进出口食品中肠炎沙门氏菌的脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的:分析近年深圳市进出口食品中分离的肠炎沙门氏菌菌株之间的相关性,初步建立食源性肠炎沙门氏菌脉冲场凝胶电泳分子分型数据库。方法:58株肠炎沙门氏菌菌株基因组DNA经XbaⅠ酶切,通过脉冲场凝胶电泳获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果:建立了深圳进出口食品中肠炎沙门氏菌DNA指纹图谱数据库。58株肠炎沙门氏菌分属18种脉冲场凝胶电泳图谱。聚类分析显示,58株肠炎沙门氏菌包含2个群,第1群主要为分离自美国进口禽肉的17株肠炎沙门氏菌,其相似性为91.45%,优势条带型为P2。第2群主要为分离自中国食品的36株肠炎沙门氏菌和分离自阿根廷的2株肠炎沙门氏菌,P8为优势条带型,相似性达到91.03%。结论:进出口食品中分离的肠炎沙门氏菌存在遗传谱系紧密相关的两个流行克隆群。

脉冲场凝胶电泳分子分型追溯霍乱传染源研究

目的了解湖南省2005年霍乱疫情分离菌株与常规监测的外环境和水产品中霍乱弧菌分离株之间的遗传相关性,追溯传染源,为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法采用PCR检测霍乱菌毒力基因,以脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行菌株的分子分型。结果所有菌株均具有CT基因,20株菌的PFGE为1个型。结论20株霍乱弧菌均是产毒株,具有致病性;湖南省从甲鱼中分离的O139群霍乱弧菌与同期流行的O139群霍乱弧菌分型的带型一致,分子流行病学分析提示甲鱼可能是湖南省近年霍乱疫情主要传染来源之一。

乳酸杆菌脉冲场凝胶电泳分子分型的条件优化

目的:通过将脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法应用于乳酸杆菌分型研究,以建立乳酸杆菌PFGE分型的最优方法。方法:针对不同内切酶、酶切浓度、酶切时间、脉冲时间等影响PFGE分型结果的重要因素进行优化,使用优化后的条件对乳酸杆菌22株标准菌株进行分型研究。结果:在乳酸杆菌的PFGE分型研究中,选择AscI为内切酶、酶切浓度为30U/150μL、酶切时间为4.5h、脉冲时间为1～15s为PFGE电泳的最优条件,在所分析的22株乳酸杆菌标准菌株中,5种乳酸杆菌的PFGE图谱各不相同,但种内不同株电泳图谱的区别并不稳定。结论:PFGE方法可用于乳酸杆菌的基因分型研究。

肠道沙门菌O:4(B)菌群脉冲场凝胶电泳分子分型

为了明确2010年食源性疾病监测中分离的肠道沙门菌O:4(B)菌群的PFGE分子型别,探讨其多态性及其与分子流行病学关系,我们将分离获得的29株O:4(B)血清型沙门菌进一步鉴定培养,挑取单个菌落增菌,供试菌株基因组DNA用限制性内切酶XbaⅠ消化酶切后进行脉冲场凝胶电泳分型,所得结果用Bionumerics5.1软件进行聚类分析。实验结果表明,根据电泳指纹图谱,可将29株肠道沙门菌O:4(B)菌群分为24个PFGE型别,菌株间的相似值在56.31%～100%之间,同一血清型别的沙门菌有多个PFGE型别。脉冲场凝胶电泳对O:4(B)群沙门菌有较高的分型能力,可有效的应用于食物中沙门菌溯源分析及分子流行病学研究。

鼠伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型及耐药分析

目的收集2020—2021年间云南省的鼠伤寒沙门菌,了解其分子分型特征及耐药情况,为云南省鼠伤寒沙门菌防控提供参考。方法采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)方法对87株分离自云南省食源性疾病主动监测哨点医院感染患者的鼠伤寒沙门菌进行分型,应用BioNumerics7.6软件对酶切片段进行聚类分析,了解菌株的同源性特征;采用微量肉汤稀释法测定菌株对15种抗生素的药物敏感性。结果87株鼠伤寒沙门菌分子分型呈65种PFGE带型,相似度区间为68.1%~100.0%,有一种优势带型;对氨苄西林的耐药率最高,达79.3%,其次为氯霉素(65.5%)、甲氧苄啶/磺胺甲噁唑(63.2%);对头孢西丁最为敏感,敏感率为98.9%,其次是阿奇霉素(95.4%)、多黏菌素E(95.4%);多重耐药率为79.4%,优势耐药谱是CHL+TET+AMP+AMS+CFZ+SXT。结论云南省鼠伤寒沙门菌PFGE型别既表现出明显的遗传多样性,也存在明显的优势带型,同时多重耐药情况较为严重。PFGE分子分型特征结合长期的药敏监测数据,可以协助分析菌株的耐药趋势,对指导临床用药有重要意义。

肇庆市副溶血性弧菌血清型、毒力基因和脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的通过副溶血性弧菌血清型、毒力基因和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型研究,建立肇庆市副溶血性弧菌DNA指纹图谱基因库。方法对肇庆市食物中毒分离出的28株副溶血性弧菌和食品安全风险监测的各类水产品分离的17株副溶血性弧菌进行血清分型,耐热直接溶血素相关基因(trh)和耐热直接溶血素基因(tdh)PCR检测,对45株副溶血性弧菌进行PFGE分子分型。结果食物中毒分离的28株副溶血性弧菌,血清型以O_4:K_8(32.14%)和O_3:K_6(25.00%)为主,17株水产品分离的副溶血性弧菌,血清型以O_1:K_(UT)(42.11%)为主;21株(46.67%)为tdh^+trh^-菌株,23株(51.11%)为tdh^-trh^-菌株,1株(2.22%)为tdh^-trh^+。45株副溶血性弧菌的PFGE相似值为3.9%～100.0%,被分为36种不同的PFGE型别,带型100%相同的菌株几乎都出现在同一年代相近的时间点,但也出现了跨年代菌株。结论肇庆市食物中毒的副溶血性弧菌以O_4:K_8和O_3:K_6血清型为主,多数菌株携带tdh基因。PFGE结果提示肇庆市流行的副溶血性弧菌存在多克隆来源。

我国4省肉鸡屠宰场沙门氏菌脉冲场凝胶电泳分子分型

目的了解我国四省肉鸡屠宰场沙门氏菌脉冲场凝胶电泳分子分型情况。方法参照美国疾病预防控制中心PulseNet实验方法,对2010年监测4省肉鸡屠宰场分离到的167株沙门氏菌,运用XbaⅠ酶进行酶切并完成PFGE分析,利用BioNumerics软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析并建立数据库。结果 167株沙门氏菌共分为18个群,包括了75个不同的带型。相同血清型具有相似带型,基本归于同一群。65株印地安纳沙门氏菌有38个带型,54株肠炎沙门氏菌有16个带型,16株奥尔巴尼沙门氏菌仅有1个带型。结论各省沙门氏菌的带型具有地区性差异,又具有优势型别的交叉。屠宰场存在严重的交叉污染,加强加工环节中的关键控制点—沙门氏菌的监测和干预,从而降低肉鸡及其产品中沙门氏菌的污染,这是从源头控制污染的根本措施。

副溶血弧菌脉冲场凝胶电泳技术分子分型分析

目的分析副溶血弧菌菌株之间的相关性,建立深圳市副溶血弧菌的DNA指纹图谱数据库。方法56株副溶血弧菌基因组DNA经NotI酶切,通过脉冲场凝胶电泳获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果56株副溶血弧菌被分为34种脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)图谱,聚类分析显示,在90%的相似性水平上,28株细菌谱型属于同一个群,其中27株均为食物中毒患者分离株,并各年度均有分离。结论深圳地区存在遗传谱系紧密相关的副溶血弧菌流行克隆。建立DNA指纹图谱数据库为建立分子分型监测网络打下了良好的基础,有助于副溶血弧菌所致食源性疾病的及时主动监测和传染来源追踪。

宁夏地区腹泻犊牛产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希氏菌的药敏试验及脉冲场凝胶电泳分型

为了解宁夏地区规模化牛场犊牛腹泻源产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希氏菌耐药和遗传变异情况,对分离得到的17株产ESBLs大肠埃希氏菌,采用K-B纸片法进行药物敏感性试验,采用脉冲场凝胶电泳进行分型研究。结果显示,17株分离株对试验药物多数呈耐药状态,对头孢拉定、四环素、阿莫西林3种药物完全耐药,其他药物的耐药性为70.24%~94.12%,只对阿米卡星、诺氟沙星敏感性较高。分离菌株可分为17个PFGE型,菌株间的相似度为67.5%~85.7%,无优势带型。宁夏地区犊牛腹泻源产ESBLs大肠埃希氏菌耐药性严重,遗传差异较大,但不同菌株存在着不同程度的亲缘关系。

2010-2015年深圳市龙岗区肠产毒性大肠埃希菌感染的流行特征及脉冲场凝胶电泳分子分型

目的了解广东省深圳市龙岗区腹泻患者中产毒性大肠埃希菌（ETEC）的流行状况及菌株的分子特征。方法对2010-2015年来自深圳市龙岗区散发腹泻病例的1204份粪便标本进行ETEC分离培养、生化、血清分群及PCR毒力基因（est Ia、est Ib、elt）鉴定,并采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对阳性菌株进行分子分型。结果腹泻人群中ETEC的阳性率为5.8%;年龄分布上检出率差异有统计学意义,以19-25岁成年人感染多见;季节分布上检出率差异无统计学意义。70株ETEC共检出14种血清型,以O159和O148多见,分别占25.7%和18.6%;携带毒力基因以est Ib为主,占65.7%。PFGE共分为60个型别,共存在10个克隆群组,C、G为地区内的优势克隆株。结论 2010-2015年深圳市龙岗区腹泻患者中ETEC的检出率较稳定,流行具有年龄分布特征,感染呈高度散发状态,但存在优势克隆菌株的感染流行。

天津市婴幼儿食品和冲调谷物制品中阪崎肠杆菌污染状况及脉冲场凝胶电泳分子分型

目的了解2012—2019年期间天津市婴幼儿食品和冲调谷物制品中阪崎肠杆菌(Enterobacter sakazakii,ES)的污染状况及脉冲场凝胶电泳分子分型情况。方法收集2012—2019年采集的婴幼儿食品和冲调谷物制品样品信息,并对这两类食品中阪崎肠杆菌检出情况进行统计学分析;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对两类食品中检出的阪崎肠杆菌进行分子分型分析。结果婴幼儿面条、婴幼儿饼干、婴幼儿其他食品、婴幼儿米粉、婴幼儿奶粉中阪崎肠杆菌的检出率分别为40.7%,6.1%、3.8%、0.5%、0,差异有统计学意义(确切概率法P<0.001);冲调谷物食品中芝麻糊的阪崎肠杆菌检出率最高,达到57.1%,麦片、藕粉、其他冲调谷物食品检出率分别为13.6%、23.3%、13.3%,差异有统计学意义(P<0.001)。天津市、外省生产的冲调谷物制品中阪崎肠杆菌检出率分别为20.0%、30.2%,差异无统计学意义(P>0.05)。婴幼儿食品与冲调谷物制品检出率分别为3.2%、39.8%,差异有统计学意义(P<0.05)。所有样品共分离出39株阪崎肠杆菌,共分为34个PFGE带型,型别较分散,菌株间相似度在32.34%~93.94%,呈高度多态性。TJ13Cro0001和TJ13Cro0002的相似度为93.55%,TJ19Cro0013和TJ19Cro0025相似度为93.94%,分别属于同一型别PFGE型。其余各分离株酶切图谱各不相同,相似性系数均在90%以下,被确定为不同PFGE型。结论天津市冲调谷物制品中阪崎肠杆菌污染状况较婴幼儿食品更为严重,应该引起相关部门的高度重视,必须加强全市婴幼儿食品及冲调谷物制品从原材料、生产、运输、销售等各个环节的监督和管理。

广西香港海鸥菌分离菌株脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的探讨香港海鸥菌分子分型方法,了解广西水产品监测所分离的香港海鸥菌的相关性。方法以NotⅠ限制性内切酶对2005年分离的香港海鸥菌酶切后进行脉冲电泳,用BioNumerics 5.1聚类分析获得电泳图谱。结果 7株香港海鸥菌分为6个分子型,其中从南宁分离的与从河池分离的2株香港海鸥菌高度同源,相似度达100%。结论 PFGE可应用于香港海鸥菌分子分型,有助于发现香港海鸥菌流行规律和传播途径,水鸟可能是香港海鸥菌传播环节的一种重要媒介。

沙门菌血清分型和脉冲场凝胶电泳分子分型在流行病学调查中的应用

沙门菌造成的食物中毒和食源性疾病暴发是全球性的公共卫生问题。对人感染的沙门菌进行血清分型，进一步对同一血清型菌株进行脉冲场凝胶电泳分子分型，可以增强识别食源性疾病暴发的能力，发现暴发病例，掌握流行趋势，追溯感染源头。此文对沙门菌血清分型和脉冲场凝胶电泳分子分型的研究进展及应用作了综述。

1995-2016年新疆维吾尔自治区伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的通过对新疆维吾尔自治区(新疆)1995-2016年伤寒沙门菌进行分子流行学特征分析,为今后监测和疫情预警提供依据。方法利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对527株伤寒沙门菌进行分子分型和流行特征研究。结果 527株伤寒沙门菌分为145个PFGE带型,条带相似度为57.42%~100.00%。有部分带型多年持续存在,且出现在不同地区。共发现32组分子分型成簇性病例。结论新疆伤寒沙门菌在基因型上存在高度多态性,同时也有优势带型长期连续存在,且存在分子分型成簇性病例,需要加强实验室监测。

中国和新西兰来源生胞梭菌的动物毒性比较及脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的分别采用中国和新西兰两国两种不同的试验方法,对我国从相关企业送检的新西兰召回批次浓缩乳清蛋白粉、用问题浓缩乳清蛋白粉生产的婴幼儿配方粉和北京市市售婴幼儿配方粉样品中分离的生胞梭菌,以及新西兰初级产业部从问题批次浓缩乳清蛋白粉分离的11株生胞梭菌对实验动物的毒性作用差异及菌株同源性进行研究。方法将菌株培养物离心过滤除菌后,分别腹腔注射和经口灌胃ICR小鼠,观察小鼠的中毒反应及死亡情况,同时对菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果所有菌株培养物腹腔注射小鼠后,小鼠均出现呼吸急促继而猝死的中毒表现,死亡时间多在染毒后10 min内,而经口灌胃小鼠无中毒和死亡;PFGE结果显示,虽然来源不同,但从问题批次浓缩乳清蛋白粉及其相关产品中分离的10株生胞梭菌均为同一PFGE型,而分离自北京市市售婴幼儿配方粉的1株生胞梭菌为另一PFGE型。结论 10株分离自问题批次浓缩乳清蛋白粉及以其为原料生产的婴幼儿配方奶粉的生胞梭菌致动物中毒和死亡表现无差别,且10株生胞梭菌均为同一PFGE型,说明菌株来自同一污染源。

阪崎肠杆菌脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的:对19株阪崎肠杆菌分离株和1株阪崎肠杆菌标准菌株进行脉冲场电泳(PFGE)分型分析。方法:利用限制性内切酶Xba1对阪崎肠杆菌基因组DNA进行酶切和PFGE分析,并利用BioNumerics软件进行聚类分析。结果:20株阪崎肠杆菌PFGE带型表现出多样性,在可分成16种PFGE型。BQ9、BQ11、BQ12、BQ13和BQ14相似性系数为100%,属于同一PFGE型别。BQ9、BQ11、BQ13和BQ14是同一生产厂家不同品牌的四种产品。其余各分离株和标准菌株的酶切图谱各不相同,相似性系数均在90%以下,被确定为不同PFGE型。结论:PFGE酶切带型与菌株来源有相关性,可应用于阪崎肠杆菌的分子分型和溯源。

义乌市33株副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分子分型结果

副溶血性弧菌（ Vibrio parahaemolyticus ，VP）是一种分布极广的海洋细菌，夏季海水及海产品中常带有此菌。近年来，VP成为我国首要的食源性致病菌，特别是在一些沿海城市，由该菌引起的食物中毒占细菌性食物中毒总数的比例高达60％以上［1－2］。义乌市海产品资源丰富，VP也是主要的食源性致病菌［3］。脉冲场凝胶电泳（ PFGE ）技术因其分辨力高、结果重现性好，而被认为是细菌分子分型的“金标准”［4］。我们对2013年义乌市不同来源的33株VP进行了血清分型和PFGE分子分型研究，旨在初步分析相关菌株间的亲缘关系，了解其内在联系和流行规律，为本市VP食物中毒的防制提供参考。

创伤弧菌脉冲场凝胶电泳分子分型方法的验证与应用

目的建立与验证创伤弧菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型方法。方法以分子分型监测网络脉冲网（Pulse Net）中公布的霍乱弧菌的PFGE标准方法为基础,选用限制性内切酶NotⅠ和SfiⅠ对36株不同来源的创伤弧菌分离株进行PFGE分型。结果 36株创伤弧菌菌株重复经2种酶切电泳后得到的条带均在25条~30条。有3株菌PFGE电泳条带出现降解,其余33株菌经NotⅠ酶切后,形成32种PFGE型别,图谱相似性为45%~100%,分辨力D值为0.998。33株菌经SfiⅠ酶切后可被完全分型,图谱相似性为50.9%~96.3%,D值为1。结论 PFGE作为一种分辨力高、重复性好的分子分型方法,对创伤弧菌进行PFGE分子分型,优先采用SfiⅠ酶切方法,NotⅠ可以为备选酶,同时结合分离菌株的相关流行病学信息,可作为研究创伤弧菌感染与传播的有力工具。

百日咳鲍特菌脉冲场凝胶电泳分子分型方法的优化和应用

目的优化百日咳鲍特菌(Bordetella pertussis,B.P)脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型方法。方法依据已发表文献和实验室现有条件,优化B.P的PFGE电泳条件和条带标准化方法,将优化后的方法用于分析贵州省B.P分离株。结果当采用XbaI内切酶时B.P PFGE的最优脉冲时间、电泳时长分别为5-21s、20h,当采用SpeI内切酶时分别为5-45s、22h。同时使用两种内切酶时,λLadder电泳图谱比H9812菌株电泳图谱更适合作为B.P PFGE分析的标准化参考。2017-2018年贵州省16株B.P分离株采用XbaI可分为16种谱型(PX01-PX16),采用SpeI可分为12种谱型(PS01-PS12),XbaI的分辨力(DI=0.9375)高于SpeI(DI=0.9063)。结论优化后的方法更适于B.P PFGE分析;贵州省B.P分离株的PFGE谱型存在多态性。