双重荧光逆转录-聚合酶链式反应与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒

目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的方法。方法根据GⅠ型、GⅡ型诺如病毒基因组保守序列设计引探,经过一系列引探浓度筛选,建立了双重荧光RT-PCR和恒温荧光RT-RAA两种检测方法,分别从敏感性、特异性、稳定性、重复性等方面进行了比较研究;同时将这两种方法应用于实际临床样本检测中,并与GB4789.42—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验诺如病毒检验》进行比对验证。结果建立的两种方法特异性良好,敏感性均可达10 copies/μL;双重荧光RT-PCR方法质粒梯度变异系数(coefficient of variation,CV)值在0.1%~1.5%区间,恒温荧光RT-RAA方法CV值在1.0%~10.0%区间,稳定性和重复性显示双重荧光RT-PCR优于恒温荧光RT-RAA检测方法;31份诺如病毒阳性食品核酸样本均能检出,且50份食品盲样检测结果与国标一致。结论本研究成功建立了双重荧光RT-PCR与恒温荧光RT-RAA快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒方法,两种方法各有优缺点,双重荧光RT-PCR稳定性和重复性好,恒温荧光RT-RAA检测时间短,仅20 min就能完成扩增,可根据不同需求选择一种或两种作为食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒的检测方法。

聚合酶链反应-酶切分型鉴定广州地区环境水源军团菌

【目的】探讨聚合酶链反应-酶切分型在快速鉴定环境水源军团菌方面的应用价值,并了解广州地区环境水源军团菌的分布状况。【方法】对广州地区采集的44份环境水样,作军团菌分离培养,再对分离菌株进行16Sr DNA PCR-酶切分型鉴定、16S rDNA基因测序和mip基因测序鉴定。【结果】在广州地区环境水源分离的112株军团菌,经聚合酶链反应-酶切分型鉴定、16S rDNA基因测序和mip基因测序鉴定,检出嗜肺军团菌66株,非嗜肺军团菌46株,其中菲氏军团菌20株,戈氏军团菌17株,橡树岭军团菌7株,长滩军团菌2株。【结论】聚合酶链反应-酶切分型检测环境水源军团菌是一种简便、快速、特异的鉴定方法;在广州地区环境水源中普遍存在军团菌,主要是嗜肺军团菌,其次是菲氏军团菌,戈氏军团菌,橡树岭军团菌和长滩军团菌。

逆转录-聚合酶链反应在乙型脑炎诊断中的建立

目的 运用逆转录 -半套式 -聚合酶链反应技术 (RT -semi-nested -PCR) ,建立一种新的早期快速检测乙型脑炎病毒的方法。方法 收集临床诊断的 37例乙脑和 15例非乙脑病人标本 (包括血清、脑脊液 )分别为 6 3份和 30份 ,同时用RT -semi-nested -PCR、IgM捕获法ELISA(MacELISA)进行检测。 结果 血清和脑脊液中可成功检测出JEVRNA ,经1 5 %凝胶电泳 ,出现特异性条带 ,符合预计值 4 0 0bp。结论 RT -semi-nested -PCR对检测JEV感染 ,从实验设计到实验条件 ,都是合理的 ,有较高的敏感性和特异性。可用于乙脑的早期诊断。

聚合酶链反应法检测戊型肝炎病人粪便HEV-RNA

应用逆转录－套式聚合酶链反应（ＲＴ－ｎＰＣＲ）法，对２６例散发性戊型肝炎（ＨＥ）患者发病后４～２８天收集的９１份粪便标本进行ＨＥＶＲＮＡ检测，并与同病期系列血清ＨＥＶＲＮＡ及ＡＬＴ水平作比较，以了解散发性ＨＥ患者的粪便排病毒规律。结果表明，患者粪便ＨＥＶＲＮＡ阳性率为４２．３％（１１／２６），与血清ＨＥＶＲＮＡ阳性率（５３．８％）相比无显著性差异（Ｐ＞０．０５）。粪便ＨＥＶＲＮＡ检出率在发病头５天内为７５％（３／４），随后即与血清ＡＬＴ水平一样出现明显下降，于发病后１６～２０天降至１９．２％（５／２６），最长一例持续阳性至发病后２３天。上述结果提示，ＨＥ患者的粪便排病毒主要发生在疾病的急性期早期，将其隔离期定为病后３周可能比较合理。

肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型多重反转录-聚合酶链反应的建立及初步应用

本文旨在建立一种快速、高效的检测肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)的方法,用于儿童手足口病的病原学监测。通过设计肠道病毒通用引物和CA16、EV71的型特异性引物,建立以不同引物浓度配比及两阶段退火温度提高检测敏感度和特异度的多重反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,并对首都儿科研究所附属儿童医院2010年3～10月收集的371例手足口病患儿381份临床标本同时进行病毒分离和核酸检测。结果显示,本研究建立的多重RT-PCR方法对CA16和EV71的最低模板检测浓度分别为5.32pg/ml和0.64pg/ml,反应特异度为100%。应用该方法检测381份手足口病临床标本的总阳性率为77.4%,其中CA16与EV71的检测阳性率分别为31.8%和35.4%,两者检测阳性比为1∶1.1。以病毒分离为标准,多重RT-PCR对CA16及EV71检测的准确率分别为95.2%和98.6%。因此,本研究新建立的多重RT-PCR方法准确、简便,适用于较大量样本的手足口病病原学监测。2010年引起北京地区儿童手足口病的主要病原为CA16和EV71。

聚合酶链反应-单链构型多态性检测细胞壁缺陷型淋病奈瑟菌cppB基因变异

目的 :检测与分析淋病奈瑟菌 L 型的 cpp B基因 ,探讨细胞壁缺陷对淋病奈瑟菌 cpp B基因的影响。方法 :用青霉素诱导淋病奈瑟菌成为 L 型并获得稳定 L 型纯培养物 ,用 cpp B基因特异性引物以聚合酶链反应 (PCR)检测稳定 L型纯培养物的 cpp B基因和进行单链构型多态性 (SSCP)分析。结果 :淋病奈瑟菌的细菌型及其 L型都具有 cpp B基因扩增产物 ,但 PCR-SSCP分析可见异常泳动 DNA带型 (细菌型有 2条带、L型有 3条带 )。结论 :细胞壁缺陷淋病奈瑟菌仍然具有 cpp B基因 。

多重聚合酶链反应在缺失型ɑ-地中海贫血诊断中的应用

目的:探讨多重聚合酶链式反应(PCR)在缺失型ɑ-地中海贫血患者基因类型快速诊断中的应用价值。方法:对应用多重PCR进行ɑ-地中海贫血检测后确诊为正常的30份样本及缺失型ɑ-地贫的78份样本进行基因类型及血液实验学参数的回顾性比较与统计分析。结果:在78例缺失型ɑ地中海贫血中,8例为左缺失静止型ɑ-地贫(-ɑ3.7/ɑɑ)、3例为右缺失静止型ɑ-地贫(-ɑ4.2/ɑɑ)、60例为东南亚型缺失ɑ-地贫(--sea/ɑɑ)、5例为左缺失血红蛋白(HbH)病(--sea/-ɑ3).7、2例为右缺失血红蛋白(HbH)病(--sea/-ɑ4.2),分别占缺失型ɑ-地贫的10.3%、3.8%、76.9%、6.4%、2.6%。静止型ɑ-地贫血液学参数MCV为(84.0±3.76)fl,红细胞脆性为(68.0±12.7)%;东南亚(标准)型ɑ-地贫MCV为(71.7±5.1)fl,红细胞脆性为(42.3±15.2)%;HBH病MCV为(61.9±5.0)fl,红细胞脆性为(25.0±6.5)%。结论:与传统的血液学参数筛查比较,多重PCR可以准确、简便、快速地检测常见的-ɑ3.7、-ɑ4.2、--sea3种缺失型ɑ-地贫,对静止型ɑ-地贫的检出是一种较为理想的方法。

逆转录-聚合酶链反应-酶联夹心杂交法检测呼吸道合胞病毒及其亚型感染

目的:建立一种呼吸道合胞病毒(RSV)及其亚型核酸检测方法并初步应用于临床,检测浙南地区RSV及其亚型的流行情况。方法:根据RSVG蛋白基因核苷酸序列设计引物和探针,通过逆转录-聚合酶链反应-酶联夹心杂交法(RT-PCR-ELSH)随机检测了浙南地区连续两年冬春季期间202例急性下呼吸道感染的婴幼儿鼻咽部分泌物中RSV及其亚型的病毒核酸;与病毒分离培养、直接免疫荧光法(DFA)、OligoDetect试剂盒比较探讨其临床实用性。结果:202例标本中RSV阳性123例,阳性检出率为60.9%,2002～2003年和2003～2004年冬春季分别为68.2%和52.6%;两个冬春季都以RSVA亚型为主,占78.9%,2002～2003年冬春季A亚型占RSV阳性标本中的76.7%,2003～2004年A亚型占82.0%;RT-PCR-ELSH阳性检出率与其他三种方法的阳性检出率差异无显著性(P>0.05)。结论:RT-PCR-ELSH法用于检测RSV及其亚型,是一种灵敏度高、特异性强,方便、快速的方法,非常适用于临床标本的大批量检测和流行病学调查;RSV是引起浙南地区冬春季婴幼儿急性下呼吸道感染的最主要的病原体,并以A亚型为主。

聚合酶链反应-酶联免疫吸附试验检测乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸

目的 :评价聚合酶链反应 -酶联免疫吸附试验 (PCR- EL ISA)测定乙型肝炎病毒 DNA(HBV DNA)的临床应用价值。方法 :采用定量 PCR- EL ISA法和 EL ISA法分别检测 2 0 8例乙型肝炎患者血清的 HBV DNA和 HBV血清标志物(HBVm ) ,3 4份健康体检者作为阴性对照。结果 :血清 HBV DNA含量 >4× 10 6 拷贝 /ml分别是抗 HBc Ig M组、HBe Ag组、抗 HBc组、抗 HBe组和三抗体组 (抗 HBs、抗 HBBe、抗 HBc) ,其 HBV DNA阳性率分别为 10 0 % ,97.75 % ,62 .3 0 % ,41.67% ,16.0 0 %。结论 :PCR- EL ISA法定量检测 HBV DNA具有较强的特异性和灵敏度 ,为临床早期诊断 ,了解乙型肝炎病毒复制情况 。

竞争性反转录聚合酶链反应对髌韧带中的α_1-Ⅰ型胶原蛋白基因表达的定量检测

应用竞争性反转录聚合酶链反应技术,对韧带中的α_1-Ⅰ型胶原蛋白基因表达进行了定量测定。研究表明:该技术是适用于对一小块髂韧带中的基因表达进行定量研究。

应用聚合酶链反应-单链构型多态分析和银染法检测胰腺癌组织K-Ras基因突变

用聚合酶链反应—单链构型多态分析(PCR-SSCP)和银染技术检测了29例胰腺癌、8例胰岛细胞瘤和9例慢性胰腺炎石蜡包埋组织标本中K-Ras基因外显子1,发现有17例胰腺癌标本存在突变,突变率为58.6％,而无1例胰岛细胞瘤及慢性胰腺炎标本发生突变。胰腺癌标本突变率与肿瘤分化程度、病人的性别及年龄无关,提示胰腺癌普遍存在K-Ras基因突变,检测此突变对胰腺癌的鉴别诊断有一定临床意义。PCR-SSCP银染方法简便、快速,可广泛用于基因突变的检测。

实时荧光核酸恒温扩增试验和定量反转录-聚合酶链反应对血清乙型肝炎病毒RNA定量检测的一致性评价

为评价实时荧光核酸恒温扩增试验(simultaneous amplification testing,SAT)与定量反转录-聚合酶链反应(quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测血清样本中乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)RNA的相关性与一致性,本研究收集了在复旦大学附属公共卫生临床中心就诊的212例患者的血清样本,其中慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者HBV DNA≥100 IU/mL 81例、HBV DNA<100 IU/mL 76例,以及作为对照的非HBV感染患者55例。采用SAT和qRT-PCR方法分别检测所有血清样本中的HBV RNA,对检测结果进行统计学分析。在HBV DNA≥100 IU/mL的CHB患者中,SAT和qRT-PCR的HBV RNA阳性检出率均为95.06%(77/81)。2种方法具有较好的相关性与一致性(R 2=0.803和CCC=0.882)。Bland Altman分析显示绝对偏倚为0.1 log copies/mL,相对偏倚为0.97%。配对t检验显示,结果无统计学差异(t=1.617,P=0.110)。在HBV DNA<100 IU/mL的CHB患者血清样本中,HBV RNA阳性检出率不同,SAT为98.68%(75/76),qRT-PCR为88.16%(67/76),2种方法相关性与一致性较差(R 2=0.326和CCC=0.438)。Bland Altman分析显示绝对偏倚为0.5 log copies/mL,相对偏倚为0.86%。配对t检验显示,结果有统计学差异(t=3.654,P<0.001)。在非HBV感染对照患者中,SAT和qRT-PCR均未检出HBV RNA阳性。结果提示,在HBV DNA≥100 IU/mL的CHB患者中应用SAT与qRT-PCR检测血清HBV RNA,其相关性与一致性较好,在HBV DNA<100 IU/mL的CHB患者中相关性与一致性存在一定差异。

逆转录-聚合酶链反应在乙型脑炎减毒活疫苗生物反应罐清洁验证中的应用

为了对乙型脑炎减毒活疫苗生物反应罐清洁后乙型脑炎病毒(JEV)检测方法进行探讨,从GenBank中收录的乙型脑炎病毒的E蛋白基因序列设计一对引物,以乙型脑炎减毒株SA14-14-2培养物提取RNA作为模板,进行逆转录和PCR扩增。结果表明乙型脑炎减毒株SA14-14-2扩增出预期的特异性条带,阴性对照没有扩增出任何条带。聚合酶链反应与血吸附试验比较,有灵敏、快速、稳定性的特点,可用于生物反应罐清洁后乙型脑炎残留病毒的检测。

逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术同时检测水中多种肠道病毒

建立了一种利用通用引物RT-PCR技术检测水中肠道病毒的方法.利用脊髓灰质炎病毒1～3型,柯萨奇病毒B3型作为参考病毒株,根据肠道病毒RNA5′非编码区中具有高度同源性的序列来设计通用引物.比较了M-MLV酶和AMV酶的逆转录效果,AMV酶能够成功地从地表水和生活污水中逆转录病毒RNA,更适于实际应用.对比研究了PCR过程中的退火温度,c(Mg2+)等因素对RT-PCR检测结果的影响,选择退火温度55℃,c(Mg2+)为2 mmol/L的反应条件,优化了RT-PCR检测方法.通过检测水样中接种的连续稀释的病毒,确定了该检测方法的灵敏度为38 CCID50.考察人工污染的地表水、污水、二级处理出水样品发现,检测灵敏度基本一致.该方法可应用在实际环境的肠道病毒检测中.

聚合酶链反应和改良抗酸染色诊断L型结核杆菌感染

目的 探讨 L 型抗酸菌的 IK染色和 PCR检测的临床应用价值 .方法 采用 IK染色和 PCR技术 ,对结核病患者(35例 )、非特异性淋巴结炎患者 (30例 )和正常胎儿 (1 0例 )的石蜡切片进行对比研究 .结果 两种方法 (PCR和 IK染色 )对上述 3组 75例的检测阳性率分别为 80 % ,83% ;6 7% ,6 0 %及 0 % .结论 PCR技术及 IK染色 ,检测抗酸菌 L

聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测耐多药结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL突变的研究

目的 应用PCR SSCP技术快速检测耐INH ,RFP ,SM结核分支杆菌分离株KatG、rpoB、rpsL基因突变 ,评价其在检测结核分支杆菌耐药性方面的价值。方法 32株耐INH、RFP、SM结核分支杆菌临床分离株及 2 5株结核分支杆菌敏感分离株用PCR SSCP方法分别检测 ,rpoB、KatG、rpsL基因突变。结果 32株耐多药结核分支杆菌分离株中 ,rpoB、KatG、rpsLPCR扩增产物PCR SSCP分别有 2 8株 (87.5 % )rpoB基因 ,19株 (5 9.3% )KatG基因和 2 3株 (71.9% )rpsL基因电泳条带与结核分支杆菌标准株H3 7Rv电泳条带相比有明显差异 ,而 2 5株结核分支杆菌敏感株的PCR SSCP条带与结核分支杆菌H3 7Rv相似 ,特异性为 10 0 %。结论 PCR SSCP方法敏感、特异 ,可快速检测结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL耐药基因突变 。

多重聚合酶链反应鉴定幽门螺杆菌基因型

目的建立鉴定幽门螺杆菌(H.pylori)cagA,vacA基因型别的多重聚合酶链反应(PCR)方法,并对90例H.pylori临床分离株的cagA,vacA型别进行鉴定。方法将鉴定cagA基因的引物P1,P2及鉴别vacA基因型别的引物VAG-F,VAG-R,VA1-F,VA1-R,SS1-F加入同一反应管中,一次性扩增出2～4条特异性DNA片段,并判定H.pylori cagA,vacA基因型别。结果建立了鉴定H.pylori cagA,vacA基因型别的多重PCR系统,其灵敏度为300CFU。90例H.pylori菌株中,82例(91.1％)含cagA基因;vacA基因信号区sla,slb和s2型分别为46例(51.1％),36例(40.0％)和8例(8.90％);中间区ml和m2型分别为46例(51.1％),44例(48.9％)。82例sl型H.pylori菌株中79例(96.3％)为cagA^+,8例s2型H.pylori菌株中2例(25.0％)为cagA^+,其差异有显著统计学意义(X^2=38.39,P<0.001)。结论建立的鉴定H.pylori cagA,vacA基因型别的多重PCR方法具有简便、快速、特异、经济的特点。西安地区人群感染的H.pylori菌株绝大多数为cagA^+菌株,H.pylori vacA基因的sl型(特别是sla型)和cagA基因的出现密切相关。