细粒棘球绦虫DNA损伤修复聚合酶ζ生物信息学分析及初步验证

目的对细粒棘球绦虫DNA损伤修复聚合酶ζ(DNA damage repair polymeraseζof Echinococcus granulosus sensu lato,EgPolζ)进行生物信息学分析,并分析去氢骆驼蓬碱(Harmine,HM)及其衍生物H-2-168、H-2-104干预后对EgPolζ的影响。方法提取细粒棘球绦虫总RNA并逆转录合成cDNA,利用RT-PCR技术克隆EgPolζ,通过测序获得EgPolζ全长序列。采用生物信息学在线网站、在线数据库与分析软件等工具预测和分析EgPolζ相关生物学信息,构建系统进化树进行同源性比较,HM及其衍生物H-2-168和H-2-104与EgPolζ蛋白进行分子对接。Western Blot检测HM及其衍生物H-2-168和H-2-104干预细粒棘球绦虫后EgPolζ含量变化。结果经生物信息学预测分析EgPolζ为亲水性蛋白,缺乏信号肽位点,但具有一个跨膜区域;该蛋白具有多个酸磷酸化位点;其结构域包含DNA聚合酶δ催化亚单位、3'-5'核酸外切酶结构域超家族与DNA聚合酶B型家族催化域;EgPolζ二级结构中与抗原表位相关的β-折叠约占4.59%;分析EgPolζB细胞抗原表位且对其进行评估后得到8条预测表位;EgPolζ与多房棘球绦虫(Echinococcus multilocularis,Em)的Polζ序列相似性为93.56%,二者同属于绦虫纲,进化关系较近,与智人和家鼠等哺乳动物的进化关系较远。HM、H-2-168和H-2-104与EgPolζ蛋白结合能分别为-5.91、-5.71与-5.05 kcal/mol;Western Blot结果分析:与DMSO组相比,HM组与H-2-104组EgREV3蛋白含量均降低(P<0.05,P<0.01);H-2-168组中EgREV3蛋白含量无显著变化(P>0.05)。结论成功克隆了EgPolζ全长序列,分析预测EgPolζ对细粒棘球绦虫的DNA修复具有调控作用,且HM与H-2-104抑制EgPolζ蛋白表达,从而影响细粒棘球绦虫DNA损伤修复功能。

宫颈癌化疗近期疗效差异与DNA聚合酶ζ亚基REV3基因多态性的关系

目的探究宫颈癌近期化疗效果差异与DNA聚合酶ζ(Polζ)亚基REV3基因多态性的关系。方法选取2018年1月至2019年12月河南省南阳市中心医院收治的96例宫颈癌患者(宫颈癌组),治疗前均采血提取基因组DNA,检测Polζ亚基REV3基因(rs181294、rs240966、rs465646)多态性,与同期收治的50例同龄正常体检者进行对照,分析遗传平衡情况;所有宫颈癌患者均给予铂类化疗,4个周期后评估化疗疗效,按治疗效果分为敏感组与非敏感组,分析近期疗效与REV3基因多态性的关系。结果宫颈癌组REV3 rs181294位点G/A型、A/A型及A等位基因频率高于对照组,rs465646位点A/G、G/G基因型及G等位基因频率高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。携带REV3 rs181294位点A/A基因型宫颈癌易感风险高于携带G/G型(P<0.05);携带rs465646位点A/G、G/G基因型宫颈癌易感风险高于携带A/A型(P<0.05);携带REV3 rs181294位点A型等位基因宫颈癌易感风险高于携带G等位基因(P<0.05);携带rs465646位点G等位基因宫颈癌易感风险高于携带A等位基因(P<0.05),差异均有统计学意义。96例宫颈癌患者完全缓解8例(8.33%),部分缓解41例(42.71%),稳定40例(41.67%),进展7例(7.29%)。敏感组REV3 rs181294位点G/A型、A/A型及A等位基因频率高于非敏感组,rs465646位点A/G、G/G基因型及G等位基因频率低于非敏感组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论携带Polζ亚基REV3 rs181294位点G/A型、A/A型及A等位基因及rs465646位点A/G、G/G基因型及等位基因G均可能增加宫颈癌易感性及铂类化疗不敏感风险。

跨损伤合成DNA聚合酶ζ-Rev7在肿瘤发展中的研究进展

跨损伤DNA合成(TLS)属于一种复制后修复过程,主要涉及DNA聚合酶κ、η和ζ等。跨损伤修复是细胞内一种DNA损伤耐受机制,DNA聚合酶ζ在这一过程中扮演着重要的角色,DNA聚合酶ζ主要由亚基Rev7和Rev3构成,在细胞代谢中的作用主要是参与跨损伤修复。Rev7(也称为MAD2L2)是一种多功能蛋白,能够与多种蛋白结合,参与DNA损伤修复、细胞的周期调节、基因表达和致癌作用。同时也参与调控多种不良肿瘤的预后过程。

跨损伤合成DNA聚合酶ζ在肺癌中的表达及对预后的影响

目的:探讨肺癌组织中DNA聚合酶ζ(DNA polymeraseζ,polζ)的表达及其临床意义。方法:应用免疫组化技术检测108例肺癌组织及配对癌旁组织中polζ蛋白的表达,分析其与肺癌临床病理学特征的关系,并探讨其预后价值。结果:polζ在肺癌组织中,高表达率为49.1%(53/108),在癌旁组织中,高表达率为29.6%(32/108),两组之间行χ~2检验,差异有统计学意义(χ~2=8.555,P=0.003);polζ在癌组织不同TNM分期之间差异有统计学意义(χ~2=8.465,P=0.004);在不同性别、年龄、病理类型、病理分级组间未见明显差异,差异无统计学意义(P>0.05);polζ低表达组的生存明显优于高表达组,两组比较差异有统计学意义(χ~2=1.824,P=0.036)。COX多因素分析polζ被进一步剔除(P>0.05),TNM分期是影响预后的独立判定因素(P<0.05)。结论:polζ在肺癌组织中存在过表达,且与分期和肿瘤的预后相关,但不是影响预后的独立因子。

Taq DNA聚合酶的分子改造及其在探针法qPCR直扩体系中的应用

Taq DNA聚合酶作为实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)技术的核心组分,其性能优劣直接影响qPCR技术的进一步发展。然而,野生型Taq DNA聚合酶的耐抑制剂性能差、延伸性能不足。为获得具有高性能的Taq DNA聚合酶,采用基因工程技术将双链DNA结合蛋白Sso7d或Sto7d融合在野生型Taq DNA聚合酶的N端或C端,构建了4个均可溶表达的改造体,再经过耐受性测试筛选较优的改造体,结果显示:改造体Taq-Sto的耐受性最高,其热稳定性不受影响,且在1 s/kbp的延伸条件下能成功扩增靶标,表明Taq-Sto具有增强的延伸性能,在TaqMan探针法qPCR体系中对腐殖酸、单宁酸、全血等抑制剂同样表现出良好的耐受性。EMSA实验发现:Taq-Sto对DNA模板的结合亲和力有所提高,有利于增强Taq-Sto对模板的竞争力;将Taq-Sto应用于非洲猪瘟病毒(ASFV)的TaqMan探针法qPCR检测,与商品化试剂相比,Taq-Sto具有更低的ASFV检出限,且在体积分数为2%~6%的猪粪便样本或猪肉样本中的检测灵敏度分别为100.0%和85.4%,说明Taq-Sto在直扩qPCR检测领域更具有优势。

血清中DNA聚合酶α在阿尔茨海默病中的表达和诊断价值分析

目的探究血清中DNA聚合酶α(DNA polα)在阿尔茨海默病(AD)中的表达水平,分析其在AD中的诊断价值。方法选取2019年3月至2023年4月在首都医科大学宣武医院就诊的AD痴呆(DAT)期患者100例作为DAT组,轻度认知障碍(MCI)期患者43例作为MCI组;同期,选取68例同年龄组别的健康者作为HC组。检测各组血清样本中DNA polα的表达水平,利用受试者工作特征(ROC)曲线分析DNA polα在AD中的诊断价值。结果DAT组血清DNA polα表达水平高于MCI组(P<0.05)和HC组(P<0.001),随着AD病程发展,DNA polα表达水平有递增趋势。DNA polα表达水平与简易智能精神状态检查量表(MMSE)和蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评分均呈负相关(r=-0.1553、-0.2037,P<0.05)。DNA polα诊断DAT期的曲线下面积(AUC)为0.682,灵敏度为0.900,特异度为0.412;DNA polα诊断MCI期的AUC为0.546,灵敏度为0.977,特异度为0.250;DNA polα鉴别诊断MCI期和DAT期的AUC为0.664,灵敏度为0.780,特异度为0.535。结论DNA polα在DAT期AD患者中表达水平升高,且其表达水平与AD病程发展存在一定联系,推测DNA polα有可能是诊断AD潜在的血液生物标志物。

猪萨佩罗病毒聚合酶链式反应检测方法的建立及应用

猪萨佩罗病毒(Porcine sapelovirus,PSV)是引发猪腹泻的重要病毒之一。为开发一种能快速、准确检测PSV的聚合酶链式反应检测方法,针对PSV的保守区3D基因设计了一对特异性引物,优化了聚合酶链式反应退火温度,分析聚合酶链式反应检测方法特异性和灵敏度,并应用于猪场样品检测。结果表明:建立的聚合酶链式反应检测方法可特异性扩增出PSV目的片段,对其他非靶标猪腹泻病毒则无条带产生,检测低限为5拷贝/μL;在浙江地区采集的88个健康猪粪便样本中检测PSV阳性率为7.95%。该PSV聚合酶链式反应检测方法特异性强、灵敏度高,可应用于PSV前期诊断和防控。

聚合酶链式反应检查法、细菌培养法在阴道细菌检查中的应用价值

目的:探究聚合酶链式反应(PCR)检查法、细菌检查法在阴道细菌检查中的应用价值。方法:选择2022年1—12月进行阴道细菌检查的阴道炎患者作为研究对象,共45例。收集所有患者的阴道分泌物,行PCR检查和细菌培养法检查,分析检验结果。结果:PCR检查法阳性检出率高于细菌培养法、肠球菌、棒状杆菌、加特纳菌、检出率高于细菌培养法(P<0.05)。结论:在阴道细菌检查中,PCR检查法相对于细菌培养法具有更高的应用价值,其病原菌检出率更高,为细菌性阴道炎的准确诊断和个体化治疗提供了更可靠的手段。

polo样激酶1、RNA聚合酶Ⅱ亚基A在人脑胶质瘤中的表达及与预后的关系

目的 探讨polo样激酶1(PLK1)、RNA聚合酶Ⅱ亚基A(POLR2A)在人脑胶质瘤(BG)中的表达及与预后的关系。方法 选取86例BG患者作为观察组,另选取30例非肿瘤脑疾病患者作为参照组,收集观察组患者的BG组织和参照组患者的非肿瘤脑组织。比较两组患者PLK1、POLR2A表达情况和不同临床特征BG患者的BG组织中PLK1、POLR2A的阳性表达情况;比较不同PLK1、POLR2A表达情况BG患者的生存情况;采用Cox回归模型分析BG患者预后的影响因素。结果 观察组患者PLK1、POLR2A阳性表达率分别高于参照组,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。低分化BG患者的BG组织中PLK1、POLR2A阳性表达率均高于中高分化患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。PLK1、POLR2A阳性表达患者的中位生存时间均明显短于PLK1、POLR2A阴性表达患者,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。Cox多因素回归分析结果显示,低分化、PLK1阳性表达、POLR2A阳性表达均为BG患者预后的独立危险因素(P﹤0.05)。结论 BG患者PLK1、POLR2A呈高表达,PLK1、POLR2A高表达BG患者中位生存时间缩短,低分化、PLK1阳性表达、POLR2A阳性表达均为BG患者预后的独立危险因素。

DNA聚合酶θ:易错的多功能DNA末端修复分子

DNA聚合酶θ(DNA polymerase theta,Polθ)是一种广泛存在于动植物中的DNA修复酶。它在选择性末端连接(alternative end-joining,Alt-EJ)途径中发挥着关键作用,常参与DNA双链断裂(DNA double-strand breaks,DSB)损伤修复。在正常生理状态下,Polθ主要调控基因组稳定性。然而,在恶性肿瘤发生时,Polθ表现出异常高表达水平,并参与调控肿瘤细胞的恶性转变过程。研究表明,抑制Polθ活性可导致同源重组(homologous recombination,HR)缺陷的肿瘤细胞发生合成致死(synthetic lethality,SL)。因此,已经开发出多种针对Polθ的小分子抑制剂,可与其他化疗药物联合使用以抑制恶性肿瘤的发展。此外,敲除或抑制Polθ活性还能增加HR修复效率,从而提高外源基因靶向整合效果。本文综述了Polθ及其介导的Alt-EJ修复机制在生物学功能方面的最新研究进展,为靶向Polθ在肿瘤治疗和基因编辑方面的应用提供理论基础。

基于扩增阻滞突变系统-聚合酶链式反应法的A1/A2牛奶鉴别试剂盒的开发及应用

目的基于扩增阻滞突变系统-聚合酶链式反应(amplification refractory mutation system polymerase chain reaction,ARMS-PCR)技术,开发A1A2牛奶鉴别试剂盒,并对市场上A2牛奶产品进行检测应用,实现对A2牛奶的鉴别检测。方法本研究先利用D-loop基因片段设计了牛内参基因引物探针组(标记FAM荧光)。随后,在β-酪蛋白基因突变位点分别设计了A1基因引物探针组和A2基因引物探针组(均标记VIC荧光)。基于ARMS-PCR技术构建了双通道ARMS-PCR反应体系与程序,进而成功开发了A1A2牛奶实时荧光ARMS-PCR试剂盒。为进一步验证试剂盒性能,将其应用于市场上A2牛奶的检测,并将检测结果与DNA测序法结果对比。结果本试剂盒特异性强,检测DNA灵敏度为0.1 ng/L;10份市售实际样品的应用检测结果与测序结果一致。结论本试剂盒特异性好,灵敏度高、准度度高,适用于A2牛奶的真实性鉴别。

重要人感染RNA病毒复制机制和靶向聚合酶药物开发研究进展

近年来,拉沙热、埃博拉、新冠和尼帕等多种病毒性传染病在世界范围内频繁暴发,给人类健康和社会经济发展带来了巨大威胁。广谱抗病毒药物是主动应对新发突发病毒性传染病的重要手段之一,而其研发的关键是发现病毒特有的保守药物靶点。病毒聚合酶负责病毒基因组的复制和转录过程,蛋白序列相对保守,是理想的药物靶点。本文以重要人感染RNA病毒聚合酶的工作机制和靶向病毒聚合酶的药物开发展开综述,为未来新发突发传染性疾病防控提供新思路和新策略。

TaqMan探针双重荧光聚合酶链式反应技术检测食源性沙门氏菌和志贺氏菌

目的建立TaqMan探针双重荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术检测食源性沙门氏菌和志贺氏菌的方法。方法通过比对沙门氏菌和志贺氏菌的基因组序列,选择同源性高、保守性好的区域设计特异性引物和探针,经过引探筛选、浓度调试等一系列优化,建立了食源性沙门氏菌和志贺氏菌双重荧光PCR核酸检测方法,并对其特异性、质粒最低检出限、菌液敏感性、重复性、稳定性以及实际样品进行了验证。结果该方法与大部分食源性致病菌无交叉反应,特异性强;沙门氏菌和志贺氏菌质粒的最低检出限可达5 copies/μL,沙门氏菌菌液敏感性为1.0×10^(2) cfu/mL,志贺氏菌菌液敏感性10 cfu/mL;质粒和菌液核酸梯度的批内和批间变异系数均在0.177%~1.958%之间,小于5.0%,具有较强的稳定性;标准曲线相关系数(r^(2))均大于0.999。结论本研究成功建立了一种TaqMan探针双重荧光PCR技术同时检测食源性沙门氏菌和志贺氏菌的方法,该方法扩增时间短,只需要30 min即可,而且特异性强、稳定性好,可用于疑似沙门氏菌和志贺氏菌污染样品的检测,为食品安全的快速检测提供技术支撑。

新型冠状病毒RNA依赖性RNA聚合酶抑制剂研究进展

由严重急性呼吸综合征冠状病毒2型导致的新型冠状病毒感染席卷全球,寻找广谱抗病毒特效药一直是一项重大任务。RNA病毒的RNA依赖性RNA聚合酶是一类不同病毒间在结构和功能上高度保守的关键非结构蛋白,针对该聚合酶为靶点开发新的小分子抑制剂至关重要。本文作者从新型冠状病毒RNA依赖性RNA聚合酶的结构为出发点,详细阐述了该病毒RNA依赖性RNA聚合酶的作用机制以及不同种类抑制剂的特点。着重从药物化学的角度介绍了核苷类似物和非核苷类似物的作用特点和作用机制,综述了多种小分子聚合酶抑制剂化学结构与生物活性之间的关系。

基于重组酶聚合酶扩增技术的牛源性成分快速检测方法

市场中肉类食品掺假的复杂多样化使得监管机构对动物源性成分鉴定的便捷性、准确性、灵敏性要求越来越高。尤其是市场上经济价值较高的牛肉类产品已成为制假的重灾区,迫切需要建立一种快速、高效的牛源性成分分子检测方法。基于此,以牛组成型表达基因β-actin为靶基因设计并筛选了几组牛特异性扩增的引物和探针组合,经过灵敏度检测和特异性验证,建立了一种牛源性成分实时荧光重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)快速检测方法。通过优化试剂配比,提高了一步法提取牛肉制品DNA的效率,同时将PRA技术与胶体金免疫试纸条显色技术相结合实现了检测的便捷化和结果的可视化。实际应用结果表明,研究建立的牛源性RPA检测方法能够特异性地检测牛源性成分,且最低检测灵敏度可达到14.8个拷贝,通过胶体金免疫试纸条得到的可视化结果的准确性和灵敏度与实时荧光RPA相同。该方法特异性强、灵敏度高,整个过程在25 min内即可完成,极大缩短了检测时间。

香辛料SYBR GREENⅠ染料实时聚合酶链式反应检测方法的建立及应用

目的:本研究致力于建立香辛料真实性成分的分子鉴定方法,为香辛料的掺假提供有效的鉴定和检测方法,在不同的使用条件下分别实现定性或半定量分析,为建立相关标准提供一定的基础技术支撑。方法:研究采用SYBR GREENⅠ染料实时聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法,通过设计特异性引物成功建立了特异性检测八角、茴香、胡椒和花椒的分析技术。结果:该方法能够特异性检测出八角、茴香、胡椒、花椒,Ct值在标准品体积分数0.001%~10%范围内线性关系良好。针对八角标准品,检测限为1%;针对茴香、花椒、胡椒标准品,最检测限均为0.001%。利用该方法对5份实际样本进行检测,分别在样本1中未检测出八角、茴香、胡椒、花椒;样本2、3、5中检测出八角、茴香、胡椒;样本4中检测出八角、茴香、胡椒、花椒。结论:本实验建立的SYBR GREENⅠ染料实时PCR方法灵敏度高、重复性好,可应用于实际样品的检测。

牛支原体可视化重组酶聚合酶扩增检测方法的建立

为建立一种对牛支原体高效、快捷的可视化重组酶聚合酶扩增(LFD-RPA)临床诊断方法,以牛支原体uvrc基因序列为靶基因,设计特异性引物和探针,通过筛选引物和探针、优化反应条件,并通过灵敏度、特异性、重复性和临床样本检测试验进行验证。结果显示,该试验建立的牛支原体LFD-RPA最佳引物为F2/R2,最佳反应条件为39℃、 25 min;检测灵敏度可达2.08 copies·μL^(-1),是普通PCR灵敏度的100倍;与滑液囊支原体、沙门氏菌、绵羊肺炎支原体、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌、无乳链球菌和产气荚膜梭菌之间无交叉反应;重复性稳定;对50份鼻拭子样本进行检测,阳性率为26%,与我国行业标准PCR检测方法的符合率为89.6%。该试验成功建立了牛支原体LFD-RPA检测方法,该方法具有操作简便、快速、高效、敏感等优点,为牛支原体的临床快速诊断提供了技术支撑。

重组酶聚合酶扩增技术在动物病原菌检测中的应用进展

体外核酸扩增技术在动物疫病病原检测中应用广泛。重组酶聚合酶扩增(RPA)作为一种新型的核酸等温扩增技术,可在较低温度(37~42℃)下扩增DNA或RNA,具有反应时间短、样品制备量少、特异性和敏感性高等优点。RPA突破了常规聚合酶链反应(PCR)实施时对实验室条件的依赖性,并能高效和灵敏地检测动物疫病病原。基于RPA技术的病原菌检测方法可实现对动物细菌病的现场快速诊断。论文综述了RPA技术的反应体系和条件、反应原理和产物检测方法等,介绍了RPA技术在动物病原菌检测中的应用和潜在价值,以期为动物疾病快速诊断研究提供参考。

火鸡源性成分实时聚合酶链式反应检测方法ISO标准研制

选择火鸡染色体Z DNA序列的特异片段作为检测靶序列,建立了实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)检测方法,该方法种间特异性和种内一致性良好。将靶序列克隆到pUC57质粒中,通过对不同稀释浓度的质粒样品进行real-time PCR测试,该方法绝对检测限为5拷贝/PCR反应。组织国际协同实验对方法进行验证,方法的假阳性率、假阴性率均为0%,绝对检测限为5拷贝/PCR反应。根据对各实验室不同稀释浓度的质粒样品的定性测试结果对方法进行分析,结果表明,实验室间标准偏差为0.30,低于最大允许值1;在检出概率为95%的情况下,方法的绝对检测限为3.2拷贝/PCR反应,低于最大允许值20拷贝/PCR反应。将该方法提交国际标准化组织(International Organization for Standardization,ISO),经过标准不同的制订阶段投票、征求意见,正式上升为ISO标准(ISO/TS20224-8:2022)。