聚合酶链式反应-特异性序列引物基因定型在新生儿溶血病ABO血型定型中的应用

目的研究聚合酶链式反应-特异性序列引物(PCR-SSP)基因定型在新生儿溶血病(CHDN)ABO血型定型中的应用。方法收集20例来自广东省肇庆市第一人民医院新生儿溶血病(HDN)的样本,对这些样本进行ABO血型鉴定等一系列血型血清学方法进行检测,然后用PCR-SSP基因定型技术进行样本的基因分型。结果与其血型的血清学分型结果进行比较,新生儿溶血病ABO血型的定型是新生儿输血的必要保障,而PCR-SSP基因分型较血型血清学方法更快捷、准确。结论 PCR-SSP基因正型技术将不再局限于疑难血型的鉴定中,并会越来越多地应用于HDN的鉴定中。

聚合酶链反应-序列特异性引物方法检测儿科疾病基因多态性

目的建立多个基因多态性分型的聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)的方法,以推广其在儿科疾病分子水平研究中的应用。方法应用PCR-SSP的方法分析以下基因的多态性,TNF-α-308A/G和-238G/A变异,IL-6-174G/C变异。结果应用同一个PCR扩增程序,可同时对多个基因、多个临床样本的多态性进行分析,基因型清晰,且基因分型快速、准确。结论PCR-SSP适合对大样本、多基因的多态性进行分析,成本低、快速、准确,在儿科疾病分子水平研究中前景良好。

逆转录-聚合酶链反应检测鼠肝炎病毒方法的建立

建立特异、灵敏的逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）技术，结合碱性磷酸酶标记的探针杂交检测鼠肝炎病毒（MHV），采用MHV－3，MHV－A59病毒株感染DBT细胞，37℃培养，待细胞出现病变时收集提取病毒RNA。依据MHV基因序列设计一对高度保守区特异性引物，进行RT－PCR扩增，结果可见147bp的鼠肝炎病毒产物特异扩增带。敏感性实验检测到10pg的鼠肝炎病毒RNA，同时用ELISA方法对照。结果提示应用RT—PCR技术结合探针杂交检测鼠肝炎病毒。具有简便、快速、灵敏等优势。本研究在国内尚未见报道。

棉花甲基化酶基因COMT和CCoAOMT的组织特异性表达分析

本研究利用半定量RT-PCR分析方法探索了陆地棉(Gossypium hirsutum L.)木质素合成途径中甲基化酶基因家族COMT和CCoAOMT在不同组织和不同发育时期纤维中的表达情况。结果表明COMT1,COMT2,COMT3和CCoAOMT1,CCoAOMT2在棉花的7个组织器官(根、茎、叶、子叶、花瓣、雄蕊、胚珠)中都有表达,其中COMT1和CCoAOMT1在各组织中的表达趋势类似,COMT2,COMT3和CCoAOMT2表达趋势各异。在5～25d的棉纤维发育过程中,COMT1和COMT3表达稳定,COMT2表达量逐渐增加。而CCoAOMT基因家族的2个基因的表达量变化相对明显,CCoAOMT1在25d出现表达高峰,CCoAOMT2则在10d和15d呈现高表达量。本研究表明甲基化酶基因家族COMT和CCoAOMT在棉花的根,茎等维管组织中具有相对一致的高表达量,而在其他组织和发育纤维中则呈现出明显的组织特异性和纤维发育时期特异性。

血小板特异性抗原HPA-17bw基因分型及基因频率调查

目的对HPA-17bw基因分型并调查其在部分汉族人群中的分布。方法采用PCR-SSP方法对无亲缘关系的健康无偿献血者HPA-17bw进行基因分型,采用基因计数法进行基因频率、基因型频率的计算。结果259名正常人的HPA-17bw基因频率为0.000;HPA-17bw/bw的基因型频率为0.000。结论HPA-17bw为低频抗原,259份汉族样本中尚检测不出HPA-17bw。

相思子及其混淆品的特异性PCR鉴别

目的:建立一种快速鉴别相思子及其混淆品的特异性聚合酶链式反应(PCR)方法。方法:通过比对相思子及其混淆品的ITS2、rbcL和psbA-trnH基因序列,寻找SNP位点并设计特异性引物;筛选并优化反应体系及反应条件;同时进行方法学考察和可行性验证。结果:在psbA-trnH的序列区域设计特异性引物,仅有相思子DNA基因组能扩增出约200~300 bp的目标条带,而在同样条件下,混淆品均无此条带。结论:该研究所建立的相思子特异性PCR方法可快速、准确地鉴别相思子及其混淆品,具有推广应用的价值。

马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种real-time PCR检测方法的建立与应用

本研究建立了一种特异性实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)检测方法,根据模式菌株马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种ZW3的16S rDNA序列和全基因组序列设计筛选特异性引物,采用SYBR Green I荧光染料建立real-time PCR方法,并对方法的特异性、灵敏度、重复性和混合体系等进行检测。结果表明,本研究所建立的方法特异性强、灵敏度高、重复性好,建立real-time PCR的标准曲线,其决定系数R2为0.965,具有良好的线性关系,且在马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种及混合体系中可以特异性检出。综上,本研究建立的real-time PCR法可以快速、准确地检测马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种,为马乳酒样乳杆菌的特异性定性定量检测提供了一种新的方法。

应用特异性引物检测中国不同地区旋毛虫DNA

根据 Jean-Dupouy-Camet 报道1.7 kb 基因序列而设计合成的引物,对中国9个地区(哈尔滨海伦猪株、哈尔演五常犬株、黑龙江孙吴猫株、长春犬株、沈阳猪株、河南南阳猪株、湖南十堰猪株、西安猪株、云南大理猪株)的肌组织旋毛虫 DNA 进行了聚合酶链式反应(PCR).扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分析,可见中国猪源旋毛虫均扩增出特异性的602bp 和230 bp 大小的 DNA 条带",而中国犬源和猫源以及正常对照肌组织 DNA 均未扩增出特异性片段.本法对中国猪源旋毛虫可检测到0.02条旋毛虫 DNA,具有高度的特异性和敏感性.

基于特异性聚合酶链式反应的西红花快速分子鉴别研究

目的建立一种基于特异性聚合酶链式反应(PCR)及荧光染料检测快速鉴别西红花真伪品的方法。方法通过对叶绿体基因片段测序和比对分析,找出西红花与其常见掺伪品序列差异,针对差异碱基设计特异性引物,构建并优化聚合酶链式反应扩增反应体系,使用荧光染料法检测聚合酶链式反应产物,实现西红花的快速鉴别。结果建立了基于psb A-trn H序列的西红花鉴别体系,优化后的聚合酶链式反应反应条件为90℃预变性1 min,90℃变性5 s,58℃延伸5 s,26个循环。在聚合酶链式反应反应产物中加入染料SYBR Green I,西红花正品出现强烈绿色荧光,而伪品无荧光。结论位点特异性聚合酶链式反应方法可以简单快速鉴别西红花及其掺伪品。

二球悬铃木花粉变应原特应性体质与HLA-DRB1等位基因相关性分析

目的建立对二球悬铃木花粉过敏的特应性体质者的HLA-DRB1等位基因的PCR-SSP检测方法,探讨江苏汉族人二球悬铃木花粉变应原特应性体质者与HLA-DRB1等位基因的相关性。方法用酚-氯仿法提取全血DNA,合成8对等位基因特异性引物,用PCR-SSP方法检测20例江苏汉族二球悬铃木花粉过敏体质者和36例健康人HLA-DRB1*0401,*0402,*0403,*0404,*0405,*0406,*0407,*0408等位基因。结果经优化实验条件,建立了HLA-DRB1的8个等位基因的PCR-SSP检测方法,获得了患者组和健康人组上述HLA-DRB1等位基因的分布资料。二球悬铃木花粉变应原特应性体质者DRB1*0405和*0406基因频率高于健康人对照组而DRB1*0402基因频率低于健康人对照组。其他5个等位基因频率二组间无显著性差异。结论HLA-DRB1*0406和*0405可能是对二球悬铃木花粉变应原过敏的I型变态反应特应性体质者的可疑候选易患等位基因,而DRB1*0402基因可能是与之相关的具有抵抗作用的等位基因。

tritordeum花粉特异性表达的遗传分析

为明确转基因tritordeum中被外源uidA基因标记的启动子的调控特异性,对筛选到的一株标记材料进行了两代uidA基因的遗传表达分析,结果表明,后代材料基因组中都含有uidA基因,没有发生分离,且都只在花粉中检测到GUS活性,在其他组织没有检测到GUS活性.进一步RT-PCR分析显示uidA基因在根和叶中没有发生转录,说明该株材料为花粉特异性启动子被uidA基因标记的阳性纯合体,实验证明该特异性能稳定遗传.

应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果

背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86。后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型。结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25%。其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例。3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44%、27.22%。完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认。此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸Lys)>AAT(天冬酰氨Asn)。序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999)。提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例。

一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析

背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。

河北汉族HLA-A基因多态性及其分布特征

目的了解河北省汉族人群人类白细胞抗原HLA-A等位基因多态性及分布特征。方法采用序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应(PCR-Sequence Specific Oligonucleotide Probing,PCR-SSOP)方法,对5908名河北汉族捐献造血干细胞健康志愿者的HLA-A等位基因作低分辨基因分型检测,采用方根法计算HLA-A基因频率,并进行群体比较。结果河北汉族人群中共检出18个HLA-A基因,呈现较高的基因多态性,包括过去很少被检测到的HLA-A25,A74,其中A座位最常见基因依次为:A*02、A*11、A*24、A*01、A*30、A*03、A*33。结论河北汉族人群HLA-A基因分布有自己的特点,各等位基因频率介于南北汉族之间,但更接近于中国北方汉族人群,符合地域分布特征。

牛朊病毒正常蛋白特异性片段的克隆表达和纯化

〔目的〕表达重组牛朊病毒正常蛋白特异性片段。〔方法〕用所设计引物以聚合酶链式反应扩增出牛朊病毒正常蛋白特异性片段基因,利用DNA重组技术,将牛朊病毒正常蛋白特异性片段基因插入表达载体pET30a,在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,将表达产物(包涵体)用8mol/L尿素溶解,在变性条件下用Cu2+氧化复性纯化。〔结果〕重组表达质粒在大肠杆菌中得到了高效表达,目的蛋白分子量约为15KD,Westernblotting分析表明,目的蛋白具有朊病毒蛋白的抗原特性,变性条件下用Cu2+氧化复性纯化得到电泳纯的重组蛋白。〔结论〕这一工作为下一步制备抗体和进行结构、功能的研究打下扎实基础。

大果水晶梨褐色果皮突变体木质素合成相关基因的组织特异性表达分析

为研究木质素合成相关基因(PAL1、PAL2、CAD、POD、4CL)在大果水晶梨褐色果皮突变体中的表达特性,并为研究梨褐色果皮形成机制奠定基础。按照RNA试剂盒法提取果皮、花、叶片、果肉、枝条韧皮部中总RNA;利用DNAMAN和Primer 5.0软件设计特异引物;使用实时荧光定量PCR技术研究基因的表达。结果表明,PAL1、PAL2、CAD、POD、4CL的最高相对表达量均出现在果皮中;果皮和果肉中POD的相对表达量极显著高于其他基因,花、叶片和枝条韧皮部中CAD的相对表达量极显著高于其他基因。综上所述,大果水晶梨褐色果皮突变体木质素合成相关的5个酶基因在果皮、果肉、叶片、花和枝条韧皮部中的表达具有明显的组织特异性,这些基因可能与大果水晶梨褐色果皮的形成关系密切。

PCR-RFLP法鉴别罗布麻与混淆品白麻及其psbA-trnH序列分析

目的:基于叶绿体psbA-trnH基因间隔区序列,建立一种PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性)方法鉴别罗布麻(Apocynum venetum L.)及其混淆品白麻(Apocynum pictum),并验证psbA-trnH序列酶切位点种间特异性和种内保守性。方法:将罗布麻和白麻提取总DNA,扩增psbA-trnH序列,扩增产物双向测序。序列分析发现,罗布麻含有特异性酶切位点SspⅠ。结果:扩增产物psbA-trnH为300~400bp。罗布麻psbA-trnH产物均可以被SspⅠ酶切成两条条带,白麻却不能被SspⅠ酶切。生物信息分析结果表明,在罗布麻属中,罗布麻psbA-trnH序列的SspⅠ酶切位点具有种间特异性和种内保守性,在夹竹桃族进化树中,罗布麻与白麻距离最近。结论:本实验建立的PCR-RFLP方法可以有效鉴别罗布麻和白麻。

特异性PCR方法鉴别珠芽蓼与其混淆品

目的:建立一种快速鉴别珠芽蓼与其混淆品的方法。方法:基于珠芽蓼及其混淆品的ITS基因序列,设计特异性引物,通过聚合酶链式反应(PCR)对珠芽蓼及混淆品进行扩增,优化反应体系及条件,并对此方法进行考察。结果:在最佳反应条件下扩增,仅珠芽蓼可扩增出约172 bp的特异性DNA目标条带,12批混淆品均无此条带。结论:本研究首次建立的珠芽蓼特异性PCR方法可快速、准确地鉴别珠芽蓼及其混淆品,具有高度特异性和灵敏度,为中药材珠芽蓼质量评价提供了良好的科学依据。

喉癌组织中环氧化酶-2（COX-2）基因表达的实时定量PCR研究

测定环氧化酶-2（COX-2）mRNA在喉鳞癌组织中的含量，并分析COX-2 mRNA与喉鳞癌临床分期及组织分化程度的关系。用序列特异性引物和荧光染料SYBR greenⅠ聚合酶链式反应（PCR）方法，检测30例原发性喉鳞癌和癌旁组织中COX-2mRNA表达，采用GAPDH作对照。结果，30份标本的扩增产物经熔解曲线分析及DNA琼脂糖凝胶电泳，证实均为COX-2。COX-2mRNA在喉鳞癌中的阳性率是100％，而在癌旁组织阳性率为40％（12／30例），NCOX分别为（16．54±13．27）、（9．24±6．91），两者之间差异有显著性意义（P〈0．05），且喉癌组织中的COX-2mRNA表达水平与喉癌组织分化程度及临床分期密切相关。结果表明，应用荧光染料SYBR greenⅠ的实时定量PCR技术能够对COX-2基因表达水平进行定量分析，COX-2基因表达的上调与喉癌的发生有关，且可以作为一种有效的喉癌分子标志。