应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳和16S rDNA技术分析果冻胀气原因

目的分析某品牌果冻胀气的原因。方法提取胀气果冻总DNA,采用聚合酶链式反应-变性度凝胶电泳技术(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)进行菌群结构分析,同时采用平板分离法从果冻中分离细菌。并将分离得到的菌株进行16S rDNA扩增和测序比对分析。将分离的菌株接种到正常果冻中进行产气实验。结果 PCR-DGGE和平板分离结果表明,在胀气果冻中分别只检测到一种细菌,未检测出真菌。测序比对结果表明该细菌属于芽孢乳杆菌属。将该菌接种到正常果冻中会引起果冻胀气。结论芽孢乳杆菌是导致该品牌果冻胀气的主要因素。

冷却牦牛肉贮藏过程中优势菌的PCR-变性梯度凝胶电泳分析

应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究托盘保鲜膜包装的冷却牦牛肉在4℃贮藏过程中的微生物多样性及其动态变化。直接从样品中提取细菌总的DNA,采用降落PCR扩增16S rDNA的V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化的指纹图谱,并对主要条带进行测序分析。结果表明:检测到的优势腐败菌为Pseudomonas sp.(假单胞菌)、Lactococcus sp.(乳球菌)、Acinetobacter sp.(不动杆菌)、Brochothrix thermosphacta(热死环丝菌)、Enterobacteriaceae bacterium(肠杆菌科细菌),此外还检测到Uncultured Citrobacter sp.(非培养的柠檬酸杆菌)和Staphylococcus sp.(葡萄球菌)。

基于PCR-DGGE技术分析浓香白酒窖泥梭菌多样性

窖泥是浓香型白酒酿制过程中最主要的微生物源,窖泥中微生物的类型、丰度、新陈代谢活动等均对浓香型白酒品质产生很大的影响。为探究窖泥中梭菌微生物的多样性,利用窖泥理化结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术对10个窖泥样品中的梭菌群落及变化规律进行研究。结果表明,所选10个窖泥的理化参数均符合优质窖泥指标要求;在微生物层面,窖泥中检测到的梭菌在属水平上有:嗜碱菌属、丁酸弧菌属、梭菌属、喜热菌属、瘤胃梭菌属、粪球菌属、沉淀杆菌属(Sedimentibacter)、钙原杆菌属(Caldicoprobacter)、温带菌(Tepidimicrobium)、梯氏菌(Tissierella)、孢子菌(Sporanaerobacter)、硫酸盐还原菌属、鲁替孢菌属和梭状芽胞杆菌(Clostridiisalibacter)等,这些菌是优质窖泥的重要指示菌,可知窖泥中含有极其丰富的酿酒功能菌。揭示了可能在白酒酿造中起关键作用的梭菌菌群,在分子水平上为研究浓香型白酒提供了理论依据。

燕麦β-葡聚糖与沙蒿胶多糖对菌群人源化小鼠生理及肠道微生物调节比较研究

以菌群人源化(human flora-associated,HFA)小鼠为研究模型,探讨燕麦β-葡聚糖(oatβ-glucan,OG)与沙蒿胶多糖(Artemisia sphaerocephala Krasch.polysaccharide,ASP)对HFA小鼠生理及肠道微生物的不同影响。通过接种健康人志愿者的粪便悬液构建HFA小鼠模型,将30只HFA小鼠随机分为普通组(CT组)、燕麦β-葡聚糖组(CT+OG组)和沙蒿胶多糖组(CT+ASP组),分别用基础饲料和添加质量分数5%燕麦β-葡聚糖或5%沙蒿胶多糖饲料饲喂HFA小鼠8周,进行血清生化指标测定、肝脏和脂肪苏木精-伊红(hematoxylin-eosin,HE)染色、肠道菌群聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)检测。结果表明:与CT组比较,两种多糖均能降低HFA小鼠空腹血糖水平(P>0.05),CT+OG组能显著降低甘油三酯含量(P<0.05),CT+ASP组总胆固醇含量和高密度脂蛋白胆固醇含量显著高于其他两组(P<0.05);CT+OG组脂肪细胞较CT+ASP组、CT组明显变小,细胞排列更加紧密;多糖饮食会增加HFA小鼠肠道的微生物多样性,CT+ASP组效果优于CT+OG组(P>0.05),说明多糖饮食会明显改变HFA小鼠生理及肠道菌群结构,而且不同多糖饮食对于HFA小鼠的肠道菌群组成和丰富度的作用差异与多糖分子质量大小有关。在降低HFA小鼠血糖血脂含量、脂肪细胞大小方面,分子质量小的燕麦β-葡聚糖功效明显优于分子质量大的沙蒿胶多糖;但在增加HFA模型小鼠肠道微生物多样性方面,分子质量大的沙蒿胶多糖优于分子质量小的燕麦β-葡聚糖。

PCR-DGGE解析阴离子交换膜生物反应器反硝化过程中微生物群落结构变化

通过扫描电镜和聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)方法考察了进水NO3-浓度变化对阴离子交换膜生物反应器微生物种群结构的影响。研究结果表明,在进水NO3-浓度从47.01 mg/L逐渐增加到168.55 mg/L的过程中,出水中NO3--N浓度满足我国饮用水水质标准中小于10 mg/L的要求。电镜扫描图显示微生物的形态结构发生了很大变化。对不同阶段的样品进行PCR-DGGE图谱和相似系数分析,发现随着反应的持续进行,微生物种群结构发生了演替变化,证实污泥微生物生态能够迅速进行优胜劣汰的筛选,调整内部微生物种群结构,从而达到适应环境的目的。

基于PCR-DGGE分析不同品牌郫县豆瓣酱真菌多样性

以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既包含共有菌群又存在一定差异。假丝酵母(Candida sp.)、曲霉(Aspergillus)、鲁氏酵母(Zygosaccharomyces rouxii)、奥默柯达酵母菌(Kodamaea ohmeri)是优势种群,尤其是黄曲霉(Aspergillus flavus)共有10个条带,占整个测序条带32.25%,表明郫县豆瓣酱的生产应特别注意防控黄曲霉。

PCR-DGGE分析天源酱园豆酱发酵过程中微生物多样性

以天源酱园生产豆酱为研究对象,通过PCR-DGGE指纹图谱技术分析豆酱发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:豆酱发酵过程中的优势细菌为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis,相似率98%)和未培养明串珠菌克隆(uncultured Leuconostoc sp.clone,相似率100%)的近缘种,其中芽孢杆菌协助真菌分解原料中蛋白质和淀粉,明串珠菌有助于豆酱风味物质的形成;豆酱发酵过程中主要真菌为米曲霉(Aspergillus oryzae,相似率99%)的近缘种,在豆酱发酵前期分解原料中蛋白质和淀粉。

酸性电解水冰对小黄鱼品质及肌肉组织中酶活力变化的影响

为探讨酸性电解水(acidic electrolyzed water,AEW)冰对水产品的保鲜效果,以小黄鱼为对象,研究小黄鱼贮藏7 d过程中酶活力及微生物菌落总数的变化。结果表明,AEW冰抑制酸性磷酸酶、组织蛋白酶B活性的效果不明显,但对组织蛋白酶D、脂肪酶活性有显著的抑制效果(P<0.05);传统平板计数以及聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳结果显示,AEW冰能抑制鱼体上腐败微生物的生长,且最大减少量可达0.34(lg(CFU/g))。因此,AEW冰技术作为一种新型高效杀菌保鲜技术,具有广阔的应用前景,相比于自来水冰更加有利于水产品的贮藏保鲜。

PCR-DGGE技术分析不同包装条件下鱼肉表面优势菌的菌群变化

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-deformation gradient gel electrophoresis analysis,PCR-DGGE)技术研究3种包装(空气、真空、气调)结合钴60辐照技术对鱼肉表面优势菌菌群的影响,分别选择6种辐照剂量(0、2、4、6、8、10 kGy)照射4℃贮藏18 d后的鱼肉表面优势腐败菌群进行研究。方法:采集第18天不同包装不同剂量的草鱼肉样品,洗脱鱼肉表面菌;提取DNA,扩增16S rDNA的V3可变区,用PCRDGGE技术鉴定优势菌,割胶回收测序。结果表明:不同包装鱼肉表面优势菌群数量和种类不同,在样品中共同的优势腐败菌为假单胞菌,在空气包装中优势腐败菌是假单胞菌、乳酸菌和沙雷菌,沙雷菌在辐照剂量高于8 kGy时被抑制。在真空包装中优势腐败菌是假单胞菌、沙雷菌、热死环丝菌和耶尔森菌,沙雷菌辐照剂量高于6 kGy时被抑制,而耶尔森菌在2 kGy以上即被抑制,热死环丝菌在6、8 kGy辐照条件下才出现,其具有很高的辐照抗性。在气调包装中优势腐败菌是假单胞菌和乳酸菌,但乳酸菌仅在气调包装2 kGy辐照和气调包装8 kGy两种辐照包装条件下是优势腐败菌。结果表明,PCR-DGGE技术可以很好地鉴别鱼肉表面优势腐败菌。

鲫鱼贮藏过程中微生物菌相PCR-DGGE分析及其防腐保鲜

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-amplification and denaturing gradient gel electrophorsis,PCR-DGGE)技术,分析4℃冷藏条件下鲫鱼肌肉和鱼鳃的菌相组成及变化,并利用不同浓度(效价分别为67 608、32 359、2 239、1 820、1 157 IU/m L)抗菌脂肽溶液对鲫鱼进行浸泡处理,以未处理作为对照,分别测定其菌落总数、挥发性盐基氮(total volatile basic nitrogen,TVB-N)、p H值和硫代巴比妥酸(thiobarbituric acid,TBA)等指标,评价抗菌脂肽对鲫鱼冷藏保鲜效果。结果表明:鲫鱼贮藏过程中的微生物具有多样性,PCRDGGE技术确定气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和热杀索丝菌属(Brochothrix thermosphacta)为鲫鱼鱼肉的主要腐败菌群,荧光假单胞菌是鲫鱼贮藏过程中的优势腐败菌。而棉子糖乳球菌属(Lactococcus raffinolactis)、从毛单胞菌属(Comamonas sp.)和气单胞菌属(Aeromonas sp.)为鲫鱼鱼鳃的主要腐败菌群,表明鱼肉和鱼鳃在贮藏过程中,导致腐败的主要腐败菌群有一定差异性。同时,不同浓度的抗菌脂肽对鲫鱼均有明显的防腐保鲜作用,有效抑制了鲫鱼菌落总数、TVB-N值和TBA值的增加以及p H值的升高。其中,高浓度抗菌脂肽(效价为67 608 IU/m L)在4℃贮藏条件下使鲫鱼的货架期延长了6 d,说明抗菌脂肽对鲫鱼具有良好的保鲜作用,能明显延缓鲫鱼的腐败变质。

16S rDNA和PCR-DGGE技术分析水晶肘花胀袋的微生物原因

为了探索真空包装肘花胀袋的原因,应用16S rDNA序列分析和聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对从正常和胀袋的肘花产品中分离纯化到的14和18株菌进行种类比较分析。结果表明,胀袋组中含有对照组没有的细菌种类,这些菌株主要是芽孢杆菌(包括枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和地衣芽孢杆菌(Bacilluslicheniformis))以及嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)和该属的另一株菌Stenotrophomonas pavanii);这些菌株主要是包括产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)在内的梭状芽孢杆菌(Clostridium sp.)和假单胞菌(Pseudomonassp.),推断芽孢杆菌属和梭状芽孢杆菌属细菌的存在可能是引起产品胀袋从而使产品变质的主要原因。

PCR-DGGE法分析酸菜中乳酸菌的多样性

为深入了解酸菜中乳酸菌的多样性,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)法分析3种酸菜中乳酸菌的多样性。结果表明,散装酸菜中乳酸菌的多样性指数显著高于袋装酸菜(P<0.05)。散装酸菜与袋装酸菜乳酸菌系不同,散装酸菜SA中含有乳酸杆菌属(Lactobacillus sp.)、不可培养细菌、不可培养乳酸球菌属(Lactococcus sp.);袋装酸菜SB中含有Lactobacillus homohiochii、弯曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus);袋装酸菜SC中含有寡发酵乳杆菌(Lactobacillus oligofermentans)、L. homohiochii、不可培养Lactobacillus sp.。散装酸菜不可培养微生物含量比袋装酸菜中多,两种袋装酸菜中均含有乳酸杆菌属和L. homohiochii。

传统分离培养结合PCR-DGGE技术分析广式腊肠中优势菌

采用传统培养方法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)指纹技术对广式腊肠中微生物种群结构进行研究,分析广式腊肠发酵过程的优势微生物群落。结果表明:在传统分离培养中共得到葡萄球菌19株,乳酸菌12株,通过生理生化鉴定得到4株葡萄球菌(P1～P4)和2株乳酸菌(L1、L2)。DGGE指纹图谱显示广式腊肠混合菌群中有3条条带无对应的纯菌株而纯菌株中有1株在混合菌群的图谱上没有相应的条带。进一步的序列分析和相似性比较得出,P1、P4为木糖葡萄球菌,P2、P3、L1、L2分别为孔氏葡萄球菌、阿尔莱特葡萄球菌、格氏乳球菌、乳杆菌属。确定广式腊肠细菌菌群方面的主要优势菌为腐生葡萄球菌、乳杆菌属、木糖葡萄球菌。传统分离法与PCR-DGGE技术结合能够更有效、更全面地分析广式腊肠中微生物群落结构及优势菌。

基于PCR-DGGE方法分析榨菜中乳酸菌群落结构

为了深入了解榨菜中的乳酸菌多样性以及影响因素,以市场销售含有辣椒和不含辣椒两种袋装榨菜为研究对象,测定榨菜中的食盐浓度以及亚硝酸盐含量;通过变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）法分离榨菜总微生物混合16S r DNA基因V7~V8片段,采用Quantity One软件分析乳酸菌物种丰富度、均匀度及物种多样性指数。结果表明：含辣椒的榨菜食盐浓度和亚硝酸盐含量均略低于不含有辣椒的榨菜;含有辣椒和不含辣椒的榨菜两者间物种多样性指数、丰富度和均匀度无显著差异（P〉0.05）。通过回收DGGE电泳带,经克隆后测定碱基序列、与Gen Bank库序列对比鉴定,不含有辣椒的榨菜5条回收聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）-DGGE泳带a、b、c、d、e经鉴定分别与Pediococcus argentinicus CRL 776、Uncultured Lactobacillus sp.isolate DGGE gel band lx12、Uncultured bacterium clone 11.02-12、Uncultured bacterium clone 11.02-9、Uncultured Lactobacillus sp.clone Px SC03相似度为98%、96%、97%、97%、97%。含有辣椒的榨菜4条回收PCR-DGGE泳带1、2、3、4经鉴定分别与Uncultured Lactobacillus sp.、Lactobacillus sakei A156、Lactobacillus sakei YY1、Lactobacillus sakei WJ1相似度为96%、97%、98%、97%。研究结果表明辣椒对榨菜中微生物群落结构无显著影响。

传统分离培养结合PCR-DGGE技术分析传统乳制品中的乳酸菌

采用传统培养分离方法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对传统乳制品中乳酸菌种群结构进行研究。结果表明:用传统分离与分子鉴定方法得到5种乳酸菌,其中,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为优势菌群,对通过PCR-DGGE方法得到的9条16S rDNA条带序列进行了比对,结果表明瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)的丰度最高,是酸奶样品中主要的优势菌群,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为次优势菌群。传统分离法与PCR-DGGE技术结合能够更有效、更全面地分析传统乳制品中微生物的群落结构及优势菌群。

用PCR-DGGE和16S rDNA测序解析吐温对绵羊瘤胃细菌多样性的影响

选取装置永久性瘤胃瘘管的中国美利奴绵羊,采用5×5拉丁方试验设计,在绵羊日粮中分别添加5或10 g/d Tween 20,3或6 g/d Tween 80,以空白为对照,采用PCR-DGGE技术研究不同水平的非离子表面活性剂Tween 20和Tween 80对绵羊瘤胃中细菌多样性的影响;对DGGE指纹图谱中的12个优势DNA条带的16S rDNA进行测序和序列分析,在线寻找其相似的细菌分类。结果显示,5个组之间DGGE指纹图谱的相似性在65.4%～75.4%。与对照组相比,除10 g/d吐温20组外,其他各组的细菌丰度均有不同程度的下降。DNA序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA序列中有8个条带序列与GenBank中已知序列的相似性大于97%。受吐温20影响的细菌与Microbacteriumoxydans、Schlegelella aquatica、Brevundi monas sp.、Lachnospir-aceae和Methylobacillus sp.有较高的相似性;而受吐温80影响的细菌与Schlegelella aquatica、Acinetobacter soli和Microbacteriumoxydans有较高的相似性。日粮中添加吐温20和吐温80后,高剂量的吐温20使绵羊瘤胃中的优势菌种类增加,吐温80和低剂量的吐温20使优势菌种类下降。在绵羊瘤胃细菌中,受吐温20和吐温80影响的种类不同。

PCR-DGGE分析绍兴黄酒麦曲中细菌群落方法的建立

利用垂直电泳及时间间歇法初步确立了变性剂的梯度范围和电泳时间,首次建立了聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)法分析绍兴黄酒机制生麦曲和熟麦曲中细菌群落结构的电泳条件。机制生麦曲的变性剂梯度范围为50%～65%,电泳时间为5～5.5h;熟麦曲的变性剂梯度范围为40%～60%,电泳时间为4.5～5h。DGGE条带经切胶回收、重新扩增、T-A克隆及DNA测序后,鉴定结果显示绍兴黄酒麦曲中存在糖多孢菌、肠杆菌、棒形杆菌等多属种细菌,并且从熟麦曲中鉴定到的细菌种类都包含于机制生麦曲中的细菌群落,表明不同工艺的黄酒麦曲其细菌群落结构存在着一定的差异。研究结果丰富了对绍兴黄酒麦曲中细菌群落的认识,为进一步剖析细菌在黄酒发酵中的作用奠定一定的基础。

石化废水处理系统微生物群落结构PCR-DGGE分析

为提高石油化工污水厂厌氧—好氧(A/O)工艺净化效能,应用聚合酶链式反应—变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)与常规技术相结合的方法分析了石化废水处理系统生化池中微生物群落结构变化与污染负荷和主要污染物降解效果变化的关系。结果表明:在每天2次,连续6天的监测中,待处理废水中COD负荷在424.92 mg/L和559.10 mg/L之间波动,NH3-N在63.60 mg/L和100.87 mg/L之间变化;工艺对COD和NH3-N的去除率较低,分别为69.42%和31.2%,且生化池各段对COD和NH3-N的去除率变化并非呈单一递减趋势,这与微生态细菌种类随污水浓度的变化呈非单一的递减趋势相一致;PCR-DGGE图谱中各处理单元的细菌条带数量变化很大,相似性系数最高为36.11%,最低为6.25%,微生物群落结构相似性很低。

降解2-氯酚厌氧污泥中微生物种群结构研究

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究Fe2+,Ni2+金属离子对经2-氯酚(2-CP)驯化后的厌氧生物反应器颗粒污泥的微生物种群结构的影响.结果表明,经2-CP驯化后,厌氧体系微生物多样性减少,产生了能适应或降解2-CP的主要菌群发光杆菌属、埃希氏菌属和志贺氏菌属.投加Fe2+,Ni2+后,降解2-CP的厌氧污泥微生物多样性均呈减少趋势,其中,加Fe2+后的厌氧体系微生物多样性明显减少,并产生新的条带,经分析,证明为专性厌氧梭菌属.

利用PCR-DGGE技术分析乳制品中的乳酸菌(英文)

在食品发酵行业,需要一种简捷有效的方法检测发酵产品中的有益微生物.聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(Ploymerase chain reaction and denaturing gredient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术广泛应用于微生物生态学的研究.采用PCR-DGGE对5种含有乳酸菌的乳制品进行了菌群组成分析,并通过传统培养方法和核酸序列分析进行了验证.结果表明,所有测试样品中的活菌数量都在106～109 cfu/mL之间,通过平板培养法分离出了形态明显的杆状菌和链球状菌,对其进行16S rDNA核酸序列测定及同源性分析,将其鉴定为德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)和嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus).建立了由已知乳酸菌组成的DGGE参考阶梯(Reference ladder),可用其对相应菌株进行DGGE鉴定.用两对不同引物进行PCR-DGGE分析,除样品1外,试样中均检测到德氏乳杆菌和嗜热链球菌.对DGGE参考阶梯未能直接鉴定的样品1的电泳条带进行回收、序列分析,分别鉴定为卷曲乳杆菌(L.crispatus)和鼠李糖乳杆菌(L.rhamnosus).同时发现,引物R518-F357对嗜热链球菌模板的识别效率高于引物Lac1GC-HDA2.以上结果表明,RCR-DGGE技术可以对样品中的乳酸菌进行快速的分析和鉴定.