逆转录-聚合酶链反应检测鼠肝炎病毒方法的建立

建立特异、灵敏的逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）技术，结合碱性磷酸酶标记的探针杂交检测鼠肝炎病毒（MHV），采用MHV－3，MHV－A59病毒株感染DBT细胞，37℃培养，待细胞出现病变时收集提取病毒RNA。依据MHV基因序列设计一对高度保守区特异性引物，进行RT－PCR扩增，结果可见147bp的鼠肝炎病毒产物特异扩增带。敏感性实验检测到10pg的鼠肝炎病毒RNA，同时用ELISA方法对照。结果提示应用RT—PCR技术结合探针杂交检测鼠肝炎病毒。具有简便、快速、灵敏等优势。本研究在国内尚未见报道。

沈阳汉族群体HLA Ⅰ类基因座PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型研究

目的检测和分析沈阳汉族HLA-A、-B、-Cw位点等位基因的多态性。方法采用聚合酶链反应-寡核苷酸探针杂交分型方法对108名沈阳籍健康献血员进行HLA-A、-B、-Cw等位基因分型。结果检出等位基因HLA-A位点21个,B位点43个,Cw位点23个;所有位点的等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。结论从基因水平分析了HLAⅠ类基因的群体分布特征,提供了沈阳汉族群体HLAⅠ类基因座更准确的基因频率。

血小板特异性抗原HPA-17bw基因分型及基因频率调查

目的对HPA-17bw基因分型并调查其在部分汉族人群中的分布。方法采用PCR-SSP方法对无亲缘关系的健康无偿献血者HPA-17bw进行基因分型,采用基因计数法进行基因频率、基因型频率的计算。结果259名正常人的HPA-17bw基因频率为0.000;HPA-17bw/bw的基因型频率为0.000。结论HPA-17bw为低频抗原,259份汉族样本中尚检测不出HPA-17bw。

自行构建人类白细胞抗原DQA1位点基因分型寡核苷酸芯片性能评价:100例样本与PCR-SSP法的比较

背景:人类白细胞抗原等位基因分型对器官移植和法医鉴定等有重要意义。目前的分型方法难以实现高通量和集成化,准确性和重复性也不理想。目的:比较自行构建的寡核苷酸芯片与序列特异性引物-聚合酶链反应(polymerase chain reaction with sequence-specific primers,PCR-SSP)两种方法用于人类白细胞抗原DQA1基因分型的结果,以评价寡核苷酸芯片的性能。方法:纳入2006-01/2009-03于中国医科大学附属第一医院血液科门诊就诊的患者100例。分别用等位基因特异的PCR-SSP和自行构建的寡核苷酸芯片对患者的人类白细胞抗原DQA1进行分型。寡核苷酸芯片分型采用荧光标记的组间特异性引物扩增基因组DNA,扩增后的产物与分型芯片的探针杂交,由杂交产生的荧光信号确定人类白细胞抗原DQA1位点基因型。比较两种方法分型所获得的结果,不吻合的样本经第三方测序验证。结果与结论:100例临床样本经寡核苷酸芯片和PCR-SSP分型全部成功。分型结果的吻合率为94%。不吻合样本6例,其中4例PCR-SSP定型为杂合子,芯片分型全部为纯合子。经第三方验证,证实芯片的分型全部正确。另外2例不吻合的样本经测序,证实SSP分型错误1例,芯片分型错误1例。芯片的重复率为95%。说明自行构建的寡核苷酸芯片的特异性和灵敏度都能满足基因分型的需要,且稳定性较好。

一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析

背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。

河北汉族HLA-A基因多态性及其分布特征

目的了解河北省汉族人群人类白细胞抗原HLA-A等位基因多态性及分布特征。方法采用序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应(PCR-Sequence Specific Oligonucleotide Probing,PCR-SSOP)方法,对5908名河北汉族捐献造血干细胞健康志愿者的HLA-A等位基因作低分辨基因分型检测,采用方根法计算HLA-A基因频率,并进行群体比较。结果河北汉族人群中共检出18个HLA-A基因,呈现较高的基因多态性,包括过去很少被检测到的HLA-A25,A74,其中A座位最常见基因依次为:A*02、A*11、A*24、A*01、A*30、A*03、A*33。结论河北汉族人群HLA-A基因分布有自己的特点,各等位基因频率介于南北汉族之间,但更接近于中国北方汉族人群,符合地域分布特征。

人类白细胞抗原-DQB1与儿童十二指肠溃疡和幽门螺杆菌感染的相关性研究

目的探讨人类白细胞抗原(HLA)-DQB1等位基因与儿童十二指肠溃疡(DU)和幽门螺杆菌(H.pylori)感染的遗传关联性。方法采用非同位素标记的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSO)杂交的方法,对上海地区汉族健康儿童80例、DU患儿58例的HLA-DQB1等位基因进行分型;并同时检测DU患儿H.pylori感染情况。结果在DU患儿中,HLA-DQB1×05031等位基因频率明显高于正常健康儿童(分别为:6.02%、0.63%,P<0.05,RR=9),而在H.pylori阳性和H.pylori阴性DU组之间差异无显著性。结论HLA-DQB1×05031与DU呈正相关,DU患儿与正常对照组儿童之间存在着遗传学的差异;虽然H.pylori感染是DU的重要致病因素,但HLA-DQB1×05031并不是通过H.pylori感染而影响DU的遗传易感性。

郑州地区献血者人群中HLA-A、B基因多态性与HBV相关性分析

目的探讨郑州地区献血者人群中人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)A、B基因多态性与乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)的关联性。方法将郑州地区2遍酶联免疫吸附试验(ELISA)检测HBV抗体为阳性的129名献血者作为乙肝组,健康对照组为3874名郑州地区造血干细胞志愿者,采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SS0)技术分别对2组血样进行HLA-A、B位点的基因分型。经过统计分析2组间HLA-A、B基因型频率分布差异,进一步分析HLA-A、B基因型多态性与HBV间的相关性。结果A*11、A*29、A*31、B*56的频率在乙肝组中高于健康对照组,B*07在乙肝组中频率低于健康对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论在HBV感染机体时,A*11、A*29、A*31、B*56可能促使感染发生,为易感基因,而B*07则可能为保护基因,保护机体抵抗HBV感染。

应用PCR-SSOP技术进行大样本脐血HLA基因分型的探讨

目的:探讨一种高效、快速、准确、省力并能批量检测HLA基因分型的方法。方法:采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)反向杂交技术对天津地区汉族健康新生儿脐血HLA-A、B、DR位点进行中低分辨基因分型。结果:共检出72种HLA-Ⅰ、Ⅱ类特异性抗原,其中A位点抗原检出19种;B位点抗原检出40种;DR位点抗原检出13种。结论:PCR-SSOP是一种结果相对准确稳定、操作简便快速、适用于脐血库等进行大样本分型检测HLA多态性的分子生物学技术。

36380名河北汉族HLA供者基因多态性及其分布特征

目的了解河北省汉族人群人类白细胞抗原HLA-A、B、DRB1基因多态性及分布特征。方法采用序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应(PCR-Sequence Specific Oligonueleotide Probing,PCR-SSOP)方法,对36 380名河北汉族捐献造血干细胞健康志愿者的HLA-A、B、DRB1基因作低分辨基因分型检测,采用方根法计算HLA-AB、DRB1基因频率,并进行群体比较。结果河北汉族人群中共检出18个HLA-A基因43个HLA-B基因和14个HLA-DRB1基因,呈现较高的基因多态性,包括过去很少被检测到的HLA-A*25,A*74,B*42,B*53,B*73,DR*18。,其中A座位最常见基因依次为:A*02、A*11、A*24、A*30、A*01、A*03、A*33 B座位最常见基因依次为:B*13、B*1501(B62)、B*51、B*4002(B61)、B*4001(B60)、B35,B46DRB1座位最常见基因依次为DRB1*15、DRB1*07、DRB1*09、DRB1*12、DRB1*04、DRB1*11和DRB1*14,结论河北汉族人群HLA-A、B、DRB1基因分布有自己的特点,各基因频率介于南北汉族之间,但更接近于中国北方汉族人群,符合地域分布特征。

PCR-SSP对潜在输血需要住院患者ABO基因分型的检测效果与意义

【目的】调查潜在输血需要住院患者的ABO血型基因,分析ABO表型相同输血中ABO基因型的错配输血几率。【方法】对502例潜在输血需要的住院患者,采用血清学方法和聚合酶链反应-序列特异性扩增技术(PCR-SSP)检测ABO血型的表型及基因型。比较两种方法学对ABO血型表型的一致率;统计各ABO等位基因及各ABO基因型的频率;并分析潜在输血需要的住院患者在接受ABO血型表型相同的输血时,ABO基因错配输血几率。【结果】血清学与PCR-SSP对502例潜在输血需要的住院患者的ABO表型识别的一致率为100%。PCR-SSP技术检测出患者中常见ABO基因5个(O1、O2、A1、B1及A2)以及ABO基因型16个(O1O2、O1O1、B1O1、A1O1、A1O2、B1O2、O2O2、A1B1、A1A1、B1B1、A2O1、A2O2、A2B1和A1A2),而血清学仅能识别ABO表型。潜在输血需要住院的患者在接受ABO血型表型相同的随机输血中,与供者之间ABO基因型的错配率分别为:A型65.98%,B型57.39%,O型56.95%,AB型22.55%。【结论】PCR-SSP能识别ABO基因型,不仅可以作为血清学的有力补充,而且可能揭示输血治疗中不明原因的输血不良反应的临床原因,具有重要临床意义。

PCR-RSSO基础上HLA-Ⅰ、Ⅱ基因分型的研究

目的：通过对PCR－DNA技术的分析，探讨人类白细胞抗原（HLA）基因分型方法。方法：采用PCR反向序列特异性寡核苷酸（polymerase chain reaction-reverse sequence specific oligonucleotide,PCR-RSSO)杂交技术，建立改良半量扩增体系全自动HLA－I、Ⅱ等位基因分型方法，进行了635份血液标本HLA－A、B、C、DR、DQ等位基因分型，其中166份DNA同时采用序列特异性引物技术（PCR－SSP）和手工全量扩增体系PCR－RSSO技术。对全自动半量PCR－RSSO、PCR－SSP、手工PCR－RSSO 3种方法做两两比较。结果；全自动半量PCR－RSSO的分型成功率为98．4％（3124／3175），PCR－SSP为98．8％（656／664），手工PCR－RSSO为88．3％（733／830）。经χ^2检验，全自动半量PCR－RSSO与PCR－SSP的分型成功率无统计学差异，与手工PCR－RSSO有显著差异（P＜0．05）。结论：PCR－RSSO可识别HLA－I、Ⅱ共706个等位基因，覆盖WHO命名委员会2000年公布的36个等位基因的75．43％；对706个HLA等位基因的分型均为中－高分辨率，有分辨纯合子等位基因的能力；易长期保存书面的实验原始资料，即杂交条；具有成本低、劳动强度低、省时和DNA消耗量少等优点。PCR－RSSO适合于造血干细胞移植和建立造血干细胞及脐带血干细胞库的组织配型。

西藏珞巴族HLA-DRB1基因多态性

目的:检测西藏珞巴族HLA DRB1等位基因及基因型频率,并将其与18个人群的HLA DRB1频率进行比较,绘制系统发生树。方法:应用聚合酶链反应序列特异性寡核苷酸探针(PCR SSO)技术,对我国西藏南部林芝地区3代内无血缘关系的92个珞巴族健康个体进行了HLA DRB1位点的基因分型。采用不加权配对组算术方法(UPGMA)绘制系统发生树。结果:在92例珞巴族个体的184个等位基因中共检出11种HLA DRB1等位基因,其中HLA DRB1*04(27. 20% ),DRB*12(25. 50% )在珞巴族中最常见,共占珞巴族可检出等位基因的52. 70%;其他频率大于5%的等位基因还有DRB1*14(15. 20% ),DRB1*15(9. 80% )和DRB1*08(8. 20% )。结论:西藏珞巴族HLA DRB1等位基因分布与其他华人群体均存在很大的差异,显示其HLA等位基因频率分布的民族独特性;在遗传距离上珞巴族和藏族最近,这与民族学、历史学和社会学研究结果相一致。

HLA-DQB1 PCR-SSP基因分型技术

HLA-Ⅱ(DR,DQ,DP)配型对提高异基因骨髓移植存活率减少GVHD有重要意义。既往HLA-DQ采用血清学技术检定表型,近年国外转向基因分型,不少实验室已将其列为常规。国内近年来有人报告聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)。

重症肌无力患者HLA-B易感基因研究

目的探讨中国汉族重症肌无力(MG)患者及其不同亚型与人类白细胞抗原(HLA)-B等位基因的相关性。方法应用聚合酶链反应-序列特异性的寡核苷酸探针杂交法(PCR-SSOP)对91例中国汉族MG患者及171名健康对照者进行HLA-B等位基因分型,并采用病例-对照研究及显性遗传模式的方法系统分析HLA-B等位基因与MG患者不同临床亚型之间的相关性。结果按照性别、年龄、临床类型、抗乙酰胆碱受体(AChR)抗体及胸腺病变将患者组分为不同亚型后,结果显示HLA-B*46阳性率在男性、眼肌型、抗AChR抗体阴性及伴发胸腺瘤组中升高,HLA-B*08阳性率在早发型及全身型患者组中升高。与对照组比较,患者组HLA-B*35和B*38阳性率降低。结论 HLA-B*46基因可能是男性、眼肌型、抗AChR抗体阴性及伴发胸腺瘤的MG患者的易感基因或与易感基因相连锁;HLA-B*08可能是早发型及全身型MG患者的易感基因或与易感基因相连锁。HLA-B*35和B*38可能是MG的保护基因或与保护基因相连锁。

中国汉族Rh(-)个体D基因完整者与C基因的关联调查

目的观察中国汉族非血缘关系随机个体和家系的Rh阴性D基因完整者与C基因间的关系。方法用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)扩增技术,扩增Rh血型C/E基因,D基因的外显子,检测192例RhD阳性个体,166例RhD阴性个体的血样品。结果192例RhD阳性个体,均有D基因8个外显子。在166例RhD阴性个体中,100例有ce/ce或ce/cE基因型的个体RHD外显子阴性;66例有Ce/Ce或Ce/ce基因型的个体中,34例RHD外显子完整,19例RHD外显子部分完整,13例RHD外显子阴性。结论中国人RhD阴性个体D基因完整者与C基因间可能存在联系,其在中国各民族、各地区Rh阴性个体中的发生频率和机制有待于进一步调查。

HLA-DR基因多态性与广东汉族泛发型白癜风患者的相关性研究

目的研究广东籍汉族泛发型白癜风患者与HLA-DR的相关性。方法采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)技术,对30例广东籍汉族泛发型白癜风患者和30例健康对照者静脉血样本HLA-DR等位基因多态性进行研究。结果泛发型白癜风患者DRB1*0701等位基因频率显著升高(RR=5.216,Pc<0.05),DRw52(DRB3*0101/02DRB3*0201DRB3*0301)、DRw53(DRB4*0101/03/05)和DRw51(DRB5*0101/02DRB5*0202)基因频率明显低于正常组,以上三者两组间比较均有显著性差异(Pc<0.05)。结论HLA-DRB1*0701等位基因可能与广东籍汉族泛发型白癜风的发病有关,而DRw52(DRB3*0101/02DRB3*0201DRB3*0301)、DRw53(DRB4*0101/03/05)和DRw51(DRB5*0101/02DRB5*0202)对泛发型白癜风发病可能有一定保护作用。

遵义地区汉族HLA-DRB1、DQB1等位基因多态性的研究

目的:从基因水平调查遵义地区汉族人群HLA-DRB1、DQB1等位基因频率,并了解其多态性分布状况。方法:应用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)方法对遵义汉族200名健康个体进行HLA-DRB1、DQB1等位基因分型。结果:遵义地区汉族HLA-DRB1、DQB1等位基因频率分布,在中低分辨水平,共检出13个DRB1基因,7个DQB1基因,DRB1*09、DRB1*08及DQB1*05基因频率相对较高;DRB1*10及DQB1*04基因频率相对较低。与我国北方、南方汉族比较,更接近南方汉族人群。结论:遵义汉族人群HLA-DRB1、DQB1基因具有较为丰富的多态性,其分布符合南方汉族的特点,可能与重庆汉族人群有较为密切的民族融合。

HLA-DR/DQ,HLA-A/B与肺结核相关性研究

目的研究组织相容性白细胞抗原-DR/DQ、A/B(histocompatibility leukocyte anti-gen,HLA-DR/DQ,A/B)与肺结核之间的联系,探讨遵义市部分汉族人肺结核发病与HLA-DR/DQ,HLA-A/B基因相关性。方法选取36名已确诊肺结核的患者作为研究组,选取与研究组患者年龄、性别无统计学差异的100名健康人作为对照组,抽取外周血提取DNA。使用新型PCR-SSP方法对DNA进行HLA-DQ/DR,HLA-A/B等位基因位点的检测,结果进行SPSS 10.0软件统计学处理,比较正常对照组和肺结核患者组间各等位基因频率分布,计算两组优势比(odds ratio,OR)。结果(1)共检测到HLA-DR位点上的13种等位基因,HLA-DQ位点上的7种等位基因,HLA-A位点上的10种等位基因,HLA-B位点上的20种等位基因。(2)HLA-DRB1*16在患者组和正常对照组中的基因频率分别为6.9%和1.5%(OR=5.215,P=0.049);HLA-A*2在患者组和正常对照组中的基因频率分别为40.2%和9%(OR=18.87,P=0.000);HLA-A*24在患者组和正常对照组中的基因频率分别为8.3%和19.5%(OR=5.690,P=0.015)。结论HLA-DR*16、HLA-A*2基因表达与肺结核呈正相关,提示HLA-DR*16、HLA-A*2可能是肺结核的易感基因,HLA-A*24基因在正常对照组中的表达明显高于结核患者组,其可能是肺结核患者发病的拮抗基因。