聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测耐多药结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL突变的研究

目的 应用PCR SSCP技术快速检测耐INH ,RFP ,SM结核分支杆菌分离株KatG、rpoB、rpsL基因突变 ,评价其在检测结核分支杆菌耐药性方面的价值。方法 32株耐INH、RFP、SM结核分支杆菌临床分离株及 2 5株结核分支杆菌敏感分离株用PCR SSCP方法分别检测 ,rpoB、KatG、rpsL基因突变。结果 32株耐多药结核分支杆菌分离株中 ,rpoB、KatG、rpsLPCR扩增产物PCR SSCP分别有 2 8株 (87.5 % )rpoB基因 ,19株 (5 9.3% )KatG基因和 2 3株 (71.9% )rpsL基因电泳条带与结核分支杆菌标准株H3 7Rv电泳条带相比有明显差异 ,而 2 5株结核分支杆菌敏感株的PCR SSCP条带与结核分支杆菌H3 7Rv相似 ,特异性为 10 0 %。结论 PCR SSCP方法敏感、特异 ,可快速检测结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL耐药基因突变 。

聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测瘢痕疙瘩成纤维细胞p53基因突变

目的 :分析瘢痕疙瘩成纤维细胞p5 3基因突变高发区第 4～ 8外显子的突变及其意义。 方法 :取手术切除的瘢痕疙瘩和非增生瘢痕各 12例 ,分别采用相应正常皮肤对照 ,体外培养成纤维细胞 ,采用聚合酶链反应 单链构象多态性 (PCR SSCP)技术检测 p5 3基因的突变情况。 结果 :12例瘢痕疙瘩成纤维细胞标本中有 9例 p5 3基因外显子 4、5、6、7出现突变 ,非增生瘢痕标本和正常皮肤标本均未检出突变。 结论 :p5 3基因突变是瘢痕疙瘩形成和发展的重要因素之一。

聚合酶链反应-单链构象多态性银染后胶回收在基因改变检测中的应用

目的:探讨聚合酶链反应-单链构象多态性银染后胶回收的方法在基因改变检测中的应用。方法:实验于2004-09/2005-10在南方医院心内科实验室完成。样本来源:于2004-09/2005-08选择南方医院心内科收治的冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)患者123例,均符合WHO冠心病诊断标准,并经心电图、超声心动图、CT确诊。患者均知情同意。聚合酶链反应-单链构象多态性银染方法检测冠心病患者三磷酸腺苷结合盒转运体A1基因改变,对1例怀疑存在基因改变样本的聚丙烯酰胺凝胶采用银染后单链胶回收,以胶回收后的单链聚合酶链反应产物为模板重复聚合酶链反应后进行测序。结果:在对三磷酸腺苷结合盒转运体A1基因Exon7进行单链构象多态性检测时,发现一样本泳带异常,对其样本进行银染后胶回收,结合限制性内切酶酶切,证实此样本存在碱基改变,从而验证了非变性聚丙烯酰胺凝胶银染后胶回收的准确性和可行性。结论:经聚合酶链反应-单链构象多态性银染后的非变性聚丙烯酰胺凝胶胶也可进行胶回收。聚合酶链反应-单链构象多态性银染后胶回收在基因改变检测中可以增强单链构象多态性基因突变检测的准确性,由于其无毒性、成本低及操作简单等优点,更易被实验人员所接受。

聚合酶链反应-单链构象多态性分析在家族性高胆固醇血症研究中的应用

目的：探讨聚合酶链反应－单链构象多态性分析（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ－ｓｉｎｇｌｅｓｔｒａｎｄｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）在家族性高胆固醇血症（ｆａｍｉｌｉａｌｈｙｐｅｒｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌｅｍｉａ，ＦＨ）研究中的应用价值。方法：提取ＦＨ患者外周血基因组ＤＮＡ，进行ＰＣＲ－ＳＳＣＰ及ＤＮＡ序列分析。结果：对１家２例临床诊断为ＦＨ的患儿及其父母从基因水平明确了诊断。ＬＤＬ受体基因突变是位于第６外显子的移框突变。结论：ＰＣＲ－ＳＳＣＰ可以从基因水平对ＦＨ患者明确诊断，并可对先证者家系成员早期诊断，以便提供咨询和指导。

用PCR-指纹图和PCR-单链构象多态性对骨髓移植供、受体进行HLA-D区配型

为探讨HLA血清学分型与DNA配型结果的相关性,本文建立了HLA-DQA、DQB、DPB、DRB位点聚合酶链反应-指纹图(PCR-F)、聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)配型方法,并用PCR-F、PCR-SSCP对21对骨髓供、受者进行了基因配型。与血清学结果比较,其中10对血清学配型一致的供、受体,在DQA位点PCR-F、PCR-SSCP有8对相合,在DRB位点有7对相合。提示在配型中,应用PCR-F和PCR-SSCP可发现血清学不易检测出的基因亚型。

多重聚合酶链反应-单链构象多态性分析检测耐异烟肼结核分枝杆菌

目的 建立耐异烟肼 (isoniazid ,INH )结核分枝杆菌多重聚合酶链反应 单链构象多态性分析 (multiple polymerasechainreaction singlestrandconformationpolymorphism ,multi PCR SSCP)方法 ,快速、特异地同时检出aphC启动子、inhA、katG基因的突变情况 ,用于快速诊断结核分枝杆菌对INH的耐药性。方法 根据结核分枝杆菌的aphC启动子序列、inhA序列、katG序列 ,分别设计出 3对特异性寡聚核苷酸引物 ,采用multi PCR及SSCP技术 ,同时检测对结核分枝杆菌耐INH起作用的这 3个基因的突变情况。结果 对H3 7Rv标准株、临床分离INH敏感株 (2 3株 )及INH耐药株 (3 5株 )分别采用常规PCR和multi PCR同时进行扩增 ,两种扩增方法均能扩增出预期的目的片段 ,且结果符合率达10 0 % ;采用单基因PCR SSCP ,aphC启动子序列突变检出率 17% (6/3 5)、inhA序列突变检出率 2 0 % (7/3 5)、katG序列突变检出率 66% (2 3 /3 5) ;multi PCR SSCP突变检出率 83 % (2 9/3 5)。结论 耐药基因检测指导治疗是一种新探索 ,multi PCR SSCP方法敏感、特异 ,能同时快速有效地检测结核分枝杆菌aphC启动子、inhA、katG 3个INH耐药基因的突变 ,提高检验效率 ,有望成为临床指导用药的好方法。

应用聚合酶链反应-单链构象多态性技术分析结节性硬化症基因突变

目的 检测结节性硬化症基因外显子突变。方法 应用聚合酶链反应 单链构象多态性 (PCR SSCP)技术分析 2 8例结节性硬化症患者TSC1和TSC2基因外显子突变情况。结果 2 8例中有 4例发生TSC1基因突变 ,其中包括 1个无义突变、2个错义突变和 1个移码突变 ;有 13例患者发生TSC2基因突变 ,其中包括 2个无义突变、2个移码突变、1个缺失和 8个错义突变。有 2例患者在TSC1及TSC2基因上均发生突变 ,另有 2例患者在TSC2核苷位 1960上出现同样突变。TSC1突变患者和TSC2突变患者之间临床表现无明显差异。结论 突变广泛分布于TSC1及TSC2基因各个外显子上 ,没有集聚于某个外显子 。

威灵仙的聚合酶链反应-单链构象多态性方法鉴别研究

目的利用聚合酶链反应-单链构象多态性方法(PCR-SSCP)技术建立一种快速、准确鉴别威灵仙药材基原的方法。方法查找Genbank上注册的威灵仙药材基原的内转录间隔区(ITS)序列,进行序列的比对分析,确定稳定的特异鉴别位点。据此设计能扩增包含特异鉴别位点的短片段引物,采用聚合酶链反应-单链构象多态性方法对威灵仙药材基原进行鉴定。结果不同威灵仙基原的聚合酶链反应-单链构象多态性方法谱带带型存在明显差异。结论聚合酶链反应-单链构象多态性方法方法能够快速、准确地鉴别威灵仙药材基原,为进一步开展威灵仙药材的准确鉴定奠定基础。

应用聚合酶链反应-单链构象多态性分析检测散发性乳腺癌EMSY基因的突变

目的了解EMSY基因在散发性乳腺癌组织中的突变情况，探讨EMSY基因突变与散发性乳腺癌的关系。方法收集72例散发性乳腺癌组织及18例乳腺良性肿瘤患者的肿瘤组织，常规酚-氯法抽提组织DNA，并应用聚合酶链反应-单链构象多态性分析（PCR—SSCP）的方法，扩增其EMSY基因的20个外显子，然后根据构象改变来分析此基因突变情况。结果72例散发性乳腺癌组织以及18例乳腺良性肿瘤组织中，6例样本存在第9外显子SSCP条带的异常改变，测序结果为第9外显子区GCA（丙氨酸）中的A杂合性缺失，突变率为8．3％（6／72）。结论本课题研究提示广西散发性乳腺癌中存在着EMSY基因第9外显子的缺失突变，并且在乳腺癌患者中突变率高于乳腺良性肿瘤患者。

云南汉族HLA-DRB1多态性分析及与9个汉族群体的比较

应用聚合酶链反应—微孔板杂交 (PolymeraseChainReactionandMicrotitrePlateHybridization ,PCR MPH)的方法对云南 12 9个无亲缘关系的汉族样品进行了HLA DRB1的遗传多态性分析 ,对MPH初分出的DRB1 15组的样品进行了单链构象多态 (Single StrandConformationPolymorphism ,SSCP)检测。共发现 36种等位基因 ,其中等位基因频率大于 0 0 5的有DRB1 15 0 1(0 12 4 0 ) ,DRB1 0 90 12 (0 0 96 9) ,DRB1 0 80 32 (0 0 930 ) ,DRB1 12 0 2(0 0 891) ,DRB1 12 0 1(0 0 814 ) ,DRB1 14 0 1(0 0 775 ) ,DRB1 0 70 1(0 0 6 2 0 )。云南汉族HLA DRB1等位基因频率与中国其他 9个汉族群体进行 χ2 检验 ,结果显示与云南汉族比较 χ2 >10的有西安汉族 (DR8,χ2 =13 9712 )、上海汉族 (DR4 ,χ2 =10 16 32 )、广东汉族 (DR9,χ2 =12 6 12 1)和南京汉族 (DR4 ,χ2 =10 5 796 )。从遗传距离分析发现 ,在 9个国内汉族群体中云南汉族与辽宁汉族有最近的距离 (0 0 5 4 1) ,而与广东汉族最远 (0 185 1)。云南汉族在构成上可能与辽宁汉族更为接近 ,尽管地处南方 ,但已不属典型的南方汉族。这也可能因云南汉族与当地的少数民族存在基因交流 。

HLA-DQA1基因多态性与儿童Graves’病的相关性研究

目的 :分析重庆地区汉族儿童Graves’病 (Graves’disease,GD)与人类白细胞抗原DQA1基因 (HLA -DQA1)多态性的相关性。方法 :用聚合酶链反应 -单链构象多态性 (PCR -SSCP)及DNA测序方法 ,对已经确诊的重庆汉族GD患儿 85例和正常对照组 5 0名儿童的外周血白细胞基因组DNA的HLA -DQA1基因多态性进行分析。结果 :在GD组和对照组中检测到 7种单链构象 ,分别标为abcdefg带型。GD组中d(HLA -DQA1 0 10 2 )、f(HLA -DQA1 0 30 2 / 0 5 0 1)两带型频率 (分别为 4 3.5 % ,VS 8.0 % ;2 7.0 %VS 8.0 % )显著高于正常对照组 (χ2 =18.79,P =0 .0 0 1,RR =8.86 ;χ2 =6 .80 ,P =0 .0 0 9,RR=4 .2 7) ,而b带型 (HLA -DQA1 0 10 1/ 0 30 1)频率 (8.2 %VS 5 2 .0 % )显著低于正常对照组 (χ2 =2 9.4 3,P <0 .0 0 1,RR =0 .0 8)。结论 :HLA -DQA1 0 10 2和HLA -DQA1 0 30 2 / 0 5 0 1可能与GD易感性相关 ,而HLA -DQA1 0 10 1/ 0 30 1可能与GD的保护性相关。提示上述 3基因位点可能分别是重庆地区汉族儿童GD的易感基因和保护基因。

nm23-H1基因突变及异常表达与大肠癌转移相关性的研究

目的 :探讨nm2 3 H1基因突变及异常表达与大肠癌转移之间的关系。方法 :(1)收集 63例中国人大肠癌组织及癌旁组织 ,酚 氯仿 异戊醇法提取基因组DNA ,同时收集整理患者的临床和病理资料 ;(2 )应用PCR扩增nm2 3 H1基因全部编码序列第 2～ 5位外显子后 ,经SSCP法初步筛查基因突变并对异常带型样本进行DNA测序分析 ;(3 )应用流式细胞仪检测 14对大肠癌组织及癌旁组织nm2 3 H1蛋白的表达情况。结果 :nm2 3 H1基因第 2～ 4位外显子在 63例大肠癌组织中 (其中 2 0例标本有淋巴结转移 )未发现异常突变 ;仅有 15例大肠癌组织nm2 3 H1基因第 5外显子序列存在突变 ,其第 3 60位碱基发生T C置换 (同义突变 ) ;nm2 3 H1基因蛋白在大肠粘膜组织中有表达 ,在部分大肠癌组织中的表达比其癌旁粘膜组织低 ,并与肿瘤转移有相关性。结论 :nm2 3 H1基因突变在大肠癌组织中为小概率事件 ,大肠癌病理类型、有无转移与nm2 3 H1基因突变无明显相关性 ;nm2 3 H1基因蛋白水平的表达下降与大肠癌的转移有相关性。

上皮性卵巢癌中nm23-H1基因突变

目的 本文研究nm2 3 H1基因在上皮性卵巢肿瘤中的突变情况 ,以期寻找监测卵巢癌转移并能指导治疗的指标。方法 利用非同位素PCR SSCP技术研究nm2 3 H1基因的 5个外显子的突变情况。结果 正常卵巢、良性卵巢癌及交界性瘤均未发现突变 ,卵巢癌突变率显著增高。低分化程度卵巢癌突变率高于高、中分化程度的卵巢癌。浆液性卵巢癌nm2 3 H1基因突变率高于其他组织学类型。Ⅲ、Ⅳ期卵巢癌突变率高于Ⅰ、Ⅱ期卵巢癌。发生淋巴结转移的卵巢癌突变率高于无淋巴结转移的卵巢癌。结果 nm2 3 H1基因突变容易发生于分化程度较低、有淋巴结转移的晚期卵巢癌病例中。

姐妹2人同患家族性高胆固醇血症家系LDL-R基因突变分析

目的:对临床确诊的家族性高胆固醇血症(FH)两姐妹及其家系成员进行低密度脂蛋白受体(LDL-R)基因突变分析,探讨其发病机制。方法:提取患者外周血基因组DNA,聚合酶链反应分别扩增启动子和18个外显子片断,采用单链构象多态性(PCR-SSCP)结合银染技术,对异常电泳条带进行核苷酸序列分析。结果:姐妹2人及其父亲,叔叔,祖母均发现LDL-R基因第13外显子存在一个错义突变,与GeneBank对照证实第1879位G→A碱基置换,氨基酸的改变为丙氨酸→苏氨酸(A606T突变),其母亲和女儿经测序并未发现此突变位点。结论:姐妹2人均为LDL-R基因存在A606T杂合错义突变,并均来自其父系亲属;可能是该家系发病的分子基础。

牦牛α-乳白蛋白基因单核苷酸多态性分析

为明确牦牛乳中α-乳白蛋白遗传多样性,以α-乳白蛋白基因(LAA)的Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和IV外显子为研究对象,采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法对麦洼牦牛的LAA进行分析,旨在从分子水平揭示LAA在牦牛乳中遗传多样性分布.牛属不同来源的α-乳白蛋白基因的编码序列被用于构建系统发育树.结果表明,牦牛乳中LAAⅠ外显子区域以杂合体形式存在,并发现了一个新变异体JN084189.不同来源LAA的系统发育树分析表明,LAA在进化上存在一定的物种特异性.

PCR-限制性酶切片段-单链构象多态合并异源二聚体分析中国人群的Kell血型系统

目的分析中国人群的Keu血型系统的多态性，寻找合适的筛选方法。方法建立聚合酶链反应-限制性酶切片段-单链构象多态性方法（polymerase chain reaction-restriction fragment-single strand conformation polymorphism，PCR-RF-SSCP）合并异源二聚体分析，筛选找出KEL基因第7～9外显子区域中具有不同格局的样品，并对其测序，找出突变位点。结果500份标本中发现两个突变，分别是KEL基因第9外显子上966G〉A和第7内含子的第67位C〉A点突变，但没有涉及氨基酸序列的变化；突变率为4／1000；没有发现PCR-RF-SSCP合并异源二聚体分析有漏检情况。结论PCR-RF-SSCP合并异源二聚体分析可以作为有效的经济简便的筛选方法，适用于基因背景不明了、没有阳性对照品的群体。中国人群的Keu血型系统有自己的特征，多态性有别于其他民族，值得进一步研究。