脉冲场凝胶电泳结合PCR技术在霍乱弧菌研究中的应用

脉冲场凝胶电泳(PFGE,Pulse Field Gel Electrophoresis)结合PCR(Polymerase Chain Reaction)技术在病原微生物检测中得到越来越广泛的应用,并且逐步成为“金标准”。霍乱弧菌是人类霍乱的病原体,可存在于水产品中,其引发的食源性霍乱暴发已是全球公共卫生问题之一,通过采用脉冲场凝胶电泳结合PCR技术,将为霍乱弧菌导致的疫情防控提供更加准确可靠的手段。为了对PFGE结合PCR技术在霍乱弧菌检测领域的应用提供参考,文章对PFGE结合PCR技术在霍乱弧菌的分子鉴定、分子分型和耐药性研究等方面进行了总结,并对其在霍乱弧菌株间竞争作用的新研究方向进行展望。

脉冲场凝胶电泳技术及其在细菌感染性疾病中的应用

为研究细菌的流行特征、追踪传染源，国内外广泛采用的方法是对相关菌株进行分型，分析菌株间的同源性关系。细菌分型方法分为表型分型和基因分型两种，表型分型主要有根据菌落形态和生化特征等的生物分型、抗菌药物药敏谱分型、血清分型、噬菌体分型，基因分型包括质粒分型、核糖体分型、染色体DNA限制性内切核酸酶图谱分析（REA）、限制片段长度多态性分析（RFLP）、脉冲场凝胶电泳分型（pulsedfield gel electrophoresis，PFGE）、随机引物PCR（AP-PCR）、重复片段PCR分型、多位点序列分型（MLST）等，其中PFGE是分子分型技术的“金标准”，其结果重复性好，分辨率高，易于标准化，被国内外研究者广泛接受。本文就PFGE技术及其在细菌感染性疾病中的应用进行综述。

脉冲场凝胶电泳技术对一起痢疾暴发的分型研究

目的运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对痢疾暴发进行分析。方法对辽宁省某市暴发痢疾进行血清学鉴定后,进行PFGE分析,观察引起暴发的菌型是否为同一个分子分型。结果7株暴发菌株的PFGE型别相同。结论此次痢疾的暴发流行为同一菌株引起,PFGE可以作为暴发流行中对细菌进行鉴定的分析技术。

脉冲场凝胶电泳技术对一起变形杆菌引起的食物中毒的分型研究

目的:运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对变形杆菌进行分析。方法:对本地区一起由奇异变形杆菌引起的食物中毒进行常规鉴定后,对分离到的菌株进行PFGE分析,观察引起食物中毒的菌型是否为同一菌株引起。结果:此次食物中毒共分离到6株奇异变形杆菌,其中4株肛拭子中分离,2株剩余食品中分离,除一株从肛拭子分离的外,其余5株的PFGE型别相同。结论:此次食物中毒的爆发为同一株奇异变形杆菌引起,PFGE可以作为食物中毒中对细菌进行鉴定的分析技术。

脉冲电场凝胶电泳技术及其在寄生虫学中的应用

PFGE技术是由美国Schwartz等在1984年创建的,这是一种能有效分离巨大DNA分子的现代技术。用原位消化法制备出完整的染色体DNA,通过不断交替变换电场方向的电泳,可在琼脂糖凝胶中成功地分离50～12,000 Kb的大分子DNA。PFGE技术对于核型分析、基因定位、限制性酶切图谱的构建以及基因组动态研究等都是极为有益的。本文对PFGE技术在现代寄生虫学中的应用及其存在的问题进行了简要概述。

脉冲场凝胶电泳技术应用于沙门菌鉴定的方法研究

目的利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术和设备解决沙门菌鉴定困难的难题,探究简便、快速、准确的鉴定方法,确立积极有效检测鉴定手段和监控措施,防止食物中毒及传染病的暴发流行。方法根据测试菌不同,探讨PFGE技术实验条件,沙门菌的PFGE鉴定方法。结果经反复试验证实所建方法灵敏快速、准确可靠、分辨率高,实用性强。在没有图像分析仪的情况下,肉眼即可进行判断,可替代传统的血清学鉴定方法。结论脉冲场凝胶电泳基因分型及同源性鉴定方法分辨率高,应用性强,技术先进。

应用脉冲场凝胶电泳技术对宋内氏志贺菌引起食物中毒的研究

目的运用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对一起细菌性痢疾暴发分离株进行分析,了解分离株之间的遗传相关性,追溯传染源。方法对该起食物中毒中分离出的62株宋内氏志贺菌,用XbaI酶切进行PFGE分子分型,结果用BioNumerics软件UPGMA方法进行聚类分析,观察引起食物中毒的菌株是否为同源株。结果64株测试菌用XbaI酶切后产生7个PFGE带型,其中从病人分离45株和生肉分离1株带型完全相同,占分析菌株的70.31%。且流行病学资料显示有相关性,推测此食物为感染的主要来源之一;另外有病人分离11株带型完全相同,占分析菌株的17.19%,可能为感染的第二来源。结论食用未加工熟的猪肉菜肴是引发此次细菌性痢疾暴发的主要来源。

脉冲场凝胶电泳技术对一起聚集事件病原学回顾性分析

目的对一起多因素引起腹痛、腹泻聚集事件调查中采集的样本进行致病菌检验,利用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)从分子水平对该起事件的病原学进行回顾性分析。方法依据相关标准对采集的样品进行病原菌分离、鉴定,选用SmaⅠ酶切事件中分离的可疑致病菌株,对菌株进行聚类分析。结果从44件可疑样品中检出蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus,Bc)17株,对可疑食品中分离的10株蜡样芽胞杆菌进行PFGE分子分型检测,其中7株为相同带型。结论 PFGE图谱佐证了Bc作为本次聚集事件病原的新证据,采集的食品并非被一个单克隆蜡样芽胞杆菌污染,而是存在多种Bc克隆,PFGE可有效应用于暴发事件溯源分析及分子流行病学研究。

脉冲场凝胶电泳技术的应用及其发展趋势

基因分型方法即分子分型方法，是用现代分子生物学技术分析菌株间基因组的相似程度，进而弥补表型分型在分型能力、重复性及分辨力上的欠缺。脉冲场凝胶电泳（PFGE）是一种重要的分子分型技术，其工作原理是：大小不同的 DNA 分子在交替变换方向的电场中作出反应所需的时间不同，一般较小的分子重新定向较快，在凝胶中移动快，大的DNA分子比小的DNA分子定向慢，在凝胶中移动比较慢，根据各DNA分子迁移距离的不同，从而可以达到分离不同大小的 DNA 分子的目的。在所有分子分型方法中，脉冲场凝胶电泳以重复性好、分辨性强，被作为细菌分子分型的“金标准”。现在PFGE已被广泛应用于菌株遗传关系比较、食源性和疫源性致病菌的溯源、疫情的传染源追踪以及临床诊断治疗、药学等各个方面。本文分别介绍了PFGE技术在细菌传播污染控制、耐药菌株溯源性、耐药菌株流行趋势分析中应用及其该技术有待解决的问题及发展趋势。

脉冲场凝胶电泳技术及其在细菌分型中的应用

随着对细菌感染研究的日益深入，传统的细菌鉴定技术已不能很好地满足医院感染的诊断和流行病学调查的需要．表型分型方法如药敏试验等可用于检测疫情的爆发流行，但不能确认菌株之间的相关性。如今，从型、亚型、株甚至分子水平上去认识细菌变得愈来愈重要，因此分子生物学在细菌分型上得到了广泛应用。

脉冲场凝胶电泳在肠炎沙门菌食源性疾病溯源中的应用

目的对2006年广州地区食源性疾病中分离的肠炎沙门菌进行分子分型,探讨广州地区肠炎沙门菌的分子型别和多态性,为食源性疾病溯源及致病菌数据库的建立提供依据。方法采用限制性内切酶XbaI,对2006年分离到的菌株进行PFGE分子分型,使用BioNumericsVersion4.0软件(使用Dice系数和UPGMA法)对菌株进行聚类分析,并与深圳市的肠炎沙门菌PFGE型别进行比较。结果所有74株肠炎沙门菌均得到一致的PFGE克隆型,表明两次不同的食源性疾病均由同一PFGE型引起。广州与深圳的肠炎沙门菌PFGE图谱的比较表明,两地食源性疾病分离株具有很近的亲缘关系。结论PFGE分子分型与流行病学资料紧密结合可增强对肠炎沙门菌食源性疾病的溯源和预警。

食源性金黄色葡萄球菌脉冲场凝胶电泳分型分析

对石家庄地区食源性金黄色葡萄球菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,建立石家庄市金黄色葡萄球菌PFGE分型的数据库,探讨引起食物中毒金黄色葡萄球菌菌株和其他食源性金黄色葡萄球菌的分子特征。利用PFGE分型技术对2010至2012年石家庄市的75株食源性金黄色葡萄球菌进行全基因组分析,DNA酶切图谱用BioNumerics软件进行聚类分析。75株食源性金黄色葡萄球菌的PFGE图谱的相似性系数在54%～100%之间,经聚类分析得到45个PFGE型别,6起食物中毒的金黄色葡萄球菌分别由PFGE01型、PFGE02型、PFGE11型、PFGE12型、PFGE15型和PFGE45型引起。建立的金黄色葡萄球菌PFGE分型数据库分子型别较多,且存在差异明显的多个克隆系,对石家庄地区金黄色葡萄球菌引起食物中毒的防控和溯源工作有重要意义。

广东省伤寒沙门菌株的脉冲场凝胶电泳分型研究

目的运用脉冲场凝胶(PFGE)电泳研究广东省伤寒沙门菌的分子流行病学。方法用PFGE对菌株进行分子分型,所得结果用Bionumerisc V4．0软件进行聚类分析。结果来自广东省6个地区的51株伤寒沙门菌,根据电泳图谱分析,可分为45个PFGE型别,菌株间的相似值在38．27％～100．00％,6个地区间没有同源的菌株,同一个地区不同年份也没有同源的菌株,而同一地区同一年份可出现同源的菌株。结论PFGE是一种敏感的研究伤寒沙门菌分子流行病学的基因分型方法。

脉冲场凝胶电泳分子分型追溯霍乱传染源研究

目的了解湖南省2005年霍乱疫情分离菌株与常规监测的外环境和水产品中霍乱弧菌分离株之间的遗传相关性,追溯传染源,为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法采用PCR检测霍乱菌毒力基因,以脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行菌株的分子分型。结果所有菌株均具有CT基因,20株菌的PFGE为1个型。结论20株霍乱弧菌均是产毒株,具有致病性;湖南省从甲鱼中分离的O139群霍乱弧菌与同期流行的O139群霍乱弧菌分型的带型一致,分子流行病学分析提示甲鱼可能是湖南省近年霍乱疫情主要传染来源之一。

奇异变形杆菌的脉冲场凝胶电泳分型研究

[目的]了解2006年度深圳市南山区疑似食物中毒分离的奇异变形杆菌菌株的脉冲场凝胶电泳(PFGE)基因型,探讨奇异变形杆菌的分布、流行及变异情况。[方法]奇异变形杆菌单个菌落增菌后定量,制备琼脂糖菌体包埋胶块,蛋白酶K等消化处理,限制性内切酶SfiI酶切,制备琼脂糖凝胶,脉冲场凝胶电泳获取菌株指纹图谱,图谱条带进行分子量标化,用统计软件进行聚类分析。[结果]以80﹪相似度为标准,39株奇异变形杆菌被分成24个不同的PFGE基因型.同起疑似食物中毒菌株基因型相似度高,不同起疑似食物中毒菌株基因型有交叉但存在较大差异。[结论]PFGE基因分型技术在确定菌株之间的分子流行病学关系方面是一种有效、稳定的方法,疑似食物中毒样品中分离到的奇异变形杆菌PFGE基因型别呈现多样性,同起食物中毒部分菌株存在着不同程度的亲缘关系,不同起间存在差异。

乳酸杆菌脉冲场凝胶电泳分子分型的条件优化

目的:通过将脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法应用于乳酸杆菌分型研究,以建立乳酸杆菌PFGE分型的最优方法。方法:针对不同内切酶、酶切浓度、酶切时间、脉冲时间等影响PFGE分型结果的重要因素进行优化,使用优化后的条件对乳酸杆菌22株标准菌株进行分型研究。结果:在乳酸杆菌的PFGE分型研究中,选择AscI为内切酶、酶切浓度为30U/150μL、酶切时间为4.5h、脉冲时间为1～15s为PFGE电泳的最优条件,在所分析的22株乳酸杆菌标准菌株中,5种乳酸杆菌的PFGE图谱各不相同,但种内不同株电泳图谱的区别并不稳定。结论:PFGE方法可用于乳酸杆菌的基因分型研究。

用脉冲场凝胶电泳方法对O139霍乱弧菌分型的研究

目的:利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术探讨O139群霍乱弧菌的分子分型方法。方法:用SfiⅠ酶和NotⅠ酶切O139群霍乱弧菌染色体DNA,经脉冲场凝胶电泳进行片段分离。结果:14株O139群霍乱弧菌经SfiⅠ酶切后电泳分离可得一个PFGE型,用NotⅠ酶切电泳可分为2个PFGE型。结论:脉冲场凝胶电泳技术分析O139群霍乱弧菌,分型发现微小差别有助于分析追踪疫情和来源。

食品中单增李斯特菌的血清分型及脉冲场凝胶电泳分型

对进口食品和国内食品中的单增李斯特菌进行血清学分型和分子分型研究,探讨不同来源菌株之间的遗传相关性及不同分型方法之间的联系。对分离的单增李斯特菌进行血清学分型和脉冲场凝胶电泳分型。69株单增李斯特菌分为4种血清型,主要血清型为1/2a(3a)型,脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分型分为55种带型,主要型别为GX6A12.CN0018。食品中的单增李斯特菌分子型别呈现多态性,进口食品分离株和国内食品分离株之间无相关性。

一起流脑爆发菌株脉冲场凝胶电泳的分子分型研究

目的运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对一起C群流脑爆发疫情所分离的菌株进行同源性分析。方法对分离的脑膜炎奈瑟菌进行血清学鉴定后,并进行PFGE分析和确定分子分型。结果在疫情中分离的6株C群脑膜炎奈瑟菌菌株的PFGE谱型相同,聚类图谱分析相似性为100%,而与韶关翁源1株从健康人分离到的菌株谱型完全不同。结论PFGE可以作为爆发流行中对细菌进行鉴定和确定菌株的感染来源。

伤寒沙门菌的脉冲场凝胶电泳分型方法研究

目的:运用脉冲场凝胶电泳研究宁波市伤寒沙门菌的分子流行病学。方法:选择XbaⅠ酶对伤寒沙门菌染色体DNA进行酶切,采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱,了解其流行状况。结果:14株伤寒沙门菌,根据电泳图谱分析,可分为3个带型。结论:PFGE具有分辨力高,重复性好的特点,是研究伤寒沙门菌分子流行病学较好的基因分型方法。