肿瘤新抗原肽诱导献血者PBMC特异反应性T细胞

目的观察异基因献血者来源PBMC(peripheral blood mononuclear cells)是否可被来自于肿瘤患者测序来源的新抗原肽诱导为特异反应性T细胞。方法取健康献血者新鲜外周血白膜层,分离获得PBMC后,粘附获得单核细胞,同时冻存PBL(peripheral blood lymphocytes)。单核细胞以每三天加入细胞因子GM-CSF和IL-4进行细胞诱导培养,7天后收获成熟DC(dendritic cells),24孔铺板后分别装载16条肿瘤新抗原肽,其中13条为本项目组前期研究所得,5 h后加入4~10倍细胞数量已复苏的PBL共培养,每三天加入IL-2,对照为不加抗原肽(DC/PBL),加入PHA(Phytohemagglutinin,植物血凝素)PBL孔作为阳性对照;第14天、第21天分别再行新抗原肽脉冲刺激,第22天留取上清液用ELISA方法测量IFN-γ浓度,剩余细胞用流式细胞仪分析CD3^(+)IFN-γ^(+)/CD8^(+)IFN-γ^(+)T细胞占比。结果发现10/13中的每条多肽至少可诱导3份PBL分化为分泌IFN-γ反应性CD3^(+)或CD8^(+)T细胞,同步ELISA测得上清液中IFN-γ浓度也升高,以上结果具有一定的相关性(CD3^(+)或CD8^(+)T细胞r值分别为0.66、0.58,P<0.05)。结论我们成功地建立了用来自肿瘤患者的肿瘤新抗原肽诱导健康献血者的PBMC分化为肿瘤新抗原肽特异性的T细胞。

基于多组学的肿瘤新抗原鉴定

近年来癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,ICGC)等大规模肿瘤基因组计划的实施,以及伴随的基因组、转录组、蛋白质组和生物信息学等组学技术的快速发展,极大推动了肿瘤突变谱鉴定及其产生的肿瘤新抗原(neoantigen)的研究。本文就肿瘤新抗原的鉴定以及基于肿瘤新抗原的免疫治疗技术包括肿瘤治疗性疫苗和细胞治疗等技术的研发作一综述。

精准细胞免疫治疗中肿瘤新抗原相关研究进展

如何通过细胞表面抗原使免疫系统区分正常细胞和癌细胞是肿瘤细胞免疫治疗的关键。最新的技术使人们了解到,由于肿瘤细胞突变产生新的表位肽,继而引起患者的特异性免疫应答;并且最新研究表明,这种肿瘤新抗原(neoantigens)的识别将成为临床免疫治疗的重要突破点。相关结果表明,在癌症免疫治疗中,肿瘤新抗原可以作为一种生物标志物,开发并增强针对这类抗原选择性T细胞的反应性,为新型免疫治疗带来希望。精准细胞免疫治疗(precision cell immunotherapy treatment,PCIT)是通过高通量基因测序及大数据分析,获得针对癌细胞特异性新型抗原和高效应的精准T细胞(precision T cell for neoantigen,PNA-T),进而富集PNA-T对肿瘤患者进行精准细胞免疫治疗。

三阴性乳腺癌肿瘤新抗原相关研究进展

三阴乳腺癌作为乳腺癌的一种独立临床病理类型,具有总生存期短、恶性程度高、侵袭能力强及早期复发率高等特点,目前治疗仍以化疗为主。新抗原是由体细胞DNA突变产生的肿瘤特异性抗原,在免疫治疗中与疗效和预后具有一定的相关性,肿瘤新抗原的研究有望进一步揭示免疫治疗的机制,近年来已经成为肿瘤领域研究热点。本文综述了肿瘤新抗原的鉴定识别、新抗原与免疫治疗的关系、新抗原疫苗及在三阴性乳腺癌中的相关进展。

肿瘤新抗原预测与鉴定的研究进展

肿瘤新抗原是肿瘤免疫治疗的特异性靶标,具有高度异质性。如何准确且快速地鉴定肿瘤新抗原是其应用于临床肿瘤免疫治疗的关键,目前仍处于早期开发阶段且具有挑战性。根据基因组测序、转录组测序或表位肽质谱数据、并结合计算工具评估免疫原性是肿瘤新抗原预测和鉴定的基本方法。

肿瘤新抗原疫苗的研究现状

肿瘤新抗原是肿瘤细胞所特有的,其疫苗原理是将肿瘤新抗原以疫苗的形式注入到患者体内,激发患者的主动免疫,从而达到肿瘤杀伤和清除的目的,未来具有较广阔的应用前景。虽然随着第二代测序技术的发展,肿瘤新抗原的鉴定已越来越成熟,但由于肿瘤本身的异质性和复杂性,以及肿瘤患者的个体差异化较明显,目前该疫苗的研发依然处于瓶颈期,大部分的肿瘤新抗原疫苗都止步于临床前研究。因此,为了进一步了解和认识肿瘤新抗原疫苗,本文将具体介绍肿瘤新抗原疫苗的研究现状和相关应用前景。

基于肿瘤新抗原的晚期肝细胞癌过继免疫细胞治疗相关进展

晚期肝细胞癌恶性程度高,预后差,研究发现肝癌进展与肿瘤微环境中的免疫状态存在密切关系。过继免疫细胞治疗可通过给患者输注激活的特异性免疫细胞产生抗肿瘤作用,改善免疫抑制状态,是肿瘤治疗的研究热点,并在多种恶性肿瘤的治疗中展示出较好的效果,表现出了巨大的应用潜力。在肝细胞癌治疗方面基于肿瘤新抗原的过继免疫细胞治疗成为新的热点,而其应用方式、安全性与有效性评估、疗效预测及评价成为亟待解决的问题。本文旨在通过介绍晚期肝细胞癌过继免疫细胞治疗相关进展,并阐述未来需要解决的问题。

肿瘤新抗原在肿瘤精准免疫治疗中的应用

体细胞突变形成的肿瘤新抗原被MHC分子提呈后可激活免疫系统，产生特异性的抗肿瘤效应。靶向肿瘤新抗原制备的治疗性疫苗和特异性T细胞可实现肿瘤的精准免疫治疗。随着新抗原预测技术的不断发展，个性化肿瘤免疫治疗方案将会广泛推广。本文综述了肿瘤新抗原的预测方法、临床应用研究现状，以及存在的问题。

基于肿瘤新生抗原的抗肿瘤免疫治疗的研究进展

近年来,免疫检查点抑制剂和嵌合抗原受体免疫疗法(CAR-T)因其显著的治疗有效率,已成为某些肿瘤的“特效药”。新抗原作为肿瘤的特异性抗原,可激活细胞毒性T淋巴细胞(CTL),发挥特异性抗肿瘤免疫应答。目前,下一代基因测序技术和质谱分析为新抗原的发现和鉴定提供了有利的技术支撑。基于新抗原的个性化肿瘤免疫治疗的突出疗效,在国内外实体瘤治疗大放异彩;其还可作为如T细胞受体修饰的T细胞治疗(TCR-T)治疗的特异性靶标;联合其他抗肿瘤疗法也显示出良好的发展前景。现就目前基于肿瘤新生抗原免疫治疗的研究进展做一综述。

肿瘤新抗原预测方法研究进展

肿瘤新抗原是一类肿瘤特异性抗原,是潜在的肿瘤免疫治疗理想靶标。由于肿瘤新抗原产生及刺激T细胞应答的生理过程复杂,如何高效地发现与鉴定肿瘤新抗原仍是一个巨大的挑战。随着肿瘤免疫基因组学数据的积累和人工智能预测方法的深入研究,研究者能够借助人工智能新算法进行肿瘤新抗原预测方法的研究,为基于肿瘤新抗原的肿瘤免疫治疗奠定坚实的基础。本文围绕肿瘤新抗原胞内处理、抗原提呈和T细胞识别等生理过程系统综述了肿瘤新抗原预测方法的进展。

肿瘤靶向治疗新抗原筛选与临床研究进展

肿瘤免疫治疗是近年来研究的热点,而基于靶向肿瘤新抗原的免疫治疗极具广阔前景,但是长期以来,缺乏肿瘤特异性抗原是阻碍肿瘤免疫治疗的瓶颈,因此,发现新的肿瘤特异性抗原一直是基础和临床肿瘤免疫学家梦寐以求的目标。二代测序技术的出现推动了肿瘤新抗原筛选与鉴定的发展。目前主要有全外显子结合转录组测序法、串联微基因序列法、靶基因测序法、共享新抗原肽库法和质谱法等筛选肿瘤新抗原的方法。肿瘤新抗原的发现为临床开展抗原疫苗、抗原特异性T细胞、T细胞受体工程T细胞(T cell receptor genetically engineered T cell,TCR-T)和嵌合抗原受体T细胞(chimeric antigen receptor T cell,CAR-T)等靶向肿瘤抗原的免疫治疗提供了优质的靶标。

肺癌T细胞过继免疫治疗和新抗原研究进展

T细胞杀伤肿瘤细胞是肿瘤免疫治疗的关键事件。最近抗程序性死亡受体-1(programmed death receptor-1,PD-1)/PD-1配体1(PD-1 ligand,PD-L1)抗体等免疫检查点抑制剂在肺癌临床治疗中取得成功,显示其在癌症免疫疗法中起关键作用。但是,并非所有患者都能从免疫疗法中获得有效的反应。液体活检潜在的生物标志物可能有助于鉴定从免疫治疗中受益最大的患者。具有高肿瘤突变负荷的肿瘤已确认为免疫检查点抑制剂治疗的适应证。肿瘤突变负荷水平与新抗原数量呈正相关,新抗原成为肺癌免疫治疗成功的关键。自体基因编码免疫原性肿瘤新抗原已成为一种免疫过继治疗的重要靶标,而针对新抗原的T细胞受体工程改造是用于治疗肺癌的过继细胞疗法的新选择。

基于TCGA数据预测肿瘤代表性新抗原的一种生物信息学新方案

肿瘤的特异性基因突变是肿瘤免疫疗法的理想靶标,突变的基因在健康组织中缺乏表达,而且具有高度免疫原性,容易被免疫系统识别。肿瘤患者突变基因组的高度特异性使得个体化免疫治疗存在极大挑战,而每一种肿瘤都具有区别于其他肿瘤的代表性的基因突变特征,基于这些突变特征,有可能开发出特定肿瘤适用的免疫治疗策略。文中提出一个兼顾抗原胞内呈递和与胞外MHC分子结合能力的肿瘤新抗原预测策略,整体设计更为合理;相对于常规方法,能够大幅缩小实验验证的范围。基于该策略,利用TCGA数据库中多种肿瘤的基因突变数据进行肿瘤新抗原预测并预测到大量潜在的肿瘤新抗原。肿瘤新抗原的预测结果显示出肿瘤类型的特异性,并且在特定肿瘤数据集中能够覆盖20%–70%不等比例的肿瘤患者。文中提出的肿瘤新抗原预测方案在未来的肿瘤临床治疗上具有潜在的应用价值。

靶向新抗原的个体化肿瘤疫苗——免疫疗法最新进展

肿瘤新抗原表位是由肿瘤细胞中相关基因突变引起特异性表达的化学基团,其没有中枢胸腺耐受性,但具有高度的免疫原性。针对肿瘤新抗原的T细胞能够有效增强人类的抗肿瘤免疫能力。新近两项研究分别基于RNA和多肽设计并生成了针对黑素瘤晚期患者的个体化肿瘤疫苗,将其应用于临床试验;结果显示,肿瘤得到有效控制,展示出个体化肿瘤疫苗的可行性、安全性和免疫原性,而且该疫苗与程序性细胞死亡蛋白1(programmed cell death-1,PD-1)的检查点免疫疗法相结合会获得更好的治疗。因此,个体化肿瘤疫苗将为恶性肿瘤患者开辟出一条精准化的免疫疗法新途径,其临床疗效的潜力无限。本文就肿瘤新抗原的优势及筛选,个体化肿瘤疫苗的临床研究进展、优势和局限性等进行综述。

老年胃癌的免疫相关多组学分子特征

目的分析老年胃癌的免疫相关多组学分子特征。方法采用≥65岁和≥75岁两种老年的定义。利用江苏大学附属医院(AHJU)和癌症基因组图谱计划(TCGA)的胃癌多组学数据,分析老年胃癌与微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)、肿瘤新抗原负荷(TNB)及免疫相关基因表达的关系。结果在AHJU和TCGA中,与<65岁组比较,≥65岁组的MSI发生率(28.6%vs.0.0%,P=0.034和25.3%vs.10.8%,P=0.017)、平均TMB(434.1 vs.39.2,P=0.016和453.5 vs.259.8,P=0.007)及平均TNB(262.8 vs.51.8,P=0.006和439.9 vs.116.6,P=0.021)均显著升高,但在≥75岁和<75岁两组间未发现类似差异(P>0.05)。基于mRNA表达的基因集富集分析显示,抗肿瘤免疫相关的基因在≥65岁组显著富集。结论≥65岁老年胃癌的分子特征与活跃的抗肿瘤免疫反应有关,提示这些患者可能对免疫治疗敏感。

HLA-A2限制性CDKN1A编码突变肽的预测及其在膀胱癌中的应答性分析

目的:利用TCGA数据库筛选和分析膀胱癌肿瘤抑制基因CDKN1A的突变特征,筛选具有肿瘤新抗原特征的CDKN1A抗原突变肽并分析其在人群中的免疫反应性。方法:利用TCGA公共数据库中413例膀胱癌全外显子测序数据,根据亲和力预测和基因表达量,筛选出人类白细胞抗原(HLA)-A2限制的CDKN1A突变型肽段与野生型肽段。利用T2细胞实验检测配对肽段的结合力。采用酶联免疫斑点试验检测HLA-A2基因型膀胱癌患者外周血单个核细胞对配对抗原肽的免疫反应。结果:根据预测的突变型肽段高亲和力而野生型肽段低亲和力的原则,筛选获得HLA-A2限制性野生型和突变型抗原肽段。体外T2亲和力结合实验结果显示,来自CDKN1A基因编码的突变型肽段亲和力(Kd=3.724 mg/ml)显著高于野生型肽段。40例HLA-A2阳性膀胱癌患者突变型肽段刺激产生的抗原肽特异性IFN-γ平均点数明显高于野生型(P=0.045),同时突变型肽段在40例患者中的阳性反应率达到25%(10/40)。结论:利用TCGA数据筛选获得膀胱癌抑癌基因CDKN1A的突变型肽段能够在膀胱癌患者中诱导高于野生型肽段的特异性免疫反应性,具有膀胱癌肿瘤新抗原的免疫学特征,为其应用于膀胱癌的免疫治疗提供了理论依据。

诱导特异性CD8^+T细胞产生的肝细胞癌相关新抗原分析

目的寻找肝细胞癌(HCC)突变相关肿瘤新抗原,确定其诱导产生的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)可特异性作用于肿瘤细胞,为进行HCC的疫苗免疫治疗提供理论依据.方法分析HCC患者肿瘤组织及其配对的正常组织全基因组和外显子测序数据,寻找肿瘤相关体细胞突变,结合患者人类白细胞抗原(HLA)表型,利用NetMHC软件预测具有较高结合力的突变表位,由此合成相应的多肽.在GEO数据库中选取GSE25097,利用GPL10687平台统计突变基因在肝癌组织和正常组织中的表达差异.采用实时荧光定量PCR法和免疫组化染色,检测10例HCC患者的肿瘤组织和配对癌旁正常组织中相关基因及其蛋白的表达差异.采用预测的带有突变位点的肿瘤新抗原合成多肽,诱导特异性CTL,检测其对负载有相应抗原的肿瘤细胞的杀伤效果.结果在全基因组和外显子测序的HCC组织中,TP53的突变率约为40%,LAMA3的突变率约为8%.在GSE25097数据库中,TP53和LAMA3 mRNA在肿瘤组织中的相对表达量分别为1.57±0.02和1.37±0.10,均高于正常组织(分别为0.54±0.01和0.36±0.01,均P<0.05).实时荧光定量PCR法检测结果显示,TP53 mRNA在肿瘤组织中的相对表达量为0.24±0.03,明显高于癌旁组织(0.11±0.01,P<0.05);LAMA3 mRNA在肿瘤组织中的相对表达量为0.13± 0.06,明显高于癌旁组织( 0.01± 0.01,P<0.05).免疫组化染色检测 TP53 和LAMA3蛋白的表达情况,与实时荧光定量PCR检测结果一致.对中国人群Ⅰ型主要组织相容性抗原(MHC-Ⅰ)基因亚型的统计结果显示,HLA-A2、HLA-A11或HLA-A24三者所占比列高达70%.预测的带有TP53和LAMA3突变位点的肿瘤新抗原多肽所诱导的CTL对负载有相应抗原的靶细胞具有显著杀伤作用,但不具有杀伤负载同一肽段带有正常非突变抗原的靶细胞,对机体正常细胞无杀伤作用.结论 TP53和LAMA3在HCC组织中存在高突变,并且其表达高于正常组织.带有突变位点的肿瘤新抗原多肽所诱导产生的CTL,对表达有该抗原的靶细胞具有特异性杀伤作用,但不影响机体正常细胞.

mRNA肿瘤疫苗在实体瘤中的进展与挑战

随着信使RNA(message RNA,mRNA)的先进技术在新型冠状病毒疫苗研发中取得的巨大成功,mRNA肿瘤疫苗的研发得到了快速的发展。mRNA肿瘤疫苗因安全性强,有效性高,可大规模生产等优点,成为癌症治疗中的一种具有前景的新策略。目前已有一些临床研究证实了mRNA肿瘤疫苗及联合其他治疗后在癌症治疗中的有效性和安全性,尤其是在肿瘤新抗原的基础上研发的个体化mRNA肿瘤疫苗在临床试验中取得了令人鼓舞的结果。基于这些结果,更多的mRNA肿瘤疫苗及联合免疫检查点抑制剂、放疗等的I期和Ⅱ期临床试验在快速的开展中。然而,mRNA肿瘤疫苗的发展也面对着如抗原的选择、研发技术的优化、生产规模的扩大以及耐药机制的探索等诸多挑战。本篇综述中,我们总结了部分mRNA肿瘤疫苗及其联合治疗临床研究的有效性、安全性及免疫反应等数据,并分析了mRNA肿瘤疫苗研发需要面对的关键性挑战和问题。

个体化肽治疗性肿瘤疫苗的临床药效学研究分析

个体化肽治疗性肿瘤疫苗是根据患者肿瘤异质性和人白细胞抗原异质性制备的一种精准医疗产品,具有抑瘤作用特异性强、不良反应少、抗原序列明确、易于制备和质控、经济成本相对较低等特点,此类疫苗已成为研发肿瘤疫苗的热点。本文分析总结了近20年来个体化肿瘤相关抗原肽和个体化肿瘤新抗原肽治疗性肿瘤疫苗的Ⅰ~Ⅲ期临床药效学研究概况,以期为进行此类疫苗的研发和评价提供参考。目前,临床患者对个体化肿瘤相关抗原肽治疗性肿瘤疫苗产生特异性体液和细胞免疫反应率分别约为70%和60%,个体化肿瘤新抗原肽治疗性肿瘤疫苗中约60%的新抗原可诱导患者产生特异性细胞免疫反应,这2类疫苗最常见的不良反应为注射部位皮肤反应,整体具有较好的免疫原性和耐受性。

可变多聚腺苷酸化与肿瘤

可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)是真核细胞mRNA成熟过程中针对前体mRNA 3′端的一种加工修饰方式,是重要的转录后调控机制。APA通过调控3′非翻译区(3′UTR)长度而影响mRNA稳定性、翻译效率和定位。内含子多聚腺苷酸化(intronic polyadenylation, IPA)通过形成丢失重要结构域的截短型蛋白实现对靶基因的调控,参与形成肿瘤新抗原。APA具有肿瘤特异性,有可能用于肿瘤分子分型和靶向治疗。现对APA的形成过程和分类、高通量发现APA的测序和分析技术进展,以及APA对肿瘤发生发展的影响进行综述。