目的 探讨肝细胞肝癌(LIHC)中NDC1基因的表达水平及临床价值。方法 利用The Human Protein Atlas、GEPIA、TIMER数据库在线分析NDC1基因在健康人体各器官组织、正常肝组织和肝细胞肝癌组织中的表达情况。利用Kaplan-Meier Ploter和UALCA...目的 探讨肝细胞肝癌(LIHC)中NDC1基因的表达水平及临床价值。方法 利用The Human Protein Atlas、GEPIA、TIMER数据库在线分析NDC1基因在健康人体各器官组织、正常肝组织和肝细胞肝癌组织中的表达情况。利用Kaplan-Meier Ploter和UALCAN数据库的肝癌数据集在线分析患者NDC1表达与生存总周期的关系。通过STRING数据库在线检索NDC1的相关蛋白网络图,并进行功能注释和KEGG通路富集分析。通过TIMER数据库检测NDC1在肝癌中的免疫细胞的浸润水平以分析临床不良预后的相关性。结果 人体不同器官的NDC1 m RNA存在差异表达。与对照组相比,NDC1基因在乳腺癌、膀胱癌、结肠癌、胆管癌、肺鳞癌、肝癌的表达水平显著上升,且差异有显著统计学意义(P<0.001)。肝癌组织NDC1 m RNA的表达水平高于正常肝脏组织,肝癌组织中NDC1 m RNA表达水平明显上调,差异有统计学意义(P<0.05)。NDC1基因在正常肝组织中的表达水平为2.356(1.728~2.878)。根据病理分级,NDC1基因在1级肝癌组织中的表达水平为3.071 (2.475~4.981),在2级肝癌组织中的表达水平为3.69 (2.457~5.305),在3级肝癌组织中的表达水平为4.676 (2.745~6.874),在4级肝癌组织中的表达水平为4.586 (3.159~6.954),各级肝癌中NDC1的表达水平差异有显著统计学意义(P<0.01);根据肿瘤临床分期,NDC1基因在Ⅰ期肝癌组织中表达水平为3.323 (2.371~5.414),在Ⅱ期肝癌组织中表达水平为4.294 (2.704~7.496),在Ⅲ期肝癌组织中表达水平为4.684 (2.979~7.037),在Ⅳ期肝癌组织中表达水平为1.983 (1.801~2.669),肝癌Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ期中NDC1基因的表达水平均显著高于正常组织(P<0.001),而肝癌Ⅱ期和Ⅲ期中的表达水平显著高于Ⅰ期,差异具有显著统计学意义(P<0.01);根据身体质量指数分组,在正常体质量的肝癌组织表达水平为3.62 (2.584~5.661),在超常体质量的肝癌组织表达水平为3.841 (2.098~6.056),在肥胖的肝癌组织表达水平为3.627 (2.504~5.182),在极度肥胖的肝癌组织表达水平为3.577 (2.359~4.909)。任何BMI患者的肝癌组织中NDC1的表达水平均显著高于正常肝脏组织,差异具有显著统计学意义(P<0.01)。NDC1与CDK1、CCNB1、CCNB2、SEH1L、NUP155、CDCA8等蛋白相关,NDC1 m RNA在肝癌免疫微环境中与CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、T细胞、B细胞、中性粒细胞、单核细胞、巨噬细胞和骨髓细胞等免疫细胞中的表达呈正相关性(P<0.05)。结论 肝癌组织中NDC1基因呈现高表达水平,其表达水平与肝癌的发生、发展及预后密切相关,可能是肝癌潜在的预后生物学标志物及治疗靶标。展开更多
目的探讨BRCA1相关蛋白1(BAP1)在肝细胞肝癌(LIHC)中的表达变化及其与预后的关系。方法从UALCA获得癌症基因组图谱(TCGA)中LIHC的BAP1 m RNA表达水平及临床数据并进行数据分组和处理。采用R3.2.2软件进行分析。比较BAP1在癌组织与正常...目的探讨BRCA1相关蛋白1(BAP1)在肝细胞肝癌(LIHC)中的表达变化及其与预后的关系。方法从UALCA获得癌症基因组图谱(TCGA)中LIHC的BAP1 m RNA表达水平及临床数据并进行数据分组和处理。采用R3.2.2软件进行分析。比较BAP1在癌组织与正常组织中的表达差异,并分析LIHC患者各亚组临床指标的BAP1表达水平与正常组织的差异。采用寿命表法计算生存率,采用Kaplan-Meier法比较BAP1高表达组和中低表达组患者的生存率,并绘制患者的生存曲线。结果LIHC组织中BAP1 mRNA表达中位数为37.748 TPM,明显高于正常组织中的18.444 TPM,差异有显著统计学意义(P<0.01);患者的性别、年龄、种族、体质量、组织学类型、组织学分级、淋巴结、TNM分期Ⅰ~Ⅲ期、TP53突变的各组癌组织中BAP1表达水平与正常组织表达水平比较差异均有统计学意义(P<0.05),而Ⅳ期组癌组织中BAP1表达水平与正常组织表达水平比较差异无统计学意义(P>0.05);患者的中位生存时间为27.18个月,1年、2年、3年、4年、5年生存率分别为0.57%、0.31%、0.20%、0.13%、0.08%;BAP1 m RNA高表达的整体生存率较BAP1mRNA中低表达者短,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论BAP1 m RNA在LIHC中呈高表达,高表达组生存率较低,提示预后不良。展开更多
文摘目的 探讨肝细胞肝癌(LIHC)中NDC1基因的表达水平及临床价值。方法 利用The Human Protein Atlas、GEPIA、TIMER数据库在线分析NDC1基因在健康人体各器官组织、正常肝组织和肝细胞肝癌组织中的表达情况。利用Kaplan-Meier Ploter和UALCAN数据库的肝癌数据集在线分析患者NDC1表达与生存总周期的关系。通过STRING数据库在线检索NDC1的相关蛋白网络图,并进行功能注释和KEGG通路富集分析。通过TIMER数据库检测NDC1在肝癌中的免疫细胞的浸润水平以分析临床不良预后的相关性。结果 人体不同器官的NDC1 m RNA存在差异表达。与对照组相比,NDC1基因在乳腺癌、膀胱癌、结肠癌、胆管癌、肺鳞癌、肝癌的表达水平显著上升,且差异有显著统计学意义(P<0.001)。肝癌组织NDC1 m RNA的表达水平高于正常肝脏组织,肝癌组织中NDC1 m RNA表达水平明显上调,差异有统计学意义(P<0.05)。NDC1基因在正常肝组织中的表达水平为2.356(1.728~2.878)。根据病理分级,NDC1基因在1级肝癌组织中的表达水平为3.071 (2.475~4.981),在2级肝癌组织中的表达水平为3.69 (2.457~5.305),在3级肝癌组织中的表达水平为4.676 (2.745~6.874),在4级肝癌组织中的表达水平为4.586 (3.159~6.954),各级肝癌中NDC1的表达水平差异有显著统计学意义(P<0.01);根据肿瘤临床分期,NDC1基因在Ⅰ期肝癌组织中表达水平为3.323 (2.371~5.414),在Ⅱ期肝癌组织中表达水平为4.294 (2.704~7.496),在Ⅲ期肝癌组织中表达水平为4.684 (2.979~7.037),在Ⅳ期肝癌组织中表达水平为1.983 (1.801~2.669),肝癌Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ期中NDC1基因的表达水平均显著高于正常组织(P<0.001),而肝癌Ⅱ期和Ⅲ期中的表达水平显著高于Ⅰ期,差异具有显著统计学意义(P<0.01);根据身体质量指数分组,在正常体质量的肝癌组织表达水平为3.62 (2.584~5.661),在超常体质量的肝癌组织表达水平为3.841 (2.098~6.056),在肥胖的肝癌组织表达水平为3.627 (2.504~5.182),在极度肥胖的肝癌组织表达水平为3.577 (2.359~4.909)。任何BMI患者的肝癌组织中NDC1的表达水平均显著高于正常肝脏组织,差异具有显著统计学意义(P<0.01)。NDC1与CDK1、CCNB1、CCNB2、SEH1L、NUP155、CDCA8等蛋白相关,NDC1 m RNA在肝癌免疫微环境中与CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、T细胞、B细胞、中性粒细胞、单核细胞、巨噬细胞和骨髓细胞等免疫细胞中的表达呈正相关性(P<0.05)。结论 肝癌组织中NDC1基因呈现高表达水平,其表达水平与肝癌的发生、发展及预后密切相关,可能是肝癌潜在的预后生物学标志物及治疗靶标。
文摘目的探讨BRCA1相关蛋白1(BAP1)在肝细胞肝癌(LIHC)中的表达变化及其与预后的关系。方法从UALCA获得癌症基因组图谱(TCGA)中LIHC的BAP1 m RNA表达水平及临床数据并进行数据分组和处理。采用R3.2.2软件进行分析。比较BAP1在癌组织与正常组织中的表达差异,并分析LIHC患者各亚组临床指标的BAP1表达水平与正常组织的差异。采用寿命表法计算生存率,采用Kaplan-Meier法比较BAP1高表达组和中低表达组患者的生存率,并绘制患者的生存曲线。结果LIHC组织中BAP1 mRNA表达中位数为37.748 TPM,明显高于正常组织中的18.444 TPM,差异有显著统计学意义(P<0.01);患者的性别、年龄、种族、体质量、组织学类型、组织学分级、淋巴结、TNM分期Ⅰ~Ⅲ期、TP53突变的各组癌组织中BAP1表达水平与正常组织表达水平比较差异均有统计学意义(P<0.05),而Ⅳ期组癌组织中BAP1表达水平与正常组织表达水平比较差异无统计学意义(P>0.05);患者的中位生存时间为27.18个月,1年、2年、3年、4年、5年生存率分别为0.57%、0.31%、0.20%、0.13%、0.08%;BAP1 m RNA高表达的整体生存率较BAP1mRNA中低表达者短,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论BAP1 m RNA在LIHC中呈高表达,高表达组生存率较低,提示预后不良。
