一起由肠道病毒CoxB4引起的手足口病聚集性疫情的病原学鉴定及其基因型分析

目的:对引起一起手足口病聚集性疫情的未分型肠道病毒进行病原学鉴定,并分析其基因型。方法:对采集的标本用Real-time PCR方法检测肠道病毒核酸,并选取其中通用阳性,EV71和CoxA16阴性的标本用自行设计长距离PCR通用引物进行两步法RT-PCR,将得到的PCR产物进行测序,将所得序列在GenBank中进行同源性搜索以确定是何种血清型肠道病毒,同时选取部分标本进行全序列的测定并构建分子系统树,从而确定引起本次手足口肠道病毒为何种基因型。结果:34份标本经Real-time PCR检测,19份标本肠道病毒核酸通用阳性,EV71阴性和COX16阴性,选取其中的10份测定其VP1区序列,经同源性搜索确定为肠道病毒CoxB4,且10标本的序列同源性均在99%以上。全序列测定结果与其他CoxB4进行系统发生分析显示,本次分离到的CoxB4属于第VIII类基因型。结论:引起本次手足口病聚集性病例的病原为肠道病毒CoxB4,第VIII类基因型。