急性颅脑外伤患者肠道菌群多样性差异对继发性全身炎症反应综合征的临床预测价值

目的探讨急性颅脑外伤患者肠道菌群多样性差异对继发性全身炎症反应综合征(SIRS)的临床预测价值。方法回顾性分析2022年1月—2023年12月固原市人民医院急诊重症监护病房和神经外科重症监护病房收治的急性颅脑外伤患者60例。按SIRS诊断标准分为单纯急性颅脑外伤组(非SIRS组)与急性颅脑外伤后继发性SIRS组(SIRS组);收集患者一般资料并进行临床指标检测,通过16S rRNA基因测序比较两组肠道菌群多样性与菌属相对丰度,采用Pearson相关性分析肠道菌群与临床指标的关系,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析肠道菌群对SIRS的预测价值。结果两组患者性别构成、年龄、红细胞计数、血小板计数比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。SIRS组体温较非SIRS组高、心率较非SIRS组快、白细胞计数较非SIRS组多、C反应蛋白水平较非SIRS组高(P<0.05)。两组患者Chao1和Shannon指数比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。两组患者拟杆菌属、瘤胃球菌属、阿克曼菌属、粪肠球菌属相对丰度比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。SIRS组普雷沃菌属相对丰度低于非SIRS组(P<0.05),埃希菌-志贺菌属、棒状杆菌属相对丰度均高于非SIRS组(P<0.05)。Pearson相关性分析结果表明,体温、心率、白细胞计数及C反应蛋白与普雷沃菌属相对丰度均呈负相关(r=-0.574、-0.539、-0.554和-0.572,均P<0.05);体温、心率、白细胞计数及C反应蛋白与埃希菌-志贺菌属相对丰度呈正相关(r=0.751、0.743、0.657和0.770,均P<0.05),与棒状杆菌属相对丰度均呈正相关(r=0.782、0.762、0.707和0.799,均P<0.05)。ROC曲线分析结果表明,联合诊断的预测效能最高,曲线下面积为0.946(95%CI:0.871,1.000),敏感性为96.7%(95%CI:0.902,0.100),特异性为93.3%(95%CI:0.844,0.100)。结论肠道菌群组成的变化与颅脑损伤后SIRS的发展密切相关,特定菌属的丰度变化可作为SIRS发展的早期生物预警信号。

基于高通量测序的营养不良儿童肠道菌群多样性研究

目的 使用高通量测序模式和方法 ,对比分析营养不良儿童和正常儿童中肠道菌群物种存在的多样性和实际组成特点存在的差异。方法 选取20例营养不良患儿作为A组,选择20例身体正常的儿童作为B组,采集分析粪便样本,提取细菌中的核糖体DNA(RDNA),通过两组聚合酶链式反应(PCR)模式和方法 ,增加V4~V5区域实现高通量的测序设计,并进行生物信息学的分析研究;构建相应的稀释曲线,使用MOTHUR软件实现APLHA的多样化的计算分析,通过R语言实现热图(HEAT MAP)分析研究,实现典型关联分析(CCA),之后分别在样本的门和属两个列表中实现数据的整合和归纳,进行统计分析。结果 两组年龄、性别、分娩方式等一般资料比较,差异无统计学意义(P>0.05)。两组生物多样性比较差异无统计学意义(P>0.05)。两组生物多样性比较差异无统计学意义(P>0.05)。两组样本中共发现微生物154种。A组肠道菌群的操作性分类单元(OTU)为320, B组大肠产甲烷菌群的OTU为348,以及其共同OTU为290,两组肠细菌群门的细菌中共检出14个。为更好地展现检测结果 ,本研究依托柱状图优势,将各个样品进行分类学层面的比较和研究。A组硬壁菌门及未分级菌(乳酸菌)的OTU少于B组,拟杆菌(多形状杆菌、罗斯菌)的OTU多于B组,差异有统计学意义(P<0.05)。除A组含有的菌群外, B组还独有厌氧弧菌属、厌氧螺菌属等19种,远超A组体内的菌群种类和丰度。两组体内多形杆状菌、隐秘杆菌属等5种菌群丰度相同,差异无统计学意义(P>0.05),其他菌群丰度比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论 营养不良儿童肠道菌群中硬壁菌的数量较少,其中多形杆状菌和罗斯菌的浓度较高,为保持菌群的稳定性与均衡,必须利用不同菌属的实际特性做好菌落的调节,确保儿童有良好的消化吸收与身体生长发育。

辽宁省东南部地区冬季獐肠道菌群组成及多样性差异

肠道菌群与动物营养代谢、机体健康、免疫等方面紧密相关,同时也可以间接反映物种的环境适应能力。2017年獐(Hydropotes inermis)的足迹在东北地区重新出现,初步探究其种群扩散、恢复的原因,并进一步为有效扩大獐在我国的分布,于2021年冬季通过无损伤取样法在辽宁省东南部四个地区采集獐新鲜粪便样本,采用高通量测序技术对粪便DNA中细菌16Sr RNA的V3—V4高变区进行扩增,对獐肠道菌群的组成及多样性进行分析。结果显示:厚壁菌门(Firmicute)和拟杆菌门(Bacteroidete)是獐肠道中的优势菌门,变形菌门(Proteobacteria,30.40%)和大肠杆菌志贺菌属(Escherichia_Shigella,28.48%)仅在沙尖子(SJZ)地区的相对丰度较大,而在其它三个地区中丰度分别不到2%和0.1%。四个地区獐的肠道微生物在丰富度上没有差异(ACE和Chao1,P>0.05),而獐肠道菌群多样性比较中,沙尖子地区与其它三个地区存在显著差异(Shannon和Simpson,P<0.05)。NMDS分析和ANOSIM分析结果显示,沙尖子地区獐肠道菌群与其它三地区在组内结构相似,但组间存在着一定差异(R>0,P<0)。LDA直方图表明四个地区的獐肠道中存在显著差异的细菌菌属有18种,Anaerobutyricum菌属在下露河地区獐的肠道中被显著富集,沙尖子地区中对组间差异影响最大的是近芽孢杆菌属(Peribacillus)。通过对东北地区分布的獐肠道菌群的分析,初步了解獐在寒冷地区生存的肠道菌群的适应机制,揭示獐体内的潜在致病菌和通过消化粗纤维来获取能量的方式,为进一步探究东北地区獐肠道微生物生理生态适应提供基础资料。建议通过一定措施保护或恢复辽宁省东南部地区獐的食物来源,提升獐适宜生境内的生物多样性水平,从而在一定程度上有效保护该种群。

不同中医证型三阴性乳腺癌患者肠道菌群多样性及差异性研究

目的研究不同中医证型三阴性乳腺癌(TNBC)患者肠道菌群的多样性与差异性。方法纳入2022年1月1日至2022年11月30日浙江省肿瘤医院乳腺外科收治的TNBC患者共21例作为TNBC患者组,其中脾胃虚弱证5例、肝肾阴虚证8例、肝郁气滞证8例,并纳入健康志愿者10名作为健康对照组,分别收集粪便标本,利用16S rDNA基因测序技术检测各组间肠道菌群的丰度和分布情况,并进行组间差异分析获得各组间的差异菌属。结果TNBC患者组与健康对照组以及TNBC不同证型组之间的菌群多样性比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。TNBC患者组较健康对照组显著减少(P<0.05)的菌群包括毛螺菌属(Lachnospira)、光冈菌属(Mitsuokella)、粪球菌属(Coprococcus)、臭气杆菌属(Odoribacter)、肠球菌属(Enterococcus)等。与健康对照组比较,脾胃虚弱组显著富集(P<0.05)的菌属包括肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Tyzzerella、成对杆菌属(Dyadobacter)、奇异球菌属(Deinococcus)、放线杆菌属(Actinobacillus)等,肝肾阴虚组显著富集(P<0.05)的菌属包括Tyzzerella、戈登氏杆菌属(Gordonibacter)、亨盖特氏菌属(Hungatella)等,肝郁气滞组显著富集(P<0.05)的菌属包括解黄酮菌属(Flavonifractor)、变形菌属(Proteus)、水栖菌属(Enhydrobacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、厌氧球形菌属(Anaeroglobus)、醋杆菌属(Acetobacter)等。结论TNBC患者与健康人群的肠道菌群存在显著差异,且不同证型TNBC患者的肠道菌群组成也显著不同。TNBC的发生可能与肠道内Coprococcus等有益菌的减少和Hungatella等有害菌的增加有关,不同中医证型的证候差异与其肠道内环境的菌群变化也存在一定的联系。

性别与生境因素对大林姬鼠肠道菌群多样性的影响

【目的】探明不同因素对大林姬鼠肠道菌群结构与多样性的影响,为进一步研究大林姬鼠环境适应性机制奠定理论基础。【方法】采用Illumina高通量测序技术对大林姬鼠盲肠样品16S rRNA V3~V4区进行高通量测序,分析大林姬鼠肠道菌群结构和多样性及性别、生境等因素对大林姬鼠肠道菌群多样性的影响。【结果】大林姬鼠肠道菌群在门水平下,优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes,雌66.266%、雄61.866%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,雌15.478%、雄12.019%);在属水平下,优势菌属为unclassified Lachnospiraceae(雌24.665%、雄24.714%)、Lachnospiraccac NK4A136 Group(雌19.313%、雄11.612%)和unclassified Muribaculaceae(雌12.962%、雄9.040%)。雌性大林姬鼠样品间肠道菌群结构相似性高,而雄性的差异较大。阔叶林生境的大林姬鼠样品间肠道菌群结构相似性高,针阔混交林的差异较大。【结论】不同性别、生境因素对大林姬鼠肠道菌群结构影响较大。

圈养普氏野马夏、冬季肠道菌群多样性研究

为了探究季节对圈养普氏野马肠道菌群多样性的影响,试验采用16S rDNA基因测序技术对圈养普氏野马冬季组和夏季组共8份粪便样品(PW1~PW4和PS1~PS4)的细菌DNA进行检测,测序的原始数据经处理后得到有效序列,并对有效序列进行ASV聚类、物种分类注释、各分类水平物种组成分析、物种多样性分析,通过线性判别分析方法(linear discriminant analysis effect size, LEfSe)来确定不同组间从门到属分类水平上相对丰度差异显著的菌群。结果表明:普氏野马冬季组和夏季组共获得632 001条有效序列,对测序数据处理后共获得20个门、289个纲、64个目、109个科、174个属和224个种。在夏季组和冬季组中,门水平上优势菌门为厚壁菌门(76.41%和66.11%)和拟杆菌门(18.99%和26.52%),冬季组厚壁菌门显著下降(P<0.05),冬季组变形菌门和疣微菌门显著上升(P<0.05);在科水平上,相对丰度较高的菌科主要为瘤胃球菌科(31.28%和28.60%)、毛螺菌科(22.61%和19.98%)、艰难杆菌科(5.68%和3.89%),冬季组帕拉普氏菌科、链球菌科和莫拉菌科相对丰度显著高于夏季组(P<0.05);在属水平上,相对丰度较高的菌属主要为颤螺菌属(5.06%和3.10%)、密螺旋体菌属(1.87%和2.91%)、粪球菌属(1.69%和1.34%)、瘤胃球菌属(0.64%和1.10%)、考拉杆菌属(1.00%和0.60%),其中夏季组梭菌属、YRC22菌属、瘤胃球菌属相对丰度显著低于冬季组(P<0.05)。在Alpha多样性分析中,圈养普氏野马冬季组和夏季组之间Chao1和Good’s coverage指数差异显著(P<0.05),其他多样性指数均差异不显著(P>0.05)。在Beta多样性分析中,利用Bray_crutis距离算法进行主成分分析得出冬季组和夏季组之间距离较近,两组样品无重叠,冬季组和夏季组物种组成存在一定差异。圈养普氏野马冬季组和夏季组之间组间差异大于组内差异(R=0.55,P=0.048)。LEfSe分析中当线性判别分析阈值(LDA)>3且P<0.05时,冬季组有16个标志物种显著富集,夏季组有4个标志物种显著富集。说明圈养普氏野马肠道菌群的多样性及物种组成结构存在季节性差异。

丙型肝炎患者肠道菌群多样性变化及其致肝损伤作用机制研究进展

肠道菌群在维持肠上皮通透性、调节代谢、诱导先天免疫等方面发挥重要作用,正常情况下肠道菌群维持着动态平衡。丙型肝炎患者的肠道菌群出现失调,主要表现为肠道菌群的α和β多样性发生改变。丙型肝炎病毒不仅能够通过调节胆汁酸代谢影响肠道菌群,还能破坏肠道的免疫防线,使得参与形成肠道黏膜免疫屏障的抗菌肽、IgA和免疫细胞、短链脂肪酸减少,引起肠道通透性增加,导致细菌易位。肠道菌群的这种失调启动炎症和代谢紊乱的循环,直接和间接通过肠—肝轴促进丙型肝炎患者肝脏的损伤。

黄河三角洲宽体金线蛭肠道菌群多样性分析

为探究宽体金线蛭肠道与土壤环境中细菌群落多样性差异,本研究使用高通量测序技术测定了该物种肠道和土壤中的细菌群落。结果表明,金线蛭肠道和土壤样品中的细菌群落多样性和群落结构存在明显差异,表明土壤对肠道细菌群落的建立影响不大。与土壤样品相比,肠道样品中的细菌丰富度和多样性明显降低;肠道中的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)40.64%、变形杆菌(Proteobacteria)28.94%和拟杆菌门(Bacteroidota)16.20%等,土壤中的优势菌门为变形杆菌48.95%、拟杆菌门16.69%和放线菌门(Actinobacteriota)14.85%等;肠道中优势属为气单胞菌属(Aeromonas)23.76%、鲸杆菌属(Cetobacterium)9.98%和刺骨鱼属(Epulopiscium)8.16%。土壤类群中优势属为氢噬胞菌属(Hydrogenophaga)6.16%、黄杆菌属(Flavobacterium)11.36%和气单胞菌属5.26%。两者在转运通路、碳循环通路和免疫等方面存在差异。研究结果为了解宽体金线蛭的肠道细菌群落及与土壤环境间的关系提供参考。

不同喂养方式对新生儿生长发育和肠道菌群多样性影响的对比分析

探究不同喂养方式对新生儿生长发育和肠道菌群多样性方面的影响。方法 选取2022年7月至2024年03月于我院妇产科出生的80例新生儿,行双盲实验法将调查对象分为观察组40例和参照组40例。对参照组新生儿实施配方奶喂养,对观察组新生儿实施母乳喂养。对可能影响新生儿生长发育的相关因素进行单因素分析,并利用多因素logistic回归分析法对新生儿生长发育的单影响因素进行多因素logistic回归分析,比较各组新生儿分化抗原蛋白3(Differentiation antigen protein 3,CD3+)、分化抗原蛋白4(Differentiation antigen protein 4,CD4+)血清指标数值,并对新生儿肠道乳酸杆菌、大肠杆菌等肠道菌群指标进行分析,统计各组喂养总满意度。结果 生长发育单因素分析,妊娠糖尿病、妊娠高血压与生长发育无关联,无显著性差别(P>0.05);新生儿肥胖、妊娠吸烟史、围产手术出血量、围产手术时长、呼吸急促、居住地PM值、工作环境PM值、睡眠不足与生长发育有关联,差异具有统计学价值(P<0.05);所有新生儿使用多因素logistic回归分析法进行生长发育影响因素分析,新生儿肥胖与生长发育无关联,无显著性差别(P>0.05);妊娠吸烟史、围产手术出血量、围产手术时长、呼吸急促、居住地PM值、工作环境PM值、睡眠不足与生长发育有关联,差异具有统计学价值(P<0.05);喂养干预前,各组新生儿CD3+、CD4+指标比较,无显著性差别(P>0.05);喂养干预后,观察组CD3+、CD4+指标均优于参照组,差异具有统计学价值(P<0.05);喂养干预前,各组新生儿肠道乳酸杆菌、大肠杆菌指标比较,无显著性差别(P>0.05);喂养干预后,观察组肠道乳酸杆菌上升、大肠杆菌指标降低,且均优于参照组,差异具有统计学价值(P<0.05);喂养干预后,各组喂养满意度比较,参照组喂养总满意度低于观察组,差异具有统计学价值(P<0.05)。结论 采用母乳喂养的新生儿在生长发育过程中速度更快、更健康,且该部分新生儿肠道菌群指标较为健康。

四种不同食性鱼类肠道微生物群落组成及多样性比较分析

本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响,并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术,提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物,12个样品的16S rRNA,构建文库并测序,分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示,鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05),综合表现为杂食性(滇池高倍鲫)>草食性(草鱼)>滤食性(昆明裂腹鱼)>肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群:变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而,优势菌群在属水平上存在一定差异,如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群,拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现,鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主;草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类;约氏不动杆菌(A._johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化,而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述,食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一,分析食性与肠道优势菌群之间的关联,探讨特异菌群的功能,可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。

山羊肠道微生物群发育与多样性分析

为了解山羊肠道微生物群成员的多样性及其发育规律,从江苏2个不同山羊养殖场随机选择2只山羊,分别在1、3、5、10、20、30、40、45、50、60、70、80和90日龄时采集新鲜粪便样品,并采用宏基因组测序对所有样品进行分析。结果表明:山羊肠道微生物群的成员和丰度随日龄增长而不断变化,并受哺乳和采食的影响。其中,40日龄哺乳期山羊的肠道微生物有600余种,90日龄断奶山羊肠道微生物群最终稳定在1500种左右。在80多种核心成员中,脆弱拟杆菌、大肠埃希菌和丁酸球菌是哺乳羔羊肠道中的优势细菌,而栖瘤胃普雷沃菌和厚壁菌在断奶山羊肠道细菌群中占主导地位。值得注意的是宋内志贺菌、鲍氏志贺菌、福氏志贺菌、痢疾志贺菌、肠道沙门菌、邦戈里沙门菌、梭状芽孢杆菌、格氏乳球菌和幽门螺杆菌等人兽共患细菌也可在山羊中检测到,这提示山羊可能是这些微生物的宿主。

利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性

本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序。结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主。结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR。

哮喘患儿呼气冷凝物菌群多样性及其与病情的相关性

目的探讨哮喘患儿呼气冷凝物菌群的多样性,分析其多样性与病情的相关性。方法前瞻性选取2020年12月至2024年1月来我院接受治疗的98例哮喘患儿作为研究对象纳入研究组,选取同期于我院接受健康检查的50例健康儿童作为观察对象,纳入对照组。采用微生物评估方法对比研究组患儿和对照组儿童呼吸道中的呼气冷凝物的物种多样性,同时根据研究组患儿的临床表现将其分为轻中度组、重度组,采用Spearman分析其呼气冷凝物菌群多样性与病情的相关性。结果研究组的呼吸道菌群主要为变形菌门、厚壁菌门以及拟杆菌门,其中以变形菌门占比最高;研究组的丰富度指数Chao1、ACE以及多样性指数Evenness均低于对照组,多样性指数Shannon、Simpson均高于对照组(P<0.05);根据研究组患儿的临床表现进行亚分组后发现,重度组的丰富度指数Chao1、ACE以及多样性指数Evenness均低于轻中度组,多样性指数Shannon、Simpson均高于轻中度组(P<0.05);Spearman分析显示,哮喘的病情与ACE(r_( s)=-0.734,P<0.05)、Chao(r_( s)=-0.618,P<0.05)以及Evenness指数(r_( s)=-0.384,P<0.05)呈负相关,与Shannon(r_( s)=0.724,P<0.05)、simpson指数(r_( s)=0.642,P<0.05)呈正相关。结论在哮喘患儿的呼气冷凝物菌群中存在较高的菌群多样性,同时菌群多样性越高,患者的病情越严重。

热应激环境下蛋鸡肠道微生物菌群多样性

通过分析热应激环境下蛋鸡肠道菌群结构的变化,旨在揭示热应激对肠道微生态环境的影响机理,为探索炎热环境下家禽肠道菌群定植规律提供理论依据。试验选择16周龄济宁百日鸡96只,随机分成对照组[(24±1)℃,Ⅰ]和热应激[(38±1)℃]组,分别在2个人工环境气候舱中饲养,各组设6个重复,每个重复8只,试验持续14 d。采用16S rDNA的变性梯度凝胶电泳(Denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术和实时荧光定量(Real-time quantitative RT-PCR)以及多变量统计(Principal Components Analysis,PCA)分析等手段,分析热应激2d(Ⅱ)、7d(Ⅲ)和14 d(Ⅳ)时,对十二指肠、空肠及回肠内容物菌群多样性以及菌群数量变化。PCA分析结果显示,热应激暴露过程中十二指肠部位菌群组成与对照组保持相似的趋势,但热应激2 d时空肠部位菌群组成有分开趋势;到7 d时空肠与回肠部位菌群组成分开明显,而14 d时菌群组成具有明显差异;热应激7、14 d时空肠和回肠部位末检测到敏感乳杆菌(Lactobacillus agilis),回肠部位也末检测到约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)、不可培养细菌(Uncultured bacterium)等芽孢杆菌纲,而热应激不同时间段空肠和回肠部位可检测到不可培养细菌(Uncultured Escherichia sp)、溃疡拟杆菌(Bacteroides helcogenes)、卵形拟杆菌(Bacteroides ovatus)和索氏志贺氏菌(Shigella sonnei)等拟杆菌纲和γ-变形菌纲;其中约氏乳杆菌、敏感乳杆菌数量变化在空肠部位减少最明显(P<0.05),空肠和回肠卵形拟杆菌、不可培养的拟杆菌数量明显上升(P<0.05)。热应激环境下蛋鸡空肠、回肠部位菌群多样性较为丰富,其抑制乳杆菌属、不可培养细菌的增殖,促进卵形拟杆菌的繁殖,而促进卵形拟杆菌的繁殖,导致消化道菌群平衡的破坏。

采用PCR-DGGE技术分析蛋鸡肠道细菌种群结构及多样性

利用基于16S rDNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)图谱技术结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2、4、6和8周龄蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物细菌群落的结构和多样性进行了比较,并鉴定了8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员,分析蛋鸡年龄和肠段部位对微生物群落结构和多样性的影响。肠道菌群DGGE图谱显示肠道部位对细菌种群结构影响很大,盲肠内微生物的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的微生物多样性比较低。十二指肠内细菌与其它肠段相比差异最大,其次是盲肠与其它肠段细菌组成的差异。随着蛋鸡周龄的增加,消化道微生物经历了由简单(2周)到复杂(4周),再回复简单(6周)到复杂(8周)的变化过程。DGGE图谱中共性条带序列分析表明8周龄蛋鸡消化道前段的优势细菌是三得利乳杆菌(Lactobacillus suntoryeus)、索氏梭菌(Clostridium sordellii)和大肠杆菌,盲肠中的特异性条带主要是各种不可培养的细菌以及超巨巨单胞菌(Megamonas hypermegale)和梭菌属细菌(Clostridiumspp)。该研究结果表明蛋鸡肠道部位决定细菌群落的结构和多样性,蛋鸡的周龄影响肠道细菌多样性。

肠道菌群多样性变性梯度凝胶电泳分析法的建立

采用珠磨法、冻融研磨法和酶法对粪便细菌进行裂解,提取粪便细菌DNA,并采用16SrRNAV3区引物(P3GCf、P2r)和V6V8区引物(U968GCf、L1401r)扩增细菌16SrRNA基因可变区,对变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法用于肠道菌群多样性分析的各种条件进行了优化,建立了分析人和动物粪便菌群多样性的DGGE方法。2对引物的粪便DGGE结果都表明,珠磨法和冻融研磨法对细菌的裂解效果优于酶法;P3GCf、P2r引物的条带数明显多于U968GCf、L1401r引物;珠磨法PCRDGGE对普通拟杆菌、青春双歧杆菌和粪肠球菌的检测限分别为(6.4±0.1)×102、(6.1±0.7)×103和(7.2±0.2)×105个细菌,珠磨法对这3种细菌的检测限均低于酶法。结果表明,珠磨法和P3GCf、P2r引物更适宜用于粪便菌群多样性DGGE分析。

脾虚泄泻大鼠肠道菌群的组成和多样性

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明:α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。

肠道菌群多样性在喂养不耐受新生儿中的作用

目的探讨肠道菌群多样性变化在喂养不耐受新生儿中的作用及其与疾病转归的关系。方法采用16S rDNA PCR联合变性梯度凝胶电泳(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)技术,分别对12例喂养不耐受新生儿(喂养不耐受组)发生喂养不耐受24 h内(t0)及喂养不耐受恢复后(t1)的粪便标本进行菌群多样性分析,并通过T-A克隆测序,了解其细菌种类分布及常见优势菌。同期采集12例孕周、出生体质量、日龄匹配的喂养耐受新生儿(对照组)粪便标本进行对比分析。结果经DGGE分析,喂养不耐受新生儿粪便标本的条带丰富度较对照组显著下降(9.00±2.83 vs12.76±2.38,P<0.05),香农威纳指数较对照组显著下降(2.12±0.36 vs 2.51±0.19,P<0.05);喂养不耐受恢复后(t1)粪便标本条带丰富度、香农威纳指数与对照组比较,差异无统计学意义(14.00±1.91 vs 14.75±1.76,2.61±0.14 vs 2.66±0.13,P>0.05);克隆测序发现,喂养不耐受组粪便标本中克雷伯菌属比例较对照组增加(53.40%vs 40.94%,P<0.05)。结论喂养不耐受新生儿肠道菌群多样性降低,随着病情的恢复,肠道菌群多样性恢复;新生儿发生喂养不耐受可能与其肠道菌群中克雷伯菌属比例增加有一定相关性。

脑卒中后抑郁症患者肠道菌群的多样性分析

目的通过检测卒中后抑郁症患者粪便标本的微生物种群分布变化情况,分析患者肠道菌群变化情况与抑郁状态之间的相互联系,为临床治疗提供新思路。方法通过使用Roche/45高通量测序平台对32例卒中后抑郁症患者大便标本中的16S RNA V3区进行定性分析,与30例正常健康成人粪便标本统计数据进行比较。结果与正常健康成人对比卒中后抑郁症患者粪便中细菌菌群中细菌物种OTU信息量明显增加(P<0.01),多样性指数(Shannon)增大(P<0.05)和物种均一度指标(Evenness)也有所增加但无统计学差异(P>0.05),肠道菌群丰度在门水平上拟杆菌门,变形菌门,梭杆菌门均较正常健康对照组明显增加(P<0.05),厚壁菌门数量明显减少(P<0.05)。在科水平上Acidaminococcaceae,Rikenellaceae,Sutterellaceae,Fusobacteriaceae,Porphyromonadaceae,Enterobacteriaceae,比例明显增加(P<0.05),Bacteroidaceae,Ruminococcaceae,Prevotellaceae,Lachnospiraceae,Erysipelotrichaceae细菌比例明显减少(P<0.05)。在属水平上Phascolarctobacterium,Clostridium XIX,Escherichia/Shigella,Roseburia,Lachnospiracea incertae sedis,Blautia,Oscillibacter,Parasutterella,Megamonas比例明显升高(P<0.05),Bacteroides,Prevotella,Faecalibacterium,Ruminococcus,Dialister细菌比例明显减少(P<0.05)。结论卒中后抑郁症患者肠道微生态环境中细菌群落的多样性和均衡性与正常人群存在明显差异。

PCR—DGGE法分析婴儿肠道菌群多样性

利用PCR—DGGE技术探究婴儿肠道菌群的多样性,为益生菌在婴儿配方乳粉中的应用提供理论依据。采用细菌的16S rDNA V3区通用引物,以15例食源性腹泻婴儿和15例健康婴儿粪便样本的总DNA为模板,PCR扩增后进行变形梯度凝胶电泳(DGGE)分析。结果表明:30份粪便样本的DGGE图谱均表现为高度多态性。食源性腹泻婴儿肠道菌群多样性与健康组婴儿肠道菌群多样性有明显差异,且食源性腹泻婴儿肠道菌群多样性较低。通过聚类分析和相似度分析,可以得出食源性腹泻婴儿的肠道菌群有高度的相似性,与健康婴儿的肠道菌群有明显的差异。PCR—DGGE技术可以初步分析婴儿肠道菌群的多样性,进而为婴儿配方乳粉的研制提供理论依据。