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新型联合片段:nrDNA ITS+nad 1-intron 2在枫斗类石斛鉴定中的意义 被引量:10
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作者 耿丽霞 郑瑞 +5 位作者 任洁 牛志韬 孙宇龙 薛庆云 刘薇 丁小余 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1060-1067,共8页
本文从线粒体基因片段入手,利用PCR技术扩增出17种枫斗类石斛39个个体的线粒体基因co I、nad 5部分序列及nad 1-intron 2序列,nr DNA ITS及叶绿体基因序列rbc L、mat K、psb A-trn H,同时筛选出合适的基因片段来研究多片段联合在枫斗类... 本文从线粒体基因片段入手,利用PCR技术扩增出17种枫斗类石斛39个个体的线粒体基因co I、nad 5部分序列及nad 1-intron 2序列,nr DNA ITS及叶绿体基因序列rbc L、mat K、psb A-trn H,同时筛选出合适的基因片段来研究多片段联合在枫斗类石斛植物鉴定方面的应用。结果表明:在7个基因片段中,nr DNA ITS、nad 1-intron 2和psb A-trn H的序列变异度较高,可用于枫斗类石斛的鉴定。但是,仅利用单一序列无法对细茎石斛及霍山石斛进行鉴别。而nr DNA ITS+nad 1-intron 2新型联合片段构建的UPGMA树与其他联合片段相比,更能有效的对枫斗类石斛基原植物进行鉴别并可区分细茎石斛及霍山石斛。此外,借助nr DNA ITS+nad 1-intron 2新型联合片段构建的UPGMA树对3个待检种进行了成功鉴别,分别为霍山石斛、细茎石斛和铁皮石斛。本研究首次将nr DNA ITS与线粒体基因片段联合用于枫斗类石斛的鉴定,为石斛药材的鉴别提供了可靠的科学依据,同时也将对规范枫斗类石斛市场提供理论指导。 展开更多
关键词 枫斗类石斛 线粒体基因序列 UPGMA树 联合片段
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基于cpDNA和rDNA ITS片段分析西南地区青杨派杨树的系统发育与进化关系 被引量:5
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作者 李佳蔓 员涛 +3 位作者 周安佩 纵丹 李旦 何承忠 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1113-1122,共10页
西南地区青杨派杨树种质资源丰富,可为杨树遗传改良提供珍贵的基因资源,但树种之间形态学差异细微,该研究以山杨作为外类群,测定了西南地区及其他地区杨属青杨派17个种(杂种)共36份样本的3个叶绿体片段(atpF-atpH、trnL-F和matK)和... 西南地区青杨派杨树种质资源丰富,可为杨树遗传改良提供珍贵的基因资源,但树种之间形态学差异细微,该研究以山杨作为外类群,测定了西南地区及其他地区杨属青杨派17个种(杂种)共36份样本的3个叶绿体片段(atpF-atpH、trnL-F和matK)和核糖体ITS片段,并对其进行系统发育分析,以探讨西南地区青杨派树种的系统进化关系。结果表明:(1)在所有样本中,3个叶绿体片段atpF-atpH、trnL-F、matK的长度分别为605~634bp、957~1 010bp、819bp,3个片段拼接后的联合序列包含29个变异位点和15个信息位点;ITS片段对齐后的长度为646bp,变异位点19个,信息位点17个。(2)基于叶绿体联合序列和ITS片段的杨属青杨派树种的平均遗传距离分别为0.001 3和0.003 6。叶绿体联合片段的MP和Bayes系统树树型基本一致,青杨派树种可以划分为2组,第1组由青杨、三脉青杨、大青杨和辽杨构成;第2组中的小叶杨、小青杨、川杨、德钦杨、昌都杨、乡城杨、康定杨、西南杨、滇杨和藏川杨不能有效区分,且均与缘毛杨的遗传关系较近。(3)基于ITS的系统树与叶绿体联合片段构建的系统树差异不大,仅在于第2组中的小青杨与小叶杨、川杨等差异明显,与第1组中的树种紧密聚拢。 展开更多
关键词 西南地区 青杨派 叶绿体联合片段 ITS 系统发育
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基于线粒体COI与16S rRNA基因序列探讨贻贝属的系统发育 被引量:12
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作者 毛阳丽 蔡厚才 +1 位作者 李成久 高天翔 《南方水产》 2010年第5期27-36,共10页
比较分析了贻贝属5个种的线粒体DNA COI及16S rRNA基因片段序列,确定了贻贝属的系统进化关系。以翡翠贻贝(Perna viridis)和条纹隔贻贝(Septifer virgatus)为外群,基于距离法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)、贝叶斯演绎法(BI)及... 比较分析了贻贝属5个种的线粒体DNA COI及16S rRNA基因片段序列,确定了贻贝属的系统进化关系。以翡翠贻贝(Perna viridis)和条纹隔贻贝(Septifer virgatus)为外群,基于距离法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)、贝叶斯演绎法(BI)及贝叶斯联合模型分析法构建分子系统树。系统发育分析结果表明,5种贻贝[Mytilus edulis,紫贻贝(M.galloprovincialis),盖勒贻贝(M.trossulus),厚壳贻贝(M.coruscus),加州贻贝(M.californianus)]在系统树上聚为2支。加州贻贝最为原始,厚壳贻贝次之。其中,紫贻贝和M.edulis具有很近的亲缘关系,而厚壳贻贝和加州贻贝的亲缘关系近。研究结果为贻贝属物种进化、迁移及其育种研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 贻贝属 细胞色素氧化酶I 16S RRNA 系统发育 联合片段分析 分歧时间
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Association between gastric cancer and -1993 polymorphism of TBX21 gene 被引量:2
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作者 Le-Hui Zhang Qin Li +5 位作者 Peng Li Sheng-Tao Zhu Jing Wang Hong-Li Yang Chang-Qing Xu Xiu-Hua Guo 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2012年第10期1117-1122,共6页
AIM: To investigate the association between the polymorphism of TBX21 gene and the risk of gastric cancer in a Chinese population. METHODS: The -1993 polymorphism located in TBX21 gene promoter region was identified b... AIM: To investigate the association between the polymorphism of TBX21 gene and the risk of gastric cancer in a Chinese population. METHODS: The -1993 polymorphism located in TBX21 gene promoter region was identified by polymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. The risk between TBX21 gene genotype and gastric cancer was determined by multivariate logistic regression analysis in 220 gastric cancer patients and 262 cancer-free controls matched by age, sex and ethnicity. RESULTS: Compared with the TBX21 -1993TT genotype, the -1993CC genotype exhibited a significantly elevated risk for gastric cancer [Odds ratio (OR) = 3.42, 95% confidence interval (CI): 1.41-8.31]. The relation-ship between the -1993 polymorphic genotype and the invasive status such as lymph node and distant metastasis was found among the gastric cancer patients (OR = 4.02, 95% CI: 1.87-8.66; OR = 7.02, 95% CI: 3.44-14.34, respectively). CONCLUSION: TBX21 -1993 polymorphism might contribute to the risk of gastric cancer, especially to the distant metastasis. 展开更多
关键词 TBX21 gene Gastric cancer POLYMORPHISM Genetic susceptibility Association analysis
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