泡桐丛枝植原体河北平山和江西吉安株系胸苷酸激酶基因多态性分析

设计引物并PCR扩增河北平山株系PaWBPs和江西吉安株系PaWBJan的tmk基因,直接和克隆测定tmk序列,利用DNAMAN,MEGA等软件进行序列多样性、序列变异、蛋白功能域、系统进化等比较分析。结果表明:从PaWBPs和PaWBJan中克隆测序的93条和41条tmk-a中,分别有52和24种不同的序列,tmk-a ORF可被划分为2类,tmk-a-1为639 bp,tmk-a-2为627 bp,PaWBPs株系tmk-a-1与tmk-a-2序列条数的比值约为2.5,而PaWBJan株系为3.3;PaWBPs有5个相同的tmk-a-1序列与PaWBJan的一个tmk-a-1序列及枣疯植原体tmk-Y序列完全一致。因多位点突变,PaWBPs含假基因比例达48.1%,PaWBJan的为41.7%;tmk-b基因为单一序列,两株系的tmkb核酸序列相似性为99.8%,编码蛋白仅有一个氨基酸差异。TMK-a和TMK-b中都具有胸苷酸激酶的3个保守功能域。系统进化分析显示,泡桐丛枝植原体的2个株系的所有tmk-a序列都与枣疯植原体tmk-X和tmk-Y等聚为一个进化枝Ⅰ中;而tmk-b与小麦蓝矮tmk-2等聚为另一进化枝Ⅲ,基于tmk-b序列和基于16S rDNA序列构建的系统进化树一致,tmk-b有助于植原体16Sr组水平的分类,而tmk-a可用于植原体株系变异和遗传多样性分析。