聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性和芯片生物分析技术用于渤海地区鱼种鉴定

以渤海湾具有重要商业价值的9种海鱼(小黄鱼、花鲈、蓝点马鲛、鲐、钝吻黄盖鲽、棘头梅童鱼、许氏平鲉、高眼鲽和长蛇鲻)为研究对象,利用聚合酶链式反应(PCR)-限制性片段长度多态性(RFLP)和芯片生物分析技术对其进行鱼种鉴定。首先提取其基因组脱氧核糖核酸(DNA),对其细胞色素b的特定片段(464bp)进行扩增,然后选择DdeⅠ、HaeⅢ和NlaⅢ3种限制性内切酶进行酶切,并利用芯片生物分析技术得到酶切产物的特异图谱和确切的片段大小,从而有效区分了9种海鱼。研究结果表明,PCR-RFLP和芯片生物分析技术在鱼种鉴定上具有精确、鉴别和快速三大优势,可为鱼类食品检测提供科学依据。

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法对太白贝母鉴别检验的适用性探讨

目的:探讨聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)对于太白贝母的适用性。方法:采集太白贝母野生及栽培品,收集市场上太白贝母伪品,利用性状、PCR-RFLP鉴别法、DNA序列分析三种方法分析太白贝母与常见伪品的区别。结果:从性状上看,太白贝母栽培品与伪品往往非常相似,较难辨别;通过PCRRFLP方法可以正确、客观的鉴别太白贝母与常见伪品,基于ITS2的DNA条形码方法进一步验证了PCR-RFLP法的准确性。市场上太白贝母的伪品多为伊犁贝母。结论:PCR-RFLP鉴别法可准确鉴别太白贝母与其伪品;市场上太白贝母伪品较多,应加强监管。

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性法用于检定川贝母掺伪情况的研究

目的:探讨聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法在检定川贝母掺伪中的应用。方法:将川贝母药材DNA与伊贝母药材DNA按不同比例混合,进行PCR扩增,限制性内切酶SmaI作用及琼脂糖凝胶电泳。通过这些实验,可以知道混合样品中伪品的检出限。接着,为了探究本实验中条带灰度与掺伪比例之间的关系,用Image J软件分析凝胶电泳图上的条带,根据未切割条带与切割条带的灰度比,得到标准化值。通过标准化值和掺伪比例2个参数,得到标准曲线,并进行准确性验证。结果:低至0.5%的掺伪比例即可通过该方法被检测。随着掺伪比例增加,未切割条带逐渐增强,切割条带逐渐减弱,两者条带的灰度比值也逐渐增加,到掺伪50%时,几乎没有肉眼可见的切割条带。根据不同掺伪比例对应的标准化值做出标准曲线,经验证该标准曲线的误差率约为0.94%。结论:PCR-RFLP法用于川贝母掺伪检测的检出限为0.5%,灵敏度高;且可通过条带灰度定量的方法反应掺伪比例大小。本研究为改变川贝母PCR-RFLP检验的取样方式和确定取样量提供了实验依据。

鉴别猪瘟强毒和弱毒的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)检测方法的建立

【目的】建立一种能区分猪瘟病毒(classicalswinefever,CSFV)强毒和弱毒的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)检测方法。【方法】根据GenBank上登录的现有CSFV基因组全序列,选择高度保守区设计了一对CSFV通用引物,并在该对引物跨越区域的内部设计了猪瘟兔化弱毒疫苗和强毒特异性引物,建立了一种能区分猪瘟强毒和弱毒的RT-nPCR鉴别诊断方法。【结果】应用该方法从猪瘟兔化弱毒疫苗和石门强毒株基因组中扩增出了大小分别为447和343bp的一条特异性片段,从两种病毒基因组混合物中扩增出了大小为447和343bp的两条特异性片段,但对牛病毒性腹泻病毒和其它常见猪源病毒细胞培养物以及正常细胞基因组进行检测时均为阴性。该方法可以检测出0.04pg的CSFVRNA。对从黑龙江省采集的15份疑似猪瘟病料进行了检测,结果表明,有14份类似猪瘟强毒,1份类似弱毒疫苗。限制性片段长度多态性和种系发生分析证实了RT-nPCR的检测结果。【结论】本研究建立的RT-nPCR可以有效区分猪瘟强毒和弱毒,减少了未感染的免疫猪被误杀的可能性。

两种白茅根聚合酶链式反应法-限制性片段长度多态性分析鉴别方法的研究

目的从分子水平鉴别2种不同性状的白茅根。方法采用植物通用DNA条形码ITS1、ITS2、psb A-trnH、rbc L和mat K对30份白茅根样品的序列进行比较研究,分析2种不同性状白茅根的多个位点差异。结果 30批白茅根的psb A-trnH、rbc L和mat K基因序列无位点差异,ITS1序列含3个关键差异位点,ITS2序列含1个关键差异位点,且ITS2序列上的关键差异位点可被限制性内切酶Hpy CH4Ⅲ识别。结论 ITS1和ITS2序列可作为2种不同性状白茅根鉴别用的DNA条形码序列,且利用ITS2序列上可被限制性内切酶Hpy CH4Ⅲ识别的关键差异位点可建立2种不同性状白茅根的PCR-PFLP鉴别方法。

肿瘤坏死因子α基因(TNFα)-G308A多态性与精神分裂症的关联

目的 :探讨肿瘤坏死因子α基因 (TNFα) -G3 0 8A多态性与精神分裂症的关系。方法 :收集14 1个核心家系 ,每家有 1名符合ICD -10精神分裂症诊断标准的患者 ,患者的生物学父母均健在 ;用聚合酶链式反应 -限制性片段长度多态性 (PCR -basedRFLP)分析方法检测所有研究对象的TNFα -G3 0 8A基因型。结果 :传递不平衡检验 (TDT)显示等位基因的传递具有统计学显著性差异 ( χ2TDT=7 70 44 ,P =0 0 0 5 )。结论 :肿瘤坏死因子α基因 (TNFα) -G3 0 8A多态性与精神分裂症相关联 ,支持肿瘤坏死因子α基因(TNFα)是精神分裂症的候选基因。

线粒体ATPase-6基因多态性与男性精子活力的关系

目的探讨线粒体ATP合成酶6亚基(ATPase-6)基因多态性与男性精子活力的关系。方法选择弱精子症患者319例(观察组)及精子活力正常者344例(对照组),采用聚合酶链式反应—限制性片段长度多态性分析技术检测其线粒体ATPase-6基因(+9 052 bp)的HaeⅡ酶切位点多态性,并对两组的基因型分布及等位基因频率进行Hardy-Weinberg平衡检测,分析ATPase-6突变基因频率与精子活力的关系。结果观察组的hh、Hh、HH基因型分布分别为19.74%、1.25%、79.01%,对照组分别为4.94%、0.58%、94.45%,两组基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡范围;但观察组的突变型基因(h)频率明显高于对照组(P<0.01)。结论 ATPase-6基因(+9 052bp)HaeⅡ酶切位点突变可能影响ATPase-6基因的翻译效率,进而影响男性精子活力,引起弱精子症。

E-选择素基因多态性及血清可溶性水平与慢性HBV感染临床结局的关系

目的:探讨E-选择素(E-selectin)基因第2号外显子G98T和第4号外显子A561C多态性及血清可溶性水平与慢性HBV感染临床结局之间的关系.方法:从外周血中提取基因组DNA,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP)检测367例慢性HBV感染者(其中慢性HBV携带者97例,慢性乙肝101例,肝硬化121例,肝癌48例)和281例健康对照者E-选择素基因G98T和A561C位点多态性,同时采用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测各组可溶性E-选择素(sE-选择素)水平.结果:E-选择素A561C多态性中A/C+C/C基因型和C等位基因频率在肝硬化组与对照组相比差异有统计学意义(P=0.006,0.002).A/C+C/C基因型患肝硬化的风险是AA基因型的2.45倍(OR=2.45,95%CI:1.28-4.72).E-选择素G98T多态性中各基因型频率和等位基因频率在各病例组与对照组相比差异无统计学意义,但在肝硬化患者中,Child-pughB+C级与A级相比较,G/T+T/T基因型频率差异有统计学意义(P=0.034),G/T+T/T基因型发展到Child-pughB或C的风险是GG型的3.07倍(OR=3.07,95%CI:1.05-8.97).慢性乙肝组和肝硬化组血清sE-选择素水平明显高于对照组(P<0.01);在肝硬化组中,血清sE-选择素水平从Child-pughA级到C级明显降低(P<0.05);在各组中,C等位基因携带者血清sE-选择素水平明显高于A等位基因携带者(P<0.05).结论:E-选择素A561C基因多态性可能与慢性HBV感染后肝硬化的发生相关,并参与调控血清可溶性E-选择素的表达;E-选择素G98T基因多态性与慢性HBV感染后的临床结局无相关性,但可能与肝硬化的严重程度相关.

MCP-1基因启动子区-2518位G/A多态性与瘢痕疙瘩的相关性分析

背景与目的：探讨单核细胞趋化蛋白-1（monocyte chemoattractant protein-1,MCP-1）基因启动子区-2518G/A多态性与瘢痕疙瘩发病风险的关系。材料与方法：以92例瘢痕疙瘩患者和180例性别、年龄匹配的正常人为对象进行病例-对照研究,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP）技术结合DNA测序对MCP-1基因启动子区-2518G/A多态性进行分析。结果：MCP-1基因-2518G/A等位基因和基因型频率在瘢痕疙瘩组和正常对照组间的分布无显著性差异（P值分别为0.419和0.415）。瘢痕疙瘩组分层后显示,多发性瘢痕疙瘩患者中A等位基因携带者频率为83.8%,明显高于皮损单发者（63.6%）（P=0.035,OR=2.952,95%CI：1.051~8.290）。结论：MCP-1基因-2518位A等位基因的存在可能与多发性瘢痕疙瘩的形成和发展有一定的相关性。

不同强迫症状的临床特点及与5-HT2A/T102C多态性的关系

目的探讨强迫症、伴强迫症状的精神分裂症和氯氮平导致强迫症状的精神分裂症三者的症状学差异及与5-HT2A/T102C多态性之间的关系。方法使用Yolle-Brown强迫量表(YBOCS)、汉密顿焦虑量表(HAMA)、汉密顿抑郁量表(HAMD)及阳性和阴性症状量表(PANSS)量表进行临床症状评定;采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测5-HT2A/T102C多态性。结果3组的强迫思维和强迫行为发生率差异具有显著性:强迫症组71.4%和57.1%;精神分裂症伴强迫组66.7%和66.7%;氯氮平导致强迫组33.3%和73.3%;各组5-HT2A/T102C多态性的基因型(TT、TC、CC)和等位基因(T、C)频率间差异无显著性:强迫症组45.7%、40%、14.3%、65.7%和34.3%;精神分裂症伴强迫组46.7%、40%、13.3%、66.7%和33.3%;氯氮平导致强迫组46.7%、40%、13.3%、66.7%和33.3%;正常对照组56.3%、31.3%、12.5%、71.9%和28.1%。结论此三种情况下的强迫症状之间存在症状学差异;5-HT2A/T102C多态性可能不是这三种强迫症状发生的易感因子。

原发性高血压患者的β-纤维蛋白原-455G/A基因多态性研究

目的 探讨 β-纤维蛋白原 - 4 5 5G/A基因多态性在山东地区汉族人群的分布以及该多态性与原发性高血压病的关系。方法 应用聚合酶链反应和限制性内切酶片段长度多态性技术 (PCR RFLP)检测了 14 8例健康人和 14 9例原发性高血压患者的 β Fg 4 5 5G/A基因多态性 ,比浊法测定血浆纤维蛋白原水平。 结果 β Fg 4 5 5G/A基因多态性分布在患病组和对照组均符合Hardy Weinberg平衡定律。在两组内A等位基因携带者血浆纤维蛋白原水平均显著高于GG基因型者。A等位基因频率在高血压组 (0 171)略高于正常对照组 (0 15 2 ) ,但差别无统计学意义 (P >0 0 5 )。结论 β Fg 4 5 5G/A基因多态可能不是原发性高血压的遗传易感标志。

α_1-抗糜蛋白酶基因多态性与阿尔茨海默病相关性探讨

目的 :探讨阿尔茨海默病 (AlzheimerDisease,AD)患者中α1 抗糜蛋白酶 (AACT)基因的多态性及其与AD的相关性。方法 :利用聚合酶链反应 (PCR) 限制性片段长度多态性 (RFLP)技术 ,对 4 8例AD患者及 86例对照者的AACT信号肽基因进行分型 ,并进行AD与AACT信号肽基因多态性的相关分析。结果 :①AD病人AACT信号肽A/T基因型占 2 7 1% ,明显低于对照组的 5 1 2 % (P <0 0 1,RR =0 35 5 ) ,T/T占 6 0 4 % ,明显高于对照组的 37 2 % (P <0 0 1,RR =2 5 76 ) ,A/A占 12 5 % ,与对照组 11 6 %无显著性差异 (P >0 0 5 ,RR =1 0 86 )。②AD病人中AACT信号肽等位基因A的频率为 2 6 0 % ,T的频率为 74 0 % ,与对照组 (A37 2 %、T 6 2 8% )无显著性差异 (P >0 0 5 )。结论 :AD病人的AACT T/T可能与AD存在正相关 ;而AACT

湖北地区汉族人群E-选择素第4外显子S128R基因多态性研究

目的 研究E 选择素基因第 4外显子S12 8R多态性在湖北地区健康汉族人群中的分布。方法 随机选择 16 5例湖北地区无血缘关系的汉族健康人 ,用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性技术检测E 选择素基因型 ,并进行不同种族间比较。结果 湖北地区汉族健康人群基因型以SS型最为常见 ,其次为SR型 ,其频率依次为 92 .7%和 7.3% ;其等位基因以S型最为常见 ,其次为R型。与美、德、英等国人群相比 ,该位点多态性均存在统计学差异 (P <0 .0 5或P <0 .0 1)。结论 湖北地区汉族人群E 选择素基因第 4外显子 12 8位点存在S/R多态性 ,其在不同种族间的分布可能存在显著性差异。

IL-23R rs17375018单核苷酸多态性与广西肝癌人群的相关性

目的探讨IL-23R基因单核苷酸多态性与广西肝癌人群的关系。方法采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法对270例肝癌患者和251例对照者的IL-23R rs17375018位点进行基因分型，分析其基因型、等位基因频率与肝癌的关系。结果IL-23R rs17375018位点G等位基因频率在肝癌组与对照组中的分布差异有统计学意义（OR=1．362，95％C／：1．002—1．851，P=0．049）。结论1L-23R rs17375018位点的G等位基因可能与广西肝癌人群发病相关。

西藏藏族人群白细胞介素1β基因-511C／T多态性

目的：研究白细胞介素1β（IL-1β）启动子-511位点C／T单核苷酸多态性（SNP）在西藏藏族健康人群中的分布特点。方法：采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）的方法，对144名西藏拉萨市藏族人群IL-1β-511位点SNP进行检测，计算其基因型频率和等位基因频率。结果：西藏拉萨市藏族人群IL-1β-511点基因型以CT杂合子型最为多见（52．72％），TT纯合子型次之（36．11％），CC纯合子型较少（11．11％）；其等位基因分布也是以T等位基因最为多见（62．50％），其次为C等位基因（37．50％）。西藏藏族人群的等位基因频率分布与奥地利人、非洲黑人、非洲白人、日本人差异均有统计学意义。结论：西藏拉萨市藏族人群中IL-1^-511位点基因型以CT和TT型为主，等位基因以T为主，其SNP分布与其他种族之间存在差异。

TGF-β1-509C/T基因多态性与不同中医证型原发性膝骨关节炎的关系

目的探讨TGF-β1-509C/T基因多态性与不同中医证型原发性膝骨关节炎（primary knee osteoarthritis,PKOA）遗传易感性的关系。方法采用关联分析,严格按照病例纳入标准,随机选取湖南地区PKOA患者88例（瘀血阻滞组52例,肾虚亏髓组36例）,应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析（PCR-RFLP）对所选对象TGF-β1-509位点基因和基因型进行检测。结果瘀血阻滞型PKOA组携带CC基因型的频率明显要高于对照组（50.0%vs 13.5%;χ~2=15.996,P〈0.05）,差异有统计学意义;Logistic回归分析结果显示,与TGF-β1-509位点TT基因型相比,携带TGF-β1-509位点CC基因型有患瘀血阻滞型PKOA风险（OR=9.75,95%CI=7.10-13.46））。结论 TGF-β1-509位点与瘀血阻滞型PKOA相关,CC基因型是瘀血阻滞型PKOA易感基因型。

BIC/miR-155基因及毗连区多态性与中国汉族人群支气管哮喘相关性

目的探讨BIC/miR-155基因及毗连区rs1893650、rs2829803、rs2282471和rs2829806位点多态性与中国汉族人群支气管哮喘的相关性。方法采用病例-对照的方法,用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法分析比较了508例支气管哮喘患者与491例正常人之间基因型、等位基因频率,用Logistic回归分析它们对哮喘危险度的影响。结果 4个SNPs的等位基因频率与对照组相比,差异均无统计学意义(P> 0. 05)。相对TT基因型,rs1893650位点的CT基因型(OR=0. 650,95%CI=0. 466～0. 906,P=0. 011)和CC+CT基因型(OR=0. 695,95%CI=0. 508～0. 952,P=0. 023)均降低了哮喘发生的风险;同样,相对TT基因型,rs2829806位点的TG基因型(OR=0. 666,95%CI=0. 474～0. 936,P=0. 019)和GG+TG基因型(OR=0. 710,95%CI=0. 515～0. 979,P=0. 037)也均降低了哮喘发生的风险。而rs2829803和rs2282471位点的基因型与哮喘发生的危险性均无关(P> 0. 05)。结论 BIC/miR-155基因及毗连区的单核苷酸多态性可能与中国汉族人群哮喘易感性有关。但BIC/miR-155基因及毗连区中的这种遗传变异对哮喘易感性的影响需要进一步的研究。

基于线粒体DNA多态性鉴定烟台海鲜市场鱼种

由烟台海鲜市场随机采集具有相对重要商业价值的10种海鱼(小黄鱼、牙片、鲅鱼、面条鱼、鲐鱼、鲳鱼、鲈鱼、偏口、黑鱼、白姑鱼),利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对鱼种进行鉴定.首先提取10种海鱼的基因组DNA,利用自行设计的通用引物对其线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅲ基因(MT-co3)进行PCR扩增,对扩增产物克隆、测序,用NCBI数据库检索,确定了10种海鱼的鱼种.依据测序结果进行限制性内切酶酶切分析,选用NlaⅢ和HinfⅠ2种内切酶进行酶切,获得了各种鱼类特异的酶切片段图谱.研究结果表明,PCR-RFLP能有效地区分以上10种海鱼,在鱼种鉴定上具有简便、准确的优势,可为鱼类食品检测提供科学依据.

PCR-RFLP技术对Ⅰ群禽腺病毒12个血清型毒株的分型鉴定

应用扩增Ⅰ群禽腺病毒(AAV)Hexon基因A片段和B片段的2对引物,对Ⅰ群AAV的12个血清型毒株进行了PCR扩增。结果扩增出的A片段大小为1 219 bp,B片段大小为1 350 bp。对A片段用限制性内切酶HaeⅡ进行酶切,结果得到6种不同的RFLP图谱;对B片段进行HaeⅡ酶切,结果得到9种不同的RFLP图谱。综合分析A片段和B片段的PCR-RFLP结果,能鉴别Ⅰ群AAV的12个血清型。结果表明,建立的PCR-RFLP具有快速、简单、特异、灵敏等优点,可作为Ⅰ群AAV流行毒株血清型的快速分型工具。

MMP3基因Lys45Glu单核苷酸多态性与食管鳞癌遗传易感性的关系

目的:探讨基质金属蛋白酶3(matrix metallo proteinase3,MMP3)基因外显子2中Lys45Glu(rs679620)单核苷酸多态性与食管癌遗传易感的关系.方法:Chelex-100法提取DNA模板;PCR-RFLP方法对1127例包括湖北省、河南省食管鳞癌患者与两地正常人对照及河南移民样本的该SNP进行基因分型正常对照人群.结果:河南高发易感移民人群组与湖北正常人群对照组在GG、GA、AA3种基因型频率上均有极显著差异(均P<0.01);河南高发区鳞癌组与湖北正常人群对照组在A/A基因型频率上有显著差异(P<0.05);湖北人群与河南人群在GG和AA基因型频率上差异极显著(43.1%vs54.5%;14.8%vs8.5%,均P<0.01).结论:MMP3基因外显子2中Lys45Glu单核苷酸多态性与食管鳞癌的遗传易感性似有明显相关.