胃腺癌组织长链非编码RNA TUG1表达变化及其与p53蛋白的关系

目的观察胃腺癌组织长链非编码RNA牛磺酸上调基因1(TUG1)表达变化,并分析其与p53蛋白的关系。方法收集108例胃腺癌患者肿瘤组织及其癌旁正常组织,采用real-time PCR法检测各组织TUG1表达,采用免疫组化法检测各组织p53表达,分析胃腺癌组织TUG1表达与患者临床病理特征及p53表达的关系。结果胃腺癌组织TUG1相对表达量为2. 36±1. 01、高表达90例,高于癌旁正常组织的0. 93±0. 54、18例(P均<0. 01)。TUG1相对表达量在胃腺癌低分化者高于高分化者,浸润深度T3、T4者高于T1、T2者,有区域淋巴结转移者高于无区域淋巴结转移者,有远处转移者高于无远处转移者,临床分期高者高于临床分期低者(P均<0. 05),但不同年龄、性别、肿瘤直径及有无脉管侵犯、神经侵犯患者TUG1相对表达量比较差异均无统计学意义(P均> 0. 05)。胃腺癌组织p53阳性表达率为61%,高于癌旁正常组织的39%(P <0. 01)。Pearson相关分析显示,TUG1高表达与p53阳性表达呈正相关关系(r=0. 204,P <0. 05)。结论长链非编码RNA TUG1在胃腺癌组织中表达升高,且与p53表达呈正相关关系,有可能成为胃腺癌靶向治疗的新靶标。

长基因间非编码RNA 1189靶向微小RNA-8084对卵巢癌细胞恶性生物学行为的影响

目的探讨长基因间非编码RNA 1189(LINC01189)靶向调控微小RNA-8084(miR-8084)及对卵巢癌细胞恶性生物学行为的影响。方法从基因表达数据库(GEO)中下载芯片数据GSE18520(53例晚期、高级别原发卵巢癌肿瘤标本和10例正常卵巢上皮的基因表达数据)和GSE30161(58例接受卡铂和紫杉醇治疗的Ⅲ-Ⅳ期卵巢癌患者的基因表达数据),分析LINC01189在卵巢癌组织中的表达情况及与卵巢癌临床病理特征的关系,Kaplan-Meier Plotter在线分析LINC01189和miR-8084水平与卵巢癌预后的关系。采用实时荧光定量PCR检测人卵巢癌患者的血清LINC01189和miR-8084水平及人卵巢上皮细胞IOSE80和卵巢癌细胞的LINC01189水平。选择卵巢癌A2780细胞并转染LINC01189过表达质粒pcDNA3.1-LINC01189(过表达组)或pcDNA3.1空质粒(阴性对照组)并以未转染的细胞为空白对照组,MTT、划痕实验和Transwell小室实验分别检测细胞的增殖、迁移和侵袭情况,双荧光素酶报告基因实验验证LINC01189与miR-8084间的靶向关系。结果卵巢癌组织和细胞的LINC01189水平均低于正常卵巢上皮和IOSE80细胞(P<0.05)。组织LINC01189水平与卵巢癌的年龄、病理类型和分化程度无关(P>0.05),而与FIGO分期、化疗效果、无进展生存期(PFS)和总生存期(OS)有关(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter在线分析发现LINC01189低水平者的中位PFS和OS分别为10.93和24.97个月,短于高水平者的16.47和52.03个月(P<0.05),miR-8084高水平者的中位OS为39.97个月,短于低水平者的55.0个月(P<0.05)。与健康体检者比较,卵巢癌患者的血清LINC01189水平降低,而miR-8084水平升高(P<0.05),且卵巢癌患者的血清LINC01189和miR-8084水平呈负相关(r=-0.494,P<0.001)。与其余两组相比,过表达组的LINC01189水平升高,增殖活力和miR-8084水平降低且划痕愈合率和穿膜细胞数均减少(P<0.05),空白对照组和阴性对照组上述指标的差异无统计学意义(P>0.05)。双荧光素酶报告基因实验显示miR-8084是LINC01189的作用靶点。结论卵巢癌组织、血清和细胞的LINC01189水平降低,其可能通过靶向miR-8084来抑制卵巢癌细胞的增殖和侵袭迁移过程,LINC01189/miR-8084轴有望成为卵巢癌治疗的潜在靶点。

基因间长链非编码RNA00963通过靶向miRNA-511-3p调控胰腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的分子机制研究

目的探讨基因间长链非编码RNA00963(LINC00963)对胰腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响及分子机制。方法常规培养正常胰腺上皮细胞h TERT-HPNE和胰腺癌细胞系Capan-1、SW1990、Pa Tu8988,将Capan-1细胞分为NC组、si-NC组、si-LINC00963组、pc DNA-NC组、pc DNA-LINC00963组、mi RNA-NC组、mi RNA-511-3p组、anti-mi RNA-NC组、anti-mi RNA-511-3p组、si-LINC00963+anti-mi RNA-NC组、si-LINC00963+anti-mi RNA-511-3p组。采用实时荧光定量聚合酶链反应检测LINC00963和mi RNA-511-3p的表达水平,蛋白质印迹(Western blot)法检测细胞周期蛋白D1(cyclin D1)、基质金属蛋白酶(MMP)2、MMP9的表达水平,细胞计数试剂盒8(CCK-8)检测细胞增殖,Transwell实验检测细胞迁移和侵袭,双荧光素酶报告实验检测LINC00963和mi RNA-511-3p的靶向调控关系。结果与正常胰腺上皮细胞h TERT-HPNE比较,胰腺癌细胞系Capan-1、SW1990、PaTu8988中LINC00963相对表达量均升高,mi RNA-511-3p相对表达量均降低(P﹤0.05)。与si-NC组比较,siLINC00963组中cyclin D1、MMP2、MMP9相对表达量均降低,细胞活性降低,细胞迁移和侵袭数目均减少(P﹤0.05);与mi RNA-NC组比较,mi RNA-511-3p组中cyclin D1、MMP2、MMP9相对表达量均明显降低,细胞活性明显降低,细胞迁移和侵袭数目均明显减少(P﹤0.01)。mi RNA-511-3p与LINC00963野生型报告质粒共转染后Capan-1细胞的荧光素酶活性明显低于mi RNA-NC与LINC00963野生型报告质粒共转染后的细胞(P﹤0.01)。与si-LINC00963+anti-mi RNA-NC组比较,si-LINC00963+anti-mi RNA-511-3p组中cyclin D1、MMP2、MMP9相对表达量均升高,细胞活性升高,细胞迁移和侵袭数目均增加(P﹤0.05)。结论低表达LINC00963可通过靶向上调miRNA-511-3p的表达抑制胰腺癌细胞增殖、迁移和侵袭。

上皮-间质转化相关长链非编码RNA在肝癌中的生物学功能及调控机制

肝癌恶性程度较高,许多癌基因及抑癌基因在肝癌发生发展过程中发挥重要的调控作用。细胞由上皮表型向间质表型转化的过程称为上皮-间质转化(EMT),可以增加肿瘤细胞迁移侵袭能力,长链非编码RNA能够通过多种方式调控EMT过程。综述了EMT相关长链非编码RNA在肝癌中的主要生物学功能以及调控机制的研究进展。

直肠癌组织中YTHDF2、lncRNA TUSC7表达与上皮间质转化的关系及预后意义

目的研究直肠癌组织中YTH结构域N6-甲基腺嘌呤RNA结合蛋白2(YTHDF2)、长链非编码RNA抑癌候选基因7(lncRNA TUSC7)表达与上皮间质转化(EMT)的关系及临床预后意义。方法选取该院自2018年5月至2020年5月诊治的98例直肠癌患者。采用实时荧光定量PCR检测直肠癌组织和癌旁组织中YTHDF2、lncRNA TUSC7表达及EMT相关指标β-连环素(β-catenin)、E-钙黏蛋白(E-cad)、N-钙黏蛋白(N-cad)mRNA的表达。采用Pearson法分析YTHDF2 mRNA、lncRNA TUSC7与EMT相关指标的相关性。采用Kaplan-Meier曲线分析YTHDF2、lncRNA TUSC7表达对直肠癌无瘤生存预后的影响。采用多因素COX回归分析直肠癌无瘤生存预后的影响因素。结果直肠癌组织中YTHDF2、β-catenin、N-cad mRNA相对表达水平高于癌旁组织,而lncRNA TUSC7、E-cad mRNA相对表达水平低于癌旁组织(均P<0.05)。直肠癌组织中YTHDF2 mRNA与β-catenin、N-cad mRNA表达呈正相关(均P<0.05),与E-cad mRNA表达呈负相关(均P<0.05);lncRNA TUSC7与β-catenin、N-cad mRNA表达呈负相关(均P<0.05),与E-cad mRNA表达呈正相关(均P<0.05)。直肠癌组织中YTHDF2 mRNA与lncRNA TUSC7表达呈负相关(P<0.05)。直肠癌组织中YTHDF2 mRNA、lncRNA TUSC7与TNM分期Ⅲ期、肿瘤分化程度及淋巴结转移有关(均P<0.05)。YTHDF2高、低表达组3年无瘤生存率分别为59.57%(28/47)、88.24%(45/51)。lncRNA TUSC7高、低表达组3年无瘤生存率分别为88.00%(44/50)、60.42%(29/48)。YTHDF2高表达组3年累积无瘤生存率低于YTHDF2低表达组(Log Rankχ^(2)=11.370,P=0.001)。lncRNA TUSC7高表达组3年累积无瘤生存率高于lncRNA TUSC7低表达组(Log Rankχ^(2)=11.880,P=0.001)。TNM分期Ⅲ期、低分化程度、合并淋巴结转移、YTHDF2高表达、lncRNA TUSC7低表达是直肠癌患者无瘤生存预后的独立危险因素(均P<0.05)。结论直肠癌组织中YTHDF2表达上调,lncRNA TUSC7表达下调,二者与不良临床病理特征及EMT有关,是新的评估直肠癌患者预后的标志物。

LncRNA SNHG3通过miR-330-5p/PAK1信号轴调节前列腺癌细胞的增殖、凋亡和上皮间质转化

目的 探讨长链非编码RNA小核仁RNA宿主基因(LncRNA SNHG)3通过miR-330-5p/P21活化激酶(PAK)1信号轴调节前列腺癌细胞的增殖、凋亡和上皮间质转化。方法 体外培养人前列腺上皮细胞和人前列腺癌细胞株PC-3、DU 145、VCaP,通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测各细胞中LncRNA SNHG3、miR-330-5p与PAK1 mRNA表达。体外培养人前列腺癌细胞PC-3,随机分为对照组、LncRNA SNHG3 siRNA组、miR-330-5p inhibitor组、共转染阴性对照(LncRNA SNHG3 siRNA阴性对照+miR-330-5p inhibitor阴性对照)组、共转染(LncRNA SNHG3 siRNA+miR-330-5p inhibitor)组,分组转染LncRNA SNHG3 siRNA及其阴性对照、miR-330-5p inhibitor及其阴性对照后,以噻唑蓝(MTT)和5-乙炔基-2′脱氧尿嘧啶核苷(EdU)染色法检测PC-3细胞增殖情况;以流式细胞术检测PC-3细胞凋亡情况;以Transwell实验检测PC-3细胞侵袭情况;以qRT-PCR检测PC-3细胞miR-330-5p、PAK1与上皮间质转化因子E-钙黏附蛋白(cadherin)、波形蛋白(Vimentin)表达;以双荧光素酶报告基因实验检测PC-3细胞中LncRNA SNHG3对miR-330-5p的靶向调控作用。结果 与人前列腺上皮细胞比较,PC-3、DU 145、VCaP细胞中LncRNA SNHG3、PAK1 mRNA表达明显升高,miR-330-5p表达明显降低(P<0.05)。与对照组、共转染组分别相比,LncRNA SNHG3siRNA组细胞活力与相对增殖率、细胞Vimentin与PAK1 mRNA表达、侵袭细胞数均明显降低,细胞凋亡率、细胞miR-330-5p、E-cadherin mRNA表达均明显升高(均P<0.05);miR-330-5p inhibitor组细胞活力与相对增殖率、细胞Vimentin与PAK1 mRNA表达、侵袭细胞数均明显升高,细胞凋亡率、细胞miR-330-5p、E-cadherin mRNA表达均降低(P<0.05);共转染阴性对照组细胞各指标均无显著差异(P>0.05)。在PC-3细胞中,LncRNA SNHG3可靶向下调miR-330-5p表达。结论 下调LncRNA SNHG3可通过上调miR-330-5p表达而降低PAK1表达,进而抑制前列腺癌细胞增殖、迁移和上皮间质转化,诱导其凋亡。

长链非编码RNA-HOTAIR对前列腺癌细胞周期和侵袭影响的实验研究

目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)——Hox基因的反义基因间RNA(HOTAIR)在前列腺癌细胞的表达情况并明确其对前列腺癌细胞生长及转移的影响。方法:采用定量RT-PCR(qRT-PCR)检测HOTAIR在人正常前列腺上皮细胞株RWPE-1和前列腺癌细胞株PC3和DU145中的表达水平;采用RNA干扰技术、流式细胞术和Transwell小室实验检测HOTAIR对前列腺癌细胞生长周期及侵袭能力的影响。结果:与人正常前列腺上皮细胞相比,前列腺癌细胞株PC3和DU145中HOTAIR表达分别增高3.2及5.7倍;在si-HOTAIR下调HOTAIR的表达水平后,前列腺癌细胞株均出现了G2期阻滞,同时伴有G1期下调;且前列腺癌细胞株的侵袭能力受到了明显的抑制,si-HOTAIR1和si-HOTAIR2处理后,PC3侵袭能力分别被抑制32%和44%,DU145被抑制43%和34%。结论:lncRNA-HOTAIR在前列腺癌中呈相对高表达,并且与前列腺癌细胞的生长及侵袭能力有关。HOTAIR有潜力成为诊断前列腺癌和判断其预后的新指标。

长链非编码RNA LINC00963在喉鳞状细胞癌中的表达及其对Hep-2细胞增殖及凋亡的影响

目的检测基因间长链非编码RNA 00963(LINC00963)在喉鳞状细胞癌组织及喉癌细胞Hep-2中的表达及其对Hep-2细胞增殖及凋亡的影响。方法聚合酶链式反应和免疫组化检测喉鳞状细胞癌组织及Hep-2细胞中LINC00963的表达水平;CCK-8及流式细胞术体外水平检测沉默LINC00963表达对细胞增殖及细胞凋亡的影响;荷瘤裸鼠实验检测LINC00963对肿瘤生长的影响;Ki-67及TUNEL染色体内水平检测LINC00963对Hep-2细胞增殖及凋亡的影响。结果41例喉鳞状细胞癌组织中LINC00963的表达水平高于癌旁组织。LINC00963在Hep-2细胞中的表达也明显高于永生化鼻咽上皮NP-69细胞。沉默Hep-2细胞中LINC00963的表达后,细胞增殖速度下降,凋亡细胞比例增高(P<0.05)。此外,与LINC00963 NC组相比,LINC00963 shRNA组细胞荷瘤裸鼠肿瘤生长明显受到抑制、Ki-67阳性细胞比例降低、TUNEL阳性细胞比例增高(P<0.05)。结论LINC00963在喉鳞状细胞癌组织及细胞中异常高表达,并可在体内及体外水平促进Hep-2细胞增殖、抑制细胞凋亡。

胃腺癌预后非编码长链RNA及抗肿瘤药敏分析

目的本研究旨在探索长链非编码RNA(lncRNAs)对胃腺癌(STAD)患者的预后价值。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中检索STAD患者的RNA测序数据和对应的临床资料。用生物信息学方法鉴定差异表达lncRNAs。用生存分析、独立预后分析和受试者工作特征(ROC)曲线分析筛选并鉴定出有独立预后价值的lncRNAs。进一步对与预后lncRNAs共表达的基因进行基因本体(GO)功能富集分析,最后通过抗肿瘤药敏预测“oncoPredict”R包预测抗肿瘤临床治疗的反应。结果从343例STAD肿瘤组织和30例癌旁组织中共鉴定出差异表达的lncRNAs 1583个。通过筛选得到有生存和独立预后价值并且可以预测患者临床结局的风险因子lncRNAs AP000695.1,预测患者5年生存率的AUC达到0.836。lncRNAs AP000695.1的基因共表达分析发现,AP000695.1与16个参与肿瘤细胞侵袭、转移和扩散的基因有共表达关系。基于该因子的抗肿瘤药敏预测,发现低AP000695.1的患者对多种靶向抗肿瘤药物的敏感性更强。结论本研究发现一个有独立预后价值的风险因子lncRNAs AP000695.1,可用于预测STAD患者的临床结局和为个体化抗肿瘤治疗提供参考。

贲门癌中长链非编码RNA和微小RNA差异表达谱及相关性分析

目的:分析贲门癌与癌旁组织中长链非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA)的差异表达谱及二者的相关性。方法:利用基因芯片技术鉴定15例贲门癌与癌旁组织中的lncRNA及miRNA的差异表达谱,生物信息方法分析与H19相互作用的候选miRNA分子,qRT-PCR验证H19和miR-148a-3p在贲门癌中表达的相关性。结果:15例贲门癌与癌旁组织中鉴定出5倍以上差异性表达的lncRNA 182个,2倍以上差异性表达的miRNA 152个。生物信息学预测结果表明,lncRNA H19与7个miRNA表达具有相关性。qRT-PCR验证37例贲门癌与癌旁组织中H19和miR-148a-3p的表达呈负相关(r=-0.398,P<0.001)。结论:贲门癌中差异表达的lncRNA和miRNA分子参与了癌变过程,H19可能直接调控miR-148a-3p的表达。

长链非编码RNA与鼻咽癌发生发展的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),即长度大于200nt的RNA分子,被发现在转录及转录后水平参与调控基因表达,参与遗传修饰的调控,部分lncRNA在鼻咽癌的发生发展中起到一定调控作用,并可能成为鼻咽癌预后的标志物。本文就肿瘤相关lncRNA在鼻咽癌中的作用进行简单综述。

长链非编码RNA GAPLINC与恶性肿瘤的研究进展

胃腺癌预测长基因间非编码RNA(GAPLINC)是一种新型的长链非编码RNA,于人胃癌组织中发现。近年研究发现,GAPLINC在胃癌、结直肠癌、肝癌等多种肿瘤中表达上调,扮演原癌基因的角色,与肿瘤发生发展及不良预后密切相关,有望成为肿瘤诊断、治疗以及预后预测的靶点。本文对GAPLINC在肿瘤中的作用及相关机制的研究进展作一综述。

lncRNA CRNDE通过调控miR-451对乳头状甲状腺癌细胞恶性行为的影响

目的探讨长链非编码RNA结直肠肿瘤差异表达基因(lncRNA CRNDE)对乳头状甲状腺癌(PTC)恶性进展中的生物学功能及其潜在调节机制。方法收集2019年7月至2021年1月在江苏大学附属人民医院行甲状腺切除手术的30例PTC患者的癌和癌旁组织标本,另外选择人甲状腺癌细胞系(TPC-1和BCPAP)和人甲状腺正常细胞(Nthy-ori 3-1)作为靶细胞。实时定量聚合酶链反应(qPCR)检测PTC癌和癌旁组织及细胞系中lncRNA CRNDE和微小RNA(miR)-451的表达。将TPC-1和BCPAP细胞随机分为对照(Ctrl)组,lncRNA CRNDE过表达(lncRNA CRNDE-OE)组和lncRNA CRNDE敲除(lncRNA CRNDE-siRNA)组。CCK-8法检测细胞增殖活性;Transwell法检测细胞侵袭和迁移;流式细胞术检测细胞凋亡;Western blot检测N-钙黏蛋白(N-cadherin),波形蛋白(Vimentin)和E-钙黏蛋白(E-cadherin)蛋白表达;荧光素酶报告实验分析lncRNA CRNDE与miR-451基因的靶向关系。结果与癌旁组织相比,癌组织中lncRNA CRNDE表达增多,miR-451表达降低(P<0.001);与Nthy-ori 3-1细胞相比,TPC-1和BCPCP细胞中lncRNA CRNDE表达上调,miR-451表达下调(P<0.001)。与Ctrl组相比,lncRNA CRNDE-OE组BCPAP和TPC-1细胞存活率,侵袭率和迁移率均升高,细胞凋亡率降低,E-cadherin蛋白表达减少,N-cadherin和Vimentin蛋白表达升高,miR-451表达降低(P<0.01);而lncRNA CRNDE-siRNA组细胞存活率,侵袭率和迁移率均降低,细胞凋亡率升高,E-cadherin蛋白表达增多,N-cadherin和Vimentin蛋白表达降低(P<0.01);双荧光素酶报告实验显示,lncRNA CRNDE与miR-451具有明显的靶向关系。结论PTC癌组织中lncRNA CRNDE高表达,可能通过靶向抑制miR-451表达促进PTC细胞增殖、迁移、侵袭和上皮-间充质转化发生,并抑制细胞凋亡。

敲低核仁小RNA宿主基因6(SNHG6)抑制舌癌细胞的增殖及上皮间质转化

目的探究长链非编码RNA核仁小RNA宿主基因6 (SNHG6)在舌鳞状细胞癌组织、Tca1183舌癌细胞中的表达及对舌癌细胞生物学特性的影响。方法使用实时定量PCR检测舌鳞状细胞癌组织与正常组织、Tca1183舌癌细胞与正常舌上皮细胞中SNHG6的mRNA水平,分析舌癌临床病理指标与SNHG6表达的相关性。构建SNHG6干扰质粒并转染至Tca1183舌癌细胞,噻唑蓝(MTT)法检测细胞活力,集落形成实验检测细胞增殖能力,流式细胞术检测舌癌细胞凋亡变化; Western blot法检测细胞上皮间质转化(EMT)相关蛋白β联蛋白(β-catenin)、上皮钙黏素(E-cadherin)、神经钙黏素(N-cadherin)和波形蛋白(vimentin)的蛋白水平。结果与正常组织和正常舌上皮细胞相比,舌癌组织以及舌癌细胞中SNHG6的mRNA水平显著升高。舌癌组织SNHG6 mRNA水平与患者年龄和性别等不相关,与组织分化差、临床分期高和淋巴结转移呈正相关。干扰SNHG6在Tca1183舌癌细胞中的表达能够抑制癌细胞增殖以及促进细胞凋亡,且可以通过促进β-catenin和E-cadherin蛋白表达以及抑制N-cadherin和vimentin蛋白表达抑制Tca1183细胞EMT。结论 SNHG6在舌癌组织中高表达,敲低舌癌细胞中SNHG6能够抑制其增殖和EMT。

HOX反义基因间RNA在唾液腺腺样囊性癌组织中的表达及对预后的影响

目的探讨HOX反义基因间RNA(HOTAIR)在唾液腺腺样囊性癌(SACC)患者组织中的表达及对预后的影响。方法选取2007年3月至2014年3月行手术切除治疗的SACC患者86例,同期留取45例正常唾液腺组织,实时荧光定量聚合酶链式反应检测HOTAIR水平,术后随访至2019年3月31日,记录患者死亡情况及生存时间,以SACC患者组织中HOTAIR相对表达量的四分位数为标准,将患者分为低表达组和高表达组,采用Kaplan-Meier法和Log-Rank检验对两组生存时间进行比较;以年龄、性别、肿瘤部位、病理学类型、肿瘤直径、TNM分期、神经侵犯和淋巴结转移为自变量,采用Cox比例风险回归模型对影响生存时间的多因素进行分析。结果SACC组织中HOTAIR相对表达量为2.48±0.22,高于正常唾液腺组织的1.03±0.13,差异有统计学意义(t=39.812,P<0.001);与TNM分期Ⅰ~Ⅱ期、未发生神经侵犯及淋巴结转移患者相比,TNM分期Ⅲ~Ⅳ期、发生神经侵犯及淋巴结转移SACC患者组织中HOTAIR相对表达量升高(P<0.05);Kaplan-Meier生存分析结果显示,低表达组患者平均生存时间和累积生存率[(113.32±10.77)个月、72.73%]均高于高表达组[(59.75±6.50)个月、39.06%](P=0.004);Cox比例风险回归模型分析结果显示,神经侵犯、淋巴结转移和HOTAIR高表达是影响SACC患者预后的独立风险因素(HR=3.274、2.971、2.911,P<0.05)。结论HOTAIR在SACC患者组织中呈高表达,与患者不良预后有关,是影响预后的风险因素,有望成为SACC患者预后评估的潜在标志物。

胃腺癌组织lncRNA HOTAIR、MEG3表达变化及其临床意义

目的探讨胃腺癌组织长链非编码RNA(lncRNA)HOX转录反义RNA(HOTAIR)、母系印记表达基因3(MEG3)表达变化及其临床意义。方法选择胃腺癌患者142例,取手术切除的胃腺癌组织及其配对的癌旁正常组织,采用RT-qPCR法检测lncRNA HOTAIR、MEG3表达。比较胃腺癌组织与癌旁正常组织lncRNAHOTAIR、MEG3表达变化,并分析胃腺癌组织lncRNA HOTAIR表达与lncRNA MEG3表达的关系以及二者与患者临床病理特征的关系。结果与癌旁正常组织比较,胃腺癌组织lncRNAHOTAIR相对表达量明显升高,lncRNAMEG3相对表达量明显降低(P均<0.05)。Pearson相关分析显示,胃腺癌组织lncRNA HOTAIR相对表达量与lncRNA MEG3相对表达量呈负相关关系(r=-0.626,P<0.01)。胃腺癌组织lncRNA HOTAIR、MEG3相对表达量均与肿瘤组织分化程度、TNM分期有关(P均<0.05),而与患者性别、年龄、肿瘤直径、肿瘤部位及淋巴结转移无关(P均>0.05)。结论胃腺癌组织lncRNAHOTAIR表达升高、lncRNAMEG3表达降低,二者均参与胃腺癌的发生、发展。

基于铜死亡相关LncRNA的肝细胞癌预后预测模型构建及验证

目的 基于铜死亡相关长链非编码RNA(LncRNA)建立肝细胞癌(HCC)预后预测模型,并进行效能验证。方法 从癌症基因图谱(TCGA)数据库获取肝细胞癌的RNA表达数据和临床数据,从文献中获取铜死亡相关基因集,相关性分析筛选铜死亡相关的LncRNA,Lasso回归和Cox回归筛选有临床预后意义的LncRNA并构建预后预测模型,通过生存分析、受试者工作特征曲线、校准曲线评估该模型的预测效能。结果 共纳入6个具有独立预后意义的LncRNA(PICSAR、AC026356.1、MKLN1-AS、AL928921.1、LINC00479、AC026412.3),并成功构建预后预测模型。分别对整个数据集、测试集、训练集按高、低风险分组进行生存分析,结果表明,在3个数据集中高风险组的总生存期均短于低风险组,整个数据集中高风险组的无进展生存期短于低风险组(P均<0.05);随着风险评分的增加,样本死亡的数量也在增加,在测试集与整个数据集中也验证了该结论。该风险模型预测1、3、5年生存率的曲线下面积分别为0.765、0.664、0.649;与TNM分期(0.667)、年龄(0.538)、性别(0.512)、分化程度(0.507)相比,风险评分模型的曲线下面积(0.765)最大。单因素和多因素Cox回归分析表明,TNM分期、风险评分是独立预后因素;绘制列线图,一致性指数为0.679(95%CI:0.652~0.705),结合校准曲线,表明预测的生存率与实际观测到的生存率基本一致。结论 根据6个铜死亡相关LncRNA成功构建了HCC患者的预后预测模型,经验证该模型预测效能较高。

基于网络间随机游走算法的lncRNA与疾病关系预测

通过构造疾病之间、lncRNA之间、基因之间的相似性网络模型,根据已有三者之间的相互关联数据,引入网络间随机游走算法预测潜在与疾病相关的lncRNA。将该算法应用到已有数据库中的lncRNA与疾病关联信息数据上,通过10倍交叉验证和AUC评估该算法。结果表明:与其他算法相比,该算法在10倍交叉验证下有更优的AUC值,显示该算法具有良好的预测性能。进一步应用该算法预测了与胃癌和结直肠癌相关的lncRNA,结果与已知的医学数据一致,表明该算法对于新疾病相关lnRNA的预测结果是有效的。

血清lncRNA HOTAIR和miR-206表达水平与急性呼吸窘迫综合征患者病情严重程度及预后的关系

目的探讨血清长链非编码RNA(lncRNA)HOX转录反义基因间RNA(HOTAIR)、miR-206表达水平与急性呼吸窘迫综合征(ARDS)患者病情严重程度及预后的关系。方法选取110例ARDS患者,依据其入院时的氧合指数[PaO_(2)/吸入氧比例(FiO_(2))]分为ARDS轻度组37例、ARDS中度组41例、ARDS重度组32例,并根据入院28 d内的临床结局将其分为生存组74例和死亡组36例。比较不同病情严重程度及不同临床结局ARDS患者的一般资料及临床资料,血清HOTAIR、miR-206表达水平,采用COX回归模型分析ARDS患者入院28 d内死亡的影响因素,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析血清HOTAIR和miR-206表达水平对ARDS患者入院28 d内死亡的预测效能,采用Pearson法对血清HOTAIR与miR-206表达水平进行相关性分析。结果ARDS轻度组、ARDS中度组、ARDS重度组患者的呼气末正压通气(PEEP)、急性生理与慢性健康评价Ⅱ(APACHEⅡ)评分及血清HOTAIR表达水平均依次升高,而血清miR-206表达水平依次降低(均P<0.05)。与生存组相比,死亡组患者的APACHEⅡ评分、PEEP及血清HOTAIR表达水平均更高,而PaO_(2)/FiO_(2)及血清miR-206表达水平均更低(均P<0.05)。COX回归分析结果显示,APACHEⅡ评分、PaO_(2)/FiO_(2)及血清HOTAIR表达水平、血清miR-206表达水平均是ARDS患者入院28 d内死亡的影响因素(均P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,血清HOTAIR表达水平、血清miR-206表达水平及两者联合预测ARDS患者入院28 d内死亡的曲线下面积分别为0.845、0.837、0.943,特异度分别为87.80%、71.60%、89.20%,敏感度分别为75.00%、83.30%、91.70%。Pearson相关性分析结果显示,ARDS患者血清HOTAIR的表达水平与血清miR-206的表达水平呈负相关(P<0.05)。结论血清HOTAIR、miR-206的表达水平与ARDS患者的病情严重程度及预后密切相关,血清HOTAIR表达水平升高及血清miR-206表达水平降低均是ARDS患者入院28 d内死亡的危险因素,且ARDS患者血清HOTAIR表达水平与血清miR-206表达水平呈负相关,二者联合检测对ARDS患者的预后具有较好的预测价值。

子宫内膜癌中关键LincRNA的筛选及与临床预后的关系

目的:筛选子宫内膜癌(EC)中差异表达的基因间长链非编码RNA(LincRNA),并探讨其与临床预后的关系。方法:从TCGA网站下载原始数据,包括RNA-Seq、拷贝数变化(CNV)和临床数据。使用基因集富集分析软件分析EC中这些LincRNA的富集程度。选择总体生存(OS)为预后指标,在TCGA数据集中的浆液性癌样品上建立双变量回归和多元Cox回归模型。结果:在521个EC样品(包括407个内膜样癌组织和114个浆液性癌组织)和35个正常组织样品中分析LincRNA的表达。与正常组织相比,肿瘤组织中LincRNA和其它LncRNA均过表达,反义LncRNA低表达(均P<0.05)。LincRNAs在浆液性癌中的表达高于内膜样癌(P<0.05)。有39个差异表达的LincRNA仅在浆液性癌中过表达,这39种LincRNA在EC和浆液性癌中富集(P<0.05)。这些LincRNA的CNV主要在浆液性癌中扩增。这39种LincRNA中,膀胱癌相关转录本1(BLACAT1)的表达差异性最大。双变量回归模型和多变量Cox模型显示这39个LincRNA都是浆液性癌的预后标志物(P<0.01)。结论:这39种差异性LincRNAs可作为浆液性EC预后预测的生物标记物。