聚合酶链反应-序列特异性引物方法检测儿科疾病基因多态性

目的建立多个基因多态性分型的聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)的方法,以推广其在儿科疾病分子水平研究中的应用。方法应用PCR-SSP的方法分析以下基因的多态性,TNF-α-308A/G和-238G/A变异,IL-6-174G/C变异。结果应用同一个PCR扩增程序,可同时对多个基因、多个临床样本的多态性进行分析,基因型清晰,且基因分型快速、准确。结论PCR-SSP适合对大样本、多基因的多态性进行分析,成本低、快速、准确,在儿科疾病分子水平研究中前景良好。

聚合酶链式反应-特异性序列引物基因定型在新生儿溶血病ABO血型定型中的应用

目的研究聚合酶链式反应-特异性序列引物(PCR-SSP)基因定型在新生儿溶血病(CHDN)ABO血型定型中的应用。方法收集20例来自广东省肇庆市第一人民医院新生儿溶血病(HDN)的样本,对这些样本进行ABO血型鉴定等一系列血型血清学方法进行检测,然后用PCR-SSP基因定型技术进行样本的基因分型。结果与其血型的血清学分型结果进行比较,新生儿溶血病ABO血型的定型是新生儿输血的必要保障,而PCR-SSP基因分型较血型血清学方法更快捷、准确。结论 PCR-SSP基因正型技术将不再局限于疑难血型的鉴定中,并会越来越多地应用于HDN的鉴定中。

检测HBV基因组nt551A→G突变特异性聚合酶链反应的建立与初步验证

目的：建立一种特异而敏感的检测乙型肝炎病毒(HBV)基因组nt551位A→G变异株的方法。方法：根据已知的HBV基因组序列，结合国内主要流行亚型adr和adw的特点，合成在nt55l位分别为A或G两对引物，建立了突变特异性聚合酶链反应方法。结果：利用该方法对由16份乙型肝炎患者血清扩增的HBVS基因片段进行了初步检测。结果14份样本nt55l为A，l份为G，l份nt55l非A非G。经核苷酸序列分析表明结果正确。结论：该法是鉴定HBV基因组nt55l位A→G变异株的特异而敏感的方法。

逆转录-聚合酶链反应检测鼠肝炎病毒方法的建立

建立特异、灵敏的逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）技术，结合碱性磷酸酶标记的探针杂交检测鼠肝炎病毒（MHV），采用MHV－3，MHV－A59病毒株感染DBT细胞，37℃培养，待细胞出现病变时收集提取病毒RNA。依据MHV基因序列设计一对高度保守区特异性引物，进行RT－PCR扩增，结果可见147bp的鼠肝炎病毒产物特异扩增带。敏感性实验检测到10pg的鼠肝炎病毒RNA，同时用ELISA方法对照。结果提示应用RT—PCR技术结合探针杂交检测鼠肝炎病毒。具有简便、快速、灵敏等优势。本研究在国内尚未见报道。

TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应在强直性脊柱炎IL-2RαmRNA检测的应用价值

目的:利用TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(FQ-RT-PCR)检测强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞白细胞介素-2受体α(IL-2Rα)mRNA的表达水平,并进行疾病的活动性相关分析。方法:用 Primer Express v2.0软件,根据GenBank提供的序列,在人IL-2Rα mRNA的第2和第3外显子之间设计一对引物和一条TaqMan探针。提取总RNA,加入已优化的一步法FQ-RT-PCR反应体系,扩增产物经凝胶电泳后切胶回收,并与pUCm-T载体连接。制备好的重组质粒转化感受态细胞进行克隆。经测序分析确定为特异性片段后,用T7RNA聚合酶转录为cRNA,作为FQ-RT-PCR系列浓度标准品。评价FQ-RT-PCR检测 IL-2Rα mRNA的特异性、线性、精密度和探针稳定性等。定量测定HLA-B27阳性活动组与阴性非活动组强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞IL-2Rα mRNA基因的表达水平,结合血浆可溶性白细胞介素-2受体 (sIL-2R)浓度,探讨与炎症活动的相互关系。结果:成功构建了cRNA标准品。该方法的线性范围为7～107 cells/ml,其批内CV8.4%,批间CV9.6%;扩增产物克隆的双向测序结果经BLAST比较、分析,证实为IL- 2Rα mRNA特异性片段。对各30例HLA-B27阳性与阴性的强直性脊柱炎的测定表明:与正常人对照组结果比较,HLA-B27阳性组与HLA-B27阴性组IL-2Rα mRNA和sIL-2R都有明显增加(P<0.01)。IL-2Rα mRNA对炎症活动评价的灵敏度为96.7%。结论:FQ-RT-PCR具有灵敏、特异、结果重复性好等优点;IL- 2Rα mRNA与sIL-2R比较更能反映强直性脊柱炎患者的免疫状态,可能为免疫药物的疗效评价和药物筛选提供基因表达水平上的信息。

三七总皂苷对大鼠脑缺血再灌注后白细胞介素-1β和其相关因子及半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶表达的影响

目的:研究三七总皂苷(Panax notoginsengsaponins,PNS)对大鼠脑缺血再灌注后白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、白细胞介素-1受体Ⅰ型(interleukin-1 receptor typeⅠ,IL-1RⅠ)、白细胞介素-1受体拮抗剂(interleukin-1 receptor antagonist,IL-1ra)、细胞间黏附分子-1(intercellular adhesion molecule-1,ICAM-1)和半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶(cysteinyl-aspartate specific protease,caspase)-1、3、8 mRNA表达的影响。方法:采用颈内动脉线栓法建立大鼠局灶性脑缺血再灌注模型,在脑缺血前5 min和脑缺血后12 h分别腹腔注射给药1次。在脑缺血2 h再灌注22 h后,以逆转录-聚合酶链反应测定缺血脑组织IL-1β、IL-1RⅠ、IL-1ra、ICAM-1和caspase-1、3、8 mRNA的表达。结果:在脑缺血2 h再灌注22 h后,模型组脑组织IL-1β、IL-1RⅠ、IL-1ra、ICAM-1和caspase-1、3、8 mRNA表达较假手术组均增强(P<0.05或P<0.01)。PNS组脑组织IL-1β、IL-1ra和IL-1RⅠ表达低于模型组,高于假手术组,与模型组和假手术组相比,差异均无统计学意义(P>0.05);PNS组脑组织caspase-3表达低于模型组(P<0.05),但PNS对ICAM-1、caspase-1和caspase-8表达无明显影响。结论:PNS可抑制caspase-3的表达,同时对脑缺血后IL-1β及其相关炎症因子的表达有一定抑制作用,从而对缺血性脑损伤发挥保护作用。

序列特异性PCR在HLA-DRB1基因分型中的应用

参照HLAⅡ型基因序列设计8条序列特异性引物，应用分别代表HLA－DR1－18血清学特异性的11株DNA标准品建立序列特异性PCR（PCR-SSP）和套式PCR方法，并对64例IDDM病人和72例健康对照者进行HLA－DRB1基因分型。结果：（1）方法学鉴定示各序列特异性引物均能从11株DNA标准品中扩增出相应的等位基因，并能检出来合子。除HLA－DR3组特异引物对DR1发生交叉外，其余序列特异性引物扩增中均未出现交叉现象，且重复性好；（2）样本测定显示IDDM组与对照组HLA－DR1、DR2、DR4、DR7、DR8和DR10各等位基因频率无显著差异。结果表明，PCR-SSP不仅具有较好的敏感性、特异性和重复性，而且显得简便、快速经济，有较好的应用前景。

粘质沙雷菌中SHV型β-内酰胺酶编码基因的克隆及序列分析

目的研究重庆地区临床分离的粘质沙雷菌E 121编码超广谱β-内酰胺酶(ESBL s)的基因。方法PCR扩增ESBL s编码基因片段,克隆入pUCm-T载体,双脱氧链终止法测定核苷酸序列并确定亚型,等电聚焦测定β-内酰胺酶的等电点(pI)。结果PCR扩增结果显示粘质沙雷菌E 121产生的ESBL s为SHV型,其基因片段含756个核苷酸,G enB ank查询其核苷酸序列与SHV-28型ESBL s完全相同。该耐药株至少含有等电点pI约为5.4和8.2的两种β-内酰胺酶。结论重庆地区粘质沙雷菌E 121所产ESBL s亚型为SHV-28。

聚合酶链反应在寄生虫学研究中的进展

聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction简称PCR),是一种在体外将特异性DNA序列进行高效扩增的方法。自1985年由美国Cetus公司人类遗传部的Saski等研究成功以来,PCR技术在短短的几年内得到迅速发展。由于PCR具有简单、快速、敏感、特异和高效等优点,目前已广泛用于遗传性疾病诊断、产前诊断、病毒学、细菌学、肿瘤研究和法医学等领域,本文仅就其在寄生虫学研究中的应用进展作一综述。

二球悬铃木花粉变应原特应性体质与HLA-DRB1等位基因相关性分析

目的建立对二球悬铃木花粉过敏的特应性体质者的HLA-DRB1等位基因的PCR-SSP检测方法,探讨江苏汉族人二球悬铃木花粉变应原特应性体质者与HLA-DRB1等位基因的相关性。方法用酚-氯仿法提取全血DNA,合成8对等位基因特异性引物,用PCR-SSP方法检测20例江苏汉族二球悬铃木花粉过敏体质者和36例健康人HLA-DRB1*0401,*0402,*0403,*0404,*0405,*0406,*0407,*0408等位基因。结果经优化实验条件,建立了HLA-DRB1的8个等位基因的PCR-SSP检测方法,获得了患者组和健康人组上述HLA-DRB1等位基因的分布资料。二球悬铃木花粉变应原特应性体质者DRB1*0405和*0406基因频率高于健康人对照组而DRB1*0402基因频率低于健康人对照组。其他5个等位基因频率二组间无显著性差异。结论HLA-DRB1*0406和*0405可能是对二球悬铃木花粉变应原过敏的I型变态反应特应性体质者的可疑候选易患等位基因,而DRB1*0402基因可能是与之相关的具有抵抗作用的等位基因。

合肥市产超广谱β-内酰胺酶菌株的SHV型耐药基因分布和耐药性分析

目的了解1999～2000年合肥市临床分离的产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌中,SHV型β-内酰胺酶基因型分布情况和耐药性分析。方法标本为安徽省细菌耐药性监控中心所留取的1999年9月～2000年9月从合肥市4家大医院临床分离的、已被证实产ESBLs的98株肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌,采用聚合酶链反应(PCR)扩增产SHV型β-内酰胺酶菌株基因片段,克隆入pGEM-Teasy载体,双脱氧链终止法测定核苷酸序列以鉴定基因型。按照2005年CLSI推荐标准,用琼脂稀释法分别测定临床分离菌株和转移结合子对11种不同抗菌药物的MIC值,并比较分析两者的不同结果。结果98株产ESBLs菌株中有29株产SHV型β-内酰胺酶,其中SHV-1型8株,SHV-11型5株,SHV-12型11株,SHV-18型1株,SHV-28型1株,SHV-89型3株[序列号为(DQ193536)]。临床分离株的MIC结果显示对哌拉西林,头孢噻肟,头孢曲松的敏感率低;转移结合子的敏感性较临床分离菌株有所上升。结论合肥市部分医院产SHV型β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌检出率较高,我们在国内外首次报道了SHV-89;并且本地区产SHV型β-内酰胺酶菌株的耐药性较高。

血小板特异性抗原HPA-17bw基因分型及基因频率调查

目的对HPA-17bw基因分型并调查其在部分汉族人群中的分布。方法采用PCR-SSP方法对无亲缘关系的健康无偿献血者HPA-17bw进行基因分型,采用基因计数法进行基因频率、基因型频率的计算。结果259名正常人的HPA-17bw基因频率为0.000;HPA-17bw/bw的基因型频率为0.000。结论HPA-17bw为低频抗原,259份汉族样本中尚检测不出HPA-17bw。

爱泼斯坦-巴尔病毒潜伏期膜蛋白2AcDNA的克隆及序列分析

目的 :克隆爱泼斯坦 巴尔病毒 (EBV)潜伏期膜蛋白 2A(LMP2A)基因 ,进一步研究其基因工程疫苗。方法 :用逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)扩增出EBVB95 8株LMP2A全部编码蛋白的基因 ,并克隆至载体pGEM T中 ,通过α 插入失活、PCR及EcoRⅠ、SmaⅠ限制性内切酶双酶切等鉴定重组质粒 ;采用Sanger双脱氧终止法测定cDNA片段的核苷酸序列。结果 :克隆出LMP2A第 1个外显子到第 8个外显子的全部编码蛋白的cDNA ,测序结果与EB病毒B95 8原型株LMP2AcDNA作同源比较 ,完全一致。结论 :本实验克隆了LMP2A基因的全部编码蛋白的cDNA全长片段。

一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析

背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。

HIV-1基因限制性显示片段的克隆与序列分析

目的 克隆并分析经限制性显示－聚合酶链反应（ＲＤ－ＰＣＲ）扩增的ＨＩＶ－１基因片段。方法 将所有ＨＩＶ－１基因片段 分成１０组并进行ＲＤ－ＰＣＲ扩增，纯化各组ＰＣＲ产物后将之克隆至Ｔ载体上并快速鉴定。从阳性克隆中提取质粒，扩 增靶片段并测序。结果 序列分析表明，所扩增的片段均属于ＨＩＶ基因。结论 改良了一种多片段的克隆及鉴定方法并 用于限制性显示扩增片段的克隆。

藏羊IFN-γ基因的扩增、序列分析及蛋白结构预测

为了研究藏羊IFN-γ基因的功能,提取藏羊脾脏总RNA,通过RT-PCR扩增藏羊IFN-γ基因并测序,应用DNA Star软件进行序列分析及编码蛋白结构预测。结果表明,藏羊IFN-γ基因长度为429bp,其中腺嘌呤和胸腺嘧啶含量较高,该基因编码143个氨基酸,其中疏水性氨基酸和亲水性氨基酸的含量较高。藏羊IFN-γ基因与参考绵羊、山羊、藏羚羊和牛IFN-γ基因的核苷酸序列同源性依次为100%、99.3%、99.1%和97.2%,氨基酸序列同源性依次为100%、99.3%、99.3%和95.8%。IFN-γ蛋白主要由α螺旋组成,亲水性较高,含有5种蛋白质功能位点,分别为1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、1个酰胺化位点、2个N-糖基化位点、2个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点和3个蛋白激酶C磷酸化位点。

神经营养素-3基因的扩增及序列分析

目的 :从人脑基因组DNA获取神经营养素 3(neurotrophic 3 ,NT 3)基因 ,并对该项目的基因进行测序。方法 :本实验直接从人脑组织中提取人脑基因组DNA ,根据人的神经营养素 3基因的cDNA序列 ,设计一对寡核苷酸引物 ,采用聚合酶链反应 (PCR) ,获得人NT 3基因 ,DNA序列分析NT 3基因。结果 :本实验采用PCR方法获得的基因片段长度为 377bp ,该基因序列为编码神经营养素 3的序列。结论 :采用PCR获取NT 3基因序列是正确的 ,为进一步基因克隆和表达奠定基础。

ESBLbla SHV-12基因片段的克隆和序列分析

分析黑龙江省分离的肺炎克雷伯菌产超广谱 β 内酰胺酶基因片段的序列 ,确定该基因所产ESBLs的亚型。用双纸片法初筛检测产ESBLs菌株 ,聚合酶链反应扩增ESBLs编码基因片段 ,并将其克隆至pUC19载体中 ,双脱氧链终止法测定核苷酸序列以确定亚型。测序结果证实所获得的ESBLs基因片段含10 4 7个核苷酸 ,其基因型为SHV型 ,与SHV 12型ESBLs编码基因相同。上述结果表明 ,黑龙江省内分离的产超广谱 β 内酰胺酶肺炎克雷伯菌含有SHV 12编码基因。

人神经营养素-3全长基因克隆及序列分析

目的 :扩增人神经营养素 3(humanneurotrophin 3,hNT 3)全长基因并进行序列分析。 方法 :应用聚合酶链反应技术 ,以一个健康成人基因组DNA为模板 ,扩增出编码hNT 3的全长基因 ,并克隆至pMD18 T载体中进行基因测序。结果 :所得序列与Genbank提供的序列 (M 6 1180 )对比显示 ,除hNT 3中第 5 5 5位碱基由C→T外 ,余序列同已知序列完全一致 ,改变的碱基并不影响基因编码的氨基酸序列。结论 :成功地获得了hNT 3的全长基因 ,且序列与已知序列高度一致。