胸腺嘧啶二醇脱氧核苷单分子糖苷键断裂的理论研究

采用理论计算方法对c is-(5S,6R)胸腺嘧啶二醇脱氧核苷(dTg)单分子糖苷键断裂的热力学和动力学性质进行了研究.在气相中,所有稳定点的几何构型都采用B3LYP/6-31+G(d,p)方法进行全优化,并利用导电极化连续模型对气相优化构型进行单点计算确定水的溶剂效应,作者主要考虑了直接断裂和抽氢断裂两条路径.计算结果表明:两条反应机理均涉及较高的活化能,从而说明单分子分解并不能促进糖苷键的断裂,该研究为生物体内这一重要反应提供了更多有用的信息.

5R,6S-Tg立体异构体稳定构型的理论研究

胸腺嘧啶二醇(Thymine glycol,Tg)是最常见的DNA氧化损伤,人体基因组内含有数千个Tg损伤.Tg对DNA聚合酶有强的阻断,可能导致细胞死亡、癌症等严重后果.一旦生成,Tg就以两对顺反立体异构体混合物的形式存在,修复酶对Tg的修复表现出立体选择性.在所有的异构体中,5R,6S-Tg数量最多.NMR实验表明5R,6S-Tg 5-CH_(3)可能存在轴向或赤道两种不同构象,但是5R,6S-Tg最稳定构象依然存在争论.基于碱基水平的理论研究表明5R,6S-Tg 5-CH_(3)取向为轴向时最稳定.然而,本研究在核苷水平的计算表明,5-CH_(3)取向为赤道时最稳定,高精度的簇耦合理论CCSD(T)/6-311++G(d,p)对结果进行了验证.进一步的分析表明,分子内氢键和氧孤电子对之间的π-π共轭协同作用稳定了5R,6S-Tg的赤道构象.

三种新的活性氧相关DNA修饰碱基的分离鉴定

本文报道了三种新的活性氧相关DNA修饰碱基。DNA样品经Fenton反应处理后酸解、衍生 ,然后行毛细管柱气相色谱 (CGC) /质谱 (MS)分析 ,结果表明DNA中各成分成功分离 ,质谱数据库检索及标准品对照证实 ,有三个峰分别代表新的修饰碱基 5 羟基胞嘧啶、胸腺嘧啶二醇和 8 羟基腺嘌呤。上述三种DNA修饰碱基可通过CGC/MS分离鉴定 。