生物信息学分析肉瘤抗原1与卵巢浆液性囊腺癌预后及免疫细胞浸润的关系

目的应用生物信息学方法分析肉瘤抗原1(sarcoma antigen I,SAGE1)在卵巢浆液性囊腺癌(OV)中的表达,分析其与肿瘤免疫细胞浸润的关系,并探讨SAGE1在OV中的预后价值。方法通过癌症基因组图谱数据库(tissue Cancer Genome Atlas,TCGA)及基因型组织表达(genotype-Tissue Expression,GTEx)数据库分析SAGE1mRNA在OV患者及正常卵巢组织中的表达差异。Kaplan-Meier曲线及COX回归分析用于患者预后评估,通过Tumor IMmune Estimation Resource(TIMER)网站分析SAGE1表达与OV患者免疫细胞浸润的相关性。结果SAGE1mRNA表达明显高于正常卵巢组织;Kaplan-Meier和COX回归模型分析显示高表达SAGE1与浆液性卵巢癌患者不良预后相关(P=0.027),SAGE1高表达是OV患者预后的独立危险因素。SAGE1表达与多种免疫细胞及细胞表面标志物呈正相关。结论通过生物信息学的数据挖掘发现SAGE1在OV中高表达,且与OV患者的预后及免疫细胞浸润存在相关性。

3种灵长类动物SAGE1与INTS3相互作用保守性的验证

目的·研究恒河猴(Rhesus)、狨猴(Marmoset)、倭狐猴(Mouse Lemur)这3种代表性灵长类动物的癌-睾丸抗原(cancer-testis antigen,CTA)家族成员之一的肉瘤抗原1(sarcoma antigen 1,SAGE1)的进化,及其与整合体复合物(integrator complex,INT)亚基INTS3之间的相互作用的保守性。方法·首先在HEK293T细胞中利用免疫共沉淀(coimmunoprecipitation,Co-IP)的方法验证3种灵长类动物的SAGE1和INTS3相互作用。随后在互作蛋白截短的片段上分别添加His-SUMO和GST标签,并在大肠埃希菌中进行表达,经过系列纯化步骤得到目标蛋白。通过表面等离子体共振(surface plasmon resonance,SPR)实验测定目标蛋白之间的结合强弱,借助广角激光散射凝胶排阻层析(size exclusion chromatographywithmulti-anglelightscattering,SEC-MALS)技术检测复合物的结合比例,并利用分子对接技术预测SAGE1和INTS3截短体的结合模型。分析人类INTS3和SAGE1互作界面,挑选在灵长类中也相对保守的关键互作氨基酸位点,将其突变后再次使用Co-IP分析INTS3和SAGE1的结合情况。结果·通过Co-IP方法,确定3种灵长类动物中INTS3和SAGE1全长蛋白之间存在相互作用。截短体蛋白经过外源诱导表达和多步纯化,获得高纯度蛋白样品;经过SPR对其进行结合和解离检测分析,得到了它们的解离常数在微摩尔级别;并且SEC-MALS结果显示INTS3与SAGE1的结合比例为2∶1。使用分子对接预测SAGE1和INTS3截短体结合模型,发现该复合物具有典型的“蝴蝶型结构”,由INTS3二聚体组成“蝴蝶身体”,由SAGE1组成“蝴蝶头部”,结合界面中疏水相互作用构成了主要的互作模式。分析突变后的SAGE1与INTS3全长蛋白相互作用,它们之间的结合明显减弱。结论·恒河猴、狨猴、倭狐猴中INTS3与SAGE1存在相互作用,并且相互作用具有高度的保守性。