鼠肺组织直接用于汉坦病毒S基因序列分析

目的:应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、核苷酸序列分析等技术,尝试建立一种可直接从鼠肺标本中进行汉坦病毒基因分析的方法。方法:提取经免疫荧光法检测汉坦病毒抗原阳性的鼠肺细胞总RNA,经逆转录获取病毒cDNA,纯化,克隆于pMD-18T载体,测定S基因片段核苷酸序列。结果:采用RT-PCRT/A克隆技术成功地从鼠肺组织中扩增出汉坦病毒S基因全序列,序列长为1701nt。只有一个编码N蛋白的开放读码框架(ORF),起始密码子为第37nt,终止于1326nt,推导其编码的蛋白长为429个氨基酸。与该标本分离株(简称TJJ16毒株)S基因的全序列相一致。结论:该方法可对汉坦病毒抗原检测阳性而病毒分离阴性的鼠肺标本进行分子生物学特征性分析,从而建立一种对汉坦病毒在宿主间的流行情况分析的方法。

一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析

背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。

一株新型散发型戊型肝炎病毒部分核苷酸序列测定与分析

目的 :了解长春地区戊型肝炎病毒 ( HEV)株的变异程度。方法 :用逆转录 -套式 -聚合酶链反应方法从患者血清中获取病毒 ,用双脱氧终止法进行核苷酸序列分析。结果 :China Changchun-2 2 0 MC与日本株、猪的 HEV分离株 ( AF0 82 843)、美国株 - 1 ( AF0 60 669)、墨西哥株 ( M745 0 6)、第四基因型 ( AJ2 72 1 0 8)、缅甸株 ( M732 1 8)、中国株 ( M941 77、D1 1 0 93、D1 1 0 92 )、尼泊尔株 ( AF0 5 1 830 )、巴基斯坦株 ( M80 5 81、AF1 85 82 2 )核苷酸同源性为 72 %～ 88% ,氨基酸同源性为 93%～ 97%。结论 :China Changchun- 2 2 0 MC株与其它 HEV株相比有较高的基因异质性 ,可能是一新型的

山东地区汉族人群MICA基因多态性分析

目的分析山东地区汉族人群MICA基因外显子2~6多态性,并与国内外其他地区人群进行比较。方法用聚合酶链反应-测序分型法（PCR-SBT）对100例山东地区汉族骨髓库捐献志愿者MICA基因外显子2~6进行多态性分析。结果共检出18个MICA等位基因,基因频率最高的前3位依次为MICA＊008：01（35%）,MICA＊002：01（14%）,MICA＊010：01（12%）。与南方多地区汉族人群比较,MICA＊004＊,＊019,＊008,＊010,＊027分布差异均有统计学意义（P均〈0.05）;与内蒙古地区汉族人群比较MICA＊008,＊012,＊004差异有统计学意义（P均〈0.05）;与韩国人群比较MICA＊008,＊010,＊019差异有统计学意义（P均〈0.05）;与美国高加索人种比较,只有MICA＊045差异有统计学意义（P〈0.05）;与非洲裔美国人比较差异有统计学意义的等位基因达10个。结论山东地区汉族人群MICA基因多态性有高加索人群特征,且与国内外其他地区人群存在较大差异。

HLA-DQB1*03:90N碱基缺失的序列分析及确认

目的确认人类白细胞抗原罕见等位基因HLA-DQB1*03:90N的序列,探讨检测方法,以提高HLA分型的准确性。方法采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligonudeotide probe,SSOP)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库深圳分库登记的2265例造血干细胞捐献者进行HLA分型检测,针对1例HLA-DQB1罕见等位基因进一步选择聚合酶链反应-直接测序分型(sequence-based tying,SBT)技术和基于Ion Torrent S5平台的二代测序(next generation sequencing,NGS)分析技术进行确认。结果HLA-DQB1位点SSOP分型结果显示为罕见等位基因,经SBT复核发现序列在第2外显子疑似插入或缺失,最后通过NGS确认结果为DQB1*03:90N,DQB1*06:01。结论经SSOP法检测得到的罕见等位基因不能轻易排除,应借助多种方法复核确认,保证HLA基因分型结果的准确性。罕见等位基因或新等位基因序列存在碱基缺失,采用二代测序技术可能得到更准确的结果。

大肠重复癌微卫星不稳定性研究

目的 探讨微卫星不稳定性 (MSI)在大肠重复癌与单发大肠癌中的变化规律。方法 PCR SSLP法对 38例大肠重复癌患者的 5 1例癌灶及对照 35例单发大肠癌分别进行 5个碱基序列位点MSI检测。结果 大肠重复癌中复制错误 (RER)阳性率为 5 2 .9% (2 7/5 1) ,对照组为 17.1% (6 /35 ) ,两组差异有非常显著意义 (χ2 =11.2 5 ,P <0 .0 1)。大肠重复癌组中 ,RER阳性与低分化、近端大肠密切关联。RER阳性组与阴性组在年龄、性别、是否伴有转移、Dukes分期上未见异常。结论 MSI在大肠重复癌的发生上起着重要作用 ,MSI可作为预测大肠重复癌发生的有用标志 ,对MSI大肠癌患者应警惕多重癌发生的可能性。

雄激素受体三螺旋形成寡核苷酸抗前列腺癌细胞增殖的研究

目的 探讨反基因策略对雄激素受体(AR)表达和前列腺癌细胞增殖的影响。方法 针对AR基因2 4 4 7～2 4 6 1核苷酸序列设计并合成三螺旋形成寡核苷酸(TFO) ,经脂质体介导转染LN CaP前列腺癌细胞株,于转染后2 4、4 8、72h分别采用3H 胸腺嘧啶核苷(TdR)参入实验测定癌细胞增殖活性,用逆转录聚合酶链反应(RT PCR)方法检测ARmRNA表达,用放射配基结合分析法(RBA)单点法检测AR蛋白质表达,并与反义寡核苷酸(ASON)相比较。结果 2 4、4 8、72hTFO组LNCaP细胞的AR表达水平明显低于ASON组(P <0 0 5 ) ,TFO对LNCaP细胞增殖的抑制率显著高于ASON(P <0 0 5 )。结论 该TFO能有效抑制AR表达和前列腺癌细胞增殖。

Hallervorden-Spatz综合征PANK2基因的突变

目的 探讨泛酸激酶2 (pantothenate kinase 2 ,PANK2 )基因突变与中国人Hallervorden-Spatz综合征(Hallervorden- Spatz syndrom e,HSS)的关系。方法 应用聚合酶链反应、DNA直接测序、PCR产物限制性内切酶酶切和聚合酶链反应-单链构象多态性等技术检测5例HSS患者、3名家系成员及5 1名正常人PANK2基因的碱基序列。结果 检测出PANK2基因一个新的复合杂合突变:位于第3外显子的A80 3G和第5外显子的T1172 A;同时检测出3个单核苷酸多态,位于5 '- UTR区的- 38t>a,第1内含子区的IVS1+42 c>a和第1外显子区的G77C,其中- 38t>a,IVS1+42 c>a为首次报道。结论 中国人HSS患者存在PANK2基因突变。