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一种快速可变剪接模式搜索算法的研究
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作者 张欣 赵静 +1 位作者 王庆康 曹志伟 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1051-1055,共5页
提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT... 提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软件的比较结果显示,在达到相同计算精度的前提下,ASDT的搜索速度是BLAT的2到16倍.根据ASDT算法开发的工具可以在以下网址获得: http://www.scbit.org/ASDT/. 展开更多
关键词 可变剪接 联配搜索 算法 EST
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