目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基...目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基因RBP7在乳腺癌组织中的差异表达。通过Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,评估RBP7与乳腺癌临床数据的关系。基于TCGA数据库分析RBP7高低表达分组与不同肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性。基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)评估RBP7在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势。结果与癌旁组织相比,乳腺癌中RBP7 mRNA表达水平下调,该分子表达在细胞核中。ROC曲线分析显示RBP7诊断乳腺癌的曲线下面积(area under curve,AUC)是0.943(95%CI:0.926~0.960),RBP7的最佳截断值是6.29,敏感度和特异度分别为82.32%,93.69%。Kaplan-Meier生存分析显示RBP7低表达与乳腺癌患者的总生存率相关(HR=0.68,95%CI:0.49~0.93,P=0.017),RBP7是乳腺癌发生的独立危险因素。Spearman相关性揭示RBP7与乳腺癌中pDC细胞和NK细胞呈正相关(r=0.290,0.253,均P<0.05),与Th2细胞呈负相关(r=-0.217,P<0.05)。GSEA表明RBP7富集在脂肪生成、核糖体、肽配体结合受体、钙信号途径等通路中(均P<0.001)。结论RBP7影响乳腺癌的发生发展,可能成为乳腺癌潜在生物标志物和治疗靶点。展开更多
目的:探究肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)浸润程度与头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者预后的关系,并基于多种免疫细胞构建预后模型。方法:从TCGA数据库中下载515例HNSCC样本和44例正常对照样本的基因表达谱和生存信息,利用CIBERSORT算法计算每个...目的:探究肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)浸润程度与头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者预后的关系,并基于多种免疫细胞构建预后模型。方法:从TCGA数据库中下载515例HNSCC样本和44例正常对照样本的基因表达谱和生存信息,利用CIBERSORT算法计算每个样本中不同免疫细胞的占比,进行免疫细胞浸润分析和Kaplan-Meier生存分析。通过LASSO回归、单因素和多因素Cox回归筛选HNSCC样本中免疫细胞并构建免疫细胞风险评分预后模型,采用Kaplan-Meier法和ROC曲线评估该模型。结果:在22种TIICs中,M0、M1和M2巨噬细胞具有相对高的百分比,约占40%。CD8+T细胞与活化CD4+记忆T细胞呈显著正相关(r = 0.55),而与M0巨噬细胞(r = −0.53)呈显著负相关。生存分析表明高表达的调节性T细胞(P P P P Objective: This paper aims to investigate the relationship between the degree of tumor infiltrating immune cells (TIICs) and prognosis of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) patients, and construct a prognostic model based on multiple immune cells. Methods: The gene expression profiles and survival information of 515 HNSCC samples and 44 normal control samples were downloaded from the TCGA database. The proportion of different immune cells in each sample was calculated using the CIBERSORT algorithm, and immune cell infiltration analysis and Kaplan-Meier survival analysis were performed. The immune cells in HNSCC samples were screened by LASSO regression, univariate and multivariate Cox regression, and an immune cell risk scoring prognostic model was constructed. The model was evaluated by Kaplan-Meier method and ROC curve. Results: Among the 22 TIICs, M0, M1, and M2 macrophages had relatively high percentages, accounting for about 40%. CD8+T cells were significantly positively correlated with activated CD4+ memory T cells (r = 0.55), while significantly negatively correlated with M0 macrophages (r = −0.53). Survival analysis showed that high expression of regulatory T cells (P P P P < 0.001). Conclusion: TIICs are closely related to the prognosis of HNSCC patients. Regulatory T cells may be considered as a target for treatment of HNSCC, and the prognostic model constructed in this study may provide reference for clinical prognosis.展开更多
随着分子生物学技术蓬勃发展,越来越多的肿瘤学者通过The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载高通量测序数据,运用生物信息学分析的方法,识别肿瘤免疫微环境中各种细胞的表达量,进行肿瘤浸润性免疫细胞的分析工作,但是肿瘤与免疫的相...随着分子生物学技术蓬勃发展,越来越多的肿瘤学者通过The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载高通量测序数据,运用生物信息学分析的方法,识别肿瘤免疫微环境中各种细胞的表达量,进行肿瘤浸润性免疫细胞的分析工作,但是肿瘤与免疫的相互作用往往十分复杂,临床工作人员面对庞大数据量展开分析工作仍然充满困难,基于此本文介绍一款全面分析肿瘤浸润性免疫细胞及其可视化的数据库TIMER2.0,旨在为临床研究人员轻松识别多种癌症类型与正常组织及免疫细胞浸润之间的基因组学关系,快速运用多种算法掌握肿瘤概况。展开更多
目的：分析结肠癌组织肿瘤浸润的免疫细胞NIBP（NIK and IKKβbinding protein,NIBP）的表达水平,探讨其与临床病理学特征和预后之间的关系。方法：应用免疫组织化学染色法,在组织芯片中检测133例结肠癌组织肿瘤浸润的免疫细胞和92例相...目的：分析结肠癌组织肿瘤浸润的免疫细胞NIBP（NIK and IKKβbinding protein,NIBP）的表达水平,探讨其与临床病理学特征和预后之间的关系。方法：应用免疫组织化学染色法,在组织芯片中检测133例结肠癌组织肿瘤浸润的免疫细胞和92例相匹配的癌旁良性结肠组织中免疫细胞NIBP蛋白的表达水平。结果：结肠癌组织肿瘤浸润免疫细胞与癌旁结肠组织黏膜腺体间免疫细胞的NIBP蛋白表达水平无明显差别（P=0.207）。结肠癌组织肿瘤浸润免疫细胞NIBP蛋白表达水平与性别、年龄、肿瘤侵袭深度、淋巴结转移、远处转移、临床分期、组织学类型、组织学分级无关。单因素生存分析显示结肠癌组织肿瘤浸润免疫细胞NIBP蛋白阳性表达较阴性表达者总生存期明显延长（P=0.031）。多因素分析结果表明肿瘤浸润免疫细胞NIBP蛋白表达水平是结肠癌患者独立的预后因素（HR=0.281,95%CI=0.111~0.714,P=0.008）。结论：结肠癌中NIBP阳性肿瘤浸润免疫细胞的数量增加的患者预后较好,NIBP可能是结肠癌免疫治疗新的分子靶点。展开更多
目的:分析胃癌组织中肿瘤浸润的免疫细胞NIBP(NIK and IKKβbinding protein,NIBP)的表达,探讨其与胃癌发生发展的关系。方法:应用免疫组织化学染色法,检测组织芯片中123例胃癌组织肿瘤浸润的免疫细胞和123例相匹配的癌旁良性胃组织上...目的:分析胃癌组织中肿瘤浸润的免疫细胞NIBP(NIK and IKKβbinding protein,NIBP)的表达,探讨其与胃癌发生发展的关系。方法:应用免疫组织化学染色法,检测组织芯片中123例胃癌组织肿瘤浸润的免疫细胞和123例相匹配的癌旁良性胃组织上皮细胞间免疫细胞NIBP蛋白的表达水平。结果:胃癌(P=0.012)和萎缩性胃炎伴肠上皮化生(P=0.015)组织中免疫细胞NIBP表达水平明显高于正常胃黏膜和浅表性胃炎。弥漫型胃癌组织中免疫细胞NIBP的表达水平明显高于肠型胃癌(P=0.013)和癌旁良性胃组织(P=0.002)。胃癌组织(P=0.087)及肠型胃癌组织(P=0.860)与癌旁良性胃组织相比,免疫细胞NIBP的表达水平无明显差异。在弥漫型胃癌组织中,肿瘤浸润的免疫细胞NIBP表达水平与淋巴结转移显著相关(P=0.032),随着淋巴结转移数量增多,肿瘤浸润的免疫细胞NIBP表达水平增高。结论:肿瘤浸润的免疫细胞NIBP表达可能在炎症反应促进胃癌的发生、发展过程中发挥重要作用。NIBP可能是今后胃癌治疗新的分子靶点。展开更多
文摘目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基因RBP7在乳腺癌组织中的差异表达。通过Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,评估RBP7与乳腺癌临床数据的关系。基于TCGA数据库分析RBP7高低表达分组与不同肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性。基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)评估RBP7在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势。结果与癌旁组织相比,乳腺癌中RBP7 mRNA表达水平下调,该分子表达在细胞核中。ROC曲线分析显示RBP7诊断乳腺癌的曲线下面积(area under curve,AUC)是0.943(95%CI:0.926~0.960),RBP7的最佳截断值是6.29,敏感度和特异度分别为82.32%,93.69%。Kaplan-Meier生存分析显示RBP7低表达与乳腺癌患者的总生存率相关(HR=0.68,95%CI:0.49~0.93,P=0.017),RBP7是乳腺癌发生的独立危险因素。Spearman相关性揭示RBP7与乳腺癌中pDC细胞和NK细胞呈正相关(r=0.290,0.253,均P<0.05),与Th2细胞呈负相关(r=-0.217,P<0.05)。GSEA表明RBP7富集在脂肪生成、核糖体、肽配体结合受体、钙信号途径等通路中(均P<0.001)。结论RBP7影响乳腺癌的发生发展,可能成为乳腺癌潜在生物标志物和治疗靶点。
文摘目的:探究肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)浸润程度与头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者预后的关系,并基于多种免疫细胞构建预后模型。方法:从TCGA数据库中下载515例HNSCC样本和44例正常对照样本的基因表达谱和生存信息,利用CIBERSORT算法计算每个样本中不同免疫细胞的占比,进行免疫细胞浸润分析和Kaplan-Meier生存分析。通过LASSO回归、单因素和多因素Cox回归筛选HNSCC样本中免疫细胞并构建免疫细胞风险评分预后模型,采用Kaplan-Meier法和ROC曲线评估该模型。结果:在22种TIICs中,M0、M1和M2巨噬细胞具有相对高的百分比,约占40%。CD8+T细胞与活化CD4+记忆T细胞呈显著正相关(r = 0.55),而与M0巨噬细胞(r = −0.53)呈显著负相关。生存分析表明高表达的调节性T细胞(P P P P Objective: This paper aims to investigate the relationship between the degree of tumor infiltrating immune cells (TIICs) and prognosis of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) patients, and construct a prognostic model based on multiple immune cells. Methods: The gene expression profiles and survival information of 515 HNSCC samples and 44 normal control samples were downloaded from the TCGA database. The proportion of different immune cells in each sample was calculated using the CIBERSORT algorithm, and immune cell infiltration analysis and Kaplan-Meier survival analysis were performed. The immune cells in HNSCC samples were screened by LASSO regression, univariate and multivariate Cox regression, and an immune cell risk scoring prognostic model was constructed. The model was evaluated by Kaplan-Meier method and ROC curve. Results: Among the 22 TIICs, M0, M1, and M2 macrophages had relatively high percentages, accounting for about 40%. CD8+T cells were significantly positively correlated with activated CD4+ memory T cells (r = 0.55), while significantly negatively correlated with M0 macrophages (r = −0.53). Survival analysis showed that high expression of regulatory T cells (P P P P < 0.001). Conclusion: TIICs are closely related to the prognosis of HNSCC patients. Regulatory T cells may be considered as a target for treatment of HNSCC, and the prognostic model constructed in this study may provide reference for clinical prognosis.
文摘随着分子生物学技术蓬勃发展,越来越多的肿瘤学者通过The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载高通量测序数据,运用生物信息学分析的方法,识别肿瘤免疫微环境中各种细胞的表达量,进行肿瘤浸润性免疫细胞的分析工作,但是肿瘤与免疫的相互作用往往十分复杂,临床工作人员面对庞大数据量展开分析工作仍然充满困难,基于此本文介绍一款全面分析肿瘤浸润性免疫细胞及其可视化的数据库TIMER2.0,旨在为临床研究人员轻松识别多种癌症类型与正常组织及免疫细胞浸润之间的基因组学关系,快速运用多种算法掌握肿瘤概况。
文摘目的：分析结肠癌组织肿瘤浸润的免疫细胞NIBP（NIK and IKKβbinding protein,NIBP）的表达水平,探讨其与临床病理学特征和预后之间的关系。方法：应用免疫组织化学染色法,在组织芯片中检测133例结肠癌组织肿瘤浸润的免疫细胞和92例相匹配的癌旁良性结肠组织中免疫细胞NIBP蛋白的表达水平。结果：结肠癌组织肿瘤浸润免疫细胞与癌旁结肠组织黏膜腺体间免疫细胞的NIBP蛋白表达水平无明显差别（P=0.207）。结肠癌组织肿瘤浸润免疫细胞NIBP蛋白表达水平与性别、年龄、肿瘤侵袭深度、淋巴结转移、远处转移、临床分期、组织学类型、组织学分级无关。单因素生存分析显示结肠癌组织肿瘤浸润免疫细胞NIBP蛋白阳性表达较阴性表达者总生存期明显延长（P=0.031）。多因素分析结果表明肿瘤浸润免疫细胞NIBP蛋白表达水平是结肠癌患者独立的预后因素（HR=0.281,95%CI=0.111~0.714,P=0.008）。结论：结肠癌中NIBP阳性肿瘤浸润免疫细胞的数量增加的患者预后较好,NIBP可能是结肠癌免疫治疗新的分子靶点。
文摘目的:分析胃癌组织中肿瘤浸润的免疫细胞NIBP(NIK and IKKβbinding protein,NIBP)的表达,探讨其与胃癌发生发展的关系。方法:应用免疫组织化学染色法,检测组织芯片中123例胃癌组织肿瘤浸润的免疫细胞和123例相匹配的癌旁良性胃组织上皮细胞间免疫细胞NIBP蛋白的表达水平。结果:胃癌(P=0.012)和萎缩性胃炎伴肠上皮化生(P=0.015)组织中免疫细胞NIBP表达水平明显高于正常胃黏膜和浅表性胃炎。弥漫型胃癌组织中免疫细胞NIBP的表达水平明显高于肠型胃癌(P=0.013)和癌旁良性胃组织(P=0.002)。胃癌组织(P=0.087)及肠型胃癌组织(P=0.860)与癌旁良性胃组织相比,免疫细胞NIBP的表达水平无明显差异。在弥漫型胃癌组织中,肿瘤浸润的免疫细胞NIBP表达水平与淋巴结转移显著相关(P=0.032),随着淋巴结转移数量增多,肿瘤浸润的免疫细胞NIBP表达水平增高。结论:肿瘤浸润的免疫细胞NIBP表达可能在炎症反应促进胃癌的发生、发展过程中发挥重要作用。NIBP可能是今后胃癌治疗新的分子靶点。
