基于TCGA数据库的肾透明细胞癌基因表达及预后因素分析

目的分析肾透明细胞癌(ccRCC)基因表达变化及预后相关因素。方法运用R/Bioconductor分析平台,基于肿瘤基因组图谱计划(TCGA)中的ccRCC研究数据,运用Limma算法筛选肿瘤组与对照组间倍数改变>2,P<0.05的基因为差异表达基因。进一步以患者年龄、性别、TNM分期、基因表达值为影响因素分析并绘制Kaplan-Meier生存曲线。结果在肿瘤组织中筛选出4837个差异表达基因(上调基因1974个,下调基因2863个),其中252个差异基因倍数改变>5个(27个上调基因,225个下调基因);性别因素对患者整体生存率无显著影响(P>0.05);随着年龄增加以及TNM分期的进展,患者整体生存率下降(P<0.05);随着基因NPTX2、HSF4表达升高,患者整体生存率下降(P<0.05);随着基因TMEM213表达升高,患者整体生存率上升(P<0.05)。结论本研究鉴定了肾透明细胞癌的基因表达变化及预后相关因素,能够为疾病的分子诊断与预后评估等提供依据。

肾透明细胞癌中lncRNA和miRNA差异表达及相关ceRNA调控网络的分析研究

本文旨在通过大样本基因组学分析技术,评估lncRNA、miRNA、mRNA及ceRNA在肾透明细胞癌中的差异表达情况及其预后价值。利用R软件对TCGA数据库中肾透明细胞癌RNA和miRNA数据进行基因差异表达分析和生存分析,并通过cytoscape软件得到差异表达的lncRNA-miRNA-mRNA之间的ceRNA调控关系网。结果发现共有1 570个lncRNA、54个miRNA和17个mRNA在肾透明细胞癌组织中存在异常表达,且其表达水平以上调为主(错误发现率<0.01;对数差异表达倍数变化绝对值> 2)。ceRNA调控网显示共89个差异表达的lncRNA和9个差异表达的miRNA之间存在相互作用关系,生存分析共鉴定出COL18A1-AS1、TCL6、LINC00475、UCA1、WT1-AS、HOTTIP、PVT1等38个有预后价值的lncRNA和2个有预后价值的miRNA(miR-21和miR-155)(P <0.05)。本研究将为肾透明细胞癌靶向治疗与预后评估提供新的理论依据。