠疫耶尔森氏菌的鉴定简便、快捷 ,具有很高的特异性和敏感性 。

荧光定量PCR快速检测鼠疫耶尔森氏菌的实验研究

目的 利用LightCycler建立一种简便、特异的荧光定量PCR检测方法 ,用于鼠疫耶尔森氏菌的快速检测。 方法 采用SYBRGreenI随机掺入法 ,以Roche试剂盒为标准 ,比较两公司的DNA聚合酶 ,用鼠疫菌 310 0 4建立荧光PCR反应体系 ;针对鼠疫耶尔森氏菌特异的染色体标识序列和质粒上F1抗原基因设计引物 ,检测其灵敏度和特异性 ,以盲测试验进行验证 ;在此基础上鉴定 2 75株鼠疫耶尔森氏菌 ,并测试该法检测脏器污染模拟标本的灵敏度。结果 建立以一个公司试剂为主较低成本的PCR反应体系 ;EV76的检测灵敏度可达每反应体系 1.6个菌 ;检测我国 18个生态型共计 2 75株鼠疫耶尔森氏菌及 2 8株非鼠疫菌株的PCR扩增结果表明 ,鼠疫菌株均出现特异的扩增结果 ,2 8株对照菌株均为阴性 ;肝、脾、肺模拟标本检测灵敏度可达每反应体系 4 0 0 0个菌。结论 该方法对于检测鼠疫耶尔森氏菌具有简便、快捷、高敏感性和特异性的特点 。

对1株疑似鼠疫耶尔森氏菌的系统鉴定

目的对1株可疑菌株进行系列验证实验,以确定其是否为鼠疫耶尔森氏菌(以下简称鼠疫菌)。方法用鼠疫细菌学常规方法和分子生物学手段确定其生物学表型特征、特异性基因及基因组特征。结果该菌株具备鼠疫菌的典型形态特征;能被鼠疫噬菌体完全裂解;主要生化特性为阿胶糖(+)、鼠李糖(-)、麦芽糖(+)、蜜二糖(-)、甘油(+)、脱氮(+),与典型鼠疫菌一致。毒力因子检查结果为均为阴性;对实验动物小白鼠完全无致死能力。全基因组芯片杂交实验和PCR扩增表明55023菌株没有鼠疫菌的三个质粒;也不具鼠疫标识基因;pgm位点代表性基因YPO1954扩增阳性,YPO1908扩增阴性,表明其pgm位点不完整;差异片段(DFR)分型结果表明该菌株缺失了14个DFR,不符合鼠疫菌的特征;多位点序列分型(MLST)分析结果表明该菌株与鼠疫存在16个碱基的差异,而与血清Ⅲ型假结核耶尔森氏菌仅相差两个碱基。结论尽管55023菌株具备鼠疫菌的一些表型特征,但基因组特征表明其不是鼠疫菌,而可能是血清III型的假结核耶尔森氏菌;噬菌体裂解结果等表型不能作为鼠疫菌鉴定的最终标准。

鼠疫耶尔森氏菌荧光标记扩增片段长度多态性分型方法

目的建立荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)技术平台,探讨鼠疫菌基因分型。方法用5种核酸限制性内切酶消化鼠疫菌基因组DNA,选择最佳内切酶组合,酶切片段经接头连接后,用荧光素标记的5条EcoRⅠ引物和9条MseⅠ引物组成的引物配对扩增,选择最佳引物组合,进行系列PCR条件的优化。扩增产物经ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer(遗传分析仪)检测,GeneScan等软件进行分析。结果成功建立FAFLP技术平台。结论FAFLP具有快速、简便、廉价、分辨率高、重复性好和污染少的优点,可用于鼠疫菌的基因分型分析。

鼠疫耶尔森氏菌Pla蛋白单克隆抗体的制备与鉴定

目的:利用原核表达的鼠疫耶尔森氏菌P la蛋白(rP la),通过杂交瘤细胞技术制备单克隆抗体(mAb),为相关研究工作奠定基础。方法:大肠杆菌表达的P la蛋白,包涵体经尿素反复洗涤纯化后免疫BALB/c小鼠,取血清抗体效价高的小鼠脾细胞与Sp2/0骨髓瘤细胞进行细胞融合,以表达Pla、表达GST、天然提取Pla 3种蛋白为抗原物,采用间接ELISA法筛选阳性杂交瘤细胞,并结合Western blot对所获取mAb的特异性进行鉴定。结果:经间接ELISA筛选,获得3株能稳定分泌抗天然Pla蛋白mAb的杂交瘤细胞株,命名为15B8、14H4、19A4,亚类测定分别为IgG2a和IgG1,轻链均为κ链;腹水经间接ELISA法检测效价可达1∶106;Westernblot实验证实该3株mAb能特异性识别天然Pla蛋白。结论:成功获得了抗鼠疫耶尔森氏菌天然Pla抗原的特异性mAb,为进一步研究Pla蛋白及研发诊断试剂奠定了基础。

PCR快速鉴定鼠疫耶尔森氏菌

建立一种简便、快速、特异的PCR检测方法,用于鼠疫耶尔森氏菌的快速鉴定。针对鼠疫耶尔森氏菌特异的一段染色体序列3a设计引物,扩增一276 bp片段的鼠疫标识序列。应用该PCR反应体系,对我国17个生态型及1个待定的生态型共计275株鼠疫耶尔森氏菌及48株相关菌株的PCR扩增结果表明,实验菌株均扩增出预期的276 bp片段产物带,48株相关菌株均阴性,其检测灵敏度为100 pg DNA。说明该方法用于鼠疫耶尔森氏菌的检测鉴定简便、快捷,具有很高的特异性和敏感性。

应用肽核酸探针检测鼠疫耶尔森氏菌

目的:利用特异的肽核酸(PNA)探针、链霉亲和素包被的磁珠和cy5纳米颗粒,通过荧光扫描技术,建立一种特异、快速、准确地检测鼠疫耶尔森氏菌的方法。方法:针对鼠疫耶尔森氏菌pMT1质粒上的caf1基因设计并合成一对特异PNA探针,经生物素标记后,分别与链霉亲和素包被的磁珠和cy5纳米颗粒结合;将探针与待测鼠疫耶尔森氏菌的基因组DNA杂交后,利用荧光扫描技术进行检测。探讨了多个实验因素对测定的影响,并进行了特异性和灵敏度检测。结果:建立并优化了利用PNA探针检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,得到较好的线性关系;检测的灵敏度为0.9μg/mL(待测DNA)。结论:PNA探针与靶基因的结合不易受杂交液离子强度的影响,结合后具有较高的稳定性。本研究建立的分析方法能够灵敏、特异、稳定地对鼠疫耶尔森氏菌进行定量检测,为鼠疫的监控、诊断提供了有力手段。

鼠疫耶尔森氏菌inv基因中IS1541的研究及应用

目的 了解鼠疫耶尔森氏菌 inv基因中 IS15 41的插入情况 ,为鼠疫耶尔森氏菌的鉴别诊断提供依据。方法 PCR反应及 Southern杂交分析。结果 对来自不同疫源地的 5 0株鼠疫耶尔森氏菌的 inv基因中部分序列进行扩增 ,均可扩出一条长为 10 0 0 bp的片段 ,用 IS15 41作探针 ,对其进行 Southern杂交分析 ,杂交结果无差别 ,而对照菌株除假结核耶尔森氏菌扩出一条长约 30 0 bp左右的片段外 ,其它均为阴性。结论 鼠疫耶尔森氏菌 inv基因高度同源 ,其间均有 IS15 41插入 ;

鼠疫耶尔森氏菌rV270抗原的克隆、表达及其免疫保护作用评价

目的:为研制鼠疫亚单位疫苗,克隆、表达并纯化去除产生免疫抑制作用序列后的鼠疫耶尔森氏菌LcrV抗原(rV270)。方法:依据已知的LcrV的核苷酸序列,避开其产生免疫抑制作用的区段设计引物,扩增rV270基因并克隆到pET24a载体中,在大肠杆菌BL21中表达His-rV270融合蛋白;表达产物先后经Co2+亲和层析和Sephacryl S-200 HR凝胶柱纯化,并在纯化过程中应用凝血酶切除His标签;氢氧化铝佐剂吸附重组抗原后免疫BALB/c小鼠,初次免疫后第21天加强免疫1次,第5周使用104CFU鼠疫菌141强毒株攻毒,测定其免疫保护作用。结果:rV270以可溶性方式表达;应用Co2+亲和层析柱和Sephacryl S-200 HR凝胶柱结合凝血蛋白酶切除His标签的方法可得到不含标签的较高纯度的重组蛋白;攻毒实验中实验组小鼠全部存活,而对照组全部死亡。结论:获得了具有良好免疫保护作用的rV270蛋白,可用于鼠疫亚单位疫苗的研究。

鼠疫耶尔森氏菌脉冲场凝胶电泳分析

目的 对鼠疫菌的全DNA进行酶切 ,了解我国各别生态型的鼠疫耶尔森氏菌在核酸水平上的差异。方法 用脉冲场凝胶电泳 (PFGE)方法进行分析。结果 用PFGE可将 2 0株鼠疫菌分成 5个核型 ,Ⅰ型为布氏田鼠型和青海田鼠型菌 ;Ⅱ型为滇闽居民区型菌和滇西丛谷型菌 ;Ⅲ型为祁连山型、青藏高原型和 1株分离自四川患者的鼠疫菌。西藏仲巴地区的 2株菌各为一个型。

鼠疫耶尔森氏菌快速检测研究进展

目的论述一套对鼠疫耶尔森氏菌特异性强、快速、灵敏度高的快速检测方法,对鼠疫做到早发现、早预防、早诊断、早治疗,预防和控制鼠疫的发生和流行。方法查阅和收集国内外相关鼠疫耶尔森氏菌快速检测的文献和资料。结果鼠疫耶尔森氏菌检测技术向着快速、敏感、特异的标准化和国际化方向发展,其检测技术更加先进、齐全、完备。结论鼠疫耶尔森氏菌的检测技术从细菌学、血清学及分子生物学等正向更快速、更先进的方向发展,这对鼠疫防治将发挥重要作用。

鼠疫耶尔森氏菌质粒上重要毒力相关基因的克隆与表达

鼠疫耶尔森氏菌含有3种质粒pMT1、pPCP1和pCD1,这3种质粒编码鼠疫耶尔森氏菌的多种重要毒力因子。首先通过生物信息学技术选定了18种可能重要的毒力相关基因作为拟克隆和表达的目的基因。通过PCR技术、TA克隆技术、双酶切技术获得目的片段。这些目的片段再分别克隆入原核表达载体pET32a中,构建了一系列重组表达质粒,其中12个重要的毒力相关基因在原核表达载体pET32a中有稳定的高效表达,表达量占细菌总蛋白的20％～40％。实验结果为进一步研究质粒编码的毒力因子的结构与功能,及其作为新型疫苗选择的可能性奠定了基础,

鼠疫耶尔森氏菌LcrV基因在大肠杆菌中的高效表达

将测序后的鼠疫耶尔森氏菌 (Yersiniapestis)LcrV基因重组质粒pGEM T ypV酶切 ,克隆于原核表达载体pBV2 2 0 ,构建成pBV ypV表达质粒 ,转化大肠杆菌DH5α ,进行PCR及酶切鉴定 ,筛选阳性克隆 ,进行温控诱导表达 ,SDS PAGE检测表达产物 ,在相对分子质量 3 80 0 0处有一表达条带 ,经薄层扫描分析目的蛋白条带占全菌蛋白的3 8.4 %以上 ,主要以可溶形式存在。

斑点金-薄层色谱法检测鼠疫耶尔森氏菌的实验研究

目的建立一种简便、快速的斑点金-薄层色谱法(DIGFA-TLC)用于鼠疫耶尔森氏菌的快速定量诊断。方法用柠檬酸钠还原法制备10 nm的胶体金标记鼠疫耶尔森氏菌多价抗体,制备成鼠疫抗体金探针,通过薄层色谱扫描对样品斑点进行定量测定。结果斑点金-薄层色谱法对鼠疫FI抗原的最低检出限为5 ng;对EV76的最低检出限为1.2×105cfu;且二者呈高度的正相关关系,前者相关直线方程为y=448.467 37+2.511 43x,后者相关直线方程为y=375.760 88+4.112 31×10-4x;整个反应过程在10 min内完成。结论该方法简便、快速、特异、敏感,可以实现鼠疫耶尔森氏菌的定量监测。

IS100周围序列多态性分析技术的建立及其在鼠疫耶尔森氏菌分型中的应用

建立鼠疫耶尔森氏菌IS100周围序列多态性(ISCP)分析技术,并探讨其在鼠疫耶尔森氏菌分型中的应用。根据鼠疫杆菌CO92株IS100的基因序列在其两端设计两条向外延伸的引物进行PCR扩增、电泳、获得的指纹图用RAPD、PHYLIP和Treeview软件分析。建立的ISCP分析技术稳定、可靠,利用该技术分析了17个生态型的271株鼠疫耶尔森氏菌,扩增结果表明,指纹图有一定的差异,经RAPD、PHYLIP和Treeview分析可分为3个类型。IS100在鼠疫耶尔森氏菌染色体中虽然分布较广,但其周围序列变异较小,在遗传上较稳定,可作为鼠疫耶尔森氏菌的基因标志,研究该菌的分型与进化。

PCR检测鼠疫耶尔森氏菌研究进展

快速确诊鼠疫对鼠疫的防治工作至关重要。传统的细菌学“四步检查法”和血清学方法检测虽可确诊鼠疫 ,但存在烦琐、费时、费用高、不能进行快速诊断等弊病。PCR方法具有快速、特异、敏感的特点 ,尤其对培养条件苛刻、生长缓慢或已死亡的病原体检测优势更为明显 ,国内外学者现已建立了多种PCR方法用于鼠疫的检测 ,鼠疫PCR方法简便安全 。

鼠疫耶尔森氏菌LcrV(V抗原)的研究进展

鼠疫耶尔森氏菌作为鼠疫的病原菌 ,致病机制十分复杂 ,其中LcrV(V抗原 )是最早发现的一种能产生保护性免疫的毒力决定因子。随着研究的不断深入 ,人们对LcrV的功能、在预防和治疗鼠疫中的应用有了新的认识。本文将就LcrV功能。

鼠疫耶尔森氏菌YopD抗原基因在大肠杆菌中的克隆表达

目的利用DNA重组技术,在大肠杆菌中获得融合表达的鼠疫耶尔森氏菌YopD抗原基因。方法根据查找文献及基因比对选取了鼠疫菌重要功能蛋白-YopD蛋白。利用分子克隆技术克隆后,在原核系统中进行表达。根据云南玉龙菌株(D106004)全基因组序列设计引物,PCR扩增目的基因片段。采用pET-32a(+)作为表达载体,通过双酶切和连接反应,将目的基因片段定向插入载体中,构建重组表达质粒。IPTG诱导,使重组质粒在其宿主菌E.coli BL21(DE3)中表达。结果在大肠杆菌中成功获得了融合表达蛋白,即重组YopD蛋白。结论以质粒pET-32a(+)作为表达载体,鼠疫菌重要功能蛋白YopD能够在大肠杆菌E.coli BL21(DE3)中稳定高效地表达,为鼠疫潜在诊断靶点及新型疫苗选择的可能性奠定了基础。

鼠疫耶尔森氏菌LcrV基因的克隆与表达研究

目的 研究鼠疫耶尔森氏菌 (Yersiniapestis)保护性抗原V蛋白的生物学活性 ,进而研究Y .pestis的致病机理。方法 采用PCR方法 ,从Y .pestis菌种中扩增出LcrV基因片段 ,进行鉴定后 ,然后将该片段克隆于原核表达载体pBV2 2 0 ,构建成重组质粒 pBV/LcrV ,进行温控诱导表达。 结果 ( 1)获得长约 980bp的PCR片段 ,序列分析结果与已知LcrV序列相同。( 2 )SDS -PAGE检测表达产物 ,在相对分子量 3 8× 10 3处有表达条带。 ( 3 )经薄层扫描分析 ,目的蛋白条带占全菌蛋白的 3 8.4 %。 ( 4 )表达后菌体超声破碎后 ,目的蛋白主要存在于上清中。结论 获得了LcrV基因 ,并在大肠杆菌中获得了高效表达 ,表达产物主要以可溶状态存在。