青藏高原典型湖泊鱼类纳木错裸鲤肠道微生物多样性分析

文章旨在分析纳木错裸鲤(Gymnocypris namensis)肠道微生物的群落结构和多样性特征,并对其潜在功能进行探索,从而为其健康稳定生长和发育以及保持纳木错生态系统的稳定性提供数据支撑。文章通过Illumina Miseq平台对纳木错裸鲤肠道微生物进行高通量测序,共计得到优化后的序列554607条,优化总碱基数229224641 bp。经DADA2降噪后,8个样本共产生346272条序列,获得2598个ASVs,统计共得到26个门、63个纲、134个目、189个科、251个属、361个种。雌、雄纳木错裸鲤在f__Desulfosarcinaceae、f__Rubritaleaceae、f__norank_o__norank_c__Berkelbacteria这三个菌属之间存在显著差异(P<0.05)。功能预测结果显示,肠道微生物编码的基因与蛋白质加工、合成以及新陈代谢紧密相关,涉及翻译,核糖体结构和生物发生及氨基酸运输和代谢功能类群的相对丰度较高。

一只半野生病死川金丝猴肠道微生物多样性分析

对神农架保护区大龙潭保护站1只半野生病死川金丝猴的不同部位的肠道内容物进行了微生物多样性研究。在无菌条件下取十二指肠段、小肠段、盲肠段及大肠段4个部位的肠内容物,提取微生物基因组DNA,应用高通量测序技术,对细菌和真菌多样性进行了详细的分析,比较了不同部位肠道的细菌和真菌的丰度、分布、多样性及变化趋势等。发现该川金丝猴肠道细菌主要分属于厚壁菌门(Firmicutes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和Synergistetes 7个门,真菌主要分属于子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、接合菌门(Zygomycota)以及未分类真菌(Fungi_unclassified)。细菌丰度最高的是盲肠段,细菌多样性最高的是大肠段,真菌丰度最高的是小肠段,真菌多样性最高的是大肠段。

PCR-DGGE技术在动物肠道微生物多样性分析中的应用

动物肠道中存在丰富的微生物,在肠道中形成微生物区系。这些微生物与宿主之间形成复杂的相互依存关系,并对宿主的营养代谢和免疫等生理功能起到重要调节作用。因此,研究肠道微生物的结构,探索肠道微生物多样性与宿主之间的关系,对提高动物生产性能和开发治疗疾病的新型药物具有重要意义。

基于高通量测序的褐飞虱肠道微生物多样性分析

【目的】探明褐飞虱Nilaparvata lugens成虫肠道微生物群落结构和多样性。【方法】分离褐飞虱成虫完整肠道并提取总DNA,利用Illumina MiSeq(PE300)技术对其肠道细菌16S rRNA的V3-V4变异区和真菌ITS2序列进行测序,统计肠道微生物的操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)数量,分析其物种组成、丰度及Alpha多样性。并通过qPCR技术验证随机挑选注释到的4种肠道菌的高通量测序数据的有效性。【结果】分别获得褐飞虱成虫肠道细菌16S rRNA和真菌ITS2优质序列32 395和24 986条,根据序列相似性进行聚类分析分别获得235和128个OTUs。其中,细菌共注释到7个门, 15个纲, 26个目, 45个科和73个属;真菌共鉴定到3个门, 9个纲, 12个目, 15个科和18个属。在门分类水平上,细菌以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)为优势门类;真菌以子囊菌门(Ascomycota)为绝对优势菌门。在属分类水平上,细菌的优势属为不动杆菌属Acinetobacter以及紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)未确定属和毛螺菌科(Lachnospiraceae)未确定属,其丰度分别为36.37%, 17.22%和15.01%;真菌的优势属为粪壳菌纲(Sordariomycetes)未确定属,丰度为95.77%。Alpha多样性分析结果显示,褐飞虱肠道细菌(真菌)的观测物种数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数分别为235(128), 262.64(165.40), 3.90(0.91)和0.62(0.75)。4种肠道菌的qPCR结果显示高通量测序数据具有较高的有效性。【结论】褐飞虱成虫肠道细菌和真菌群落整体多样性比较丰富。研究结果为从共生微生物角度解析褐飞虱的环境适应性以及开发基于微生物防治的新技术等方面提供了依据。

日本龟蜡蚧肠道微生物多样性分析

采用高通量测序分析日本龟蜡蚧肠道微生物多样性和抗生素处理后肠道菌群的变化。结果表明,日本龟蜡蚧肠道优势菌门分别为拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门,共占到总菌门数的85%以上;优势菌属为拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、乳杆菌属(Lactobacillus);用抗生素处理后,寄主为柿树的日本龟蜡蚧肠道微生物优势菌占总菌比例显著下降,其中,拟杆菌属由15.07%下降至10.08%,韦荣氏球菌属由10.32%下降至5.61%。

草地贪夜蛾与黏虫肠道微生物的多样性分析

通过比较分析对食用玉米叶的草地贪夜蛾与黏虫体内肠道共生菌进行比较分析,研究玉米叶内生细菌的组成与草地贪夜蛾和黏虫肠道微生态的相互关系。选用玉米叶饲养的草地贪夜蛾和黏虫,通过16S rDNA全长扩增子测序,比较分析其肠道菌群多样性和丰富度。由α多样性研究结果可知,草地贪夜蛾和黏虫肠道菌群多样性、物种丰富度比较接近;β多样性分析结果也表明,草地贪夜蛾和黏虫肠道菌群落结构相似性较高。KEGG通路功能预测结果表明,草地贪夜蛾和黏虫肠道菌群中均以代谢功能占比最高,主要涉及糖类代谢、氨基酸代谢和能量代谢。同样取食玉米叶的草地贪夜蛾和黏虫的肠道细菌在门水平上的核心菌群相同,在属水平上的优势菌属丰度和物种多样性差异不大,群落结构相似度高,菌群功能差异不显著,其原因可能是物种遗传特点相似、取食食物和生长环境中微生物种类相同。

四种不同食性鱼类肠道微生物群落组成及多样性比较分析

本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响,并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术,提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物,12个样品的16S rRNA,构建文库并测序,分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示,鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05),综合表现为杂食性(滇池高倍鲫)>草食性(草鱼)>滤食性(昆明裂腹鱼)>肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群:变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而,优势菌群在属水平上存在一定差异,如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群,拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现,鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主;草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类;约氏不动杆菌(A._johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化,而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述,食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一,分析食性与肠道优势菌群之间的关联,探讨特异菌群的功能,可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。

微生物发酵饲料对断奶仔猪生长性能和肠道微生物多样性的影响

试验旨在研究断奶仔猪饲粮中添加微生物发酵饲料对其生长性能及肠道菌群结构的影响。选择体重相近同批次的60头杜长大三元断奶仔猪,随机分为试验组和对照组,每组3个重复,每个重复10头。对照组饲喂基础日粮,试验组添加20%的发酵饲料替代基础日粮,试验期35d。试验结果表明,试验组相比对照组平均日增重提高8.28%,平均日采食量提高2.8%,料肉比降低5.09%,试验组的腹泻率显著低于对照组(P<0.05);试验组的α多样性优于对照组,β多样性分析发现发酵饲料的饲喂较大地影响了猪肠道菌群组成和结构,物种丰度分析结果显示饲喂发酵饲料增加了仔猪肠道厚壁菌门相对丰度。

河北怀来葡萄园微生物多样性分析与本土优良酵母的筛选

该研究采用高通量测序对河北怀来葡萄园葡萄、土壤、生产车间以及葡萄酒发酵过程的样品真菌多样性进行解析,筛选优良菌株应用于葡萄酒发酵,探讨不同菌株酿造葡萄酒的理化指标及香气物质差异,基于挥发性风味物质进行主成分分析(PCA)及层次聚类分析(HCA),并对葡萄酒进行感官评价。结果表明,葡萄园土壤微生物群落多样性最为丰富,主要优势真菌为镰刀菌属(Fusarium)、粘鞭霉属(Gliomastix);葡萄果皮上相对丰度最高的为短梗霉属(Aureobasidium)和枝孢属(Cladosporium);发酵液及发酵桶内壁的优势真菌为酵母属(Saccharomyces)。对所分离的104株酵母菌株进行筛选及鉴定,得到5株优良酵母菌,分别鉴定为酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)CKJ20、高渗汉逊酵母(Hansenomyces hyperosmolar)HQ16、高渗汉逊酵母(Hansenomyces hyperosmolar)HQ11、美极梅奇酵母(Metschnikowia pulcherrima)HY21、美极梅奇酵母(Metschnikowia pulcherrima)MP14。菌株HY21发酵速率快,发酵产生的酯类、酸类、酚类和醛酮类香气丰富,赋予葡萄酒丰富的花香、果香;通过PCA和HCA可以有效区分不同菌株酿造的葡萄酒。美极梅奇酵母HY21菌株有潜力酿造河北怀来产区特色葡萄酒。

异绿原酸对肉鸡生长性能、肠道结构、免疫性能及微生物多样性的影响

试验旨在研究饲粮中添加不同水平异绿原酸(ICGA)对肉鸡前期生长性能、肠道结构、免疫性能及微生物多样性的影响。试验选用1日龄科宝肉鸡400只,公、母各半,随机分为5组,每组8个重复,每个重复10只鸡。各组分别饲喂基础饲粮(对照组)、基础饲粮+500 mg/kg ICGA(T1组)、基础饲粮+1000 mg/kg ICGA(T2组)、基础饲粮+2000 mg/kg ICGA(T3组)、基础饲粮+3000 mg/kg ICGA(T4组)。试验期21 d。结果显示:各组平均日采食量(ADFI)、平均日增重(ADG)及料重比(F/G)差异均不显著(P>0.05)。T3组和T4组粗蛋白(CP)的表观代谢率显著高于对照组和T2组(P<0.05),各试验组钙(Ca)的表观代谢率均极显著高于对照组(P<0.01)。T3组的回肠pH值显著低于其他组(P<0.05)。各试验组肉鸡血清补体C3含量显著高于对照组(P<0.05),T3组肉鸡血清免疫球蛋白G(IgG)和免疫球蛋白M(IgM)含量显著高于其他组(P<0.05)。T3组绒毛高度显著高于对照组和T1组(P<0.05),T3组绒隐比显著高于对照组、T1组和T2组(P<0.05)。T2和T3组非寻常球状菌(Subdoligranulum_variabile)相对丰度显著高于对照组和T1组(P<0.05),T2组Subdoligranulum_variabile相对丰度极显著高于对照组(P<0.01)。研究表明,饲粮中添加ICGA提高了肉鸡养分表观代谢率和免疫性能,改善了肠道结构和肠道菌群,肉鸡饲粮中适宜的ICGA添加水平为2000 mg/kg。

鄱阳湖周边农田生境中越冬白鹤和鸿雁肠道微生物多样性研究

为了掌握鄱阳湖周边农田生境中越冬白鹤(Leucogeranus leucogeranus)和鸿雁(Anser cygnoides)的肠道微生物多样性,利用高通量测序技术,对来自五星垦殖场和康山垦殖场的200份白鹤、鸿雁粪便样品进行检测。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)是白鹤肠道菌群的绝对优势菌门,厚壁菌门和变形菌门(Proteobacteria)是鸿雁肠道菌群的绝对优势菌门,白鹤肠道菌群多样性低于鸿雁,且二者肠道菌群结构存在显著差异。白鹤和鸿雁共携带184种病原菌,包括动物病原菌、人兽共患病病原菌和植物病原菌。白鹤携带的病原菌种类和数量均少于鸿雁,其中解没食子酸链球菌巴氏亚种(Streptococcus gallolyticus subsp.pasteurianus)、粪肠球菌(Enterococcus faecium)和铅黄肠球菌(E.casseliflavus)是白鹤和鸿雁携带的主要病原菌。研究结果为了解鄱阳湖越冬候鸟肠道微生物结构提供了依据,并对制定越冬候鸟保护管理策略具有一定的参考价值和现实意义。

断奶弱仔猪血液生化指标及肠道微生物多样性研究

为研究断奶弱仔猪的血液生化指标和肠道菌群多样性,本实验选取21日龄的断奶纯种长白正常仔猪(Normal Birth Weight)和弱仔猪(Weak Piglet)各6头,分为正常组和弱仔组,收集其新鲜血清和粪便样本,利用生化分析仪测定其生化指标并利用16S rDNA高通量测序对其粪便微生物进行分析。结果显示:弱仔组球蛋白、丙氨酸氨基转移酶、尿素氮含量显著高于正常组,白球比、碱性磷酸酶、淀粉酶、葡萄糖含量显著低于正常组,总胆红素极显著低于正常组。正常组和弱仔组的Alpha多样性差异不显著;在门水平上,2组之间的疣微菌门(Verrucomicrobiota)、广古菌门(Euryarchaeota)、互养菌门(Synergistota)和弯曲菌门(Campylobacterota)在含量上具有显著差异。正常组和弱仔组的Alpha多样性差异不显著。通过组间差异物种的T-test检验,在门水平上,弱仔组和正常组间无显著差异的物种;在属水平上,正常组中瘤胃球菌属(Ruminococcus)、芽孢杆菌属(Paenibacillus)、八联球菌属(Sarcina)和厌氧醋菌属(Acetoanaerobium)的相对丰度显著高于弱仔组,而Turicibacter、毛螺菌属(Lachnospiraceae)、棍状厌氧菌属(Anaerorhabdus)和瘤胃梭菌属(Ruminal Clostridium)的相对丰度显著低于弱仔组。进行Simple分析发现正常组和弱仔组显著差异的物种为大肠杆菌(Escherichia-Shigella)、Lachnoclostridium、梭菌(Clostridium)、土孢杆菌(Terrisporobacter)、巴斯德菌(Pasteurella)和拟杆菌(Bacteroides)等,这些菌群是断奶弱仔猪与正常仔猪肠道菌群差异的重要生物标记物。

应用PCR-DGGE分析南美白对虾肠道微生物多样性

从南美白对虾肠道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16SrRNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200bp的PCR产物纯化后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析,发现样品的优势群落明显。结果表明,PCR-DGGE是研究水产动物肠道微生物多样性的可行方法。

PCR-DGGE法分析健康奶牛和乳房炎患牛肠道微生物菌群的多样性

为了探究健康牛和乳房炎患牛肠道微生物多样性及其差异性,本试验采用PCR-DGGE技术对采自内蒙古的10头健康牛及10头患病牛粪便中的细菌、乳杆菌属及纤毛虫进行分析。通过聚类分析、相似性分析及PLS-DA分析可知,健康牛和患乳房炎牛肠道微生物菌群存在明显的差异性,与健康牛相比,乳房炎患牛肠道中乳杆菌和纤毛虫多样性明显较低。PCR-DGGE技术直观全面地分析了肠道微生物菌群的多样性,为后续益生菌治疗疾病试验提供理论依据。

猪肠道微生物多样性影响因素及疾病防控措施

肠道微生物在猪生长过程中扮演多种角色,不仅能够促进猪群更好的生长发育,还能够提升饲料利用消化率的提升,从而提高猪肉品质和生产性能。但是,生猪在生长发育的过程中,其肠道中的微生物多样性也会受到多种因素的影响,如生长环境、年龄、日粮组成等。在多种因素相互作用的影响下,导致肠道内的菌群调控难度更大,在此情况下将会导致多种疾病的发生。基于此,本文重点分析猪肠道微生物多样性的组成、影响因素以及疾病防控措施,以供参考。

猪肠道微生物的多样性及影响因素研究

在猪生长发育期间,肠道微生物多样性对猪体肠道蠕动、饲料消化利用率的影响较大,可以显著提升猪体的生产性能,增强猪肉质品质。在猪养殖期间,其肠道微生物多样性通常受品种、日粮、抗生素的使用、酶制剂的使用等方面的影响,导致肠道微生物失衡,引发各种肠道疾病,影响猪养殖经济效益。基于此,本文将结合猪肠道微生物的多样性及影响因素研究分析,以确保猪肠道健康,提升猪养殖经济效益。

猪肠道微生物的多样性及影响因素

肠道微生物群落不仅能为宿主提供多种营养物质,同时有益菌群的繁殖数量在一定程度上能维持肠道菌群平衡,保证肠道健康和正常的生长发育,因此,在动物养殖管理期间,维持好动物肠道平衡对保障动物健康生长发育,提高饲料的消化利用率具有十分重要的现实意义。

动物肠道微生物多样性分析方法的研究

目前,肠道微生物的分析方法有传统培养、基于16S r RNA基因的DGGE、TGGE、ARDRA、实时定量PCR、基因芯片、焦磷酸测序、SSCP、FIs H技术、末端限制性片段多态性技术(TRFLP)等分子生物技术。这些分子生物学方法有着各自的检测优势和缺点,是在微生态分析中经常使用的技术方法。在实际工作中,应该根据检测的材料、检测的目标和所拥有的基础条件设施来选择使用。

不同月龄鲁西黑头羊肠道微生物多样性比较分析

本研究旨在通过测定不同月龄鲁西黑头羊肠道菌群多样性及组成结构,分析月龄与肠道微生物的相关性,为鲁西黑头羊高效饲养提供理论参考。在相同饲养条件下选取3月龄、6月龄、12月龄的健康鲁西黑头羊公羊各4只,直肠采集新鲜粪便样品,利用高通量测序技术对肠道微生物进行分析。结果表明:(1)菌群α多样性相关指数在各月龄间无显著差异,β多样性在3月龄与6月龄和12月龄出现明显分离;(2)在菌群结构方面,在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为鲁西黑头羊肠道优势菌门,理研菌科(Rikenellaceae)和颤螺旋菌科(Oscillospiraceae)为肠道优势菌科,Rikenellaceae_RC9_gut_group、UCG-005为肠道优势菌属;(3)LefSe物种差异性分析显示,拟杆菌门(Bacteroidetes)、螺旋菌门(Spirochaetota)部分类群以及Muribaculaceae和密螺旋体属(Treponema)种类为3月龄鲁西黑头羊肠道菌群的标志物种。