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丙型肝炎病毒NS4A蛋白在胰腺细胞cDNA文库中的结合蛋白基因的筛选
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作者 郭嘉祯 冯志强 +5 位作者 李贲 高萍 杨玉英 刘顺爱 成军 张锦前 《感染.炎症.修复》 2011年第4期205-208,共4页
目的:从人胰腺细胞cDNA文库中筛选出与丙型肝炎病毒(HCV)NS4A蛋白存在相关作用并且参与糖、脂类代谢过程的结合蛋白,为研究HCV影响糖、脂类代谢的分子生物学机制提供实验依据。方法:构建pGBKT7-NS4A作为诱饵质粒,转化酵母菌株AH109,用SD... 目的:从人胰腺细胞cDNA文库中筛选出与丙型肝炎病毒(HCV)NS4A蛋白存在相关作用并且参与糖、脂类代谢过程的结合蛋白,为研究HCV影响糖、脂类代谢的分子生物学机制提供实验依据。方法:构建pGBKT7-NS4A作为诱饵质粒,转化酵母菌株AH109,用SD/-Trp筛选阳性菌落。配合两种重组酵母菌株AH109与Y187(人胰腺细胞cDNA文库质粒转化),用四缺培养基及X-α-gal筛选蓝色酵母菌落,提取相应质粒,电转化感受态菌DH5α后再提取质粒,测序仪测序,结果使用PUMED进行序列比对。结果:用pGBKT7-HCVNS4A重组质粒作为诱饵,成功从人胰腺cDNA文库中筛选出5种与HCV NS4A蛋白相结合的蛋白基因,包括CDK5R1、弹性蛋白酶3A、胰脂肪酶、KRAS和胆盐刺激酯酶。结论:HCV NS4A蛋白与胰腺文库中的上述5种代谢相关蛋白存在相互作用,从而影响糖代谢过程。 展开更多
关键词 胰腺细胞cdna文库 肝炎病毒 丙型 NS4A蛋白
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丙型肝炎病毒E2结合蛋白基因在人胰腺细胞cDNA文库中的筛选
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作者 张婷 任娜 +3 位作者 田梅梅 李贲 张锦前 成军 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2010年第36期3900-3904,共5页
目的:筛选人胰腺细胞cDNA文库中与HCV包膜糖蛋白E2相互作用的结合蛋白的编码基因.方法:扩增人胰腺细胞cDNA文库进行纯化鉴定,并将文库质粒转化酵母菌株Y187.诱饵质粒pGBKT7-E2转化酵母菌株AH109,在色氨酸缺陷型培养基(SD/-Trp)上筛选阳... 目的:筛选人胰腺细胞cDNA文库中与HCV包膜糖蛋白E2相互作用的结合蛋白的编码基因.方法:扩增人胰腺细胞cDNA文库进行纯化鉴定,并将文库质粒转化酵母菌株Y187.诱饵质粒pGBKT7-E2转化酵母菌株AH109,在色氨酸缺陷型培养基(SD/-Trp)上筛选阳性菌落.应用酵母双杂交系统3将阳性重组AH109菌株与重组酵母菌株Y187进行配合,在4缺培养基(SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade)和铺有X-α-gal的4缺培养基上进行筛选,提取蓝色酵母菌落质粒,电转化大肠埃希菌DH5α后再提取质粒测序.测序结果进行序列比对.结果:成功构建人胰腺cDNA文库以及pGB-KT7-HCVE2重组质粒,筛选出8种与HCVE2蛋白相结合的蛋白基因,分别为:胰凝乳蛋白酶原B1前体、胰蛋白酶原、胆盐刺激酯酶、CDK5、羧肽酶B1、人类v-Ki-ras2、鼠Kirsten肉瘤、弹性蛋白酶3A及辅脂肪酶.结论:筛选出的与HCVE2蛋白结合的人胰腺细胞蛋白基因中,部分与2型糖尿病、肝脏脂肪变性密切相关. 展开更多
关键词 胰腺 丙型肝炎病毒 胰腺cdna文库酵母菌杂交 遗传
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人胰腺细胞cDNA文库中丙型肝炎病毒NS4B结合蛋白基因的筛选
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作者 任娜 吴璐 +5 位作者 李贲 张婷 田梅梅 张锦前 成军 李鑫 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2011年第5期465-467,共3页
目的应用酵母双杂交技术筛选人胰腺细胞cDNA文库中与HCV包膜糖蛋白NS4B相互作用的结合蛋白的编码基因。方法扩增人胰腺细胞cDNA文库进行纯化鉴定,并将文库质粒转化酵母菌株Y187。诱饵质粒pGBKT7-NS4B转化酵母菌株AH109,在色氨酸缺陷型... 目的应用酵母双杂交技术筛选人胰腺细胞cDNA文库中与HCV包膜糖蛋白NS4B相互作用的结合蛋白的编码基因。方法扩增人胰腺细胞cDNA文库进行纯化鉴定,并将文库质粒转化酵母菌株Y187。诱饵质粒pGBKT7-NS4B转化酵母菌株AH109,在色氨酸缺陷型培养基(SD/-Trp)上筛选阳性菌落。应用酵母双杂交系统3将阳性重组AH109菌株与重组酵母菌株Y187进行配合,在四缺培养基(SD/-Trp/-Leu/-H is/-Ade)和铺有X-α-gal的四缺培养基上进行筛选,提取蓝色酵母菌落质粒,电转化大肠埃希菌DH5α后再提取质粒测序。测序结果进行序列比对。结果成功构建人胰腺cDNA文库以及pGBKT7-HCV NS4B重组质粒,筛选出7种与HCV NS4B蛋白相结合的蛋白基因。结论筛选出的与HCV NS4B蛋白结合的人胰腺细胞蛋白基因中,部分与2型糖尿病、肝脏脂肪变性密切相关。 展开更多
关键词 胰腺 丙型肝炎病毒 胰腺cdna文库 酵母双杂交
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正常鲤外周血白细胞cDNA文库的构建 被引量:17
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作者 卢强 丰培金 +2 位作者 李莲瑞 付宝权 刘明远 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期585-588,共4页
Leukocytes are key cells for the specific and nonspecific immune systems, it expresses different kinds of biodefense-related peptides and proteins including specific and nonspecific antimicrobial agents, and activator... Leukocytes are key cells for the specific and nonspecific immune systems, it expresses different kinds of biodefense-related peptides and proteins including specific and nonspecific antimicrobial agents, and activators and regulators of the immune system. However,we know very little about the cellular interactions that initiate and control the adaptive immune response in fish. In order to clone and study immune-related and biodefense-related genes in carp (Cyprinus carpio L.) leucocytes, the cDNA library of carp leucocytes was constructed. First, the carp leucocytes were isolated from the peripheral blood of normal carp, total RNA of leucocytes was extracted and from 2×108 leucocytes cells, and the output was 216μg, ODA260/280>1.8, mRNA was isolated with a column of oligo (dT) cellulose. Second, single-strand cDNA and double-strand cDNA were synthesized from 5μg mRNA using Stratagene HybriZAP-2.1 XR cDNA synthesis kit, then ligated to EcoR I adapters, size fractionating with CHROMA Spin-400 column. Finally cDNA were ligated into HybriZAP-2.1 vector and packaged in vitro. The obtained carp leucocyte cDNA library contains 5.79×106 recombinants, the percentage of vectors with inserts was 99.4% and the average inserts size were between 0.4×103-3.0×103bp. After amplification, the titer of amplified library was 4.22×109pfu·mL-1. This normal carp leucocytes cDNA library gives an ideal basis for further study of carp immune system. 展开更多
关键词 外周血白细胞 cdna文库
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有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库的构建 被引量:17
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作者 卢强 丰培金 +2 位作者 李莲瑞 付宝权 刘明远 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期568-570,共3页
利用 Stratagene公司 Hybri ZAP- 2 .1建库试剂盒构建了经有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞 c DNA文库。采取健康鲤鱼外周血 ,分离白细胞 ,经 L PS、PHA和 Con A分组作用不同时间后 ,分别提取总 RNA,将各组样品混合后 ,以 Oligo(d T)... 利用 Stratagene公司 Hybri ZAP- 2 .1建库试剂盒构建了经有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞 c DNA文库。采取健康鲤鱼外周血 ,分离白细胞 ,经 L PS、PHA和 Con A分组作用不同时间后 ,分别提取总 RNA,将各组样品混合后 ,以 Oligo(d T)纤维素柱分离纯化 m RNA,经逆转录合成 c DNA的第 1链和第 2链 ,与 Eco R 接头连接 ,酶切后 ,用CHROMA SPIN- 4 0 0柱离心层析纯化 ,与 Hybri ZAP- 2 .1载体连接 ,体外包装后转染 E.coli XL I- Blue宿主菌 ,进行滴度测试和文库扩增。结果构建的经有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞 c DNA文库原始库容量为 1.6 7× 10 6 pfu,插入片段长度在 0 .4× 10 3~ 3.0× 10 3bp,重组率为 98.9% ,扩增后的文库滴度为 6 .16× 10 9pfu/m L ,该文库符合 c DNA文库构建的标准 。 展开更多
关键词 有丝分裂原 鲤鱼 外周血白细胞 cdna文库
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厚壳贻贝(Mytilus coruscus)血细胞cDNA文库的构建及部分EST序列分析 被引量:10
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作者 王日昕 廖智 +3 位作者 刘梅 鲁涛 武梅 何光源 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期603-607,共5页
采用TRIZOLReagent提取厚壳贻贝血细胞总RNA,分离纯化mRNA,在此基础上以pCMV sport6质粒为载体通过Gateway技术构建了高质量的厚壳贻贝血细胞cDNA文库,以期获得厚壳贻贝血细胞的EST序列标签以及可能的免疫相关功能基因序列。从文库中随... 采用TRIZOLReagent提取厚壳贻贝血细胞总RNA,分离纯化mRNA,在此基础上以pCMV sport6质粒为载体通过Gateway技术构建了高质量的厚壳贻贝血细胞cDNA文库,以期获得厚壳贻贝血细胞的EST序列标签以及可能的免疫相关功能基因序列。从文库中随机挑选28个克隆进行序列测定及在线BLAST分析。结果表明,在28个随机克隆中,有4个克隆为rRNA基因,7个克隆为未知基因,推测是新基因,17个克隆为功能基因,包括脱氢酶,细胞色素氧化酶,热休克蛋白,金属结合蛋白,肌动蛋白等。以上研究结果为筛选厚壳贻贝免疫相关的新基因,深入研究厚壳贻贝免疫相关因子的分子多样性及免疫机制奠定了基础。 展开更多
关键词 厚壳贻贝 细胞 免疫因子 cdna文库 EST
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人胚鼻咽上皮细胞cDNA文库的构建及鼻咽癌相关基因的筛选 被引量:8
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作者 张必成 曹利 +4 位作者 钱骏 余鹰 李伟芳 向娟娟 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期302-306,共5页
为了进一步分离人鼻咽组织特异性表达基因和鼻咽癌特异相关基因 ,采用SMART (switchingmechanismat 5′endofRNAtranscript)技术 ,构建了人胚鼻咽上皮cDNA文库 .从原代培养的人胚鼻咽上皮分离总RNA并纯化mRNA ,利用经修饰的oligo (dT)引... 为了进一步分离人鼻咽组织特异性表达基因和鼻咽癌特异相关基因 ,采用SMART (switchingmechanismat 5′endofRNAtranscript)技术 ,构建了人胚鼻咽上皮cDNA文库 .从原代培养的人胚鼻咽上皮分离总RNA并纯化mRNA ,利用经修饰的oligo (dT)引物 (含sfiⅠB酶切位点 )合成cDNA第一链 ,同时根据真核生物mRNA5′端帽子结构特点 ,利用SMART核苷酸 (含sfiⅠA酶切位点 )作为cDNA第一链在mRNA 5′端延伸出去的模板 ,进而以此序列为引物利用LD PCR (long distance PCR)合成双链cDNA ,双链cDNA经sfiⅠ (ⅠA和ⅠB)酶切和过柱分级分离后 ,克隆入经sfiⅠ酶切的λTrip1EX2载体后经体外包装而成cDNA文库 .结果表明 ,原始人胚鼻咽上皮cDNA文库获得 1 0× 10 6个重组子 ,重组率达 96 % .文库扩增后 ,滴度达 7 8× 10 9pfu ml,插入cDNA平均长度为 1 2kb ,用PCR从该文库扩增出本实验室新克隆的鼻咽癌相关基因NAG4的全长cDNA .构建的人胚鼻咽上皮cDNA文库具有良好的质量 ,该cDNA文库为进一步筛选。 展开更多
关键词 鼻咽上皮细胞 cdna文库 鼻咽癌 筛选 胚胎 基因克隆 NAG4
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副溶血弧菌感染的九孔鲍血细胞均一化全长cDNA文库的构建 被引量:14
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作者 王淑红 邹志华 +2 位作者 张子平 施永春 王艺磊 《台湾海峡》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期278-285,共8页
采用Trizol试剂提取副溶血弧菌感染的九孔鲍血细胞的总RNA,经Oligotex纯化得到mRNA.根据SMART技术原理合成双链cDNA.双链cDNA采用双链特异核酸酶进行cDNA的均一化,构建成九孔鲍血细胞的均一化全长cDNA文库.原始文库的库容为3.4×106... 采用Trizol试剂提取副溶血弧菌感染的九孔鲍血细胞的总RNA,经Oligotex纯化得到mRNA.根据SMART技术原理合成双链cDNA.双链cDNA采用双链特异核酸酶进行cDNA的均一化,构建成九孔鲍血细胞的均一化全长cDNA文库.原始文库的库容为3.4×106cfu/cm3,重组率为92.3%,扩增后文库的滴度为2.6×1011cfu/cm3以上.从文库中随机挑取897个克隆,测序获得高质量ES-Ts814条,其中有23条Contigs;762条Singlets,Unigenes共785条,冗余率只有3.56%.以上结果说明所构建的文库质量好,完全可以满足后续基因克隆和表达序列标签测序工作的需要. 展开更多
关键词 cdna文库 均一化 九孔鲍 副溶血弧菌 细胞
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海南坡鹿外周血白细胞cDNA文库的构建 被引量:14
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作者 申明霞 刘涛 +9 位作者 杜丽 王凤阳 成鹰 许世英 吴科榜 李治深 符运南 林贤梅 满初日嘎 祁超 《生物技术》 CAS CSCD 2008年第2期5-8,共4页
目的:构建海南坡鹿外周血白细胞cDNA文库。方法:采用RNAiso Reagent(TAKARA)处理新鲜血液,以总RNA抽提试剂盒(上海华舜)制备总RNA。利用SMART(Switching Mechanismat5’end of RNA Transcript)技术,用PowerscriptTM反转录酶逆转录合成... 目的:构建海南坡鹿外周血白细胞cDNA文库。方法:采用RNAiso Reagent(TAKARA)处理新鲜血液,以总RNA抽提试剂盒(上海华舜)制备总RNA。利用SMART(Switching Mechanismat5’end of RNA Transcript)技术,用PowerscriptTM反转录酶逆转录合成第一链cDNA,LD-PCR扩增获得cDNA双链,SfiⅠ酶切和CHROMA SPIN-400TM柱分级分离后,500bp以上的片段与pDNR-LIB载体连接,电转化入E.coliDH5α,建成原始文库。然后扩增文库并随机挑取单菌落,酶切鉴定重组子插入片段大小。结果:经鉴定,库容量达到1.9×106克隆,原始文库滴度为1.59×1010cfu/mL,重组率接近100%,扩增后的文库滴度为7.4×1012cfu/mL。插入片段大小分布为0.5~2.0kb,平均长度约为1.0kb。结论:所构建文库的各项指标均达到要求,为筛选海南坡鹿已知和未知功能基因提供了材料来源,且为进一步研究基因的结构和功能奠定了重要基础。 展开更多
关键词 海南坡鹿 外周血白细胞 cdna文库 SMART技术
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青藏高原藏族外周血淋巴细胞cDNA文库的构建和鉴定 被引量:8
10
作者 陈云天 吴建芳 +1 位作者 曹越 格日力 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期148-150,共3页
目的: 构建藏族外周血淋巴细胞全长cDNA文库并鉴定其质量.方法: 分离健康藏族人外周血液的淋巴细胞并提取总RNA, 利用SMART(switching mechanism at 5′ end of RNA transcript)技术, 构建全长cDNA文库并进行文库滴度和重组率的测定... 目的: 构建藏族外周血淋巴细胞全长cDNA文库并鉴定其质量.方法: 分离健康藏族人外周血液的淋巴细胞并提取总RNA, 利用SMART(switching mechanism at 5′ end of RNA transcript)技术, 构建全长cDNA文库并进行文库滴度和重组率的测定.扩增文库并随机挑取噬菌斑进行PCR鉴定插入片段的大小.结果: 构建的cDNA文库的滴度为1.8×109pfu/L, 重组率〉98%, 文库扩增后的滴度达8×1012pfu/L, 插入片段的长度在0.75~2.0 kb之间, 平均长度为1.35 kb.结论: 构建的藏族外周血淋巴细胞cDNA文库具有很高的质量, 为进一步筛选、克隆藏族低氧反应相关基因奠定坚实的基础. 展开更多
关键词 藏族 淋巴细胞 cdna文库
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酵母双杂交技术对人胰腺cDNA文库中HBcAg结合蛋白基因的筛选 被引量:10
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作者 张维燕 张锦前 +5 位作者 王琦 李国力 王晓春 张晨宇 杨涤 成军 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2008年第16期1746-1750,共5页
目的:应用酵母双杂交技术,筛选人胰腺cDNA文库中与HBV核心抗原结合的蛋白的基因.方法:扩增人胰腺cDNA文库并纯化鉴定,将其转化至酵母菌Y187;诱饵质粒pGBKT7-HBcAg转化酵母菌AH109并筛选鉴定.应用酵母双杂交系统3进行配合,在SD/-Trp/-Leu... 目的:应用酵母双杂交技术,筛选人胰腺cDNA文库中与HBV核心抗原结合的蛋白的基因.方法:扩增人胰腺cDNA文库并纯化鉴定,将其转化至酵母菌Y187;诱饵质粒pGBKT7-HBcAg转化酵母菌AH109并筛选鉴定.应用酵母双杂交系统3进行配合,在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade培养基和含X-gal的SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade培养基上进行双重筛选,提取阳性酵母菌落的质粒转化大肠埃希菌DH5α,提取质粒并测序,对测序结果进行生物信息学分析.结果:人胰腺cDNA文库的构建以及pGBKT7-HBcAg质粒转化AH109酵母菌株均获成功,并从人胰腺cDNA文库中筛选出9个与HBcAg蛋白相结合的蛋白基因,分别与以下已知的9种编码蛋白基因序列同源:人胰脂肪酶(PNLIP)、人胆盐刺激酯酶(CEL)、人胰凝乳蛋白C(CTRC)、人胰蛋白酶原、人羧肽酶B1(CPB1)、人线粒体全基因组、人胰弹性酶2A、人辅脂肪酶(CLPS)和人核糖体蛋白(RPL10A).结论:筛选出的与HBcAg蛋白相结合的蛋白基因主要与胰腺外分泌功能相关,HBV感染可能通过与胰腺所分泌的糖、脂类代谢相关的酶类结合,而引发代谢性疾病. 展开更多
关键词 HBCAG 胰腺cdna文库 酵母双杂交技术
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斜带石斑白细胞cDNA文库的构建 被引量:6
12
作者 殷志新 翁少萍 +1 位作者 叶巧真 何建国 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期538-541,共4页
用Tripure试剂盒提取斜带石斑白细胞总RNA ,反转录合成第一链cDNA ,进行长距离PCR ,蛋白酶K消化 ,SfiI酶切 ,通过CHROMASPIN - 4 0 0柱 ,回收大于 5 0 0bp的cDNA ,与λTripIEx2载体连接 ,体外包装后构建了斜带石斑白细胞的cDNA文库。库... 用Tripure试剂盒提取斜带石斑白细胞总RNA ,反转录合成第一链cDNA ,进行长距离PCR ,蛋白酶K消化 ,SfiI酶切 ,通过CHROMASPIN - 4 0 0柱 ,回收大于 5 0 0bp的cDNA ,与λTripIEx2载体连接 ,体外包装后构建了斜带石斑白细胞的cDNA文库。库容 1.6 5× 10 6,重组频率 82 % ,扩增后滴度 7.5× 10 9pfu·mL-1。插入片断长度 5 0 0~ 2 30 0bp ,最多的是在 75 0~ 10 0 0bp范围。 展开更多
关键词 斜带石斑 细胞 cdna文库 石斑鱼
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中国明对虾“黄海1号”血细胞和肌肉cDNA文库的构建 被引量:4
13
作者 李吉涛 李健 +3 位作者 陈萍 刘萍 何玉英 王清印 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期781-785,共5页
采用SMART(Switching mechanism at5′end of RNA transcript)技术构建了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)血细胞和肌肉组织全长cDNA文库。以中国明对虾"黄海1号"血细胞和肌肉组织为材料,Trizol法提取总RNA,磁珠法纯化m... 采用SMART(Switching mechanism at5′end of RNA transcript)技术构建了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)血细胞和肌肉组织全长cDNA文库。以中国明对虾"黄海1号"血细胞和肌肉组织为材料,Trizol法提取总RNA,磁珠法纯化mRNA后,用SMART cDNA合成试剂盒合成双链cDNA。双链cDNA经SfiⅠ酶切和CHROMA SPINTM-400过柱分级分离后,与λTriplEx2载体两臂进行连接,随后进行λ噬菌体体外包装反应,构建血细胞和肌肉全长cDNA文库。肌肉组织原始文库滴度为0.77×106pfu/mL,血细胞原始文库滴度为2.36×106pfu/mL;扩增后,肌肉组织文库滴度为3.0×109pfu/mL,血细胞文库滴度为5.6×109pfu/mL,重组率均达到98%以上。从各文库随机取出10个清晰的噬菌斑进行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测,其插入片段长度为400-2000bp,证明2个文库均具有较高的质量。 展开更多
关键词 中国明对虾 细胞 肌肉 cdna文库
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人骨肉瘤9607细胞cDNA表达文库的构建和鉴定 被引量:5
14
作者 廖博 马保安 +4 位作者 张惠中 龙华 张鹏 范清宇 陈刚 《中国临床康复》 CAS CSCD 2003年第14期2038-2039,T002,共3页
目的构建骨肉瘤9607细胞cDNA表达文库,为筛选骨肉瘤特异性抗原创造条件,最终从临床角度增加患者预后质量和开辟患者康复的新途径。方法从9607细胞中提取TotalRNA,分离mRNA,反转录合成双链cDNA,末端削平,和EcoRⅠ适配子连接,磷酸化EcoR... 目的构建骨肉瘤9607细胞cDNA表达文库,为筛选骨肉瘤特异性抗原创造条件,最终从临床角度增加患者预后质量和开辟患者康复的新途径。方法从9607细胞中提取TotalRNA,分离mRNA,反转录合成双链cDNA,末端削平,和EcoRⅠ适配子连接,磷酸化EcoRⅠ适配子5’端,Sephacryl-S400柱除去小于400bpcDNA片段,和噬菌体λgt11(载体)连接,包装蛋白体外包装后形成初级cDNA文库。取适量倍比稀释后感染E.coliY1090,测定文库克隆数、重组率,用PCR法测定cDNA插入片段大小。结果建成含1.3×106重组子的骨肉瘤9607细胞cDNA表达文库,重组率93.5%,重组子插入外源片段不小于0.5kb,平均长约1.3kb。结论达到良好文库的质量标准,适合进一步筛选目的cDNA克隆,以开辟提高患者康复的途径。 展开更多
关键词 人骨肉瘤 9607细胞 cdna表达 文库 构建 鉴定 康复
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罗非鱼免疫前后白细胞cDNA差减文库的构建及鉴定 被引量:9
15
作者 李超 陈明 +7 位作者 李莉萍 黄维义 余晓丽 黄婷 张彬 雷爱莹 陈福艳 梁万文 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期1286-1292,共7页
为筛选罗非鱼链球菌疫苗免疫前后白细胞表达变化基因及探讨鱼类白细胞免疫机理,利用抑制性差减杂交(SSH)技术,以链球菌疫苗免疫前后罗非鱼白细胞cDNA为材料,构建了罗非鱼免疫前后正、负2个cDNA差减文库,并采用地高辛(DIG)标记差减文库c... 为筛选罗非鱼链球菌疫苗免疫前后白细胞表达变化基因及探讨鱼类白细胞免疫机理,利用抑制性差减杂交(SSH)技术,以链球菌疫苗免疫前后罗非鱼白细胞cDNA为材料,构建了罗非鱼免疫前后正、负2个cDNA差减文库,并采用地高辛(DIG)标记差减文库cDNA作为探针,进行差异表达片段的筛选鉴定。结果显示:2个文库重组率均在90%以上,插入片段在300~900 bp,接头连接效率超过50%,差减效率非常高效,阳性率均超过70%。杂交筛选后正、负文库各挑选30个阳性克隆进行测序组装聚类,正、负文库各获得16和18条非冗余EST(unigene),所得序列经GenBank同源性分析,正、负文库各有10和11条unigene获得功能注释,且各有6和7条unigene没有同源性匹配,为未知新基因。 展开更多
关键词 罗非鱼 链球菌 细胞cdna 差减文库 抑制性差减杂交(SSH)技术
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从人白细胞cDNA文库筛选凋亡素相互作用蛋白 被引量:7
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作者 孙国敬 童新 +2 位作者 孟祥兵 董燕 孙志贤 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第5期695-698,共4页
来源于鸡贫血病毒的小分子蛋白 凋亡素 (apoptin)能够选择性诱导肿瘤细胞凋亡 ,为研究其选择性诱导肿瘤细胞凋亡的分子机制 ,利用酵母双杂交系统筛选从人白细胞cDNA文库筛选apoptin相互作用蛋白 ,核酸序列分析及同源性检索表明 ,其中... 来源于鸡贫血病毒的小分子蛋白 凋亡素 (apoptin)能够选择性诱导肿瘤细胞凋亡 ,为研究其选择性诱导肿瘤细胞凋亡的分子机制 ,利用酵母双杂交系统筛选从人白细胞cDNA文库筛选apoptin相互作用蛋白 ,核酸序列分析及同源性检索表明 ,其中一个与ABP2 80 (actin bindingprotein 2 80 )有高度同源性 .细胞免疫共沉淀实验结果显示 :在哺乳动物细胞水平仍能够检测到apoptin与ABP2 80片段的特异的相互作用 .分别构建缺失C端 11个氨基酸、中间 33~ 46位氨基酸和二者均缺失的apoptin的 3个突变体 ,突变体与ABP2 80相互作用研究表明 :apoptin的 33~ 46位氨基酸 (核外运信号 )对于apoptin与ABP2 80的相互作用是必需的 ,而C端核定位信号 /DNA结合序列对于apoptin与ABP2 展开更多
关键词 凋亡素 酵母双杂交 ABP280 免疫共沉淀 人白细胞 cdna文库 apoptin相互作用蛋白
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鸡胚成纤维细胞酵母双杂交cDNA文库的构建及鉴定 被引量:5
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作者 段志强 王郁杨 +4 位作者 朱艳梅 开妍 胡顺林 王晓泉 刘秀梵 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期1-5,共5页
选取对新城疫病毒(NDV)易感的鸡胚成纤维细胞(CEF),Trizol提取细胞总RNA,用SMART技术合成双链cDNA,然后利用同源重组的方法在酵母细胞内构建CEF的cDNA文库,以寻找与NDV基质(M)蛋白相互作用的宿主细胞蛋白,探讨其相互作用对NDV装... 选取对新城疫病毒(NDV)易感的鸡胚成纤维细胞(CEF),Trizol提取细胞总RNA,用SMART技术合成双链cDNA,然后利用同源重组的方法在酵母细胞内构建CEF的cDNA文库,以寻找与NDV基质(M)蛋白相互作用的宿主细胞蛋白,探讨其相互作用对NDV装配和出芽的影响。结果表明:提取的细胞总RNA的D260 nm/D280 nm为1.96,甲醛变性琼脂糖凝胶显示RNA未发生降解,质量良好。获得的文库容量为3×106cfu,插入的双链cDNA片段大小为0.3~3 kb,平均长度为1.3 kb左右,文库重组率为100%。该文库的构建为发现和研究与NDV M蛋白相互作用的宿主细胞蛋白提供有效工具。 展开更多
关键词 新城疫病毒 鸡胚成纤维细胞 酵母双杂交 cdna文库 SMART技术
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PK-15细胞酵母双杂交三框cDNA文库构建及鉴定 被引量:8
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作者 李珣 陈思宇 +1 位作者 胡传活 王晓晔 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期726-730,共5页
【目的】构建PK-15细胞酵母双杂交三框eDNA文库,为深入研究猪伪狂犬病病毒(PRV)与宿主细胞间的相互作用机制打下基础。【方法】提取PK-15细胞总RNA,采用SMART和LD-PCR合成全长的双链cDNA(dscDNA),并对其进行均一化和SfiI酶切处... 【目的】构建PK-15细胞酵母双杂交三框eDNA文库,为深入研究猪伪狂犬病病毒(PRV)与宿主细胞间的相互作用机制打下基础。【方法】提取PK-15细胞总RNA,采用SMART和LD-PCR合成全长的双链cDNA(dscDNA),并对其进行均一化和SfiI酶切处理。,处理后的dscDNA分别连接3种阅读框pGADT7-SfiI载体,将连接产物转化至大肠杆菌BH5α构建三框cDNA初级文库,取三框cDNA初级文库进行混合扩增,通过滴度测定和PCR鉴定其库容量和基因重组率,最后收集文库细菌提取文库质粒。【结果】3种读码框cDNA文库的库容量分别为3.0×10^6,2.0×10^6和2.0×10^6CFU,文库实际扩增基数〉150万CFU;一号和三号读码框的基因重组率均为100%,二号读码框的基因重组率大于93%。cDNA文库外源基因插入片段长度在500~3000bp。cDNA文库质粒浓度约1.0mg/mL,质粒收获量约3.0mg。【结论】构建的PK-15细胞酵母双杂交三框cDNA文库具有较高的重组率和库容量,符合酵母双杂交筛选要求,可用于研究PRV与PK-15细胞间的相互作用机制。 展开更多
关键词 PK-15细胞 酵母双杂交 三框cdna文库 均一化 猪伪狂犬病病毒(PRV)
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脊尾白虾血细胞全长cDNA文库的构建及EST序列分析 被引量:3
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作者 段亚飞 刘萍 +2 位作者 李吉涛 李健 陈萍 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期243-249,共7页
采用SMART技术(Switching Mechanism At5’endofRNATranscript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)1~细胞全长cDNA文库。结果表明:cDNA初级文库滴度为2.8×106pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2000bp;扩... 采用SMART技术(Switching Mechanism At5’endofRNATranscript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)1~细胞全长cDNA文库。结果表明:cDNA初级文库滴度为2.8×106pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2000bp;扩增文库滴度为4.3×109pfu/mL。随机挑取100个单克隆进行测序,得到95条平均长度为493bp的高质量EST序列,序列拼接获得70条unigenes,包括11条contigs和59条singlets。Blast同源比对发现,其中20条unigenes与数据库中已知基因同源性较高,2条为未知基因,48条未知序列。通过同源性比较筛选出多个与生长、代谢、免疫等相关的功能基因,如肌钙蛋白I、烯醇酶、抗脂多糖因子、溶菌酶等基因。结果证实,所构建的脊尾白虾血细胞全长cDNA文库质量较高,可在短期内获得大量脊尾白虾血细胞组织的功能基因表达信息。本研究旨在为脊尾白虾功能基因的发掘和分子标记的筛选提供素材。 展开更多
关键词 脊尾白虾 细胞 cdna文库 EST 序列分析
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皱纹盘鲍肝胰腺和肾脏维生素C缺乏诱导的差异表达cDNA文库的构建 被引量:3
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作者 王嘉 马洪明 +2 位作者 麦康森 张文兵 刘付志国 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期619-629,共11页
采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术研究皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai Ino.)Vc缺乏诱导的差异表达基因。实验用皱纹盘鲍成鲍初始体质量为(74.32±0.43)g,初始壳长为(84.36±0.24)mm。配制了V... 采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术研究皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai Ino.)Vc缺乏诱导的差异表达基因。实验用皱纹盘鲍成鲍初始体质量为(74.32±0.43)g,初始壳长为(84.36±0.24)mm。配制了Vc缺乏(0.0mg/kg)和高剂量添加(4967.5mg/kg)2个水平的人工饲料进行饲喂。经过170d的养殖后,分别构建肝胰腺和肾脏Vc缺乏消减cDNA文库。消减杂交效率分析显示,差异表达的基因分别被富集了大约25和25~210倍。从两个文库中随机挑选阳性克隆进行测序。在肝胰腺消减cDNA文库中获得63个片段,其中已知功能基因占54.0%,Gene ontology(GO)按照功能将其分为4类:代谢相关基因占15.9%,细胞代谢相关基因占30.2%,生物调节相关基因占4.8%,其他功能基因占3.2%。未知功能基因占46.0%。在肾脏消减cDNA文库中获得39个片段,其中已知功能基因占53.8%,GO将其分为3类:代谢相关基因占5.1%,细胞代谢相关基因占28.2%,生物调节相关基因占20.5%。未知功能基因占46.2%。其中,获得了包括细胞色素c氧化酶、葡萄糖-1脱氢酶、α-葡萄糖苷酶、β-1,3-D-葡聚糖酶、纤维素酶、藻酸盐裂解酶以及铁蛋白等在其他动物中被证明与Vc合成相关的基因,为进一步研究皱纹盘鲍Vc的合成和代谢奠定了基础。 展开更多
关键词 皱纹盘鲍 胰腺 肾脏 维生素C 抑制消减杂交 消减cdna文库
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