升金湖和菜子湖越冬小白额雁肠道病毒组成及结构特征研究

鸟类是人禽共患病的宿主及传播媒介,候鸟参与传播的病毒性疾病已成为研究热点。本研究对20份采集自安徽省升金湖和菜子湖的越冬小白额雁(Anser erythropus)的粪便样品(各10份)进行了分析,Alpha多样性和PCoA分析结果表明两个湖泊越冬小白额雁的肠道病毒群落均存在显著差异性。两个湖泊越冬小白额雁肠道病毒组在门的水平主要有Uroviricota,Nucleocytoviricota,Preplasmiviricota,Artverviricota,Pisuviricota,Hofneiviricota,Lenarviricota,Cressdnaviricota,Kitrinoviricota和Peploviricot。LEfSe分析结果表明,升金湖越冬小白额雁肠道中Uroviricota和Preplasmiviricota相对丰度较高,而菜子湖越冬小白额雁肠道中的Cressdnaviricota和Artverviricota相对丰度较高。本研究初步揭示了升金湖和菜子湖越冬小白额雁肠道病毒的组成及结构特征,为潜在的人禽共患病病原体的公共卫生风险防控提供基础数据,具有重要的流行病学和公共卫生意义。

肠道病毒组在疾病中的治疗潜力及其机制研究进展

肠道病毒组是人体肠道微生态系统中的重要组成部分。近年来,肠道微生态与疾病的关系受到广泛关注,越来越多的证据表明粪菌移植过程中病毒组的转移对粪菌移植的疗效起到了不可忽视的作用。本文根据近些年的相关研究,综述粪菌移植中肠道病毒组在疾病中的治疗潜力,总结肠道病毒组在疾病治疗中的可能机制,同时对肠道病毒组在未来疾病治疗中的应用作出展望。

肠道病毒组学数据挖掘与分析方法的进展及挑战

肠道病毒对肠道微生物群系的种群结构、细菌性状乃至人体健康都有十分重要的影响,但相比肠道细菌,人们对其的研究和了解仍然很缺乏.高通量测序技术以及机器学习、深度学习等方法的快速发展,为从组学途径深入研究肠道病毒提供了契机.本文针对当前肠道病毒组学领域以噬菌体、真核病毒等为对象的高通量数据,总结并分析了近年来数据挖掘和分析的共性方法和技术的发展,梳理了一系列相关的生物信息学方法和技术,其中大多适用于基于宏基因组或宏病毒组两种策略的病毒组学分析.同时,针对目前实际生物学问题和临床问题的复杂性,人工智能方法在生物信息学领域的广泛运用,以及未来三代测序技术可能的广泛使用,讨论了病毒组学数据挖掘与数据分析方法面临的问题和挑战.

人体肠道病毒组的研究进展

人体肠道微生物包括细菌、真菌、古细菌和病毒等,肠道病毒组的基因组约占肠道微生物总DNA的5.8%,病毒的数量在所有肠道微生物中排名第二,且多样性高。受高比例细菌基因组的影响,很难直接从宏基因组数据中深入分析肠道病毒组。随着病毒样颗粒(VLPs)富集技术的出现以及高通量测序技术的迅速发展,近年来对肠道病毒组的研究越来越多。基于VLPs,发现真核病毒、植物相关病毒和噬菌体是肠道病毒组的主要组成部分,而且未知病毒序列占比高达81%~93%。现阶段病毒组富集扩增方法主要有超速离心、单引物扩增和多重置换扩增等。疾病特异性研究表明,炎症性肠病、酒精性肝病和2型糖尿病等与饮食及肠道病毒组改变相关。本综述回顾了近十年对人类肠道病毒组的研究,总结归纳了目前肠道病毒组的构成、研究方法及与人体健康的相关性,探讨了未来肠道病毒组的研究方向,力求为后续的研究提供新思路。

人体肠道病毒组学研究进展

人体微生物组计划开展近10年来,大量的研究显示人体微生物通过各种方式深刻地影响着人体健康。人体肠道内丰富多样的病毒构成了肠道病毒组,是人体微生物组的重要组成部分,和人体健康密切相关。本文综述了近些年国际上人体肠道病毒组研究的最新进展,分别从人体肠道病毒组的组成特征、肠道病毒组-细菌组-人体间的相互作用及其对人体健康的影响、病毒组研究的技术策略及挑战等方面进行了论述,探讨了肠道病毒组在人体疾病预防和治疗领域应用的可行性。

肠道小RNA病毒组所致脑膜炎的病原体特点及其诊断

目的探索肠道小RNA病毒组所致病毒性脑膜炎的病原体特点及诊断方法。方法病毒性脑膜炎患者(病脑组)和非病毒性脑膜炎患者(对照组)为观测对象,应用反转录聚合酶链反应技术(RT-PCR)检测脑脊液标本肠道小RNA病毒组及柯萨奇病毒(COX)。结果病脑组肠道小RNA病毒组总检出率为34.5%,其中COX为29.1%;对照组未检出此类病毒。结论RT-PCR是检测肠道小RNA病毒较实用的方法,肠道小RNA病毒组尤其是其中的COX是导致病脑的重要病原体,应列为病脑病原体常规检测。