苏姜猪背膘组织发育过程中lncRNA的差异表达谱分析

本实验旨在研究lncRNA在地方品种苏姜猪不同生长发育阶段的差异表达及其与脂肪沉积的关系。选择1、3、6、8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行转录组测序,分别筛选4个阶段差异表达lncRNA,对4个阶段共同差异表达lncRNA进行顺式和反式靶基因预测,并对其进行GO功能和KEGG通路富集分析,最后利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证转录组测序结果。本研究共鉴定出134个共同差异表达lncRNA,功能富集显示,不同阶段共同差异表达lncRNA的靶基因显著富集于基因表达、脂肪代谢、细胞核及发育过程等GO条目中;KEGG分析表明,共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集在胰岛素信号通路、MAPK信号通路、钙沉积通路、脂肪酸生物合成、PI3K-Akt信号通路和磷脂酶D信号通路等。通过qRT-PCR验证发现,定量结果和测序结果基本一致。本研究分析了苏姜猪在不同生长阶段lncRNA的表达谱差异,为进一步研究lncRNA在苏姜猪不同生长阶段脂肪发育的调节机制奠定了重要基础。

苏姜猪不同生长阶段背膘组织差异表达基因及其调控通路分析

【目的】比较苏姜猪背膘组织生长发育过程中基因表达谱的差异,挖掘影响背膘组织生长发育的关键基因。【方法】选择1、3、6和8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行高通量转录组测序,组成3个比对组(M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8)进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的筛选,并进行功能富集和表达趋势分析。【结果】转录组测序显示,M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8组分别筛选到1869、296、1257个DEGs。功能富集显示,Wnt信号通路、细胞外基质-受体相互作用等信号通路在M1 vs M3组表现活跃,PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、丁酸代谢、柠檬酸循环等信号通路在M6 vs M8组表现活跃。基因表达趋势分析显示,富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白(secreted protein,acid and rich in cysteine,SPARC)、组织蛋白酶S(recombinant cathepsin S,CTSS)、Kruppel样因子7(Kruppel-like factor 7,KLF7)等基因与细胞增殖发育相关,在3月龄时高表达;胰岛素样生长因子-1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)、信号转导与转录激活因子1(signal transducer and activator of transcription 1,STAT1)、脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FASN)等基因与细胞脂质代谢相关,在6月龄后表达显著上调。【结论】本研究获得苏姜猪4个生长时期背膘组织的基因表达谱,筛选到SPARC、CTSS、KLF 7等与细胞增殖发育相关的关键基因,IGF 1 R、STAT 1、FASN等与细胞脂质代谢相关的关键基因,为苏姜猪背膘厚的遗传改良提供了基础数据。