叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应-高通量测序技术鉴定冷链食品中多种病原菌

目的 应用叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应-高通量测序技术鉴定冷链食品中多种病原菌,构建病原菌分子进化树。方法 以冷链食品中的沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌5种病原菌作为研究对象,应用叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应技术作为冷链食品中病原菌检测初筛手段,应用微生物培养法以及生化鉴定仪器法进行方法比对与结果验证,运用高通量测序以及分子进化树构建作为冷链食品中所分离病原菌的种属地位确证方法。结果 叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应技术成功扩增了冷链食品中生活状态病原菌的特征性核酸片段,排除了死亡细菌以及阴性对照菌的干扰,病原菌检出限可达到1×10^(3)CFU/mL,一次反应可检测42份试样,可以在18 h内完成检测工作。在冷链食品中病原菌抽样检测调查中,随机采集的751份冷链食品,共检出62株病原菌,病原菌总体检出率为8.3%(62/751)。通过后续的16S rRNA测序以及葡萄球菌属、弧菌属以及李斯特菌属分子进化树的构建,成功溯源了金黄色葡萄球菌的污染来源并完成病原菌种属定位。结论 本方法特异性好、灵敏度高、检测通量高,为冷链食品及相关食品中病原菌的精确检测与溯源分析提供新的思路与方法。

聚合酶链反应-直接测序法在强直性脊柱炎患者HLA-B27检测中的应用

目的探讨聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)检测人类白细胞抗原B27(human leukocyte antigen B27,HLA-B27)在强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)临床诊断中的价值。方法应用PCR-SBT法和临床常用的IMS-ELISA法对120例疑似AS患者外周血进行HLA-B27检测。以SPSS17.0软件的配对χ2检验和受试者工作特征曲线下面积对两种方法检测HLA-B27在AS诊断中的价值进行评价。结果 120例疑似AS患者中,PCR-SBT和IMS-ELISA法HLA-B27检测阳性率分别为45.83%(55/120),37.50%(45/120)。两种方法检测HLA-B27有统计学差异(P=0.031)。PCR-SBT法敏感度和特异度分别为96.36%,96.92%;IMS-ELISA法的敏感度和特异度分别为69.09%,89.23%。两者的AUC分别为0.966和0.792。结论与传统的IMS-ELISA法相比,在AS的临床诊断中PCR-SBT法检测HLA-B27的敏感度和特异度更高,方法更优。

套式聚合酶链反应直接测序法分析产超广谱β-内酰胺酶菌TEM全基因

目的 建立套式聚合酶链反应直接测序方法分析产超广谱 β 内酰胺酶菌TEM全基因 ,以便TEM分型和发现新的亚型。方法 根据Genbank核酸数据库已登录的TEM各亚型序列 ,在保守区自行设计 4条引物 ,分A、B两段半套式重叠扩增TEM全基因 ;并对A段作正向测序 ,B段作反向测序。结果 大肠埃希菌TEM 1、TEM 2、TEM2 6等 3种典型菌株均成功扩出A、B两段 ,产物直接测序波峰锐利 ,信噪比值高。该三株菌测得的序列与已在Genbank登录的序列一致。

无精子症患者Y染色体序列标签位点-聚合酶链反应与二代测序检测的比较

目的观察无精子症患者Y染色体序列标签位点-聚合酶链反应(STS-PCR)与二代测序(NGS)检测的差异。方法对133例无精子症患者,采用STS-PCR检测Y染色体AZF微缺失的15个STS位点,包括AZF a区的sY84/sY86、AZF b区的sY124/sY127/sY128/sY133/sY134/sY143/sY1192、AZF c区的sY152/sY239/sY242/sY254/sY255、AZF b/c区的sY145,同时采用NGS检测Y染色体基因组拷贝数变异(CNVs),并统计分析两种检测方法的差异。结果133例无精子症患者中,Y染色体AZF微缺失异常17例(12.78%),其中缺失14个STS 1例,占5.88%;缺失12个STS 3例,占17.65%;缺失11个STS 1例,占5.88%;缺失6个STS 1例,占5.88%;缺失5个STS 1例,占5.88%;缺失4个STS 2例,占11.76%;缺失2个STS 1例,占5.88%;缺失1个STS 7例,占41.18%。Y染色体CNVs异常12例(9.02%),其中既重复又缺失3例,占25%;重复(dup)4例,占33.33%;缺失(del)5例,占41.67%。Y染色体AZF(15个STS)微缺失的结果与CNVs缺失结果相比,差异有统计学意义(P<0.05),而Y染色体AZF(经典6个STS)微缺失的结果与CNVs缺失结果相比,差异无统计学意义(P=0.357)。结论STS-PCR和NGS互有补充,前者不能检测出重复,后者可能漏检小片段缺失。在无精子症遗传因素的实验室检查中,可以考虑采用NGS作为筛选,而采用STS-PCR作为验证。

荧光聚合酶链反应–毛细管电泳法与Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶基因启动子突变状态对比分析

目的对比分析荧光聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)法及Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变的敏感度、特异度及一致性,为临床检测提供方法学依据。方法收集2017年11月至2019年11月首都医科大学宣武医院265例胶质瘤标本及临床病理资料,分别采用Sanger测序法与荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变。结果TERT基因启动子突变与年龄、组织学分型和WHO分级均显著相关(P<0.05)。Sanger测序法与荧光PCR-CE法的TERT基因启动子突变检出率分别为52.8%(140/265)及51.3%(136/265),敏感度和特异度分别为96.4%和99.2%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.955)。Sanger测序法检出TERT C228T突变103例(38.9%),荧光PCR-CE法检出99例(37.4%),敏感度和特异度分别为95.2%和99.4%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.952)。Sanger测序法和荧光PCR-CE法均检测出TERT C250T突变37例(14.0%),符合率为100.0%,具有较高一致性(Kappa=1.000)。结论荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变率与Sanger测序法相当,敏感度、特异度及一致性均较高,且操作相对简便快速。

宏基因二代测序技术在社区获得性肺炎病原体检测中的应用进展

社区获得性肺炎(CAP)是常见的感染性疾病之一。其流行病学特征因宿主和免疫状况而异,病原谱也随着时间和空间分布而迁移。准确及快速识别病原体,开展精准治疗,是提高该病治愈率的关键。常规检测方法包括培养法、抗体及抗原检测、聚合酶链反应(PCR)等,但均具有识别缓慢、检出率低等缺陷,从而延误临床治疗时机。宏基因二代测序技术(mNGS)主要通过核酸提取、PCR扩增、文库构建等步骤对标本中所有微生物进行测序,同时利用大量的生物分析鉴定出病原体。与常规检测方法不同,mNGS具有迅速识别、全方位覆盖、灵敏度高等优点,在临床诊断中逐渐被选用。如今,mNGS已在CAP的诊疗中占据着越来越重要的地位,特别是在一些少见及新型病原微生物的检测上,并对特殊人群的病原体检出也具有一定的优势。然而,mNGS作为一种新型检测手段仍存在一些不足之处,例如,检测结果判读无统一的标准、结果受患者遗传物质影响较大、检测成本高等。将来可通过改进检测前标本的预处理、降低检测成本、简化检测后的结果判读对该技术进行优化,以便全面推广mNGS在临床中应用。

qPCR-HRM曲线分析技术与普通PCR加直接测序法检测胶质瘤EGFR突变比较

目的:比较实时聚合酶链反应-高分辨率融解(qPCR-HRM)曲线分析技术和普通PCR法加直接测序法检测胶质瘤患者EGFR基因突变类型,探讨适用于临床的EGFR基因突变检测方法,为胶质瘤患者术后放射、化学治疗及预后判断研究提供可靠的依据。方法:用普通PCR加测序法与qPCR-HRM曲线分析技术检测胶质瘤患者EGFR基因突变类型,检测结果比较采用卡方检验。结果:两种方法检测EGFR外显子19基因突变结果比较差异无统计学意义,且qPCR-HRM曲线分析技术比直接测序法更快捷、灵敏。结论:与直接测序法相比,qPCR-HRM曲线分析技术可能更适用于临床检测胶质瘤患者标本EGFR突变性质。

应用于组织病理学中的聚合酶链式反应技术

应用于组织病理学中的聚合酶链式反应技术蔡豪斌（广西桂林医学院生物工程研究所桂林市５４１００１）由于聚合酶链式反应基因扩增技术的出现，对组织标本的分子遗传学研究变得相对直观。组织病理学家开始对大量保存的组织病理学标本进行分子水平的分析研究。本文将对应用...

荧光聚合酶链反应检测血液标本快速方法的建立及其在ADRB1单核苷酸多态性分型中的应用

目的:建立一种荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测血液标本的快速方法,并将其应用到ADRB1(1165G>C)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分型检测中。方法:建立可直接利用血液样本进行荧光PCR扩增法,与传统血液样本的基因SNP检测方法不同,本所建立的方法无需进行血液基因组DNA的提取。选取1051份临床乙二胺四乙酸(ethylene diamine tetraacetic acid,EDTA)抗凝全血样本,利用本研究建立的采用血液标本直接扩增的荧光PCR方法,进行ADRB1的SNP分型,并将分型结果与Sanger测序法这一"金标准"进行对比,评估两者之间的符合率和一致性。结果:本研究建立的方法与传统DNA提取加荧光PCR方法相比,具有较好的扩增性能;与Sanger测序法相比,本研究建立的方法在ADRB1(1165G>C)基因SNP分型检测中的总体符合率达到98.98%,Kappa一致性系数达到0.971,具有较高的准确率。结论:与传统方法相比,本研究建立的方法可省略基因组DNA提取步骤,其操作简便、成本较低,且准确率高,适合在基因分型相关临床检验工作中推广和使用。

PCR产物直接测序技术中影响因素的研究

探讨了PCR产物直接测序技术中的影响因素,结果表明:PCR产物特异性是影响其测序成败的关键因素,PCR反应只有产生惟一扩增产物时,其产物才能被用来直接测序;PCR反应体系残留混合物（dNTP、引物和盐离子等）对其测序质量有明显不利影响,PCR产物纯化后其测序质量能明显提高;同时,PCR产物大小不同,其测序反应的模板用量也不同,在一定长度范围内,最适模板用量随PCR产物长度增加而增加。

应用二代测序技术排除PCR-SBT零错配的HLA-C基因型

目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT分型结果分别为HLA-C*03:04,HLA-C*12:167;HLA-C*07:291,HLA-C*15:02;HLA-C*01:43,HLA-C*08:16;除HLA-C*03:04、HLA-C*15:02为HLA常见等位基因,其他等位基因均不在中国常见及确认HLA等位基因CWD表(2.3版本)中。NGS全长测序发现3例样本HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,3个新等位基因分别在第6、2、4外显子存在一个碱基突变。新鉴定的等位基因序列已提交给Genbank数据库(MK629722、MK335474、MK641803),被WHO HLA命名委员会正式命名为HLA-C*03:04:74、HLA-C*15:192、HLA-C*08:01:25。3例样本的HLA高分辨分型结果应该为HLA-C*03:04:74,12:03;HLA-C*07:02,15:192;HLA-C*01:02,08:01:25。结论:HLA分型结果中含有罕见等位基因的零错配结果应谨慎对待,须通过NGS或克隆等方法对全长序列加以复核确认。本实验室通过加做NGS最终确认3例PCR-SBT零错配的HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,为临床移植配型提供了准确依据,丰富了人类HLA遗传数据库。

Landsteiner-Wiener血型系统测序分型技术的建立

目的建立Landsteiner-Wiener血型系统的测序分型技术。方法(1)随机采集45名非血缘关系无偿志愿捐献者外周血样,用EDTA抗凝。(2)从外周抗凝血样中提取总RNA,应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,反转录产生LW基因的cDNA(包括3个外显子),采用ABI PrismTM 3100 DNA测序仪对RT-PCR产物中LW基因的第1外显子进行测序。(3)提取基因组DNA,采用一对引物扩增LW基因的第1外显子、第1内含子和第2外显子,全长1224bp,对第1外显子PCR产物直接进行DNA测序分析。结果45例捐血者的样本,分别经RT-PCR产物测序和PCR产物直接测序,均取得了成功,LW基因第1外显子多态性位置第308碱基均为腺嘌呤。结论本研究在国内率先建立了LW血型基因的分子测序方法,可为进一步研究中国人群LW血型基因多态性提供有效方法。

北京地区人群HLA-A、B、DRB1的聚合酶链反应-直接测序分型研究

目的调查北京人群人类白细胞抗原(humanleukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1的基因多态性,获得完整准确的遗传学数据。方法应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction se-quence-basedtyping,PCR-SBT)法对北京地区人群中618名健康无关个体进行HLA-A、B、DRB1基因座高分辨分型。结果检出HLA-A、B、DRB1的基因型数和等位基因数分别为199和84、366和143、286和122,这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。结论从基因水平分析了北京地区HLA-A、B、DRB1基因座的群体分布特征,提供了一套比较完整准确的HLA-A、B、DRB1等位基因频率、基因型频率,为器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究提供了重要的参考数据。

神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA-DRB1位点等位基因的测序分型

目的 进行神经纤维瘤病Ⅰ型患者的HLA DRB1位点等位基因高分辨率测序分型 ,探讨HLA与神经纤维瘤病发病之间的关系。方法 应用聚合酶链反应 直接测序方法 (PCR SBT) ,对 3 0例神经纤维瘤病Ⅰ型患者及 10 8例正常人进行HLA DRB1位点等位基因分型。结果 神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA DRB1 0 40 6位点等位基因以较高频率出现 ,与对照组比较差异有显著性。结论 HLA DRB1位点等位基因频率在神经纤维瘤病Ⅰ型患者和正常人之间分布不同。

直接测序法与克隆测序法在单核苷酸多态性检测中的比较

目的：了解PCR产物直接测序法与克隆测序法在单核苷酸多态性（SNP）检测上的差别。方法：对2型糖尿病患者的载脂蛋白J外显子2基因及旁侧进行聚合酶链反应（PCR）扩增，分别对其产物进行直接测序和克隆测序。结果：在样本的检测中，PCR产物直接测序法所测序列与43～60bp以后克隆测序相同；检出一个突变位点并与GenBank（DQ012938）发表序列一致。结论：PCR产物直接测序法和克隆测序法都是检测SNP的有效方法，但前者不仅特异性强，敏感度高，而且比克隆测序方法更为快速简便，节省材料。

促髓细胞分化的锌指基因单向PCR扩增直接测序的研究

锌指基因是一种造血调节基因，编码锌指结构蛋白，主要在髓细胞中表达，促进髓细胞分化，在急性早幼粒白血病维甲酸治疗中，促使病情缓解。本文报道了我们从基因分子上研究锌指基因作用中，探索并建立了单向聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增特定单链ＤＮＡ，直接测序的新方法。它能产生质和量均佳的单链ＤＮＡ，无需纯化即可直接用于测序，使复杂的测序研究简便易行，可在２，３天内完成。这种单向ＰＣＲ扩增特定单链ＤＮＡ直接测序的方法，经对锌指基因的ｃＤＮＡ测序，得到验证。此法不仅适用于疾病研究中的ＤＮＡ测序，还可制各单链ＤＮＡ探针，更利于基因结构组成的研究。

PCR直接测序方法及其在分子肿瘤学研究中的应用

随着分子生物学的迅速发展,使肿瘤的病因、诊断及治疗等领域进入了基因水平。癌是基因性疾病,各种致癌因素诱发癌基因激活和抗癌基因失活及产物异常是癌变的首要因素,这些变化的基础就是基因异常改变。传统的Southern印迹杂交法已无法满足对癌细胞的基因分析,特别是对基因异变的检测。PCR直接测序分析是在PCR扩增基因组DNA序列的基础上直接进行基因核苷酸序列分析的方法。它能检测肿瘤细胞单个核苷酸的改变,且省去了基因克隆等繁琐步骤,是检测基因突变最灵敏、最简单、最快速和最精确的方法。PCR直接测序已广泛用于癌基因和抗癌基因突变的研究、遗传鉴定、传染性疾病的诊断。核苷酸序列的测定似乎可以说是分子生物学最重要的技术,PCR直接测序方法的不断完善,无疑对分子肿瘤学的研究,提供更多、更准确的信息。

高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究

传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-FQPCR)、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。