脉冲场凝胶电泳结合PCR技术在霍乱弧菌研究中的应用

脉冲场凝胶电泳(PFGE,Pulse Field Gel Electrophoresis)结合PCR(Polymerase Chain Reaction)技术在病原微生物检测中得到越来越广泛的应用,并且逐步成为“金标准”。霍乱弧菌是人类霍乱的病原体,可存在于水产品中,其引发的食源性霍乱暴发已是全球公共卫生问题之一,通过采用脉冲场凝胶电泳结合PCR技术,将为霍乱弧菌导致的疫情防控提供更加准确可靠的手段。为了对PFGE结合PCR技术在霍乱弧菌检测领域的应用提供参考,文章对PFGE结合PCR技术在霍乱弧菌的分子鉴定、分子分型和耐药性研究等方面进行了总结,并对其在霍乱弧菌株间竞争作用的新研究方向进行展望。

脉冲场凝胶电泳在肠炎沙门菌食源性疾病溯源中的应用

目的对2006年广州地区食源性疾病中分离的肠炎沙门菌进行分子分型,探讨广州地区肠炎沙门菌的分子型别和多态性,为食源性疾病溯源及致病菌数据库的建立提供依据。方法采用限制性内切酶XbaI,对2006年分离到的菌株进行PFGE分子分型,使用BioNumericsVersion4.0软件(使用Dice系数和UPGMA法)对菌株进行聚类分析,并与深圳市的肠炎沙门菌PFGE型别进行比较。结果所有74株肠炎沙门菌均得到一致的PFGE克隆型,表明两次不同的食源性疾病均由同一PFGE型引起。广州与深圳的肠炎沙门菌PFGE图谱的比较表明,两地食源性疾病分离株具有很近的亲缘关系。结论PFGE分子分型与流行病学资料紧密结合可增强对肠炎沙门菌食源性疾病的溯源和预警。

广东省伤寒沙门菌株的脉冲场凝胶电泳分型研究

目的运用脉冲场凝胶(PFGE)电泳研究广东省伤寒沙门菌的分子流行病学。方法用PFGE对菌株进行分子分型,所得结果用Bionumerisc V4．0软件进行聚类分析。结果来自广东省6个地区的51株伤寒沙门菌,根据电泳图谱分析,可分为45个PFGE型别,菌株间的相似值在38．27％～100．00％,6个地区间没有同源的菌株,同一个地区不同年份也没有同源的菌株,而同一地区同一年份可出现同源的菌株。结论PFGE是一种敏感的研究伤寒沙门菌分子流行病学的基因分型方法。

脉冲场凝胶电泳分子分型追溯霍乱传染源研究

目的了解湖南省2005年霍乱疫情分离菌株与常规监测的外环境和水产品中霍乱弧菌分离株之间的遗传相关性,追溯传染源,为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法采用PCR检测霍乱菌毒力基因,以脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行菌株的分子分型。结果所有菌株均具有CT基因,20株菌的PFGE为1个型。结论20株霍乱弧菌均是产毒株,具有致病性;湖南省从甲鱼中分离的O139群霍乱弧菌与同期流行的O139群霍乱弧菌分型的带型一致,分子流行病学分析提示甲鱼可能是湖南省近年霍乱疫情主要传染来源之一。

脉冲场凝胶电泳技术对一起痢疾暴发的分型研究

目的运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对痢疾暴发进行分析。方法对辽宁省某市暴发痢疾进行血清学鉴定后,进行PFGE分析,观察引起暴发的菌型是否为同一个分子分型。结果7株暴发菌株的PFGE型别相同。结论此次痢疾的暴发流行为同一菌株引起,PFGE可以作为暴发流行中对细菌进行鉴定的分析技术。

奇异变形杆菌的脉冲场凝胶电泳分型研究

[目的]了解2006年度深圳市南山区疑似食物中毒分离的奇异变形杆菌菌株的脉冲场凝胶电泳(PFGE)基因型,探讨奇异变形杆菌的分布、流行及变异情况。[方法]奇异变形杆菌单个菌落增菌后定量,制备琼脂糖菌体包埋胶块,蛋白酶K等消化处理,限制性内切酶SfiI酶切,制备琼脂糖凝胶,脉冲场凝胶电泳获取菌株指纹图谱,图谱条带进行分子量标化,用统计软件进行聚类分析。[结果]以80﹪相似度为标准,39株奇异变形杆菌被分成24个不同的PFGE基因型.同起疑似食物中毒菌株基因型相似度高,不同起疑似食物中毒菌株基因型有交叉但存在较大差异。[结论]PFGE基因分型技术在确定菌株之间的分子流行病学关系方面是一种有效、稳定的方法,疑似食物中毒样品中分离到的奇异变形杆菌PFGE基因型别呈现多样性,同起食物中毒部分菌株存在着不同程度的亲缘关系,不同起间存在差异。

乳酸杆菌脉冲场凝胶电泳分子分型的条件优化

目的:通过将脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法应用于乳酸杆菌分型研究,以建立乳酸杆菌PFGE分型的最优方法。方法:针对不同内切酶、酶切浓度、酶切时间、脉冲时间等影响PFGE分型结果的重要因素进行优化,使用优化后的条件对乳酸杆菌22株标准菌株进行分型研究。结果:在乳酸杆菌的PFGE分型研究中,选择AscI为内切酶、酶切浓度为30U/150μL、酶切时间为4.5h、脉冲时间为1～15s为PFGE电泳的最优条件,在所分析的22株乳酸杆菌标准菌株中,5种乳酸杆菌的PFGE图谱各不相同,但种内不同株电泳图谱的区别并不稳定。结论:PFGE方法可用于乳酸杆菌的基因分型研究。

用脉冲场凝胶电泳方法对O139霍乱弧菌分型的研究

目的:利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术探讨O139群霍乱弧菌的分子分型方法。方法:用SfiⅠ酶和NotⅠ酶切O139群霍乱弧菌染色体DNA,经脉冲场凝胶电泳进行片段分离。结果:14株O139群霍乱弧菌经SfiⅠ酶切后电泳分离可得一个PFGE型,用NotⅠ酶切电泳可分为2个PFGE型。结论:脉冲场凝胶电泳技术分析O139群霍乱弧菌,分型发现微小差别有助于分析追踪疫情和来源。

食品中单增李斯特菌的血清分型及脉冲场凝胶电泳分型

对进口食品和国内食品中的单增李斯特菌进行血清学分型和分子分型研究,探讨不同来源菌株之间的遗传相关性及不同分型方法之间的联系。对分离的单增李斯特菌进行血清学分型和脉冲场凝胶电泳分型。69株单增李斯特菌分为4种血清型,主要血清型为1/2a(3a)型,脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分型分为55种带型,主要型别为GX6A12.CN0018。食品中的单增李斯特菌分子型别呈现多态性,进口食品分离株和国内食品分离株之间无相关性。

脉冲场凝胶电泳技术对一起变形杆菌引起的食物中毒的分型研究

目的:运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对变形杆菌进行分析。方法:对本地区一起由奇异变形杆菌引起的食物中毒进行常规鉴定后,对分离到的菌株进行PFGE分析,观察引起食物中毒的菌型是否为同一菌株引起。结果:此次食物中毒共分离到6株奇异变形杆菌,其中4株肛拭子中分离,2株剩余食品中分离,除一株从肛拭子分离的外,其余5株的PFGE型别相同。结论:此次食物中毒的爆发为同一株奇异变形杆菌引起,PFGE可以作为食物中毒中对细菌进行鉴定的分析技术。

一起流脑爆发菌株脉冲场凝胶电泳的分子分型研究

目的运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对一起C群流脑爆发疫情所分离的菌株进行同源性分析。方法对分离的脑膜炎奈瑟菌进行血清学鉴定后,并进行PFGE分析和确定分子分型。结果在疫情中分离的6株C群脑膜炎奈瑟菌菌株的PFGE谱型相同,聚类图谱分析相似性为100%,而与韶关翁源1株从健康人分离到的菌株谱型完全不同。结论PFGE可以作为爆发流行中对细菌进行鉴定和确定菌株的感染来源。

食源性金黄色葡萄球菌脉冲场凝胶电泳分型分析

对石家庄地区食源性金黄色葡萄球菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,建立石家庄市金黄色葡萄球菌PFGE分型的数据库,探讨引起食物中毒金黄色葡萄球菌菌株和其他食源性金黄色葡萄球菌的分子特征。利用PFGE分型技术对2010至2012年石家庄市的75株食源性金黄色葡萄球菌进行全基因组分析,DNA酶切图谱用BioNumerics软件进行聚类分析。75株食源性金黄色葡萄球菌的PFGE图谱的相似性系数在54%～100%之间,经聚类分析得到45个PFGE型别,6起食物中毒的金黄色葡萄球菌分别由PFGE01型、PFGE02型、PFGE11型、PFGE12型、PFGE15型和PFGE45型引起。建立的金黄色葡萄球菌PFGE分型数据库分子型别较多,且存在差异明显的多个克隆系,对石家庄地区金黄色葡萄球菌引起食物中毒的防控和溯源工作有重要意义。

伤寒沙门菌的脉冲场凝胶电泳分型方法研究

目的:运用脉冲场凝胶电泳研究宁波市伤寒沙门菌的分子流行病学。方法:选择XbaⅠ酶对伤寒沙门菌染色体DNA进行酶切,采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱,了解其流行状况。结果:14株伤寒沙门菌,根据电泳图谱分析,可分为3个带型。结论:PFGE具有分辨力高,重复性好的特点,是研究伤寒沙门菌分子流行病学较好的基因分型方法。

脉冲场凝胶电泳技术及其在细菌感染性疾病中的应用

为研究细菌的流行特征、追踪传染源，国内外广泛采用的方法是对相关菌株进行分型，分析菌株间的同源性关系。细菌分型方法分为表型分型和基因分型两种，表型分型主要有根据菌落形态和生化特征等的生物分型、抗菌药物药敏谱分型、血清分型、噬菌体分型，基因分型包括质粒分型、核糖体分型、染色体DNA限制性内切核酸酶图谱分析（REA）、限制片段长度多态性分析（RFLP）、脉冲场凝胶电泳分型（pulsedfield gel electrophoresis，PFGE）、随机引物PCR（AP-PCR）、重复片段PCR分型、多位点序列分型（MLST）等，其中PFGE是分子分型技术的“金标准”，其结果重复性好，分辨率高，易于标准化，被国内外研究者广泛接受。本文就PFGE技术及其在细菌感染性疾病中的应用进行综述。

危重监护病房铜绿假单胞菌耐药性及脉冲场凝胶电泳分析

目的 了解我院危重监护病房 (简称 ICU)铜绿假单胞菌的耐药性。建立一种快速、准确、可靠、重复性好的基因分型方法来研究 ICU铜绿假单胞菌的分子流行病学。方法 采用全自动鉴定仪 ( Walkaway-4 0 DADE Microscan Inc)鉴定铜绿假单胞菌 ,并根据半定量微量肉汤系统测定 7种常用抗生素对细菌的最低抑菌浓度 ,确定其耐药情况。用脉冲场凝胶电泳 (简称 PFGE)对限制性酶切片段分离。通过对每一株菌染色体DNA指纹图谱的比较分析其克隆构成 ,了解其流行状况。结果 2 4株菌对 7种抗生素的耐药性由高到低依次为 :环丙沙星 ( 87.5 % ) ,庆大霉素 ( 75 % ) ,亚胺培南 ( 6 6 .7% ) ,头孢曲松 ( 6 6 .7% ) ,哌拉西林 ( 2 9.2 % ) ,头孢他啶 ( 2 0 .8% ) ,阿米卡星 ( 12 .5 % )。8株菌经 PFGE分析初步证实其中 4株菌具有明显相关性。结论 铜绿假单胞菌对常用抗菌药物的耐药率高 ,多重耐药情况严重。 PFGE具有分辨力高、重复性好的特点 ,是研究

阪崎肠杆菌脉冲场凝胶电泳分型及耐药研究

目的:研究北京、新疆、广东、辽宁等地和新西兰、美国、印度进口食品中分离的阪崎肠杆菌(ES)分子型别和耐药情况。方法:用限制性内切酶XbaⅠ酶切ES染色体DNA进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)实验,用BioNumerics软件对不同地区分离的ES进行比对,分析菌株之间的相似度。用Vitek2进行药敏实验,分析ES耐药情况。结果:38株ES(其中ES12为标准菌株)分成37个PFGE型,相似度在25%～100%,未表现出优势带型和地区特异性,而部分食品被遗传紧密相关的ES克隆株污染。药敏实验结果显示37株ES共有9种耐药谱,部分菌株对呋喃类、头孢类、β-内酰胺类耐药。结论:建立的PFGE方法可应用于ES的分子分型和溯源。

腹泻患儿粪便中沙门菌的血清型、药敏分析及脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的研究2019年北京市朝阳区0~10岁腹泻患儿粪便中分离出的沙门菌的血清型、脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分子分型研究及耐药特点。方法对分离自腹泻患儿病例的47株沙门菌进行血清分型,采用微量肉汤稀释法进行27种抗生素的药敏实验;采用PFGE脉冲场凝胶电泳进行指纹图谱分型研究。结果47株沙门分为8种血清型,优势血清型有2种,分别为肠炎沙门菌23株占48.94%,鼠伤寒沙门菌14株占29.79%。47株沙门菌对磺胺异恶唑耐药率(57.45%)最高,其次为氨苄西林(48.94%)和链霉素(48.94%)。23株肠炎沙门菌可分成8个PFGE指纹图谱,14株鼠伤寒沙门菌可分成13个PFGE指纹图谱。结论北京市朝阳区0~10岁儿童食源性沙门菌血清主要为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌,各血清型的耐药性有所不同,PFGE指纹图谱呈多样性。

阪崎肠杆菌脉冲场凝胶电泳分型的研究

目的对29株阪崎肠杆菌分离株和2株阪崎肠杆菌模式株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型研究。方法分别利用限制性内切酶XbaⅠ和SpeⅠ酶切阪崎肠杆菌染色体DNA进行PFGE分析,利用BioNumerics软件进行聚类分析。结果31株阪崎肠杆菌使用XbaⅠ和SpeⅠ酶切分别有30种PFGE带型。除ES004和ES005外,其他29株阪崎肠杆菌经XbaⅠ或SpeⅠ酶切后的PFGE条带之间均存在不同程度的差异。来源于同品牌同批次中不同包装的产品中的ES004和ES005分离株XbaⅠ和SpeⅠ酶切图谱完全一致(相似度为100%)。根据BioNumerics软件分析结果可知,除分离株ES004和ES005外,其他分离株的带型和样品来源之间无显著相关性。结论虽然XbaⅠ酶切的PFGE带型平均条带少于SpeⅠ,但对阪崎肠杆菌具有足够的分辨率。两种PFGE分型方法都可应用于阪崎肠杆菌的分子分型和溯源。

上海市禽源阿贡纳沙门氏菌耐药性及脉冲场凝胶电泳分型研究

为了解上海市2010-2011年零售禽肉及禽类粪便中阿贡纳沙门氏菌（S．agona）的流行、耐药性和分子分型情况，本研究通过对零售禽肉及禽类粪便中的沙门氏菌进行分离鉴定得到14株禽源阿贡纳沙门氏菌，通过K-B法进行耐药性分析，并应用脉冲场凝胶电泳（pulsefieldgelelectrophoresis，PFGE）技术对菌株进行分型研究。结果显示，14株禽源阿贡纳沙门氏菌对头孢替呋、头孢吡肟、头孢噻肟、头孢噻甲羧肟、甲氧氨苄嘧啶等敏感，对磺胺异恶唑等具有较强耐药性（21．4％），对链霉素中度敏感率较高（92．8％），PFGE分型分为6个基因型。结果表明部分菌株间具有高度的同源性，且耐药菌株与PF—GE型间存在相关性。