聚合酶链反应法扩增大鼠肾素基因第一内含子中串联重复序列

哺乳类细胞基因组中存在可变的串联重复序列(Variable number of tandem repe-at,VNTR),在不少情况下,因其串联的重复序列数目不同而形成的长度差异与某些疾病的发生发展具有一定的关联。我们在研究大鼠肾素基因第一内含子中一个串联重复序列长度的改变与发生高血压的关系时。

应用肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应对鲍曼不动杆菌进行同源性分析

目的了解临床不同来源的鲍曼不动杆菌是否存在同源性,判断其是否存在耐药菌株的克隆播散,追踪其在医院交叉感染的可能途径,以便有效防控鲍曼不动杆菌在医院中传播。方法收集2012年10月至2013年6月临床分离的73株多重耐药鲍曼不动杆菌,用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)对菌株进行同源性分析。结果 73株多重耐药鲍曼不动杆菌经ERIC-PCR分型分为8个基因型,分别用A、B、C、D、E、F、G、H表示,其中A型31株,B型15株,C型12株,D型8株,E型3株,F型2株,G和H型各为1株。A型为主要的流行株,分布在多个不同的科室。重症监护室(intensive care unit,ICU)分离的菌株存在6个基因型;骨科系统病区存在4个基因型;急诊科有5个基因型;内科发现有6个基因型;外科发现3个基因型。ICU病房环境物体表面共分离出4株鲍曼不动杆菌,其中9号和10号菌株来自于不同患者的床旁,12号和13号来自于护理站电脑键盘。结论临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌存在多个基因型。多重耐药鲍曼不动杆菌存在时间和空间的聚集性。

短串联重复序列D7S2201基因座的群体遗传学研究

用扩增片段长度多态性技术分析短串联重复序列D7S2201基因座的遗传多态性，在262个中国成都地区汉族无关个体及119个泰国曼谷地区泰人无关个体中分别发现7个和5个等位基因，首次获得该基因座在两群体中的频率分布，其等位基因片段大小范围为100～124bp。两群体的基因型频率分布均符合Hardy Weinberg平衡。该基因座在两群体中的个人识别能力（PD）、杂合度（H）、多态性信息含量（CPI）及非父排除率（PE）分别为0.7038、0.5992、0.4789、0.2900和0.7351、0.5882、0.5012、0.2770。家系调查证实了等位基因的传递遵循孟德尔遗传规律。χ2检验表明两群体间等位基因频率分布无显著性差异。

西藏藏族人群15个短串联重复序列基因座的遗传多态性

利用多重PCR五色荧光（6FAM、VIC、NED、PET、LIZ）自动化检测技术检测西藏自治区藏族人群DSS1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818及FGA共15个STR基因座遗传多态性，获得15个STR基因座的群体遗传学数据。结果显示：15个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。15个STR基因座的个体鉴别力（Discrimination power,DP）在0．7555～0．9602之间，杂合度（Heterozygosity,H）在0．5651～0．8530之间，多态性信息含量（Polymorphism information content，PIC）在0．5528～0．8456之间，非父排除率（Probability of paternity exclusion，EPP）在0．3811～0．8549之间，累积个体鉴别力为0．999999999，累积非父排除率为0．999999998。15个短串联重复序列基因座适合作为西藏藏族人群的遗传标记，用于人类学、疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等领域的研究。

江苏地区汉族人群八个短串联重复序列基因座遗传多态性研究

目的 :了解江苏地区汉族人群D14S30 6、D1S 818、D3S1338、LPL、F13B、F13A0 1、FESFPS和vWA等八个短串联重复序列 (STR)基因座的遗传多态性 ,并获得该群体的遗传学数据。 方法 :采用Chelex 10 0法从江苏地区无亲缘关系的汉族个体血标本 12 2份中提取DNA。特异引物聚合酶链反应。产物经 6 %变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,银染检测。 结果 :这八个STR基因座在江苏地区汉族人群均具有遗传多态性 ,并符合Hardy Wein berg定律 ,它们的个人识别率范围从F13B的 0 .6 86 9到vWA的 0 .92 85 ,非父排除率范围从F13B的 0 .2 4 99到vWA的 0 .6 0 2 6不等。 结论

中国江苏地区汉人群五个高多态性短串联重复序列(STR)基因座基因频率分布调查

为选择有较好基因频率分布的短串联重复序列遗传标记,对中国江苏地区随机汉族人群的D5S818、D19S253、D12S391、D2S1338和D22S684 5个微卫星基因座进行了基因频率分布调查,并评估它们作为法医遗传标记在中国江苏地区汉族群体中的效能。采用Chelex-100法从中国江苏地区无血缘关系汉族个体的血样本105份中提取DNA,特异引物聚合酶链反应,产物经6％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染检测。这5个STR基因座在中国江苏地区汉人群均显具有高度遗传多态性并符合Hardy-Weinberg定律,它们的个人识别率(DP)范围从D5S818的0.892 8到 D2S1338的 0.952 7,非父排除率(PE)范围从 D5S818的0.538 5到D2S1338的0.690 7不等。5个基因座的联合 DP值和联合 PE分别为0.999 997和0.991 8。在D22S684基因座,首次在汉人群报道的等位基因频率分布与英国Caucasian,Afro-Caribbean和Asian fom the Indian 3个人群相比较,卡方检验有显著差异(P<0.005)。为常规应用这 8个STR遗传标记在中国江苏地区汉人群中进行亲子鉴定和个人识别提供了概率计算依据和群体遗传学数据。

快速银染法检测短串联重复序列

目的 介绍一种灵敏、简便的方法检测短串联重复序列（ＳＴＲ）。方法 采用ＰＣＲ技术扩增ＳＴＲ，扩增产物经ＰＡＧＥ后银染。结果 银染后的产物清晰，易于判断相差２ｂｐ 的核酸基因型。结论 ＰＣＲ技术结合银染法提高检测的灵敏度。

西藏那曲地区藏族人群15个短串联重复序列位点多态性的研究

利用基因扫描技术调查西藏自治区那曲地区藏族人群D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818及FGA共15个短串联重复序列(STR)基因座多态性分布,获得15个基因座的群体遗传学数据。结果显示:15个STR位点在那曲地区藏族人群中具有遗传多态性,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,DP在0.758 8—0.960 4之间,H在0.476 2—0.862 0之间,PIC在0.446 4—0.861 5之间,EPP在0.385 0—0.856 0之间,累积个体鉴别力为0.999 999 999,累积非父排除率为0.999 999 998。15个STR位点适合作为那曲地区藏族人群的遗传标记用于人类学、疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等领域的研究。

D16S539等5个短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的 探讨河南汉族群体 D16S53 9、D7S82 0、D13 S3 17、D8S1179和 D2 1S11等 5个基因座基因频率 ,获得群体遗传学数据。方法 随机抽取 2 0 9名河南汉族群体无血缘关系个体的静脉血 ,柠檬酸抗凝剂抗凝 ,酚 -氯仿法提取 DNA ,应用 PCR技术扩增上述 5个 STR基因座 ,聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳分型。结果 2 0 9名个体中 D16S53 9、D7S82 0、D13 S3 17、D8S1179和 D2 1S11等 5个基因座分别检出 7、8、8、10、15个等位基因 ,基因型分布符合 Hardy-Weinberg平衡。 5个基因座的杂合度分别为 0 .790 7、0 .80 56、0 .7914、0 .82 3 9、0 .80 46,多态信息含量分别为 0 .7712、0 .780 1、0 .7694、0 .80 0 9、0 .7816,个人识别能力在 0 .9416、0 .93 67、0 .9511、0 .9546、0 .93 0 8,非父排除概率分别为 0 .610 6、0 .6179、0 .614 5、0 .70 2 2、0 .6712。结论 5个 STR基因座具有高度多态性遗传标记特征 。

短串联重复序列位点CYP19、LPL、TH的多态性研究

应用PCR及PAG电泳技术研究了CYP19、LPL和TH3个STR位点的多态性。调查武汉地区200名汉族无亲缘关系个体，首次获得汉族人群基因频率分布。3位点基因型频率分布与Hardy－weinberg平衡吻合。家系调查证实了等位基因具孟德尔遗传特征，观察46次减数分裂未发现突变基因。分别计算了汉族人群CYP19、LPL和TH位点的杂合度（H）、个人识别能力（DP）、多态性信息总量（PIC）和非父排除率（PE），为法医学应用提供了基础数据。

Y染色体短串联重复序列基因座荧光复合扩增体系的法医学应用

目的探讨Y染色体DYS456、DYS464、DYS527、DYS531、DYS709、DYS448和DYS522共7个短串联重复序列(STR)基因座(相当于11个位点)荧光复合扩增体系在法医学中的应用价值。方法提取法医学应用中生物检材的基因组DNA,复合扩增7个Y-STR基因座,然后采用毛细管电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳法检测扩增产物。结果盲测试验结果正确;可作为"人"与"非人"的种属特异性检测工具;用同一个体不同组织所获得的分型结果一致;调查同一父系家庭的男性成员样品,未观察到变异;对强奸案混合斑的分析,可直接检出7个Y-STR基因型,协助确定嫌疑人。结论荧光复合扩增Y染色体7个STR基因座方法可靠,对混合斑和微量检材中男性DNA的分析具有较高的应用价值。

温州汉族人群短串联重复序列D5S818位点的多态性

目的 :研究D5S818的遗传多态性及其法医学应用价值。方法 :应用聚合酶链式反应 (PCR)、聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显带技术对温州地区汉族 2 2 7名无关个体的D5S818位点进行分型 ,并检验D5S818基因型频率分布是否符合Hardy Weinberg平衡 ,计算法医学常用的各种概率 ,并与其他人群进行了比较。结果 :D5S818位点检出 8个等位基因、2 4种基因型。基因型频率的分布符合Hardy Weinberg平衡 (χ2 =12 .3,P >0 .5 ,df=16 ) ,观测杂合度h为 76 .6 5 +1.99% ,偶合机率为 0 .0 814 ,个体识别率为 0 .9186 ,多态信息含量为 0 .74 96 ,亲子关系指数为 2 .14 15 ,期望排除率为 0 .5 385。不同人群基因频率分布存在一定的差异。结论 :该研究所得到的等位基因频率数据可为温州汉族人群法医个体识别、亲子鉴定及遗传学研究提供更多依据。

15个短串联重复序列在拉萨市和那曲地区藏族人群的多态性分布

目的调查15个短串联重复序列（STR）（D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317D16S539、2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA）在408名西藏拉萨市和那曲地区藏族人群中的基因型与等位基因频率分布。方法提取基因组DNA，利用多重PCR和五色荧光（6FAM、VIC、NED、PET、LIZ）自动化j5测技术，获得基因分型图，然后进行统计分析，获得15个STR基因座在西藏拉萨市和那曲地区藏族群体中的基目型频率和等位基因频率，并作Hardy-Weinberg平衡检测及两地区基因频率的比较分析。结果在拉萨市藏族君体中，15个STR基因座分别检测到11-47种基因型，5-12种等位基因，那曲地区藏族群体中，分别检测到12-5种基因型，6-14种等位基因；15个STR基因座的等位基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡，拉萨和那曲地区藤族人群等位基因频率分布差异性较小。结论该15个STR在西藏拉萨市和那曲地区藏族群体中具有较高的遗传多态性，适合作为藏族群体的遗传标志，用于人类学、遗传疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究奄域。

一种快速聚合酶链式反应方法的探究和法医学应用

目的优化和建立一套快速聚合酶链式反应(PCR)扩增体系和程序,缩短扩增时间,提高短串联重复序列分型的速率和办案效率。方法运用AmpFLSTR?Identifiler?Plus试剂盒和7种快速扩增酶进行筛选和优化,最后对筛选出的酶优化其扩增体系和扩增程序,并对几种常规检材中提取的DNA进行扩增和检测,然后对其分型结果进行验证和讨论。结果最终优化的扩增程序由常规的3 h左右缩短至24 min,DNA检验结果与常规方法一致。结论应用优化后的快速PCR扩增体系可以成功准确扩增DNA样本,显著提高DNA分型速率。

中国朝鲜族人群6个短串联重复序列位点的遗传多态性(英文)

背景:许多学者对不同国家、地区、民族人群的短串联重复序列多态性进行了研究报道,但朝鲜族人群短串联重复序列位点的多态性如何?目的:了解中国朝鲜族人群D16S539,D7S820,D13S317,CSF1PO,TPOX,THO16个短串联重复序列位点的遗传多态性分布,获得相应多态位点的群体遗传学数据。设计:单一样本观察。单位:牡丹江医学院生物教研室和DNA分析检测室。材料:收集2001-01/02牡丹江地区无血缘关系的朝鲜族个体100份血样。方法:应用聚合酶链反应扩增片段长度多态性分析方法对100名无血缘关系的朝鲜族个体进行样本基因型检测。主要观察指标:D16S539,D7S820,D13S317,CSF1PO,TPOX,THO16个短串联重复序列位点的样本基因型。结果:①D16S539基因座,观察到6个等位基因,18种基因型。②D7S820基因座,观察到7个等位基因,22种基因型。③D13S317基因座,观察到7个等位基因,23种基因型。④CSF1PO基因座,观察到6个等位基因,16种基因型。⑤TPOX基因座,观察到6个等位基因,11种基因型。⑥THO1基因座,观察到5个等位基因,12种基因型。结论:6个位点等位片段多态性分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律。且具有较高的杂合度,所得到的等位基因频率等数据可以为中国朝鲜族人群遗传学研究提供依据。

鱼类产品中嗜水气单胞菌重组酶聚合酶扩增结合CRISPR/Cas12a快速检测及耐药性分析

目的建立重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)结合簇状规则间隔短链重复序列及其相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-associated protein,CRISPR-Cas)新方法,检测鱼类产品中嗜水气单胞菌,并分析其耐药性。方法采用基于最新的CRISPR基因编辑技术建立RPA结合CRISPR/Cas12a新方法,快速检测嗜水气单胞菌,同时采用环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法比对两种方法的检出率。筛查嗜水气单胞菌分离株的耐药性,采用纸片扩散法测定耐药表型,采用荧光染料(SYBR green,SYBG)实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qPCR)测定耐药基因,分析耐药表型与耐药基因结果的一致性。结果在74例鱼类样品中,基于RPA-CRISPR/Cas12a和LAMP同时检测出6例嗜水气单胞菌。分析耐药性测试结果发现,分离株对5大类10种抗生素的耐药情况差异较大,耐药表型与耐药基因结果一致性较高。结论所建立的RPA-CRISPR/Cas12a方法适用于嗜水气单胞菌快速检测。而细菌耐药性的产生机制比较复杂,耐药表型的产生在一定程度上受耐药基因调控。研究结果为水产品中嗜水气单胞菌快速检测和耐药性筛查提供新思路和方法。

规律间隔成簇短回文重复序列/相关蛋白9靶向Rho GDIα基因敲除质粒的构建及其对小鼠肝癌细胞系Hepa 1-6迁移的影响

目的利用规律间隔成簇短回文重复序列/相关蛋白9(CRISPR/Cas9)技术构建Rho鸟苷酸解离抑制因子α(GDIα)的基因敲除载体,并探讨干扰Rho GDIα后对小鼠肝癌细胞Hepa 1-6迁移的影响。方法根据CRISPR/Cas9靶点设计原则,设计Rho GDIα的向导RNA(sgRNA)序列,并与PX458载体相连,构建Rho GDIα基因敲除重组质粒PX458-Rho GDIα-sgRNA1和PX458-Rho GDIα-sgRNA2;脂质体转染法将重组质粒转染入Hepa 1-6细胞抑制Rho GDIα的基因表达;RT-PCR法检测Rho GDIα被抑制后的mRNA表达情况;划痕法检测Rho GDIα干扰后Hepa 1-6细胞迁移距离的差异;迁移小室法检测抑制Rho GDIα后Hepa 1-6细胞迁移数量的差异。结果成功构建了Rho GDIα的CRISPR/Cas9基因敲除质粒PX458-Rho GDIα-sgRNAs;转染有PX458-Rho GDIα-sgRNA1的Hepa 1-6细胞与对照组只转染空载体PX458的细胞相比,Rho GDIα的表达被明显抑制(P<0.05),而且该组细胞从划痕起始处迁移到空白处距离较远,从迁移小室上端迁移到底端数目明显增多,差异极其显著(P<0.01),说明Rho GDIα被抑制后肝癌细胞的迁移能力提高。结论CRISPR/Cas9法构建的重组质粒PX458-Rho GDIα-sgRNA1可以有效抑制Rho GDIα的基因表达;Rho GDIα被抑制后明显促进小鼠肝癌细胞Hepa 1-6的迁移,提示在体情况下,Rho GDIα的表达可能起到抑制细胞迁移的重要作用,在肿瘤组织中,可以利用过表达Rho GDIα来抑制肿瘤细胞的转移。

短串联重复序列复合扩增体系优化的实验研究

近年来国内外常采用PCR扩增21号染色体上的短串联重复序列（short tandem repeats,STR）进行唐氏综合征（Down Syndrome,DS）的基因诊断及产前基因诊断。检测的STR基因座数目增多,DS的诊断率也升高。但如果采用单重PCR扩增多个STR基因座，实验方法较为繁琐，不适合临床应用。本文的目的是通过优化反应条件，初步建立21号染色体上杂合度较高的D21S1411和D21S1413 STR基因座的复合扩增体系。

温州汉族人群短串联重复序列D6S477位点多态性研究

目的 获得D6S4 77基因座在中国温州汉族群体中基因型及等位基因频率数据 ,探讨其在法医学应用价值。方法 应用聚合酶链式反应 (PCR)、聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显带技术对温州地区汉族 14 0名无关个体的D6S4 77位点进行分型 ,并检验D6S4 77基因型频率分布是否符合Hardy -Weinberg平衡 ,计算法医学常用的各种概率。结果 D6S4 77位点检出 7个等位基因 ,19种基因型。基因型频率的分布符合Hardy -Weinberg平衡 (χ2 =13.6 ,P >0 .0 5 ,df =15 ) ,观测杂合度h0为 83.6 +2 .2 1% ,偶合机率为 0 .0 74 ,亲子关系指数为 3.0 4 ,个体识别率为 0 .92 6 ,期望排除率为 0 .6 6 7,多态信息含量为 0 .78。结论 不同人群基因频率分布存在一定的差异 ,所得到的等位基因频率数据可为温州汉族人群法医个体识别 。

广东汉族人群8个短串联重复序列基因座的遗传多态性研究

目的:对广东汉族人群8个(D2S1360、D3S1545、D7S1517、D16S3253、D18S1270、D19S253、D20S470、D21S1437)短串联重复序列(STR)基因座的等位基因频率进行研究并获得群体遗传参数,探讨其法医学应用价值。方法:对216份广东汉族无关个体EDTA抗凝血样用Chexlex-100法提取DNA,应用多重聚合酶链反应结合聚丙烯酰胺凝胶电泳对以上8个基因座在广东汉族人群中的基因型分布进行分析。结果:此8个基因座分别检出12、9、13、9、10、10、13、10个等位基因和42、27、45、33、31、36、44、31种基因型,且基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。各基因座的观察杂合度分别为0.851、0.782、0.885、0.756、0.784、0.812、0.917、0.725。8个基因座的累积个体识别机率为0.999 999 7,累计非父排除概率为0.998 15。40个家系样品调查证实上述基因座均遵循孟德尔遗传规律,未观察到突变。结论:8个STR基因座在广东汉族人群中具有较高的遗传多态性,在法医学应用和群体遗传学研究中具有应用价值。