半巢式PCR扩增联合基因测序鉴定丝状真菌的实验研究

目的 采用分子生物学方法鉴定痰标本培养分离出的丝状真菌菌种.方法 收集陕西省人民医院检验科2012年2月～5月痰标本分离的丝状真菌菌落20份,采用半巢式PCR联合基因测序法及形态学方法同时鉴定菌种.结果 基因测序法：烟曲霉菌13株,黑曲霉菌3株,土曲霉菌1株,绿色木霉1株,娄地青霉菌1株,淡紫拟青霉菌1株.形态学方法：17株曲霉菌与基因序列分析法结果一致,其余3例未能鉴别出菌种.结论 半巢式PCR扩增联合基因测序鉴定丝状真菌快速、简便、准确,可克服传统表型法鉴定真菌的缺点.

联合探针锚定聚合测序法在遗传性耳聋基因检测中的临床应用

目的评估联合探针锚定聚合测序法在临床耳聋基因检测的应用价值。方法用联合探针锚定聚合测序法对内蒙古自治区妇幼保健院35例耳聋患者样本进行检测,用十五项遗传性耳聋相关基因检测试剂盒(微阵列芯片法)检测结果进行比对,并用Sanger测序法进行验证。结果联合探针锚定聚合测序法检测结果显示35例样本全部为异常,其中杂合突变27例,纯和突变8例。检测结果与微阵列芯片法和Sanger测序法一致,灵敏度为100%。结论联合探针锚定聚合测序法准确、快速,在临床耳聋基因检测中有广泛的应用前景。

联合探针锚定聚合测序法检测胎儿染色体非整倍体效果评价

目的 探讨联合探针锚定聚合测序法(CPAS)检测胎儿染色体非整倍体的临床检测效果。方法 回顾性分析2018年5月-2021年12月用胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)试剂盒检测的高危孕妇临床数据,与金标准方法进行比对,通过灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、总符合率和一致性系数Kappa(K)值进行方法学评价。结果 14 837例有效孕妇数据中,共检出NIPT阳性44例(0.30%),其中T21阳性22例(0.15%),T18阳性15例(0.10%),T13阳性7例(0.05%)。金标准结果中T21/T18/T13阳性共有24例(0.16%),其中T21阳性15例(0.10%),T18阳性7例(0.05%),T13阳性2例(0.01%)。T21的灵敏度、特异度分别为100.00%、99.95%,T18的灵敏度、特异度分别为100%、99.95%,T13的灵敏度、特异度分别为100.00%、99.97%。结论 cPAS的NIPT集中筛查方法在高危人群中具有很高的稳定性,和之前的验证研究性能相当。

耳聋基因突变检测国家参考品的研制

目的建立耳聋基因突变检测国家参考品。方法收集健康人及含20种不同耳聋基因突变位点的志愿者血清,通过Sanger测序,从中筛选出野生型和突变型的血清样本,分装制备成一套含23份样本的候选耳聋基因突变检测国家参考品。用6个厂家8个耳聋基因突变检测试剂盒对参考品进行验证。参考品的均匀性和稳定性通过联合探针锚定聚合测序法进行检测。结果各家试剂对大部分参考品的验证结果基本一致。本实验室对参考品在验证过程中新出现的突变位点进行了测序确认。参考品的均匀性和稳定性满足要求。结论通过协作验证以及均匀性、稳定性评价,该耳聋基因突变检测国家参考品可用于耳聋基因突变检测试剂盒的质量评价。

胶质瘤表皮生长因子受体基因突变检测方法的对比研究

目的分析普通聚合酶链式反应(PCR)联合直接测序法与实时聚合酶链式反应-高分辨率融解(qPCR-HRM)曲线分析技术对胶质瘤表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的检测效果。方法用普通PCR联合直接测序法与qPCR-HRM曲线分析技术检测胶质瘤患者EGFR基因突变类型,检测结果比较采用χ2检验。结果普通PCR联合直接测序法与qPCR-HRM曲线分析技术对胶质瘤患者肿瘤组织EGFR突变的检测结果一致性较高,达90.91%,两者间差异无统计学意义(P>0.05)。结论 qPCR-HRM曲线分析技术操作较普通PCR联合直接测序法简便,实验时间较短,降低了交叉污染的风险,通过HRM曲线分析检测结果可以实现对样品基因型的判定。

胎儿染色体非整倍体无创基因检测试剂盒的临床验证

目的验证胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)基因检测试剂盒(联合探针锚定连接测序法)在临床检测上的准确性和有效性。方法选择广东省东莞市妇幼保健院的孕妇外周血样本,采用胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)基因检测试剂盒通过联合探针锚定连接测序法检测,并将结果与临床诊断金标准染色体核型分析结果或出生随访结果作对比。对灵敏度、特异性、总符合率和一致性系数Kappa值进行评价,以验证该试剂盒在临床检测上的准确性和有效性。结果共完成有效样本389例,测序法检出T21阳性6例,T18和T13均未检出阳性,与染色体核型分析结果相符,检测为阴性共383例,经电话随访至出生未发现非整倍体胎儿。统计分析结果显示,测序法与核型分析法总符合率为100%,Kappa=1(≥0.8),其中检测T21的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值均为100%;检测T18和T13的特异性、阴性预测值均为100%。结论采用试剂盒通过联合探针锚定连接测序法检测T21、T18、T13的结果准确度高且方法安全,可以在临床上推广使用。

肝癌SMMC-7721细胞系HSF4调控的靶基因图谱分析

热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白(heat shock protein,HSP)表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育多种生理病理过程。现通过染色质免疫共沉淀联合测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-Seq)方法对HSF4潜在的靶基因进行检测,并用GO(gene ontology)分析方法对这些靶基因进行分析,以探求HSF4发挥的生物学功能。ChIP-Seq结果显示:在肝癌SMMC-7721细胞系基因组DNA中共有1 726个HSF4结合区域,其中102个在启动子区。GO分析结果显示:这些潜在的靶基因分别参与细胞发育、增殖和对外部刺激应答的生物过程,具有与核酸和蛋白质结合及蛋白质激活的分子功能,参与药物和有害异物代谢以及化学致癌的信号传导通路。此外,MEME4.12.0软件推测出在SMMC-7721细胞系中HSF4与DNA启动子区结合的6种模式。分析HSF4在肝癌SMMC-7721细胞系中可能调控的靶基因图谱为进一步研究HSF4在肝癌发生机制中的作用提供了有效的实验数据和理论基础。

大连市842例新生儿听力及耳聋基因联合筛查结果分析

目的通过分析大连地区新生儿听力及耳聋基因联合筛查结果,为防控遗传性耳聋提供参考依据。方法回顾性纳入2022年1月1日—5月30日在大连市妇女儿童医疗中心(集团)出生的新生儿842例,使用自动脑干诱发电位方法进行听力筛查,同时采集新生儿脐血,使用高通量测序法检测常见遗传性耳聋4个基因[GJB2、GJB3、SLC26A4(PDS)、药物性耳聋相关线粒体基因(MT-RNRI)(12SrRNA)]20个突变位点。结果842例新生儿中通过听力筛查840例(99.8%);通过听力筛查而未通过耳聋基因筛查36例(4.3%);两者都通过804例(95.5%);两者都未通过2例(0.24%)。检出耳聋基因突变38例,总携带率为4.51%(38/842),其中GJB2、GJB3、SLC26A4(PDS)、MT-RNRI(12SrRNA)杂合突变携带率分别为1.90%、0.24%、1.30%和0.95%,GJB2/GJB3复合杂合突变携带率为0.12%。结论新生儿听力及耳聋基因联合筛查可以降低听力筛查漏检率,大连地区新生儿耳聋基因携带率为4.51%,以GJB2携带率最高,SLC26A4(PDS)携带率次之。

小细胞肺癌中转录因子E2F1调控的靶基因（英文）

本研究组前期研究结果表明,转录因子E2F1在大约95%的小细胞肺癌组织中表达上调,而且与其浸润、转移密切相关,但是E2F1在小细胞肺癌中调控的靶基因未见报道。本研究旨在探索E2F1在小细胞肺癌细胞株H1688中调控的靶基因。染色体免疫共沉淀联合测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,Ch IP-seq)结果显示,在小细胞肺癌H1688细胞中,E2F1能够调控5 326个靶基因的表达,其中4 700个是结构基因,626个基因编码长链非编码RNA。基因功能注释(gene ontology,GO)和基因富集图谱(enrichment map)分析显示,E2F1调控的靶基因功能主要集中在3个方面:细胞周期调控、染色体和组蛋白修饰以及蛋白转运。MEME4.7.0软件分析显示,E2F1通过结合6个序列调控相关靶基因和长链非编码序列的表达。以上结果阐明了E2F1在小细胞肺癌中调控的靶基因,为进一步研究E2F1在小细胞肺癌发生、发展、浸润与转移、复发和耐药中的作用提供了实验依据。

多模态组学数据整合方法的性能评测

多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合。本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供有益参考。使用6个联合测序数据集对16种单细胞多模态配对数据整合方法在2类整合任务上的性能进行测试,再通过4个模拟数据集和1个真实数据集对6种空间转录组反卷积方法的性能进行评估。在RNA和ATAC配对数据整合任务中,MOFA+、 SCOIT、 Cobolt分别在PBMC、 BMMC、 SNARE数据集上取得最优表现,SCOIT在3个数据集的汇总得分中均排名前3, MMDVAE、 DAE在基于AE的融合算法中表现突出。在RNA和蛋白质配对数据整合任务中,Cobolt、 MOFA+、 Seurat分别在P5_CITE、 BM_CITE、 COVID中取得最优表现,totalVI在3个数据集的汇总得分中排名靠前,基于AE的融合算法中以efMMDVAE、 lfMMDVAE的表现最好。在空间转录组反卷积方法评测中,Cell2location和SPACEL在模拟数据和真实数据中的性能表现均优于其他方法的,其中Cell2location在真实数据集中表现最佳,正确地推断了两类心肌细胞在心室的比例。此外,本研究发现在配对数据整合任务中,不同方法对数据的适应性不同。SCOIT和totalVI分别是RNA与ATAC、 RNA与蛋白质数据整合中表现稳定优异的方法。Seurat、 MOFA+易受数据影响。

利用ChIP-seq/SILAC技术筛选KLF15的靶向基因SUMO1

目的利用ChIP-seq和SILAC-LC/MS技术寻找Krupple样因子(KLF15)的靶向基因及其结合位点。方法 (1)利用染色质免疫沉淀技术(ChIP)特异性富集并纯化人原代肾系膜细胞(HRMC)中可与KLF15结合的DNA片段,通过高通量测序技术(Hi Seq)检测和分析,得到直接与KLF15结合的基因;(2)利用稳定同位素标记细胞培养技术(SILAC),重链和轻链同位素标记的培养HRMC,分别对重链实验组(HK)转染KLF15质粒,轻链对照组(LC)转染空载体对照,收集蛋白进行液质谱(LC/MS)检测,得到过表达KLF15后的差异蛋白;(3)对ChIP-seq及SILAC结果进行GO和Pathway分析,同时将二者进行交集筛选出KLF15的靶向基因,而后利用http://meme.edi.edu.au/网站获得靶基因的Modifs并对候选基因小泛素样修饰因子1(SUMO1)进行ChIP-PCR及双荧光素酶验证。以SPSS 17.0统计软件进行统计学分析。结果 ChIP-seq获取了2 478个KLF15直接调控的可能靶向基因,SILAC-LC/MS检测到KLF15过表达后有1 357个差异蛋白,综合ChIP和SILAC结果,我们分析得到52个共同差异表达的基因和(或)蛋白及其3个modifs,其中5个蛋白参与细胞增殖相关进程;结合GO和Pathway分析结果,最终筛选出SUMO1作为KLF15调控系膜细胞增殖的靶向基因。Motif分析发现SUMO1启动子区存在KLF15的结合序列;利用ChIP-PCR和双荧光素酶报告基因验证KLF15转录因子可以直接结合SUMO1的启动子区并发挥作用。结论 KLF15通过结合SUMO1的启动子区,调节SUMO1的表达。