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聚合酶链反应-直接测序法在强直性脊柱炎患者HLA-B27检测中的应用 被引量:5
1
作者 王平均 孙灵迪 +2 位作者 梅传忠 武晓茜 邵先安 《中国实验诊断学》 2015年第11期1898-1900,共3页
目的探讨聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)检测人类白细胞抗原B27(human leukocyte antigen B27,HLA-B27)在强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)临床诊断中的价值。方法应用PCR-... 目的探讨聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)检测人类白细胞抗原B27(human leukocyte antigen B27,HLA-B27)在强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)临床诊断中的价值。方法应用PCR-SBT法和临床常用的IMS-ELISA法对120例疑似AS患者外周血进行HLA-B27检测。以SPSS17.0软件的配对χ2检验和受试者工作特征曲线下面积对两种方法检测HLA-B27在AS诊断中的价值进行评价。结果 120例疑似AS患者中,PCR-SBT和IMS-ELISA法HLA-B27检测阳性率分别为45.83%(55/120),37.50%(45/120)。两种方法检测HLA-B27有统计学差异(P=0.031)。PCR-SBT法敏感度和特异度分别为96.36%,96.92%;IMS-ELISA法的敏感度和特异度分别为69.09%,89.23%。两者的AUC分别为0.966和0.792。结论与传统的IMS-ELISA法相比,在AS的临床诊断中PCR-SBT法检测HLA-B27的敏感度和特异度更高,方法更优。 展开更多
关键词 聚合反应-直接 磁珠联免疫法 人类白细胞抗原B27 强直性脊柱炎
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套式聚合酶链反应直接测序法分析产超广谱β-内酰胺酶菌TEM全基因 被引量:1
2
作者 丁云芳 糜祖煌 +1 位作者 张建华 秦玲 《苏州大学学报(医学版)》 CAS 2004年第1期37-39,共3页
目的 建立套式聚合酶链反应直接测序方法分析产超广谱 β 内酰胺酶菌TEM全基因 ,以便TEM分型和发现新的亚型。方法 根据Genbank核酸数据库已登录的TEM各亚型序列 ,在保守区自行设计 4条引物 ,分A、B两段半套式重叠扩增TEM全基因 ;并对... 目的 建立套式聚合酶链反应直接测序方法分析产超广谱 β 内酰胺酶菌TEM全基因 ,以便TEM分型和发现新的亚型。方法 根据Genbank核酸数据库已登录的TEM各亚型序列 ,在保守区自行设计 4条引物 ,分A、B两段半套式重叠扩增TEM全基因 ;并对A段作正向测序 ,B段作反向测序。结果 大肠埃希菌TEM 1、TEM 2、TEM2 6等 3种典型菌株均成功扩出A、B两段 ,产物直接测序波峰锐利 ,信噪比值高。该三株菌测得的序列与已在Genbank登录的序列一致。 展开更多
关键词 套式聚合反应 TEM DNA 产超广谱Β-内酰胺
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无精子症患者Y染色体序列标签位点-聚合酶链反应与二代测序检测的比较
3
作者 张帆 刘永杰 代良 《临床检验杂志》 CAS 2021年第5期350-353,共4页
目的观察无精子症患者Y染色体序列标签位点-聚合酶链反应(STS-PCR)与二代测序(NGS)检测的差异。方法对133例无精子症患者,采用STS-PCR检测Y染色体AZF微缺失的15个STS位点,包括AZF a区的sY84/sY86、AZF b区的sY124/sY127/sY128/sY133/sY1... 目的观察无精子症患者Y染色体序列标签位点-聚合酶链反应(STS-PCR)与二代测序(NGS)检测的差异。方法对133例无精子症患者,采用STS-PCR检测Y染色体AZF微缺失的15个STS位点,包括AZF a区的sY84/sY86、AZF b区的sY124/sY127/sY128/sY133/sY134/sY143/sY1192、AZF c区的sY152/sY239/sY242/sY254/sY255、AZF b/c区的sY145,同时采用NGS检测Y染色体基因组拷贝数变异(CNVs),并统计分析两种检测方法的差异。结果133例无精子症患者中,Y染色体AZF微缺失异常17例(12.78%),其中缺失14个STS 1例,占5.88%;缺失12个STS 3例,占17.65%;缺失11个STS 1例,占5.88%;缺失6个STS 1例,占5.88%;缺失5个STS 1例,占5.88%;缺失4个STS 2例,占11.76%;缺失2个STS 1例,占5.88%;缺失1个STS 7例,占41.18%。Y染色体CNVs异常12例(9.02%),其中既重复又缺失3例,占25%;重复(dup)4例,占33.33%;缺失(del)5例,占41.67%。Y染色体AZF(15个STS)微缺失的结果与CNVs缺失结果相比,差异有统计学意义(P<0.05),而Y染色体AZF(经典6个STS)微缺失的结果与CNVs缺失结果相比,差异无统计学意义(P=0.357)。结论STS-PCR和NGS互有补充,前者不能检测出重复,后者可能漏检小片段缺失。在无精子症遗传因素的实验室检查中,可以考虑采用NGS作为筛选,而采用STS-PCR作为验证。 展开更多
关键词 列标签位点-聚合反应 二代 无精子因子 拷贝数变异 Y染色体
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荧光聚合酶链反应–毛细管电泳法与Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶基因启动子突变状态对比分析 被引量:1
4
作者 熊艳蕾 王雷明 +5 位作者 刘莉 王玮 胡泽良 姚盈盈 段焕利 滕梁红 《北京医学》 CAS 2022年第3期245-248,共4页
目的对比分析荧光聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)法及Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变的敏感度、特异度及一致... 目的对比分析荧光聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)法及Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变的敏感度、特异度及一致性,为临床检测提供方法学依据。方法收集2017年11月至2019年11月首都医科大学宣武医院265例胶质瘤标本及临床病理资料,分别采用Sanger测序法与荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变。结果TERT基因启动子突变与年龄、组织学分型和WHO分级均显著相关(P<0.05)。Sanger测序法与荧光PCR-CE法的TERT基因启动子突变检出率分别为52.8%(140/265)及51.3%(136/265),敏感度和特异度分别为96.4%和99.2%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.955)。Sanger测序法检出TERT C228T突变103例(38.9%),荧光PCR-CE法检出99例(37.4%),敏感度和特异度分别为95.2%和99.4%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.952)。Sanger测序法和荧光PCR-CE法均检测出TERT C250T突变37例(14.0%),符合率为100.0%,具有较高一致性(Kappa=1.000)。结论荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变率与Sanger测序法相当,敏感度、特异度及一致性均较高,且操作相对简便快速。 展开更多
关键词 胶质瘤 端粒反转录基因启动子突变 荧光聚合反应-毛细管电泳法 Sanger
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神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA-DRB1位点等位基因的测序分型 被引量:1
5
作者 韩世新 王岩 +5 位作者 尚英彬 毕桂姣 李久宏 耿龙 曹凯 宋芳吉 《中国皮肤性病学杂志》 CAS 北大核心 2004年第6期323-324,330,共3页
目的 进行神经纤维瘤病Ⅰ型患者的HLA DRB1位点等位基因高分辨率测序分型 ,探讨HLA与神经纤维瘤病发病之间的关系。方法 应用聚合酶链反应 直接测序方法 (PCR SBT) ,对 3 0例神经纤维瘤病Ⅰ型患者及 10 8例正常人进行HLA DRB1位点等... 目的 进行神经纤维瘤病Ⅰ型患者的HLA DRB1位点等位基因高分辨率测序分型 ,探讨HLA与神经纤维瘤病发病之间的关系。方法 应用聚合酶链反应 直接测序方法 (PCR SBT) ,对 3 0例神经纤维瘤病Ⅰ型患者及 10 8例正常人进行HLA DRB1位点等位基因分型。结果 神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA DRB1 0 40 6位点等位基因以较高频率出现 ,与对照组比较差异有显著性。结论 HLA DRB1位点等位基因频率在神经纤维瘤病Ⅰ型患者和正常人之间分布不同。 展开更多
关键词 神经纤维瘤病Ⅰ型 HLA-DRB1基因 聚合反应-直接方法 PCR-SBT 等位基因分型
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Landsteiner-Wiener血型系统测序分型技术的建立 被引量:5
6
作者 杨宝成 苏宇清 +3 位作者 魏天莉 喻琼 梁延连 邓志辉 《江西医学检验》 2007年第3期223-224,206,共3页
目的建立Landsteiner-Wiener血型系统的测序分型技术。方法(1)随机采集45名非血缘关系无偿志愿捐献者外周血样,用EDTA抗凝。(2)从外周抗凝血样中提取总RNA,应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,反转录产生LW基因的cDNA(包括3个外显子)... 目的建立Landsteiner-Wiener血型系统的测序分型技术。方法(1)随机采集45名非血缘关系无偿志愿捐献者外周血样,用EDTA抗凝。(2)从外周抗凝血样中提取总RNA,应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,反转录产生LW基因的cDNA(包括3个外显子),采用ABI PrismTM 3100 DNA测序仪对RT-PCR产物中LW基因的第1外显子进行测序。(3)提取基因组DNA,采用一对引物扩增LW基因的第1外显子、第1内含子和第2外显子,全长1224bp,对第1外显子PCR产物直接进行DNA测序分析。结果45例捐血者的样本,分别经RT-PCR产物测序和PCR产物直接测序,均取得了成功,LW基因第1外显子多态性位置第308碱基均为腺嘌呤。结论本研究在国内率先建立了LW血型基因的分子测序方法,可为进一步研究中国人群LW血型基因多态性提供有效方法。 展开更多
关键词 Landsteiner-Wiener血型 聚合反应(PCR) 逆转录-聚合反应(RT-PCR) 分析
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北京地区人群HLA-A、B、DRB1的聚合酶链反应-直接测序分型研究 被引量:21
7
作者 邓亚军 杨光 +5 位作者 吴东颖 胡松年 李生斌 朱军 朱波峰 刘耀 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期103-106,共4页
目的调查北京人群人类白细胞抗原(humanleukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1的基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction se-quence-basedtyping,PCR-SBT)法对北京地区人群中... 目的调查北京人群人类白细胞抗原(humanleukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1的基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction se-quence-basedtyping,PCR-SBT)法对北京地区人群中618名健康无关个体进行HLA-A、B、DRB1基因座高分辨分型。结果检出HLA-A、B、DRB1的基因型数和等位基因数分别为199和84、366和143、286和122,这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。结论从基因水平分析了北京地区HLA-A、B、DRB1基因座的群体分布特征,提供了一套比较完整准确的HLA-A、B、DRB1等位基因频率、基因型频率,为器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究提供了重要的参考数据。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原-A B DRB1 基因频率 聚合反应-直接分型 北京
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qPCR-HRM曲线分析技术与普通PCR加直接测序法检测胶质瘤EGFR突变比较 被引量:3
8
作者 熊亮 梁朝峰 +5 位作者 陈川 罗伦 凌聪 拳峰 蔡梅钦 史志东 《新医学》 2012年第5期327-330,共4页
目的:比较实时聚合酶链反应-高分辨率融解(qPCR-HRM)曲线分析技术和普通PCR法加直接测序法检测胶质瘤患者EGFR基因突变类型,探讨适用于临床的EGFR基因突变检测方法,为胶质瘤患者术后放射、化学治疗及预后判断研究提供可靠的依据。方法:... 目的:比较实时聚合酶链反应-高分辨率融解(qPCR-HRM)曲线分析技术和普通PCR法加直接测序法检测胶质瘤患者EGFR基因突变类型,探讨适用于临床的EGFR基因突变检测方法,为胶质瘤患者术后放射、化学治疗及预后判断研究提供可靠的依据。方法:用普通PCR加测序法与qPCR-HRM曲线分析技术检测胶质瘤患者EGFR基因突变类型,检测结果比较采用卡方检验。结果:两种方法检测EGFR外显子19基因突变结果比较差异无统计学意义,且qPCR-HRM曲线分析技术比直接测序法更快捷、灵敏。结论:与直接测序法相比,qPCR-HRM曲线分析技术可能更适用于临床检测胶质瘤患者标本EGFR突变性质。 展开更多
关键词 表皮生长因子受体 基因突变 普通PCR DNA 实时聚合反应-高分辨率融解曲线分析技术
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应用二代测序技术排除PCR-SBT零错配的HLA-C基因型 被引量:1
9
作者 钟艳平 陈浩 +1 位作者 周丹 邹红岩 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1213-1218,共6页
目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT... 目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT分型结果分别为HLA-C*03:04,HLA-C*12:167;HLA-C*07:291,HLA-C*15:02;HLA-C*01:43,HLA-C*08:16;除HLA-C*03:04、HLA-C*15:02为HLA常见等位基因,其他等位基因均不在中国常见及确认HLA等位基因CWD表(2.3版本)中。NGS全长测序发现3例样本HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,3个新等位基因分别在第6、2、4外显子存在一个碱基突变。新鉴定的等位基因序列已提交给Genbank数据库(MK629722、MK335474、MK641803),被WHO HLA命名委员会正式命名为HLA-C*03:04:74、HLA-C*15:192、HLA-C*08:01:25。3例样本的HLA高分辨分型结果应该为HLA-C*03:04:74,12:03;HLA-C*07:02,15:192;HLA-C*01:02,08:01:25。结论:HLA分型结果中含有罕见等位基因的零错配结果应谨慎对待,须通过NGS或克隆等方法对全长序列加以复核确认。本实验室通过加做NGS最终确认3例PCR-SBT零错配的HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,为临床移植配型提供了准确依据,丰富了人类HLA遗传数据库。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 罕见等位基因 新等位基因 聚合反应-分型 二代技术
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应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果 被引量:1
10
作者 李桢 杨鹃 +1 位作者 程良红 邹红岩 《中国组织工程研究与临床康复》 CAS CSCD 北大核心 2011年第44期8308-8312,共5页
背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法:初次分型采... 背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86。后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型。结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25%。其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例。3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44%、27.22%。完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认。此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸Lys)>AAT(天冬酰氨Asn)。序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999)。提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 聚合反应-基因分型 外显子 歧义等位基因 列特异性引物
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应用优化银染测序法鉴定HLA-DQA1^*0102/^*0102纯合子
11
作者 潘尚领 刘承武 +3 位作者 陈文成 陈晶 龙桂芳 林伟雄 《广西医科大学学报》 CAS 北大核心 2005年第5期807-808,共2页
关键词 银染 纯合子 人类白细胞抗原(HLA) 基因分型方法 优化 DNA PCR-SSP 等位基因频率 HLA-DQA1 聚合反应
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优化聚合酶链反应产物银染测序法鉴定白细胞抗原-DQA1*0102等位基因纯合子
12
作者 潘尚领 刘承武 +2 位作者 陈萍 龙桂芳 林伟雄 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期296-297,共2页
关键词 HLA-DQA1 纯合子 等位基因 PCR-SSP 白细胞抗原 基因分型 聚合反应 银染 DNA 长寿老人
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诺如病毒基因测序的反转录聚合酶链反应方法的改良
13
作者 龚智翔 缪晓辉 +1 位作者 倪武 徐文胜 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期582-584,共3页
诺如病毒(norovirus,NoV)是第一个被发现的引起人类急性胃肠炎的病毒病原.由于早期缺乏快速、简便的诊断技术,对NoV的认识在很长一段时间内未取得进展.直到20世纪90年代中后期,随着分子生物学技术的广泛应用,有关NoV在腹泻中的重要病... 诺如病毒(norovirus,NoV)是第一个被发现的引起人类急性胃肠炎的病毒病原.由于早期缺乏快速、简便的诊断技术,对NoV的认识在很长一段时间内未取得进展.直到20世纪90年代中后期,随着分子生物学技术的广泛应用,有关NoV在腹泻中的重要病原地位才得以确定,学者们逐渐认识到NoV是引起急性胃肠炎的主要病原体[1].在NoV感染诊断的过程中,基因分型非常重要.而进行基因分型过程中,需扩增较易变异的一段序列,目前大多数研究者使用3条上游兼并引物,1条高度兼并的下游引物[2].这给后续PCR产物的直接测序带来一定困难,所以文献中多采用繁琐的克隆测序法. 展开更多
关键词 聚合反应方法 病毒基因 反转录 分子生物学技术 急性胃肠炎 改良 病毒病原 基因分型
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聚合酶链反应-单链构象多态性检测淋病奈瑟菌gyrA基因突变的研究 被引量:5
14
作者 邹明祥 夏忠弟 +3 位作者 唐银 刘文恩 陈淑贞 刘海连 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期175-176,共2页
关键词 淋病 淋病奈瑟菌 GYRA基因突变 聚合反应-构象 多态性 DNA技术
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聚合酶链反应-酶切分型鉴定广州地区环境水源军团菌 被引量:4
15
作者 赵利伟 胡朝晖 +4 位作者 宣瑞红 刘洋敏 朱庆义 王娟 詹晓勇 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1532-1536,共5页
【目的】探讨聚合酶链反应-酶切分型在快速鉴定环境水源军团菌方面的应用价值,并了解广州地区环境水源军团菌的分布状况。【方法】对广州地区采集的44份环境水样,作军团菌分离培养,再对分离菌株进行16Sr DNA PCR-酶切分型鉴定、16S rDN... 【目的】探讨聚合酶链反应-酶切分型在快速鉴定环境水源军团菌方面的应用价值,并了解广州地区环境水源军团菌的分布状况。【方法】对广州地区采集的44份环境水样,作军团菌分离培养,再对分离菌株进行16Sr DNA PCR-酶切分型鉴定、16S rDNA基因测序和mip基因测序鉴定。【结果】在广州地区环境水源分离的112株军团菌,经聚合酶链反应-酶切分型鉴定、16S rDNA基因测序和mip基因测序鉴定,检出嗜肺军团菌66株,非嗜肺军团菌46株,其中菲氏军团菌20株,戈氏军团菌17株,橡树岭军团菌7株,长滩军团菌2株。【结论】聚合酶链反应-酶切分型检测环境水源军团菌是一种简便、快速、特异的鉴定方法;在广州地区环境水源中普遍存在军团菌,主要是嗜肺军团菌,其次是菲氏军团菌,戈氏军团菌,橡树岭军团菌和长滩军团菌。 展开更多
关键词 军团菌 环境水源 聚合反应-分型 基因
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PCR-SBT 与 IMS-ELISA 法在强直性脊柱炎患者 HLA-B27检测中的比较 被引量:4
16
作者 孙灵迪 梅传忠 +2 位作者 王平均 武晓茜 邵先安 《现代检验医学杂志》 CAS 2015年第2期16-18,共3页
目的:比较聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)和磁珠酶联免疫法(immunomagnetic separation and enzyme-linked immunosorbent assay,IMS-ELISA)检测人类白细胞抗原 B27(human ... 目的:比较聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)和磁珠酶联免疫法(immunomagnetic separation and enzyme-linked immunosorbent assay,IMS-ELISA)检测人类白细胞抗原 B27(human leukocyte antigen B27,HLA-B27)在强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)临床诊断中的价值。方法应用 PCR-SBT法和 IMS-ELISA 法对120例疑似 AS 患者外周血进行 HLA-B27检测。以 SPSS17.0软件的配对χ^2检验和受试者工作特征曲线下面积对两种方法检测 HLA-B27在 AS 诊断中的价值进行评价。结果120例疑似 AS 患者中,PCR-SBT 和 IMS-ELISA 法 HLA-B27检测阳性率分别为45.83%(55/120)和37.50%(45/120)。两种方法检测 HLA-B27差异有统计学意义(χ2=59.455,P =0.000)。PCR-SBT 法敏感度和特异度分别为96.36%和96.92%;IMS-ELISA 法的敏感度和特异度分别为69.09%和89.23%。两者的 AUC 分别为0.966和0.792。结论与 IMS-ELISA 法相比,在 AS 的临床诊断中PCR-SBT 法检测 HLA-B27的敏感度和特异度更高,方法更优。 展开更多
关键词 聚合反应-直接 磁珠联免疫法 人类白细胞抗原B27 强直性脊柱炎
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一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析 被引量:2
17
作者 钟艳平 邹红岩 +2 位作者 全湛柔 邓志辉 洪文旭 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2020年第1期77-82,共6页
背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特... 背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。 展开更多
关键词 白血病 人类白细胞抗原 新等位基因 下一代技术 家系调查 碱基突变 列特异性寡核苷酸探针杂交 聚合反应-直接
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聚合酶链反应相关技术对人乳头状瘤病毒的检测与分型 被引量:1
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作者 柯吴坚 车雅敏 +7 位作者 刘原君 姚卫锋 胡建中 张乃勤 杨玉民 亓玉青 孙晨薇 张俊艳 《中华临床感染病杂志》 CAS 2011年第2期-,共4页
目的 鉴定和评估pcr联合限制性片段长度多态性(rflp)及基因测序技术对发生于外生殖器或肛周部位的5种皮肤病与性病进行hpv dna检测和分型的可行性.方法 应用hpv通用引物对(my09/11)检测组织中hpv dna,并对hpv dna阳性片段进行纯化和回收... 目的 鉴定和评估pcr联合限制性片段长度多态性(rflp)及基因测序技术对发生于外生殖器或肛周部位的5种皮肤病与性病进行hpv dna检测和分型的可行性.方法 应用hpv通用引物对(my09/11)检测组织中hpv dna,并对hpv dna阳性片段进行纯化和回收.利用4种限制性内切酶对hpv dna阳性的pcr产物进行酶切,聚丙烯酰胺凝胶电泳(page)对酶切产物进行分型,然后用pcr直接测序法验证分型结果并对难以分辨或少见图形进行检测.结果 50份经病理确诊的临床样本中,共有35份hpv dna阳性,其中26份来自尖锐湿疣患者,8份来自鲍温样丘疹病患者,1份来自鳞状细胞癌患者.hpv dna阳性样本中,hpv6型19份,hpv11型3份,hpv16型8份,hpv6合并hpv 11型4份,hpv62型1份.测序结果与pcr-rflp判读的hpv型别相符.结论 pcr-rflp方法可用于hpv dna检测与分型. abstract: objective to assess polymerase chain reaction(pcr)combined with restriction fragment length polymorphism(rflp)and gene sequencing technologies in the detection and typing of hpv dna.methods tissue specimens were collected from skin diseases and venereal disease in perianal or genitals.pcr was performed with hpv dna general primers(my09/11)in tissue samples. positive fragments of hpv dna were purified and digested by restriction enzymes.the digested fragments were typed by po]yacrylamide gel electrophoresis(page).the results were verified by direct sequencing.results in 50 clinical samples there were 35 hpv dna positive,including 26 from patients with condyloma acuminatum,8 from patients with bowenoid papulosis,and 1 from patients with squamous cell carcinoma.in hpv dna positive samples,19 were hpv6,3 were hpv11,8 were hpv16,4 were hpv6 and hpv 11,and i was hpv62.sequencing results were in accordance with the pcr-rflp results .conclusion pcrrflp method is effective in the detection and typing of hpv dna. 展开更多
关键词 乳头状瘤病毒感染 聚合反应 多态性 限制性片段长度 基因 分型
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三种检测扎幌样病毒方法的比较分析 被引量:1
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作者 刘翼 戴迎春 +2 位作者 李建栋 詹惠春 聂军 《中国热带医学》 CAS 2005年第1期7-8,52,共3页
目的 比较三种常用检测扎幌样病毒的方法,以选取适合我国标本的较优检测方法。 方法 对收集到的169份粪便分别采用三种逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行检测,扩增产物进行测序分析。 结果 方法A、B、C检测阳性标本数分别为3份(排出... 目的 比较三种常用检测扎幌样病毒的方法,以选取适合我国标本的较优检测方法。 方法 对收集到的169份粪便分别采用三种逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行检测,扩增产物进行测序分析。 结果 方法A、B、C检测阳性标本数分别为3份(排出诺瓦克病毒阳性标本后)、4份、1份。4份PCR产物测序分析只有1份为扎幌样病毒,其余为轮状病毒。 结论 方法C特异性最好,即半套式RT-PCR优于其它二种RT-PCR方法。 展开更多
关键词 扎幌样病毒 分析 阳性标本 逆转录聚合反应 轮状病毒 RT-PCR方法 套式RT-PCR 扩增产物 粪便 排出
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乙型肝炎病毒YMDD变异不同检测方法比较与评价
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作者 李红梅 彭忠田 +1 位作者 刘书香 邱红梅 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第23期3532-3536,共5页
目的比较检测乙型肝炎病毒(HBV)YMDD变异的3种不同方法,评价其在监测拉米夫定抗HBV治疗中发生耐药突变的价值。方法对80例接受拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者,测定其治疗前后血清HBVDNA含量、ALT水平变化,分别用聚合酶链反应微板核酸杂... 目的比较检测乙型肝炎病毒(HBV)YMDD变异的3种不同方法,评价其在监测拉米夫定抗HBV治疗中发生耐药突变的价值。方法对80例接受拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者,测定其治疗前后血清HBVDNA含量、ALT水平变化,分别用聚合酶链反应微板核酸杂交-酶联免疫吸附法(PCR-ELISA)、通用模板信号扩增(UT-PCR)技术、以及基因测序3种方法进行HBVYMDD变异检测,并分析结果。结果80例患者用基因测序法检测出34例发生YMDD变异,变异发生率为41.25%;用PCR-ELISA法检测出21例变异阳性,与基因测序检测出的阳性率差异有显著性(χ2=4.68,P<0.05),两者结果的符合率为61.76%;用UT-PCR法检测出33例变异阳性,与基因测序检测出的阳性率无统计学差异(χ2=0.03,P>0.05),两者结果的符合率为97.06%。结论基因测序和UT-PCR方法检测HBVYMDD变异非常可靠,是监测拉米夫定耐药株的非常有效的方法,UT-PCR方法更适合临床应用,而PCR-ELISA方法需提高其敏感性。 展开更多
关键词 肝炎病毒 乙型 YMDD变异 聚合反应微板核酸杂交-联免疫吸附 通用模板信号扩增 基因
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