基于Deep Forest算法的对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)预警数学模型构建

为预报池塘养殖凡纳对虾(Penaeus vannamei)急性肝胰腺坏死病(AHPND)的发生,自2020年开始,笔者对凡纳对虾养殖区开展了连续监测工作,包括与疾病发生相关的环境理化因子、微生物因子、虾体自身健康状况等18个候选预警因子指标,通过数据标准化处理后分析病原、宿主与环境之间的相关性,对候选预警因子进行筛选,基于Python语言编程结合Deep Forest、Light GBM、XGBoost算法进行数据建模和预测性能评判,仿真环境为Python2.7,以预警因子指标作为输入样本(即警兆),以对虾是否发病指标作为输出结果(即警情),根据输入样本和输出结果各自建立输入数据矩阵和目标数据矩阵,利用原始数据矩阵对输入样本进行初始化,结合函数方程进行拟合,拟合的源代码能利用已知环境、病原及对虾免疫指标数据对目标警情进行预测。最终建立了基于Deep Forest算法的虾体(肝胰腺内)细菌总数、虾体弧菌(Vibrio)占比、水体细菌总数和盐度的4维向量预警预报模型,准确率达89.00%。本研究将人工智能算法应用到对虾AHPND发生的预测预报,相关研究结果为对虾AHPND疾病预警预报建立了预警数学模型,并为对虾健康养殖和疾病防控提供了技术支撑和有力保障。

粪肠球菌JSHY-R5对致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌的拮抗作用

以致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌为受试菌株,从采集自江苏沿海地区的健康凡纳滨对虾体内分离筛选拮抗菌株,通过形态学、生理生化及分子生物学方法进行鉴定,测定其对受试菌株的拮抗效果,并对被动保护效果进行分析。结果显示,筛选出1株对致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌有良好抑制效果的菌株JSHY-R5,经形态特征、生理生化及16S rDNA序列分析鉴定该菌株为粪肠球菌。当JSHY-R5与致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌以5∶1的接种比例共培养时,JSHY-R5对致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌具有明显的抑制作用。此外,饲料添加JSHY-R5处理的凡纳滨对虾体内副溶血弧菌黏附因子(VpadF)mRNA的表达量显著下调,对虾免疫因子(Serpin、Hemocyanin、Peneidins)mRNA表达量显著升高,暴露在致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌下的5 d存活率相比投喂常规饲料的阳性组提高26%。本试验证实筛选的粪肠球菌JSHY-R5对致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌具有较好的抑制作用,可以抑制副溶血弧菌黏附因子的mRNA表达,调节免疫因子的表达,增强宿主免疫防御能力,从而提高对虾的存活率,具有应用为饲料添加剂的潜力。

对虾肝胰腺坏死病副溶血弧菌双重微流控荧光定量PCR快速检测技术的建立与应用

急性肝胰腺坏死病(AHPND)是对虾养殖过程中最常见、最严重的疾病,给对虾养殖造成重大经济损失。AHPND病原种类多、基因型复杂,现有的针对不同病原的检测技术目标导向较弱、检测成本高、时间消耗长,对虾健康养殖亟待开发AHPND的精准快速诊断技术。本研究针对AHPND病原体携带编码一种二元毒素pirA和pirB大型质粒的遗传共性,基于pirA和pirB基因设计特异性引物并建立微流控荧光定量PCR检测方法。该方法对致病基因pirA和pirB特异性强、灵敏度高,最低检测限分别为5.43×10^(0)和4.31×10^(1)copies/μL,样品平均检测时间为26min左右。为进一步评估该方法在实际应用中的准确性,以含有pirA和pirB毒性质粒的副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)进行人工感染实验。结果表明,感染后的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)鳃丝、肝胰腺、肠道和肌肉等组织随时间的推迟均能检测到pirA和pirB;从感染2h的结果来看,pirB比pirA检出率更高。此外,致病因子pirA和pirB比toxR的检出率更高,更适合对AHPND致病原的检测。本研究建立的微流控荧光定量PCR检测的方法具有快速、灵敏、高通量、污染少、现场检测、一体化集成等优点。该技术不仅适用于实验室,更符合养殖基层的现场快速检测需求,为及早认知疾病发生风险和病害精准防控提供了新的技术手段与理论支撑。

致对虾急性肝胰腺坏死病弧菌SYBR Green I荧光定量PCR方法的建立及应用

为了建立一种敏感、特异的致对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)的一类弧菌(VpAHPND)的荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本研究根据Gen Bank中该类弧菌(本研究所用的VpAHPND为副溶血弧菌变异株,下同)PirB毒素基因(KU145397),设计q PCR扩增引物,并采用该引物经PCR扩增PirB基因片段,构建重组质粒p MD18-T-PirB并经PCR和测序鉴定正确后作为质粒标准品。以10倍倍比稀释的重组质粒标准品进行q PCR扩增,建立标准曲线,并经反应条件优化初步建立了检测该类VpAHPND的SYBR Green I q PCR方法。以白斑综合征病毒、传染性皮下及造血组织坏死病毒、虾虹彩病毒、虾肝肠胞虫及该VpAHPND的基因组DNA为模板,采用本研究建立的SYBR Green I q PCR方法检测,评估该方法的特异性;以8.3×10^(1)拷贝/μL~8.3×10^(8)拷贝/μL的质粒标准品作为模板,利用本研究建立的SYBR Green I q PCR以及常规PCR检测,比较两种方法的敏感性;以3个不同浓度的质粒标准品作为模板,利用该方法分别进行批内和批间重复性试验,评估该方法的重复性。建立的该q PCR方法的标准曲线显示,各浓度的质粒标准品的拷贝数与其Ct值均呈良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.998。特异性试验结果显示,该方法仅能检出VpAHPND,而其他病原均为阴性结果,特异性强;敏感性试验结果显示,该方法对质粒标准品的检测限为83拷贝/μL,敏感性是水产行业标准常规PCR的1000倍。重复性试验结果显示,批内和批间重复性试验变异系数分别在0.31%~0.81%和2.05%~4.34%,重复性好。利用该方法对61株虾源弧菌样品检测,结果显示阳性检出率为29.5%(18/61),阴性样品检测率为70.5%(43/61),与行业标准的常规PCR检测方法结果完全一致,二者的阳性符合率为100%,总符合率为100%。本研究建立了一类致对虾VpAHPND的SYBR Green I q PCR检测方法,该方法特异性强、敏感性高、重复性好,为AHPND的诊断、监测与流行病学调查提供技术支撑。

致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌RAA-LFD快检方法的建立

为建立一种简单、快速的现场检测致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(VpAHPND)的方法,根据VpAHPND pVA1质粒pirB基因保守序列设计RAA-nfo特异性引物和探针,建立了VpAHPND核酸RAA-LFD检测方法。该方法特异性强,仅对VpAHPND特定毒力株核酸检测为阳性,与副溶血弧菌非毒力株、霍乱弧菌、志贺氏菌、沙门氏菌、白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下和造血器官坏死病病毒(IHHNV)、十足目虹彩病毒(DIV1)、虾肝肠胞虫(EHP)等病原核酸无交叉反应;灵敏度高,最低可检测到3.8×10^(2) CFU/mL的菌体细胞,质粒检测限为1.17×10^(1) copies/μL;检测时间短,37℃恒温反应20 min,以LFD显色5 min后即可完成结果判定;同时该方法具有良好的重复性和可信度,利用该方法和世界动物卫生组织(WOAH)推荐的qPCR方法平行检测58株副溶血弧菌分离株,二者符合率为100%。结果表明,本研究建立的RAA-LFD方法特异、灵敏、反应快速、操作简单且结果肉眼可视,适用于VpAHPND的现场快速检测。

不同生长时期凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病的检出与病原鉴定

随着集约化生产、养殖环境恶化,急性肝胰腺坏死病(AHPND)成为了当前制约对虾养殖效益的主要疾病之一。本试验以凡纳滨对虾不同生长时期的亲虾、虾苗、成虾作为研究对象,将对虾的肝胰腺进行初步富集后,采用荧光PCR和普通PCR的方法,检测样品中pirA VP和pirB VP毒素基因;对虾苗AHPND的病原进行分离鉴定、药敏试验和动物致病性试验。结果显示,在116份样品中检测到亲虾AHPND阳性3份,虾苗AHPND阳性7份,成虾AHPND阳性9份;从虾苗AHPND样品中分离纯化获得1株弧菌,经生化鉴定为副溶血性弧菌;16S rRNA系统发育树分析显示,该分离株与副溶血性弧菌聚为一类。药敏试验结果显示,该分离株对头孢西叮、头孢呋辛、复方新诺明等11种抗菌药敏感,对头孢噻吩耐药,对阿米卡星中介。动物致病性试验结果显示,健康凡纳滨对虾浸染1.8×10^(8) CFU/mL浓度的副溶血性弧菌菌液后,24 h内全部死亡,对虾的肝胰腺小管上皮细胞出现萎缩、变性、坏死等特征。本试验进一步掌握目前粤西地区不同生长时期凡纳滨对虾中AHPND的流行病学数据和病原特征,为该地区乃至全国的对虾养殖业AHPND的预防和控制提供参考依据。

致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(VpAHPND)自然感染三疣梭子蟹

近年来包括急性肝胰腺坏死病(AHPND)在内的多种新发疫病的流行,使我国甲壳类养殖业遭受了严重的经济损失。为了筛查导致山东潍坊某养殖场中一虾蟹混养池塘内患病三疣梭子蟹感染的可能病原,本研究采用分子生物学检测方法,对三疣梭子蟹样品进行了白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)、虾血细胞虹彩病毒(SHIV)、致急性肝胰腺坏死病副溶血孤菌(VpAHPND)、虾肝肠胞虫(EHP)、偷死野田村病毒(CMNV)、黄头病毒(YHV)和肝胰腺细小病毒(HPV)等8种病原的检测,并对样品进行了组织病理和原位杂交分析。分子生物学检测结果显示,患病三疣梭子蟹样品呈VpAHPND阳性,而呈现WSSV、IHHNV、SHIV、EHP、CMNV、YHV和HPV阴性。对样品进行VpAHPND套式PCR第二轮扩增产物的序列测定、比对和进化树分析,结果显示,扩增产物序列与致病副溶血弧菌质粒上pirAvp毒力基因片段具有99%的同源性,该序列与已报道的多个致病副溶血弧菌PirA聚在进化树的同一主分支上。组织病理学分析显示,患病三疣梭子蟹的肝胰腺小管上皮细胞坏死,心肌纤维呈溶解样病变,鳃丝上皮柱突细胞明显坏死,胸神经节的神经细胞损伤严重,并且这些组织中还可见大量的细胞核固缩现象;原位杂交结果显示,肝胰腺、心肌、鳃组织及胸神经节中的病变部位均存在VpAHPND探针的蓝紫色杂交信号。以上表明,虾蟹混养池塘中三疣梭子蟹在自然状态下感染了VpAHPND,并导致肝胰腺、心肌、鳃和胸神经节发生了严重病理损伤。本研究首次在养殖三疣梭子蟹中检测到VpAHPND感染并揭示了感染所致的病理变化,相关结果为揭示VpAHPND自然宿主种类和养殖三疣梭子蟹病害防控提供了基础信息。

凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)病原分离鉴定及其致病性分析

本研究从患急性肝胰腺坏死病(Acute hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肝胰腺中分离到一株优势菌,编号为20160303005-1,通过16S rRNA和分子伴侣蛋白groEL基因序列分析,并结合生理生化特征,将该细菌鉴定为副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus),其血清型为O1:KUT(K untypeable)。基因分析结果显示,该菌株携带可引起对虾AHPND的相关毒力蛋白基因pirA^(VP)和pirB^(VP),但不携带副溶血弧菌临床菌株毒力基因:耐热直接溶血毒素(Thenmostable direct hemolysin,tdh)和相对耐热直接溶血毒素(TDH-related hemolysin,trh)基因。菌株对凡纳滨对虾具有较强的致病性,浸泡感染的半数致死剂量(LD_(50))为7.96×10~3 CFU/ml。对虾急性感染后,6 h肝胰腺颜色变浅,肠胃变空;9 h肝胰腺呈浅白色,萎缩变小。9 h死亡数过半,24 h全部死亡。组织病理学分析显示,感染后对虾肝胰腺小管崩塌,上皮细胞严重脱落,呈现出典型的AHPND病理症状。药敏实验结果显示,该菌对庆大霉素、环丙沙星和头孢他啶等16种药物敏感,对阿莫西林、替卡西林和头孢噻吩等5种药物表现为耐药。上述研究可为该病原的流行病学及药物防控研究提供基本数据。

凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病致病菌的分离鉴定、药敏特性及其组织病理学观察

为查明上海市奉贤区某对虾养殖场疑似患急性肝胰腺坏死病的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的病原菌,本研究从患病凡纳滨对虾肝胰腺组织分离纯化到1株优势菌FHBX-1,并通过人工回归感染试验确定其致病性,利用VITEK-2全自动微生物鉴定仪和16S rRNA、热休克蛋白HSP60基因序列分析进行综合鉴定,并检测其毒力基因。同时采用K-B纸片扩散法检测病原菌的药物敏感性并通过石蜡切片观察患病凡纳滨对虾肝胰腺组织的病理特征。结果显示:菌株FHBX-1经生理生化特征测定、16S rRNA和热休克蛋白HSP60基因序列分析,综合鉴定为副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus),且携带了急性肝胰腺坏死病相关的毒力基因pirA^(VP)、pirB^(VP),未携带副溶血弧菌临床主要毒力基因耐热直接溶血毒素tdh和相对耐热直接溶血毒素trh基因。人工回归感染试验结果显示,凡纳滨对虾在菌液浓度为1.0×10^(6) CFU/mL浸泡感染试验组,7 d内累计死亡率为80%,患病凡纳滨对虾具有肝胰腺颜色变白、萎缩变小,胃肠变空等症状,从病虾再次分离的优势细菌与原攻毒菌FHBX-1特性相同。组织病理学观察显示,患病凡纳滨对虾肝胰腺上皮细胞严重脱落,肝小管崩塌,呈典型的AHPND病理特征。药敏试验结果表明,菌株FHBX-1对氟苯尼考、多西环素、恩诺沙星等11种抗菌药物敏感,对新霉素、红霉素中度敏感,对链霉素、庆大霉素等5种抗菌药物耐药。本研究可为对虾急性肝胰腺坏死病的流行病学研究及药物防控提供基础依据。

凡纳滨对虾感染致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(Vp_(AHPND))的定量分析

对虾急性肝胰腺坏死病(Acute hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)是由致AHPND副溶血弧菌(AHPND-causing Vibrio parahaemolyticus,VpAHPND)携带的pVA1-like质粒所表达的PirA^(Vp)和PirB^(Vp)毒力蛋白对对虾肝胰腺的急性毒性所致。本研究用2.19×10~5 CFU/ml VpAHPND分离株20130629002S01对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)进行浸泡感染,于感染后2~9 d采集对虾的肝胰腺、鳃、肠道、肌肉组织,采用实时荧光定量PCR方法,检测各组织中的pir AVp拷贝数。结果显示,感染后凡纳滨对虾各组织均能检测到pirA^(Vp),其中,肝胰腺在感染后第4天达到峰值,为8.71×10~4 copies/mg,而鳃、肌肉、肠道分别在第3、4、5天达到峰值,分别为9.08×10~3、2.59×10~4、5.76×10~4 copies/mg。早期感染鳃组织中先出现Vp_(AHPND)的富集,在高死亡发生期,Vp_(AHPND)数量在肝胰腺和肠道出现高峰,在死亡数量逐渐下降的后期,各组织的Vp_(AHPND)均快速下降,肠道、肝胰腺和肌肉中的Vp_(AHPND)水平趋于接近。对虾肝胰腺组织病理切片显示,同一时间有临床症状的病虾和濒死对虾相比,濒死对虾表现出更严重的AHPND病理特征,且二者的组织病理特征均随着感染时间的延长变得更为严重,但检测到的Vp_(AHPND)数量呈下降趋势。研究表明,在Vp_(AHPND)感染过程中,组织中的pirA^(Vp)基因数量不能代表对虾的发病程度,发病程度及组织病理严重的AHPND样品中Vp_(AHPND)的数量不一定处于高水平状态。

引起凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病的副溶血弧菌MLST新序列型

针对12株引起凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)的致病性副溶血弧菌,运用多位点测序技术,分析致病菌株的遗传特征。实验选择副溶血弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对12株AHPND致病菌扩增测序。将核酸序列上传至PubMLST数据库进行比对后获得每株菌的序列型。收集其他地区AHPND致病性副溶血弧菌的多位点序列分型(MLST)数据,采用eBURSTV3及MEGA5.0软件进行遗传进化分析。结果显示,2014年中国广东分离的AHPND致病株属于一个新序列型ST1710(42、134、99、79、141、41、51),仅与库中ST415及ST975同源性较高。目前,急性肝胰腺坏死致病株的9种ST型可归为2个克隆组和5个单体。经系统发育树进一步分析可知新序列型ST1710与单体ST975遗传关系相近。本研究首次报道中国AHPND分离株的序列型,丰富了PubMLST数据库,并为其遗传进化研究奠定了理论基础。

对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)流行病学、诊断方法及防控措施的研究进展

自2009年以来,一种新兴的虾类疾病——急性肝胰腺坏死病(AHPND),对全球对虾养殖业造成了巨大的损失。已有研究表明,该病病原是一类含有特殊毒力因子的弧菌,主要是副溶血性弧菌(VPAHPND)。根据已发表的文献对该病的发生、流行、病症、病原、检测方法和防控措施等方面进行阶段性的总结,以期为该病症的防控技术提供参考。

福建省南美白对虾幼体急性肝胰腺坏死病病原分离与PCR检测

急性肝胰腺坏死病(AHPND)是一种近年新发现的南美白对虾疫病,其病原为一种特异的副溶血性弧菌(Vibrio parahemolyticus,VP)。本试验根据文献建立的PCR方法,对福建省9家规模化南美白对虾养殖场进行了AHPND检测,分析不同样本处理方式对检测结果的影响。从90份样本的27份中分离鉴定出81株VP,表明该地养殖场幼虾具有较高的VP感染风险;经PCR检测,在23份样本中,检出阳性菌株72株,其中16份样本的所有受检VP均为特异性菌株,6份样本的部分受检VP为特异性菌株,1份样本的所有受检VP均非特异性菌株,表明患病幼虾存在不同基因型VP同时感染情况;以肝胰腺DNA进行PCR检测,在90份样本中检出8份阳性,而以肝胰腺增菌液进行PCR检测,在90份样本中检出25份阳性,表明直接以肝胰腺DNA进行PCR检测的灵敏性较低。本研究为AHPND检测提供了技术支持。

急性肝胰腺坏死病病原菌毒力的初步研究

近年来,致病性副溶血弧菌引起的急性肝胰腺坏死病的致死率较高,从病程上分为急性和亚急性两类。本试验选取来自江苏不同地区的引发急性、亚急性的6株致病性副溶血弧菌,通过攻毒试验验证其毒力强弱,并通过多位点序列分型进行菌株分型研究。攻毒试验结果显示,菌株SHY1669、SHY1776、SHY1777、SHY1833攻毒试验组的对虾死亡率显著高于菌株SHY1673、SHY1697(P<0.05)。利用多位点序列分型技术进行分型研究,菌株SHY1669、SHY1673、SHY1697、SHY1776、SHY1777、SHY1833分型结果为ST452、ST882、ST415、ST114、ST919、ST2355,其中ST2355为新序列型,其余均为已知序列型,且与ST1743同源性最高。系统发育树分析显示,急性与亚急性菌株在进化方面未表现出显著差异,急性菌株主要出现在亚洲地区,而亚急性菌株出现在北美洲和亚洲等地区。本研究结果表明,不同致病性副溶血弧菌在毒力方面存在强弱之分,但在多位点序列分型中未表现出亲缘关系的差异。

引起舟山地区凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病病原的分离与鉴定

2014-2019年期间,从舟山地区疑似发生急性肝胰腺坏死综合病(acute hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)对虾体内共分离到30株病原菌。通过16S rRNA基因及gyrB、rpoA等基因同源性检索分析对30株分离菌进行了鉴定;同时运用Nested-PCR方法筛选并鉴定了菌株pirABVP基因携带情况;选取代表性菌株,以浸泡感染方法进行了致病性试验。分离菌鉴定结果显示:从舟山地区凡纳滨对虾肝胰腺中分离到的病原菌主要以副溶血弧菌、坎贝氏弧菌及欧文斯氏弧菌为主;其中10株菌携带pirABVP毒力基因;本实验选取4株pirABVP基因阳性菌和1株pirABVP基因阴性菌进行了感染试验;致病性试验显示,携带pirABVP毒力基因的4株菌可使健康对虾发病,出现急性肝胰腺坏死病的典型症状,且持续暴露于病原菌的实验对虾的最高死亡率可达95%,比短时间暴露组死亡率高40%左右;发病虾肝胰腺及肠道组织出现了肝胰腺小管崩塌及肠绒毛脱落等严重的病理变化。研究表明,携带pVA1质粒的副溶血弧菌、欧文斯氏弧菌和坎贝氏弧菌等多种弧菌诱发了舟山地区对虾AHPND,养殖环境中的AHPND致病菌持续存在会导致对虾死亡率处于高水平状态。

中国明对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)和池塘水体中弧菌的检测分析

近年来,对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)在全球范围内暴发,给对虾养殖业造成了严重的损失。为了进一步掌握中国明对虾AHPND的暴发与池塘水体中弧菌数量的关系,本文采用套式PCR法以及TCBS选择培养基法,分别对2018年4—9月采集的样品进行AHPND致病基因检测和池塘水体中弧菌数量的分析。套式PCR检测结果显示,7、8月AHPND检出率较高,分别达到15.6%、25.0%,其他月份未有阳性样品检出;TCBS选择培养基结果显示,在调水、控料等措施之下,4月至9月期间各虾池的弧菌数量控制在0~8.6×103 cfu·mL-1之内,其中7、8月达到高峰。另外,将本次试验中发现的TCBS黑色弧菌菌落,进行16S rRNA菌落PCR并测序,运用Mega 6软件中的Neighbor-Joining法构建系统进化树,结果显示其与溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)亲缘关系较近。本文针对该病的基本情况,结合近几年国内外的研究进展,提出了一些防控措施,为进一步控制该病害的发生提供了依据。

TaqMan–MGB探针荧光定量PCR检测致对虾急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌

根据pirAVp基因保守序列设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,经优化反应体系及条件,建立检测致对虾急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(VpAHPND)的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法;以重组质粒为标准品制作标准曲线,并进行特异性、敏感性、重复性及临床应用试验.结果表明:该方法定量范围宽,起始模板浓度范围为1×10^1~1×10^9拷贝/反应时,标准曲线具良好的线性关系;最低检测限约为10拷贝/反应,与对虾其他病原菌及病毒无交叉反应,重复试验变异系数为0.37%~0.47%,可在1h内完成单个样品检测;对临床对虾样品及水样的检测结果表明,与世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式PCR法相比,可提高VpAHPND的阳性检出率,且检测为阳性的样品包含全部套式PCR法检测为阳性的样品.可见,应用TaqMan-MGB探针建立的检测VpAHPND的荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好、能快速定量等优点,可用于临床对虾样品及水样的VpAHPND检测.

致对虾肝胰腺坏死病副溶血弧菌荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立一种对虾急性肝胰腺坏死病(Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease)病原菌副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus,VpAHPND)荧光定量PCR检测方法,对该病进行快速检测。【方法】根据副溶血弧菌基因保守序列设计特异性引物和探针,经优化反应体系及条件,建立检测VpAHPND的荧光定量PCR方法;以重组质粒为标准品制作标准曲线,并进行特异性、敏感性、重复性及临床应用试验。【结果】该方法定量范围宽,起始模板浓度范围为2.3×10^(1)~2.3×10^(7)拷贝/μL时,标准曲线具有良好的线性关系;最低检测限为2.3拷贝/μL,与对虾其他病原菌及病毒无交叉反应,重复试验变异系数为0.45%~0.69%,可在1 h内完成样品检测;对临床对虾样品的检测结果表明,该方法与世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式PCR法检测结果一致。【结论】应用TaqMan探针建立的检测VpAHPND的荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好的特点,可有效用于临床对虾样品的VpAHPND检测。

对虾急性肝胰腺坏死病病原菌RAA检测方法的建立

针对对虾急性肝胰腺坏死病(acute hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)病原菌检测,建立了一种重组酶介导等温扩增(recombinase acid amplification,RAA)检测方法。根据pVA1质粒保守序列设计特异性探针和引物,分别以不同稀释浓度梯度的含pirB靶序列的重组质粒pMD18-T-pirB为模板进行荧光RAA法检测,评价其灵敏度;对溶藻弧菌、河流弧菌、创伤弧菌等病原菌进行荧光RAA法检测,评价其特异性;取8.2×10^(3 )copies/μL浓度的pMD18-T-pirB重组质粒进行荧光RAA试验,评价其重复性;对人工感染样品用RAA方法进行应用试验,以水产行业标准(SC/T 7233—2020)推荐的荧光探针PCR法作为平行对照。结果显示:该方法可对pirB靶序列基因片段进行有效扩增,最低检出限为8.2×101 copies/μL,与其他病原菌无交叉反应,重复试验变异系数为0.41%,与荧光探针PCR方法符合率为100%。结果表明,该方法特异性强、灵敏度高、重复性好、操作步骤简单,可用于对虾样品的AHPND现场检测。本研究为AHPND快速检测提供了技术支撑。

进口对虾急性肝胰腺坏死病病原分离鉴定及环介导等温扩增(LAMP)检测方法的建立

该研究抽取了453批在2017~2018年自越南、泰国、马来西亚进境的对虾样品进行对虾急性肝胰腺坏死病(Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease,AHPND)病原的分离鉴定,并对结果进行分析。结果显示:直接取对虾肝胰腺组织进行病原分离检出率只有2.87%,而肝胰腺组织经过富集培养后,检出率则达到16.11%;来自越南进境的对虾样品阳性检出率最高,312批次的样品阳性检出率为21.79%,分离出11株阳性菌株,分离成功率为15.07%。为了快速、灵敏和可靠的鉴定AHPND病原,该研究建立了一种快速检测AHPND病原的环介导等温扩增(LAMP)方法。结果表明:仅AHPND病原具有明显的扩增曲线和颜色变化,质粒的检测低限为1 fg/μL,比普通PCR方法高100倍,且稳定性强;对37个实际样本检测显示,阳性率为35.13%,阳性检出率高于普通PCR检测结果。该研究建立的LAMP快速检测方法适用于AHPND病原特异性检测,病原的分离鉴定分析也可为进口对虾的实验室检测提供参考数据。