一种适用于质谱分析的简化胶内酶解方法

在常规方法的基础上,设计了一种适于质谱分析的简化胶内酶解方法。改进的步骤包括:(1)通过加大洗涤所用超纯水量、延长涡混时间来强化凝胶洗涤的环节;(2)加入酸化处理来提高胰蛋白酶的活性;(3)在预酶解时不加CaCl_2,减少了酶的自切作用;(4)省略了蛋白质样品脱盐、脱SDS的步骤;(5)直接吸取酶解液进行质谱分析。系统比较该简化酶解法和最新报道的一种酶解方法的质谱鉴定效果,简化法能有效减少酶解后肽段的损失,增加质谱数据库搜索的信息量,得到更可靠的蛋白质鉴定结果。

高浓度酶快速胶内酶解技术用于磷酸化蛋白质组学分析

聚丙烯酰胺凝胶电泳是一项高效的蛋白质分离技术,通过与质谱技术联用,可以鉴定成千上万的蛋白质点。但是,复杂繁琐的操作流程限制了它在蛋白质组学研究方面的广泛应用。本研究表明,高浓度的胰蛋白酶并不会影响胶内酶解后磷酸化肽段的富集,反而可以实现快速高效的蛋白酶解,据此建立了一种快捷、高效的蛋白质酶解方法。首先,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳,对50μg复杂蛋白样品进行分离,分成5个组分;然后,选择高浓度胰蛋白酶酶解30 min;最后,运用固定钛离子亲和色谱小柱离心法富集磷酸化肽段。经液相色谱-串联质谱分析,成功鉴定到约2000个磷酸化位点,而传统方法则只鉴定到不足1500个位点。实验表明,在高浓度胰蛋白酶的促进作用下,胶内酶解过程在0.5 h内即可以完成,并且得到比对照组更高的磷酸化位点的鉴定量和更低的酶解漏切率,而传统方法需要16 h。这也证实了本方法不仅可以加速酶解反应,同时还能提高蛋白酶解效率。

用于质谱鉴定蛋白质胶内酶解方法的优化

【目的】提高蛋白质胶内酶解效率,减少萃取过程中肽段的损失,增加质谱鉴定的成功率。【方法】在常规胶内酶解方法的基础上,优化脱色、酶解、萃取等步骤,包括:用铁氰化钾和硫代硫酸钠对银染胶块脱色,酶解温度提高至55℃,以40mmol/L碳酸氢铵作为酶切缓冲液,使用50%乙腈(ACN)水溶液3步萃取;并使用一步法胶内酶解探索快速胶内酶解方法。【结果】使用铁氰化钾和硫代硫酸钠可在短时间内将银染胶块完全脱色,55℃温浴可使酶切时间由20h减少为2h,以40mmol/L碳酸氢铵作为酶切缓冲液,可省去ZipTip脱盐步骤。优化后,质谱鉴定率提高30.0%(绝对值),且能明显高酶切效率,使目标肽段更高丰度地呈现出来。【结论】优化后的胶内酶解法可显著提高蛋白质胶内酶解的质谱鉴定成功率和肽段覆盖率,其中一步法胶内酶解法有效减少了胶内酶解时间和步骤,可用于高丰度蛋白质的快速质谱检测。

一种改进的凝胶分离后蛋白质溶液酶解方法

报道了改进的凝胶电泳分离后蛋白质溶液酶解方法。将凝胶分离后的蛋白转移到PVDF膜上,直接用碳酸氢铵中和从膜上的蛋白洗脱溶液至弱碱性,并在此溶液中直接进行蛋白酶解。方法避免了胶内杂质对质谱鉴定蛋白质的干扰。用标准蛋白进行了验证,并在此基础上鉴定了中国仓鼠卵巢细胞(CHO)细胞系中的16个蛋白点。与已报道的方法比较,本方法蛋白回收率提高到90%左右;与传统的胶内酶解方法比较,本方法具操作简单,实验流程较短;涉及的试剂较胶内酶解少,因此带来的杂质影响小;在蛋白转印以后还可与许多其它实验方法相结合,比如免疫印迹等优点。

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术研究人血清转铁蛋白稳定性及裂解产物

制备质谱纯人血清转铁蛋白(HTF),供分子结构分析。选用SDS-PAGE、胶外酶解、基质辅助激光解吸/电离质谱技术(MALDI-TOF)、数据库检索和比对技术鉴定铁饱和HTF、双铁HTF(HTF-2Fe3+)、单铁HTF(HTF-Fe3+)和脱铁HTF(apoHTF)的稳定性和裂解产物。以乙腈溶液作为洗脱相,发现铁饱和HTF在RP-HPLC分离纯化过程中产生裂解现象。铁饱和HTF和HTF-2Fe3+经乙腈处理后均能产生不同分子量的短肽裂解产物,指出HTF结构稳定性与络合铁离子数量有关。铁组分改善了HTF分子结构的稳定性。采用比对法,研究在乙腈作用下HTF裂解成为各种各样短肽的规律,初步阐明其裂解机理。在乙腈作用下,HTF可能通过蛋白质去折叠途径,形成不同多聚态HTF或多肽裂解产物。推测目前用于临床诊断先天性糖基化紊乱(CDG)和慢性酒精滥用(CAA)疾病低准确率的起因可能是受HTF裂解产物或多聚体的干扰。