新型冠状病毒感染疫情常态化防控期间一起聚集性发热疫情的病原鉴定与溯源分析

目的 对新型冠状病毒感染(简称新冠感染)疫情常态化防控期间北京市丰台区某幼儿园聚集性发热疫情的病例标本进行病原学鉴定和基因特征分析。方法 2021年4月对北京市丰台区某幼儿园一起聚集性发热疫情采用描述性流行病学方法进行调查分析,并采集患儿咽拭子样本,提取病毒核酸后,采用实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)进行新型冠状病毒核酸检测和其他常见的呼吸道病毒筛查;采用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription PCR,RT-PCR)扩增人偏肺病毒G蛋白基因序列,应用BioEdit进行病毒G蛋白基因的核苷酸和氨基酸变异分析,采用MEGA 5.0软件构建G蛋白基因的遗传进化树并分析人偏肺病毒分子分型特征。结果 该起疫情历时8 d,同一班级累计出现16例病例,班级罹患率53.3%(16/30)。共采集12份患儿的咽拭子样本,所有样本新型冠状病毒核酸检测均为阴性。呼吸道多病原检测结果显示:12份患儿样本中,6份为人偏肺病毒单一核酸阳性,另外1份为人偏肺病毒和腺病毒混合感染。获得2株G蛋白基因序列,序列比对分析为B2型人偏肺病毒。疫情株G蛋白基因序列与2016年日本流行株(LC337940、LC337935、LC1922349等)序列同源性为96.73%~98.01%。与2019年国内山东青岛株(OL625642、OL625644)、河南省流行株MN944096,核苷酸同源性达98.40%以上;和B2型人偏肺病毒参考株AY297748比较,161~166位点含EKEKEK 6个氨基酸序列插入。结论 此次聚集性发热疫情的病原体为B2型人偏肺病毒,疫情株与2016年日本株、2019年国内山东青岛、河南株高度同源。在新冠感染常态化防控期间,仍需加强呼吸道病原学监测工作。

2013-2015年上海市浦东新区聚集性发热疫情分析

目的了解上海市浦东新区2013-2015年聚集性发热疫情流行特征,为制订科学有效的防控措施提供依据。方法收集2013-2015年聚集性发热疫情流行病学资料,利用SPSS20.0软件对数据进行分析。结果 2013-2015年浦东新区共报告60起聚集性发热疫情,累计发病1 585人;报告时间集中在每年12月,共报告29起(48.33%);报告地点主要在中小学校,共报告47起(78.33%);检测出的病毒主要为B型和甲型H3N2流感病毒,占事件总数的48.33%。结论浦东新区聚集性发热疫情主要由甲、乙型流感病毒引起,集中发生在冬季,中小学校是疫情防控工作的关键所在。

一起聚集性发热疫情中柯萨奇病毒A组2型的鉴定及基因特征分析

肠道病毒(Enterovirus,EV)可以引起包括手足口病的全身各系统的病症,柯萨奇病毒A组2型(Coxsackievirus A2,CV-A2)在世界范围广泛流行。我们对2018年北京市丰台区一起聚集性发热疫情进行病原学鉴定和基因特征分析,为该类疫情的防控提供实验室支持。采集6例病例的咽拭子标本,进行EV实时荧光RTPCR检测,结果显示5份为EV阳性。使用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离,分离到4株EV,通过EV分支分型方法,确定这4株EV为CV-A2。4株CV-A2分离株的VP1区核苷酸序列和VP4区核苷酸序列相似性高达99.5%~100%,基因进化树图分析显示,4株CV-A2与D基因型代表株处于同一分支,与2017年中国天津分离株MG926808核苷酸同源性最高,为99.1%~99.3%。根据以上结果,确定此次聚集性发热疫情是由CV-A2感染引起,且属于在我国流行的D基因型,提示我们在以后的工作应结合流行病学资料,加强对CV-A2的监测。

2017年北京市首起人博卡病毒聚集性疫情流行病学调查和分析

目的对一起由人博卡病毒(HBoV)引起的聚集性发热疫情进行调查分析。了解其流行情况及HBoV毒株的进化情况,为今后HBoV发热疫情的防治提供参考依据。方法对2017年北京市丰台区13例发热患儿展开流行病学调查,采集咽拭子标本,并采用实时荧光PCR法进行呼吸道病毒核酸检测。对HBoV阳性标本进行VP1基因区特异性扩增和测序,通过DNAStar7.1、Bioedit v7.0.9、MEGA 6.0.6等生物信息学软件对扩增序列进行基因离散率和系统进化树分析。结果发病患儿临床症状以发热、咳嗽等呼吸道症状为主。患儿具有明显聚集性。10份样本中共检出3份HBoV阳性。基因离散率和进化树显示,3份样本均为HBoV-1型,核苷酸序列同源性100%,与北京株311-BJ07等流行株高度同源。结论此次聚集性发热疫情是由1型HBoV引起的,证实该型HBoV已在我国广泛存在。提示HBoV-1型引起的呼吸道感染形势严峻,应加强关注和研究,制定防治措施。

临沂市首起学校聚集性人博卡病毒疫情流行病学调查和分析

目的对一起由人博卡病毒(HBoV)引起的学校聚集性发热疫情进行调查分析,了解疫情性质及发生原因,以便采取控制措施,为类似疾病防控提供经验。方法对2020年5月24日至6月10日发生的一起学校聚集性发热疫情进行现场流行病学调查,并采集咽拭子标本,采用实时荧光定量PCR法对咽拭子进行感染病原体的核酸检测。结果本起疫情共报告发热病例56例,均为学生,年龄13~18岁,罹患率为8.60%。5月24日出现首发病例,6月1日达到发病高峰,6月10报告末例病例。患者临床症状以发热、咳嗽等呼吸道症状为主。采集16例发热病例的咽拭子,实时荧光定量PCR检测6例HBoV核酸阳性。56例患者根据病情采取在校隔离观察、门诊治疗、住院治疗后均恢复健康。疫点学校采取健康监测、宣传教育、通风消毒等防控措施,之后未再发生相应病例。结论该起学校聚集性发热疫情由HBoV引起,提示HBoV引起的呼吸道感染形势严峻,需要制定相应的防控策略,防止该类疫病在学校的发生和流行。