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一种快速可变剪接模式搜索算法的研究
1
作者
张欣
赵静
+1 位作者
王庆康
曹志伟
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第10期1051-1055,共5页
提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT...
提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软件的比较结果显示,在达到相同计算精度的前提下,ASDT的搜索速度是BLAT的2到16倍.根据ASDT算法开发的工具可以在以下网址获得: http://www.scbit.org/ASDT/.
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关键词
可变剪接
联配搜索
算法
EST
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职称材料
题名
一种快速可变剪接模式搜索算法的研究
1
作者
张欣
赵静
王庆康
曹志伟
机构
上海交通大学微纳科学技术研究院
上海交通大学生命科学技术学院
上海生物信息技术研究中心
出处
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第10期1051-1055,共5页
基金
973计划(2004CB720103)资助项目
文摘
提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软件的比较结果显示,在达到相同计算精度的前提下,ASDT的搜索速度是BLAT的2到16倍.根据ASDT算法开发的工具可以在以下网址获得: http://www.scbit.org/ASDT/.
关键词
可变剪接
联配搜索
算法
EST
Keywords
alternative splicing, alignment search, algorithm, EST
分类号
TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一种快速可变剪接模式搜索算法的研究
张欣
赵静
王庆康
曹志伟
《高技术通讯》
CAS
CSCD
北大核心
2006
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