目的探索乳腺癌/卵巢癌易感基因1相关蛋白1(breast/ovarian cancer susceptibility gene 1 associated protein 1,BAP1)对人源恶性胶质瘤发生、发展的作用与BAP1作为恶性胶质瘤临床诊断标志物的可行性。方法基于基因表达综合数据库(gene...目的探索乳腺癌/卵巢癌易感基因1相关蛋白1(breast/ovarian cancer susceptibility gene 1 associated protein 1,BAP1)对人源恶性胶质瘤发生、发展的作用与BAP1作为恶性胶质瘤临床诊断标志物的可行性。方法基于基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)的子数据集GSE4290,GSE90598,分析BAP1在正常组织及胶质瘤组织中的差异性表达情况;受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析BAP1对恶性胶质瘤的早期诊断价值;选取自主收集的非配对28例恶性胶质瘤患者的原发灶组织、5例颅脑外伤患者内减压术切除的非瘤脑组织,采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测BAP1的表达水平;利用靶向BAP1的特异性小干扰RNAs(small interfering RNAs,siRNAs)瞬时转染U251细胞系,进一步检测其干涉效率;基于流式细胞仪分析BAP1下调的U251细胞系,其细胞周期、凋亡的变化情况。结果生物信息学结果显示,BAP1在恶性胶质瘤组织中的表达水平均低于正常脑组织(GSE4290:1209±18.49 vs 1476±53.90;GSE90598:5.19±0.10 vs 5.65±0.21),差异具有统计学意义(t=5.115,2.267,均P<0.05)。ROC曲线显示,BAP1可高效区分恶性胶质瘤组织与正常脑组织(GSE4290:AUC=0.78;GSE90598:AUC=0.75,均P<0.05)。临床标本结果显示,BAP1在恶性胶质瘤原发灶组织中的表达水平显著低于非瘤脑组织(0.27±0.04 vs 1.06±0.07),差异具有统计学意义(t=10.22,P<0.001)。在U251细胞系中下调BAP1的表达,其细胞周期中S期细胞比例明显增多,由17.59%分别增至27.21%(siBAP1-1)和25.79%(siBAP1-2),差异具有统计学意义(t=6.576,6.642,均P<0.01),而细胞凋亡水平则有所下降,由10.17%分别降至2.70%(siBAP-1)和3.00%(siBAP-2),差异具有统计学意义(t=10.31,9.428,均P<0.01)。结论组蛋白H2A去泛素化酶BAP1能够通过抑制恶性胶质瘤细胞周期快速进展并促进其凋亡,进而发挥肿瘤抑癌基因的功能,可作为潜在的恶性胶质瘤临床诊断标志物。展开更多
目的 基于糖酵解基因构建风险评分模型,对经程序性细胞死亡蛋白-1(programmed cell death protein 1,PD-1)抑制剂治疗后的晚期肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的生存获益状况进行预测分析。方法 从癌症基因组图谱(the cance...目的 基于糖酵解基因构建风险评分模型,对经程序性细胞死亡蛋白-1(programmed cell death protein 1,PD-1)抑制剂治疗后的晚期肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的生存获益状况进行预测分析。方法 从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)选取369例接受PD-1抑制剂治疗的HCC患者和50例正常肝组织的临床数据和高通量测序数据,患者年龄53~72(69.23±6.61)岁;使用“limma” R包进行差异分析,筛选出肝细胞癌组织中异常表达的糖酵解相关基因,将获得的基因进行多因素COX回归分析;利用LASSO分析筛选关键预测因子,以验证以上糖酵解相关基因是否与生存获益相关;以数据库的中值风险评分作为阈值,将患者分为高风险和低风险组,构建风险模型,利用Kaplan-Meier法绘制生存曲线评估基因特征对总体生存的预测价值;构建列线图模型来预测患者生存获益情况并进行模型验证。结果 鉴定HCC中差异表达的糖酵解相关基因发现,与正常肝组织相比,前10个上调基因中S100P和SPP1在HCC组织中高表达,而PLA2G2A和APOA4在HCC组织中表达下调;在前10个下调基因中,SPP2,LECT2,SLC10A1,CYP2A6,CYP3A4,HSD17B13,CYP2A7和IYD表达显著下调,而CYP7A1表达在肿瘤组织中相对于正常肝组织明显上调;多因素分析结果发现高表达的SPP1,TMEM92和EGLN3预示着HCC患者的不良预后,而SPP2,LECT2,SLC10A1,CYP3A4,HSD17B13和IYD的高表达预测HCC患者的预后更佳(均P <0.05);利用LASSO筛选确定了与HCC糖酵解相关的6个差异表达基因(SPP2,LECT2,SLC10A1,CYP3A4,HSD17B13和IYD);风险模型显示,随着风险评分的升高,患者生存时间呈逐渐下降趋势,随访结果为死亡的患者比例逐渐升高,两组患者中6个基因的表达水平存在显著差异,表明它们与风险评分密切相关,是预后模型中的关键分子;生存曲线结果显示低危组患者总生存时间显著高于高危组患者,Log-Rankχ2=4.933,P <0.001;列线图预测模型中六种基因预测总分430分,对应生存获益概率为73.98%,经验证模型安全可靠,实用性强。结论 通过评估晚期HCC患者经PD-1抑制剂治疗后糖酵解相关基因水平以及风险评分建立了列线图预测模型,揭示糖酵解相关基因可以预测HCC患者的生存获益状况,对患者的预后有一定的指示意义。展开更多
文摘目的探索乳腺癌/卵巢癌易感基因1相关蛋白1(breast/ovarian cancer susceptibility gene 1 associated protein 1,BAP1)对人源恶性胶质瘤发生、发展的作用与BAP1作为恶性胶质瘤临床诊断标志物的可行性。方法基于基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)的子数据集GSE4290,GSE90598,分析BAP1在正常组织及胶质瘤组织中的差异性表达情况;受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析BAP1对恶性胶质瘤的早期诊断价值;选取自主收集的非配对28例恶性胶质瘤患者的原发灶组织、5例颅脑外伤患者内减压术切除的非瘤脑组织,采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测BAP1的表达水平;利用靶向BAP1的特异性小干扰RNAs(small interfering RNAs,siRNAs)瞬时转染U251细胞系,进一步检测其干涉效率;基于流式细胞仪分析BAP1下调的U251细胞系,其细胞周期、凋亡的变化情况。结果生物信息学结果显示,BAP1在恶性胶质瘤组织中的表达水平均低于正常脑组织(GSE4290:1209±18.49 vs 1476±53.90;GSE90598:5.19±0.10 vs 5.65±0.21),差异具有统计学意义(t=5.115,2.267,均P<0.05)。ROC曲线显示,BAP1可高效区分恶性胶质瘤组织与正常脑组织(GSE4290:AUC=0.78;GSE90598:AUC=0.75,均P<0.05)。临床标本结果显示,BAP1在恶性胶质瘤原发灶组织中的表达水平显著低于非瘤脑组织(0.27±0.04 vs 1.06±0.07),差异具有统计学意义(t=10.22,P<0.001)。在U251细胞系中下调BAP1的表达,其细胞周期中S期细胞比例明显增多,由17.59%分别增至27.21%(siBAP1-1)和25.79%(siBAP1-2),差异具有统计学意义(t=6.576,6.642,均P<0.01),而细胞凋亡水平则有所下降,由10.17%分别降至2.70%(siBAP-1)和3.00%(siBAP-2),差异具有统计学意义(t=10.31,9.428,均P<0.01)。结论组蛋白H2A去泛素化酶BAP1能够通过抑制恶性胶质瘤细胞周期快速进展并促进其凋亡,进而发挥肿瘤抑癌基因的功能,可作为潜在的恶性胶质瘤临床诊断标志物。