基于脂肪酸生物标记与16S rRNA的芽胞杆菌系统发育分析比较

旨在探究脂肪酸作为一种有效的芽胞杆菌分类标记,以25种芽胞杆菌模式菌株为研究对象,对芽胞杆菌进行脂肪酸组分和16S rRNA基因系统进化分析比较。结果表明,脂肪酸系统发育分析能充分体现芽胞杆菌种类间的亲缘关系,并且按生物学特性进行聚类分群,而16S rRNA系统发育仅完美体现出种间的亲缘关系。利用脂肪酸分析可将25种芽胞杆菌完全准确分开,且将生物学特性相同的芽胞杆菌种类聚为一类,如碱性条件下生长良好的4种芽胞杆菌(B.agaradhaerens、B.alacalphilus、B.alkalitelluris和B.fastidiosus)聚为一类,芽胞杆菌为圆形的芽胞杆菌(B.fusiformis、B.odysseyi和B.sphaericus)聚为一类。结果表明,脂肪酸分析不仅根据亲缘关系进行聚类,还可以根据生物学特性对芽胞杆菌进行分类。

土壤甲胺磷抗性细菌种群特征脂肪酸生物标记的分析

应用高浓度甲胺磷培养基,对农药厂排污口土壤微生物进行分离,鉴定出21株细菌,分属13个细菌属.对甲胺磷抗性细菌脂肪酸的分析,共测定到38个脂肪酸生物标记(PLFA),这些生物标记分为4种类型,即1)高频次分布的生物标记,普遍存在于细菌类群,属于细菌总体类群(Bacteriaingeneral)的生物标记;2)中频次分布的生物标记,在细菌种出现概率中等,可以用于代表细菌属类群(Bacteriumgenus)识别生物标记;3)低频次分布的生物标记,在细菌中的分布概率较小,可以用于指示特定细菌种间差异的生物标记;4)微频次分布的生物标记,这种生物标记仅在一种细菌种类出现,是细菌种特征生物标记.利用脂肪酸生物标记分析同属细菌不同种的差异,可将假单胞杆菌属分为2类,第1类包括了铜绿假单胞菌、荧光假单胞菌、丁香假单胞菌,其特征为17:0CYCLO生物标记含量小于3.60%;第2类包含了伞菌假单胞菌、威隆假单胞菌、恶臭假单胞菌、温哥华假单胞菌,其特征为17:0CYCLO生物标记含量大于5.99%.利用脂肪酸生物标记的差异对甲胺磷抗性细菌种的聚类分析,能有效地将细菌类群分为3类,微生物群落中存在着稳定的生物标记和受环境影响的生物标记,论文提供了一种脂肪酸生物标记的分析方法,结合细菌的生物学特性研究,可以解释微生物在环境中的变化,对于土壤微生物群落的研究具有重要意义.

水葫芦内生细菌脂肪酸生物标记特性研究

应用基于微生物细胞脂肪酸成分鉴定的全自动微生物鉴定系统,鉴定水葫芦内生细菌25株,分属15个属.共检测到27个脂肪酸生物标记(PLFAs),这些生物标记分为4种类型,即(1)高频次分布:在25株细菌中出现13～22次,属于细菌总体类群(general)的生物标记.(2)中频次分布:在25株细菌中出现5～7次,可以用于代表细菌属类群(genus)识别生物标记.(3)低频次分布:在细菌中的分布概率较小,可以用于指示特定细菌种间差异的生物标记.(4)微频次分布:仅在一种细菌种类出现,是细菌种(species)特征生物标记.利用脂肪酸生物标记分析同属细菌不同种的差异,可将微杆菌属分为2类,第1类包括菌株9Microbacterium barkeri和11Microbacterium imperiale,这两个菌株17:0ISO和14:0ISO的脂肪酸生物标记含量均为0.第2类包括10Microbacterium esteraromaticum、12Microbacterium lacticum和13Microbacterium liquefaciens,这3个菌株均含有17:0ISO脂肪酸生物标记而区别于第一类菌株.利用脂肪酸生物标记的差异对25株内生细菌进行聚类分析,可将水葫芦内生细菌类群分为4类.不同植物内生菌群落中存在着特异的生物标记,利用特征脂肪酸生物标记的分析方法,分析水葫芦内生细菌的群体特性,对于植物内生菌微生物群落的研究具有重要意义.

基于脂肪酸生物标记法探讨中国沿海六群体绒螯蟹(Eriocheir sensu stricto)的种群遗传

水产动物肌肉中的脂肪酸组成可用于评价其种群遗传。本研究通过测定和比较辽河(LH)、黄河(HH)、长江(YZ)、瓯江(OJ)、闽江(MJ)和南流江(NLJ)水系野生绒螯蟹(Eriocheir sensu stricto)肌肉中的脂肪酸组成,进一步分析了6群体间的遗传多样性和亲缘关系。结果显示:(1)在6水系群体中检测出26种脂肪酸,其中C20:5n3、C18:1n9、C22:6n3、C16:0、C20:4n6、C18:2n6和C18:0为主要种类,其总和占总脂肪酸的74%以上;(2)逐步判别分析法筛选出8种判别贡献较大的脂肪酸,分别是C17:0、C18:0、C20:0、C22:1n9、C18:3n3、C18:3n6、C20:2n6和C22:5n3,据此分别建立判别方程,综合判别准确率为98.33%;(3)聚类分析显示:OJ与MJ群体的欧氏距离最小, HH与YZ群体的欧氏距离比OJ与MJ群体的要大,NLJ群体与其他5个群体的欧氏距离相对最大;(4)6群体间脂肪酸含量的变异系数在2.99%—30.00%之间,遗传多样性指数变化幅度在3.2732—3.3204之间。综上,基于脂肪酸生物标记法表明6水系绒螯蟹群体遗传多样性指数均较高,脂肪酸可以有效鉴别6水系野生绒螯蟹种群,整体上南流江群体和其余5群体间相距最远;本研究结果可为绒螯蟹种质资源评价和开发利用等提供基础资料。

芭蕉属植物内生细菌磷脂脂肪酸(PLFA)生物标记特性研究

【目的】分离、鉴定芭蕉属植物内生细菌,了解内生细菌的种群结构及其脂肪酸生物标记特性。【方法】采用平板分离纯化芭蕉、威廉斯蕉和野生蕉植株内生细菌,利用细菌脂肪酸鉴定技术进行鉴定。【结果】共获得内生细菌11属14种,野生蕉植株分离得到9种,威廉斯蕉植株7种,芭蕉植株3种。共检测到35个磷脂脂肪酸生物标记,这些生物标记分为4种类型,即(1)高频次分布:在14株细菌中出现10—14次,属于细菌总体类群(general)的生物标记。(2)中频次分布:在14株细菌中出现4—6次,可以用于代表细菌属类群(genus)识别生物标记。(3)低频次分布:在14株细菌中出现2—3次,可以用于指示特定细菌种间差异的生物标记。(4)微频次分布:仅在一种细菌种类出现,是细菌种(species)特征生物标记。利用磷脂脂肪酸生物标记分析内生细菌群落结构,可将14种细菌分为3类;运用多样性、丰富度、均匀度及优势度指数等生态学概念,分析了磷脂脂肪酸生物标记总量与各生态学参数之间的关系,结果表明,磷脂脂肪酸生物标记16:0、18:1W7C、14:0、12:0、18:0、17:0CYCLO的丰富度皆相对较高;磷脂脂肪酸生物标记的Response值总和较高,均匀度(J)较低,其Simpson优势度指数(D)、Shannon-Wiener(H1)、Brillouin(H2)、Mcintosh(H3)多样性指数也相对较高。【结论】芭蕉属植物内生细菌及其磷脂脂肪酸生物标记存在多样性。

苹果园不同间作模式对土壤理化性质及微生物群落的PLFA分析

【目的】探讨苹果园不同间作模式对土壤养分、土壤微生物群落结构的影响,及对果园生态系统的改善作用。【方法】在苹果果实的不同生长时期即幼果期和果实膨大期,分别对清耕、自然生草和罗勒三种种植模式下的土壤养分含量进行测定,同时利用磷脂脂肪酸生物标记技术(PLFAbiomarker)对土壤微生物群落进行测定与分析。【结果】果园行间自然生草与罗勒可有效降低土壤pH,提高土壤有机质含量、土壤水分含量、全氮含量、碳氮比、速效磷含量和速效钾含量以及微生物生物量,罗勒相较于自然生草的效果更显著。主成分分析(PCA)表明,在果实的不同生长时期,不同间作物聚集的微生物有显著差异,冗余分析(RDA)表明,pH、土壤有机质、碳氮比是影响微生物群落结构的主要环境因子。【结论】果园间作明显提升土壤养分含量,提高土壤微生物生物量,改良群落的结构和组成。